3种苹果潜隐性病毒一步多重RT-PCR检测体系的优化

为建立更为快速准确的苹果潜隐性病毒检测方法,以携带苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的田间苹果成龄树为试材,设计合成了扩增目的片段为273 bp(ASGV)、358bp(ACLSV)和432 bp(ASPV)的3对特异性引物,并对影响RT-PCR体系的主要参数进行试验优化.结果表明:建立的一步多重RT-PCR体系可以实现对3种主要潜隐性病毒的特异性检测;通过对田间多个样品的检测验证,表明该方法的准确性和灵敏度都很高,并缩短了单个样品的检测时间,极大地提高了工作效率.     

苹果茎沟病毒CP基因质粒标准样品的研制

本研究通过扩增苹果茎沟病毒CP基因,经克隆测序后制备了ASGV核酸标准样品,分装后进行均匀性和稳定性检验,并联合外部实验室对标准样品进行定值。结果表明,制备的标准样品均匀性和稳定性均达到了国家标准样品的技术要求,可用于苹果茎沟病毒核酸检测的标准质控品。     

柑橘碎叶病毒外壳蛋白基因的克隆和序列分析

 【目的】了解中国CTLV分离物外壳蛋白（CP）基因的变异情况。【方法】对来源于中国不同地区、不同寄主品种的18个柑橘碎叶病毒（CTLV）分离物进行RT-PCR、克隆、测序,应用DNAMAN软件进行序列分析。【结果】18个分离物的CP基因全长714 nt, 推导的CP含237个氨基酸。CP核苷酸序列及推导的氨基酸序列最大相似性分别为88.5％～99.9％和91.1％～99.6％。与核苷酸序列G289→A或C、A409→C和G414→T的单碱基突变相对应,CTLV外壳蛋白第97、137、138位氨基酸在强、弱毒分离物之间存在差异,多数弱毒分离物为Q97或K97、Q137、H138,而多数强毒分离物为E97、R137或K137、Q138。在根据CP氨基酸序列构建的系统进化树上,本研究获得的18个CTLV分离物至少可以划分为2个组群,其中,在指示植物上表现较弱症状的多数(4/6)CTLV分离物划分在第Ⅰ组群,多数(10/12)CTLV强毒分离物划分在第Ⅱ组群。【结论】CTLV外壳蛋白基因相对保守,其第289、409、414位碱基在强、弱毒分离物之间存在差异,可能与病毒致病性相关。     

苹果茎沟病毒的RT-PCR检测及其在我国苹果产区的分布

为开发苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)田间样本RT-PCR检测方法以及揭示我国AS-GV的发生情况,本研究以染病的苹果组培苗为试材,对ASGV RT-PCR检测方法进行了优化并利用优化的检测体系对我国苹果产区ASGV的发生情况进行了检测。结果表明:引物ASGVS特异性最好,优化的RT-PCR检测体系能够在4,7和11月份检测果树树皮组织的带毒情况,灵敏度达到能够检测2.5×10-2μg新鲜样本,适于苹果ASGV田间样本检测。通过对我国苹果产区ASGV的检测发现,被检测的13个省(市/区)苹果上几乎都有ASGV发生,只有甘肃省泾川样本未检测到该病毒,采集的327个样本带毒率达73.7%。     

苹果茎沟病毒外壳蛋白抗体制备与应用

从苹果寄主上分离得到了苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)中国株系。经基因克隆,测序后发现苹果茎沟病毒中国株系外壳蛋白基因(coat protein,CP)含有714个核苷酸,编码表达由237氨基酸残基组成的27 ku蛋白。通过构建含有ASGV-CP基因的重组表达载体pECASGV-CP,在大肠杆菌BL21 (DE3)中成功表达ASGV-CP蛋白。SDS-PAGE显示其分子质量与预计大小一致。利用纯化的重组蛋白制备多克隆抗体。该抗体可用于Western blot和DAS-ELISA检测技术。基于血清学检测,发现陕西苹果主产区ASGV发生普遍。     

我国苹果病毒病的研究现状

我国从1978年开始对苹果病毒病进行系统研究,目前初步明确了我国苹果主产区主要病毒病的种类及特性,在病毒检测方面也取得了很大进展。介绍了我国苹果上主要病毒的特性,这些病毒包括苹果花叶病毒（ApMV）、苹果锈果类病毒（ASSVd）、苹果绿皱果病毒（AgrCV）、苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果茎痘病毒（ASPV）和苹果茎沟病毒（ASGV）;阐述了这些苹果病毒病所采用的技术,包括指示植物、电子显微镜技术、血清学方法、分子生物学技术等。     

苹果茎沟病毒RT-PCR检测技术

用苹果的叶片作为材料,研究比较了两种提取苹果总RNA方法的效果,确定了较好的提取方法。根据苹果茎沟病毒外壳蛋白基因设计引物,通过RT-PCR扩增在苹果叶片总RNA样品中获得了524 bp的特异片断,通过对该片段的序列分析与苹果茎沟病毒外壳蛋白基因源序列比较,其同源性高达93%。通过多次重复实验验证,该方法能很好地检测苹果茎沟病毒。     

苹果无病毒母本树的培育技术研究

 1990～1994年，采用3种方法对26个苹果品种和3个矮化砧木进行了脱毒试验，获得24个苹果品种、2个矮化砧木共51株无病毒原种母本树。脱毒株率分别为：单纯热处理26.5%、单纯茎尖培养35.0%、热处理与茎尖培养并用脱毒66.7%。在未脱除的病毒中，苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）占20.9%、苹果茎痘病毒（ASPV）占29.3%、苹果茎沟病毒（ASGV）占49.8%。     

库尔勒香梨上苹果茎沟病毒的三种分子生物学检测技术比较研究

采用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、试管捕捉反转录聚合酶链式反应（TC-RT-PCR）及免疫捕捉反转录聚合酶链式反应（IC-RT-PCR）技术对20份库尔勒香梨样品进行苹果茎沟病毒（Apple stem grooving virus,ASGV）检测,结果显示RT-PCR检测出7份样品感染ASGV,再使用TC-RT-PCR与IC-RT-PCR进行复检,有6份样品检测到ASGV,说明TCRT-PCR与IC-RT-PCR不如RT-PCR的灵敏度高,但是TC-RT-PCR与IC-RT-PCR不需要提取总RNA,操作简便,且减少有毒有机溶剂的危害与污染。TC-RT-PCR与IC-RT-PCR相比,检测得到的特异性带较清晰。     

苹果茎痘病毒种群遗传多样性分析

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒。基于前期研究所获得的6 个ASPV 中国分离物CP基因的核苷酸序列,结合GenBank 中报道的序列,对ASPV 种群遗传多样性特点进行分析。应用MEGA 4.0 软件分析了不同地理来源、不同寄主来源组内和组间的各分离物CP基因的遗传多样性,表明ASPV 种群遗传变异与寄主来源、地理分布不存在明显的相关性。CP编码区仍处于净化选择中,亚洲的分离物、梨分离物承受着较高的选择压力。DnaSP 软件分析显示,ASPV 经历了明显的种群扩张,并有继续扩展蔓延之势。因而有必要进一步加强病毒检测及种苗脱毒,严格控制带毒种苗传播。     

广东梅州柑橘黄龙病和病毒病的发生调查及其黄龙病菌原噬菌体多样性

【目的】调查柑橘黄龙病（Huanglongbing,HLB）和病毒病在广东省梅州市柑橘主产区的危害情况,分析该地区柑橘黄龙病菌（CLas）的原噬菌体多样性。【方法】以16S rDNA为模板设计引物,利用实时荧光定量PCR（qPCR)检测梅州市不同抽检地在2017—2019年3年间柑橘黄龙病的发病情况;同时分别采用已报道的柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）、柑橘裂皮病毒（Citrus exocortis viroid,CEVd）、柑橘褪绿矮缩病毒（Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV）、柑橘碎叶病毒（Citrus tatter leaf virus,CTLV）和柑橘黄脉病毒（Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV）的特异性检测引物,提取样品的RNA,反转后以样品的cDNA为模板,通过普通PCR的方法分析梅州市抽检地区柑橘病毒病的发生情况。此外,以基于2种原噬菌体类型（SC1和SC2）对应的超变异基因区域设计的2对引物（Lap-TJ-F/Lap-TJ-R1和Lap-TJ-F/Lap-TJ-R2）,运用普通PCR方法分析该地区CLas菌株原噬菌体的遗传多样性。【结果】除2018年9月梅州大浦顺兴公司蜜柚基地的抽检样品外,梅州市其他被检地区均发现CLas。总体来说,梅州市的脐橙CLas检出率为55.3%,蜜柚为61.5%,沙田柚为61.7%。其中2017年采集自平原县大拓镇的蜜柚和沙田柚样品CLas检出率为100%,兴宁市白马镇的蜜柚为100%,沙田柚为80%;其他抽检地区的样品CLas检出率在16.7%—83.3%。虽然梅州市部分地区的检出率较高,但其病原菌的含量并不高,大部分处于柑橘黄龙病发病初、中期,属可防可控阶段;此外,梅州市柑橘病毒的总检出率不高,CTV、CTLV和CYVCV为梅州的主要病毒,CEVd和CCDaV没有检测到。CTV、CTLV和CYVCV在脐橙上的检出率依次为78.9%、7.9%和21.1%,蜜柚为15.4%、25.0%和9.6%,沙田柚为6.4%、2.1%和4.3%。基于Lap-TJ-F/Lap-TJ-R1和Lap-TJ-F/Lap-TJ-R2来研究CLas原噬菌体多样性的PCR扩增条带共有4种类型（SC1-1、SC1-2、SC2-1和SC2-2）,经过PCR电泳和测序得出,来自梅州市脐橙和沙田柚的CLas菌株以SC2-1型为主,蜜柚上以SC1-1型为主。【结论】梅州柑橘产区的柑橘黄龙病目前属于可防可控阶段,其病原菌菌株的原噬菌体在不同品种上具有其独特性;由于在抽检时发现有柑橘病毒病的存在,因此在种植过程中需加强种苗监管,同时应采取有效措施对柑橘黄龙病和柑橘木虱（Diaphorina citri）进行绿色防控。     

基于高通量测序对引起苹果外观异常病原的鉴定

【目的】研究引起新疆阿拉尔苹果外观异常病原的种类、发病类型及严重程度,为防治此类病害提供理论依据。【方法】在新疆阿拉尔六团一连采用实地调查采样,分类描述苹果外观异常;用五点取样法调查发病区发病率、发病品种等;采用高通量基因测序技术分析其病原病毒分子生物学。【结果】苹果外观异常平均发病率为70.45%。田间症状主要有果实畸形型、锈果型、着色异常型三种类型。主要病毒有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV),苹果花叶病毒(Apple mosaic virus, ApMV)和苹果绿皱果病毒(Apple green crinkle virus, AgrCV)5种类型,在不同品种中病毒种类存在差异。【结论】阿拉尔苹果外观异常病毒病发生较为严重且呈多种病毒混合发生,其引起的症状与苹果锈果类病毒病症状相似。     

迟熟蕉柑茎尖嫁接砧木对比试验及病毒类病害鉴定

分别以枳和阿尔及利亚夏橙作为砧木,以迟熟蕉柑芽作为接穗进行茎尖嫁接,结果枳砧嫁接成活率为9．1％,阿尔及利亚夏橙砧嫁接成活率为54．5％,将两种砧木嫁接苗再嫁接在枳砧上,其3年生幼树均生长正常,表明阿尔及利亚夏橙是茎尖嫁接迟熟蕉柑的优良砧木。应用指示植物鉴定方法和PER检测技术鉴定7株茎尖嫁接苗的柑橘碎叶病、衰退病、裂皮病和黄龙病,结果1、3．4、5、6号迟熟蕉柑单株不带碎叶病、衰退病、裂皮病和黄龙病,可作为繁殖无病苗木的备选材料;2、7号迟熟蕉柑单株不带碎叶病、裂皮病和黄龙病,但带有衰退病,推测衰退病毒源可能来自取芽的田间植株。     

不同来源苹果茎沟病毒分离物部分序列分子特性研究

[目的]明确为害新疆不同品种梨的苹果茎沟病毒(Apple Stem Grooving Virus,ASGV)侵染状况,并对获得的病毒基因序列进行分子鉴定.[方法]采用生物学和分子生物学方法对来源于新疆梨、砂梨及红梨上的ASGV进行检测,将获得基因序列进行比对分析.[结果]从10份新疆梨、2份砂梨及3份云南红梨样品上扩增到预期大小为500 by的ASGV扩增产物.对扩增产物进行克隆和测序,序列分析的结果显示,15个ASGV分离物的CP基因核昔酸及其编码的氨基酸序列相似性分别为88.2;-100;和95.6;-100;,CP基因核苷酸序列构建系统发育树显示,来源于库尔勒香梨分离物KII-3、KII-5、KII-7和新梨7号的分离物XII-5、XII -6,与早期已报道的库尔勒香梨分离物KRL-1及砂梨分离物P-6-1-17亲缘关系较近,聚集成簇.此外,库尔勒香梨的分离物KII-10、KII-14及新粱7号的分离物XII-10与云南红梨上2个分离物YN-2和YN-4聚集成簇,遗传距离较近.[结论]CP基因核昔酸序列系统发育树显示,来源于新获不同品种梨的8个ASGV 分离物及红梨上3个ASGV分离物位于两个不同的组群,存在复杂遗传变异现象.     

枳砧甜橙黄化问题的研究

枳砧嫁接各种柑桔类品种,只有少酸类甜橙发生黄化。不同株系枳的单株嫁接甜橙,黄化程度有明显差异,用茎尖脱毒的暗柳橙接穗嫁接成苗后出现的黄化率反而高于用黄化的改良橙接穗。 在防虫网室中用实生暗柳橙接穗嫁接小叶大花系枳出现7.4％的黄化株和59.2％轻度黄化株,在这些黄化株上嫁接腊斯克枳橙不表现碎叶病症状,因而认为枳砧甜橙黄化系嫁接不亲和引起,与碎叶病毒无关。     

侵染广东黄秋葵的木尔坦棉花曲叶病毒及伴随卫星DNA的分子特征

从广东省表现黄脉曲叶的黄秋葵病株上分离到病毒分离物Okra06,PCR检测结果显示,该病毒属双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus.基因克隆及序列分析结果表明,其基因组仅含A组分(DNA-A),全长为2 737 nt,推导编码6个开放阅读框(Open reading frame,ORF).该组分与木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leafcurl Multan virus,CLCuMV)分离物G6的核苷酸序列相似性最高,为99.7%;二者编码的6个ORF相似性分别为100%、100%、99.6%、99.8%、100%和99.7%.该病毒还伴随有卫星分子β(DNAβ),全长为1 346 nt,推导其互补链上编码1个ORF(C1).该分子与伴随CLCuMV分离物G6 DNAβ的核苷酸序列相似性也最高(99.5%).DNAβ系统进化分析显示,Okra06 DNAβ与CLCuMV-[G6]DNAβ、CLCuMV-[Gx08]DNAβ亲缘关系最近,三者形成一个独立分支;进一步与其他CLCuMV DNAβ和CLCuV DNAβ聚类在一起.这些结果证明,侵染广东黄秋葵的病毒分离物Okra06属于CLCuMV,且该分离物与引起广东朱槿曲叶病的CLCuMV-G6应同属木尔坦棉花曲叶病毒朱槿株系.