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1.
从中国苹果寄主上分离苹果茎沟病毒(Apple Stem Grooving Virus,ASGV),克隆并表达外壳蛋白(Coat Protein, CP)基因,并进行生物信息学分析。利用RT-PCR从苹果寄主上克隆了苹果茎沟病毒外壳蛋白基因,序列测定后构建了原核表达载体pET30a(+),转化大肠杆菌(Escherichia coli)进行原核表达。分析比较苹果茎沟病毒外壳蛋白基因核酸序列,分析并预测苹果茎沟病毒外壳蛋白的结构和性质。克隆,表达了苹果茎沟病毒外壳蛋白基因。序列分析显示本研究ASGV CP开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)全长714个核苷酸,与其他分离物CP基因核酸同源率为88.80%~91.90%,与来自日本苹果的P-209进化关系最近。ASGV CP是由237个氨基酸残基组成的27.13 kD蛋白,等电点PI为7.67的疏水性,非跨膜蛋白。二级结构由7个α-螺旋,5个β-片层和无规则卷曲构成。三级结构由于缺少同源蛋白而无法预测。本研究成功诱导表达了ASGV-CP蛋白,分析了ASGV-CP的核酸序列和进化关系,蛋白性质和蛋白结构,为进一步的功能研究和检测应用奠定了基础。 相似文献
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为寻找高效快速提取植物总RNA的检测方法,以白肋烟叶片为材料,用Trizol试剂盒提取总RNA。依据黄瓜花叶病毒和马铃薯X病毒的外壳蛋白保守序列设计特异性引物,进行RT-PCR检测,从感病叶片中分别扩增出326bp、392bp的目的片断,而对照叶片中无此扩增带。将PCR产物连接pGEM-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,得到了含有目的片断的重组子。序列分析表明,与Gene Bank中报道的这两种病毒核苷酸序列进行比较,同源性均达到96%以上。从而证明Trizol试剂盒可以在1 h内提取到纯度高、含量高、完整性好的总RNA,快速、简便、可靠。 相似文献
3.
对惠州市冬种马铃薯卷叶病发病情况进行调查研究,建立了马铃薯卷叶病毒(PLRV)RT-PCR检测技术。结果表明,马铃薯卷叶病发病率为3.0%~29.7%。比较LiCl、异硫氰酸胍和试剂盒3种方法提取马铃薯卷叶病毒总RNA,以异硫氰酸胍和试剂盒提取效果较好,LiCl次之;根据卷叶病毒外壳蛋白基因序列设计引物,从感染马铃薯卷叶病毒的马铃薯叶片中提取出病毒RNA,合成cDNA并运用RT-PCR技术进行体外扩增,得到一条长度约336bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的外壳蛋白基因大小一致,而健康叶片RNA扩增未得到任何产物。应用RT-PCR技术对马铃薯试管苗和种薯进行了卷叶病毒检测。 相似文献
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从苹果寄主上分离得到了苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)中国株系。经基因克隆,测序后发现苹果茎沟病毒中国株系外壳蛋白基因(coat protein,CP)含有714个核苷酸,编码表达由237氨基酸残基组成的27 ku蛋白。通过构建含有ASGV-CP基因的重组表达载体pECASGV-CP,在大肠杆菌BL21 (DE3)中成功表达ASGV-CP蛋白。SDS-PAGE显示其分子质量与预计大小一致。利用纯化的重组蛋白制备多克隆抗体。该抗体可用于Western blot和DAS-ELISA检测技术。基于血清学检测,发现陕西苹果主产区ASGV发生普遍。 相似文献
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以陕北8个县(区)种植2~3代疑似带毒的马铃薯叶片为材料,用Trizol法提取马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯卷叶病毒外壳蛋白(CP)基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,对CP基因进行克隆和测序,采用DNAstar软件分析序列的一致性。结果表明,从陕北8个县(区)马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致、长度为336 bp的目的片段,说明马铃薯均感染了卷叶病毒。陕北8个县(区)马铃薯卷叶病毒CP基因之间的序列一致性达99.6%以上,与国内外其他地区10个样品CP基因的序列一致性为96.2%~99.8%,表明马铃薯卷叶病毒的CP基因序列比较保守。 相似文献
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以陕北地区8个县(区)种植2~3代疑似带毒的马铃薯叶片为材料,Trizol法提取马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯Y病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列设计1对特异引物,反转录合成cDNA,RT-PCR扩增目的 DNA片段,1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。回收纯化CP基因片段并进行克隆和测序,采用DNAstar软件分析序列一致性。结果显示,所有马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的、长度为400 bp的目的片段,表明这些马铃薯均感染了Y病毒;陕北8个县(区)马铃薯Y病毒CP基因与国内外其他地区12个样品之间的序列一致性为88.4%~99.8%,表明马铃薯Y病毒的CP基因序列比较保守,不易发生变异。RT-PCR方法可快速、准确地检测马铃薯Y病毒,从而为马铃薯茎尖剥离脱毒生产脱毒种苗(薯)提供依据。 相似文献
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利用RT-PCR快速检测水稻条纹叶枯病病毒 总被引:1,自引:0,他引:1
根据水稻条纹叶枯病病毒基因组序列的信息,在其RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及特异蛋白基因的两侧设计4对引物,对感染病毒的水稻植株总RNA并进行RT—PCR扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻条纹叶枯病病毒基因组特有的4个条带,并通过测序和Genbank blast证实。利用该方法可以对水稻和其它寄主进行条纹叶枯病病毒早期检测。 相似文献
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[目的]筛选一种快速有效地提取高质量的苹果成熟叶片总RNA的提取液。[方法]以红富士苹果成熟叶片为材料,用3种不同的提取液提取苹果成熟叶片的总RNA,并通过分光光度计、琼脂糖凝胶电泳和RT-RCR检测RNA质量。[结果]3种试剂中2种可以提取出总RNA。[结论]用RNAiso-mate for Plant Tissu和RNAiso Plus搭配使用和RNAiso for Polysaccharide-rich Plant Tissue单独使用均可提取出质量较好的RNA,前者质量优于后者。 相似文献
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[目的]研究新疆甜瓜主栽区西瓜花叶病毒(WMV)外壳蛋白的分类地位,以及与国内外分离株亲缘关系.[方法]田间采集具有西瓜花叶病毒症状的幼嫩叶片,利用改良的TRIZOL总RNA提取法获取RNA,进一步分离纯化、克隆及测序,将测序结果利用BLAST、DNAMAN 5.0、CLUSTAL X、MEGA 5.0 EXPASY、TM-HMM等软件进行碱基和氨基酸序列比对,以及疏水性平均值、脂肪系数、亲缘关系等分析.[结果]序列比对发现8个地区WMV病毒外壳蛋白核酸序列的5'端保守性较高,碱基和氨基酸序列相似性分别达到86.25;和93.01;,存在部分碱基和氨基酸突变,相似性较高.[结论]通过分子进化树可得出新疆8个分离物之间亲缘性关系较近,同源性较高,与国内外其它地区的亲缘性关系较远、同源性较低. 相似文献
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【目的】 研究运用基于高通量测序的技术检测梨树病毒,为梨树病毒的检测提供新方法。【方法】 于2014年、2017年、2018年4月中旬采集库尔勒香梨花朵若干,分别进行转录组测序,将得到的序列经过转录本拼接、层次聚类和基因功能注释,筛选出注释为植物病毒的序列作为候选病毒序列。利用RT-PCR方法检测随机采集的香梨枝条样品,验证高通量测序结果的可靠性。【结果】 根据3组转录组测序数据的生物信息学分析结果,分别对注释为来源于植物病毒的66、202和921条基因序列进行分析。3种梨树中已报道的病毒,分别是苹果茎痘病毒、苹果茎沟病毒和苹果褪绿叶斑病毒,以及梨树中未报道的芸薹黄化病毒。采用设计的特异性引物,通过RT-PCR技术对筛选出的4种病毒进行扩增验证,结果扩增出苹果茎痘病毒和苹果茎沟病毒的目的片段。【结论】 高通量测序技术可作为检测梨树病毒的一种快速、有效手段。 相似文献
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苹果无病毒母本树的培育技术研究 总被引:5,自引:1,他引:5
1990~1994年,采用3种方法对26个苹果品种和3个矮化砧木进行了脱毒试验,获得24个苹果品种、2个矮化砧木共51株无病毒原种母本树。脱毒株率分别为:单纯热处理26.5%、单纯茎尖培养35.0%、热处理与茎尖培养并用脱毒66.7%。在未脱除的病毒中,苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)占20.9%、苹果茎痘病毒(ASPV)占29.3%、苹果茎沟病毒(ASGV)占49.8%。 相似文献
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两种苹果潜隐病毒脱毒技术研究 总被引:4,自引:0,他引:4
该文应用热处理、热处理加茎尖组织培养以及在培养基中加入抗病毒药剂等方法,脱除了苹果优系短枝富士的苹果褪绿叶斑病毒(CLSV)和苹果茎沟病毒(SGV),从而获得无潜隐病毒苗木。 相似文献
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【目的】研究引起新疆阿拉尔苹果外观异常病原的种类、发病类型及严重程度,为防治此类病害提供理论依据。【方法】在新疆阿拉尔六团一连采用实地调查采样,分类描述苹果外观异常;用五点取样法调查发病区发病率、发病品种等;采用高通量基因测序技术分析其病原病毒分子生物学。【结果】苹果外观异常平均发病率为70.45%。田间症状主要有果实畸形型、锈果型、着色异常型三种类型。主要病毒有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV),苹果花叶病毒(Apple mosaic virus, ApMV)和苹果绿皱果病毒(Apple green crinkle virus, AgrCV)5种类型,在不同品种中病毒种类存在差异。【结论】阿拉尔苹果外观异常病毒病发生较为严重且呈多种病毒混合发生,其引起的症状与苹果锈果类病毒病症状相似。 相似文献
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Complete genome sequence analysis of two Citrus tatter leaf virus(CTLV) isolates from China 下载免费PDF全文
In order to understand molecular characterization of Citrus tatter leaf virus(CTLV) isolated from China,full-length cDNAs of CTLV-MTH and CTLV-XHC from Citrus reticulata and Citrus sinensis were cloned and sequenced based on whole-genome amplification by RT-PCR.The complete nucleotide sequences of CTLV-MTH and CTLV-XHC were determined to be 6497 nucleotides in length and shared 79.9-91.0%and 78.8-98.0%nucleotide sequence identity,respectively,with other Apple stem grooving virus(ASGV) or CTLV strains available in GenBank.Unexpectedly,CTLV-MTH showed the highest nucleotide sequence identity(91%) with an apple isolate of ASGV,followed by 86.5%with ASGV-HH and 85.7%with ASGV-CHN.Furthermore,CTLV-MTH and three ASGV strains were grouped to a separate cluster in the phylogenetic tree,suggesting it has a closer relationship to ASGV than to CTLV.Therefore,it can be concluded roughly that CTLV may be not a distinct strains of ASGV.We proposed that Citrus tatter leaf virus should be renamed Apple stem grooving virus. 相似文献
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3种苹果潜隐性病毒一步多重RT-PCR检测体系的优化 总被引:1,自引:0,他引:1
为建立更为快速准确的苹果潜隐性病毒检测方法,以携带苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的田间苹果成龄树为试材,设计合成了扩增目的片段为273 bp(ASGV)、358bp(ACLSV)和432 bp(ASPV)的3对特异性引物,并对影响RT-PCR体系的主要参数进行试验优化.结果表明:建立的一步多重RT-PCR体系可以实现对3种主要潜隐性病毒的特异性检测;通过对田间多个样品的检测验证,表明该方法的准确性和灵敏度都很高,并缩短了单个样品的检测时间,极大地提高了工作效率. 相似文献
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南京小麦梭条花叶病毒RT—PCR的分子鉴定 总被引:3,自引:1,他引:3
采自江苏省南京市郊区的小麦病毒病样品提纯后 ,经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,结果表明 ,病毒外壳蛋白 (CP)为单一组分 ,相对分子质量为 36 5× 10 3 。经 1 2g·dL-1琼脂糖凝胶电泳检测 ,病毒核酸有两个组分 ,即RNA1和RNA2。根据AnbeSohn发表的小麦梭条花叶病毒RNA 13′端部分核苷梭序列 ,设计一对引物 ,以提纯样品的RNA1为模板 ,经RT PCR扩增出包含CP基因在内的 1 7kb的特异性目的片段 ,据此鉴定所采集的毒原为小麦梭条花叶病毒 (WSSMV)。 相似文献