适合于全长cDNA文库构建的猪苓菌核及菌丝体总RNA提取方法比较

[目的]筛选出适合于c DNA文库构建的猪苓菌核及菌丝体总RNA的提取方法。[方法]采用Trizol改良法和EASY Spin植物快速提取试剂盒法(简称试剂盒法)对猪苓菌丝及菌核的总RNA进行提取。[结果]经紫外分光光度计对所得总RNA的均一性及1%琼脂糖凝胶电泳对所得总RNA的完整性检测后发现,2种方法均可提出完整的总RNA,试剂盒法相较于Trizol改良法其所提取的总RNA质量和纯度都较好,但Trizol改良法所提取的总RNA产率比较高。[结论]LD-PCR成功合成了猪苓菌核和菌丝体的c DNA产物,呈弥散状分布在1 0005 000 bp和7502 500 bp,满足c DNA建库的要求。     

苹果茎沟病毒RT-PCR检测技术

用苹果的叶片作为材料,研究比较了两种提取苹果总RNA方法的效果,确定了较好的提取方法。根据苹果茎沟病毒外壳蛋白基因设计引物,通过RT-PCR扩增在苹果叶片总RNA样品中获得了524 bp的特异片断,通过对该片段的序列分析与苹果茎沟病毒外壳蛋白基因源序列比较,其同源性高达93%。通过多次重复实验验证,该方法能很好地检测苹果茎沟病毒。     

鱼腥草叶片总RNA提取方法研究

[目的]筛选出适合鱼腥草（Houttuynia cordata）叶片RNA提取的方法。[方法]以鱼腥草叶片为材料,比较了经典RNA提取试剂盒、Trizol试剂盒A、Trizol试剂盒B以及富含多糖类材料RNA提取试剂盒提取鱼腥草RNA的效果。[结果]Trizol试剂盒A、Trizol试剂盒B和经典RNA提取试剂盒难以提取出高质量的RNA,而富含多糖类材料RNA提取试剂盒提出的RNA质量高,完整性好,可以满足进一步分子生物学研究的要求。[结论]普通RNA提取试剂盒难以提取出鱼腥草叶片的RNA。     

陕北地区马铃薯Y病毒的RT-PCR检测及其序列分析

以陕北地区8个县(区)种植2~3代疑似带毒的马铃薯叶片为材料,Trizol法提取马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯Y病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列设计1对特异引物,反转录合成cDNA,RT-PCR扩增目的 DNA片段,1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。回收纯化CP基因片段并进行克隆和测序,采用DNAstar软件分析序列一致性。结果显示,所有马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的、长度为400 bp的目的片段,表明这些马铃薯均感染了Y病毒;陕北8个县(区)马铃薯Y病毒CP基因与国内外其他地区12个样品之间的序列一致性为88.4%~99.8%,表明马铃薯Y病毒的CP基因序列比较保守,不易发生变异。RT-PCR方法可快速、准确地检测马铃薯Y病毒,从而为马铃薯茎尖剥离脱毒生产脱毒种苗(薯)提供依据。     

芍药芽总RNA提取方法的研究

以处于休眠和解除休眠时期的芍药芽为试验材料,采用改良CTAB法、Trizol法和EASYspin Plus植物RNA快速提取试剂盒提取其总RNA,通过核酸蛋白仪、琼脂糖凝胶电泳和RT-PCR检测所提总RNA样品的品质。结果表明,Trizol法没有提取到芍药芽总RNA;EASYspin Plus植物RNA快速提取试剂盒提取的总RNA浓度太低,无法满足下一步试验的要求;改良CTAB法提得的总RNA较完整,条带清晰,品质较优,28S rRNA亮度约是18S rRNA的2倍,且无降解现象。以改良的CTAB法提取的总RNA为模板进行内参Actin扩增,得到的条带清晰,与目的片段大小一致,进一步证明此方法提取的总RNA能够满足后续试验的要求。     

桃不同发育时期叶片总RNA提取方法的比较

为了从桃叶片中提取到高质量的RNA,以进行反转录、RT-PCR等后续分子生物学试验,选取了改良硼砂-CTAB法、改良CTAB法、改良SDS-苯酚法、试剂盒法、Trizol法,以及在试验中探索的改良Trizol法Ⅰ和改良Trizol法Ⅱ对桃不同发育时期的叶片总RNA进行提取,测定RNA样品的OD值,结合琼脂糖凝胶电泳检测总RNA样品的质量。结果表明,这些方法虽然都能获得桃叶片总RNA,但是或存在不同程度的DNA残留,或有蛋白、多糖等杂质污染,或降解严重;而改良的Trizol法提取总RNA的完整性和纯度较好;针对生长期和衰老期叶片的不同生理特性可分别采用改良Trizol法Ⅰ和改良Trizol法Ⅱ,提取的总RNA反转录后,通过RT-PCR检测,条带明亮清晰,与预期目的基因片段大小一致,说明这2种方法提取的总RNA能用于后期的分子生物学试验。     

冬种马铃薯卷叶病田间调查及RT-PCR检测技术研究

对惠州市冬种马铃薯卷叶病发病情况进行调查研究,建立了马铃薯卷叶病毒(PLRV)RT-PCR检测技术。结果表明,马铃薯卷叶病发病率为3.0%～29.7%。比较LiCl、异硫氰酸胍和试剂盒3种方法提取马铃薯卷叶病毒总RNA,以异硫氰酸胍和试剂盒提取效果较好,LiCl次之;根据卷叶病毒外壳蛋白基因序列设计引物,从感染马铃薯卷叶病毒的马铃薯叶片中提取出病毒RNA,合成cDNA并运用RT-PCR技术进行体外扩增,得到一条长度约336bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的外壳蛋白基因大小一致,而健康叶片RNA扩增未得到任何产物。应用RT-PCR技术对马铃薯试管苗和种薯进行了卷叶病毒检测。     

菊花叶片总RNA提取方法的比较研究

以菊花C008的叶片为试材,分别采用CTAB法、Trizol法、改良Trizol法和试剂盒法等进行总RNA提取试验,并对提取质量进行分析比较。结果表明:CTAB法提取的总RNA存在DNA污染。Trizol法提取的总RNA条带复杂,有蛋白等杂质污染。改良Trizol法提取的总RNA条带清晰,但RNA存在降解。试剂盒法提取的总RNA条带清晰,纯度更高,D_(260nm)/D_(280nm)为1.889,浓度为144.000μg/m L,是适于菊花叶片总RNA提取的简单、高效的方法。     

柑橘原生质体总RNA提取方法研究

以悬浮培养的椪柑愈伤组织为材料,通过酶解分离原生质体;采用Trizol法、改良Trizol法、改良CTAB法和TaKaRa RNA提取试剂盒等4种方法提取原生质体的总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计和RT-PCR检测其质量和产量。结果表明:4种方法皆能提取出总RNA,其中Trizol法提取的总RNA有降解现象,其他方法所提取的总RNA完整性较好,且D260nm/D280nm和D260nm/D230nm值都在正常范围内;在产量方面,改良Trizol法提取的总RNA产量最高,106个原生质体达43.06μg,分别是改良CTAB法和TaKaRa RNA提取试剂盒的7.74和4.31倍;RT-PCR验证表明,以改良Trizol法提取的RNA为模板所扩增出的目的条带最清晰明亮,且与目的片段大小一致。因此,改良Trizol法是柑橘原生质体总RNA提取的最佳方法。     

不同提取方法对检测单头白背飞虱携带SRBSDV灵敏度的影响

为找到较好的白背飞虱RNA提取方法用于大规模带毒率检测、SRBSDV的早期监测及科学防控提供参考,采用Trizol试剂盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良异硫氰酸胍法和NaOH粗提法5种方法提取单头白背飞虱的总RNA,进行检测比较其提取速率和稳定性。结果表明:采用Trizol试剂盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良异硫氰酸胍法和NaOH粗提法5种方法提取单头白背飞虱的总RNA浓度分别为113.08ng/μL、222.43ng/μL、57.68ng/μL、102.16ng/μL和31.06ng/μL,改良Trizol法和改良CTAB-LiCl法提取的RNA纯度较高。5种方法提取的RNA均能用于SRBSDV的检测,其中改良Trizol法RT-PCR扩增的灵敏度最高,稀释梯度为10-4,NaOH粗提法灵敏度最差,稀释梯度仅为10-1,其余3种均能达到10-3。改良Trizol法提取的虫体RNA较完整且扩增效果稳定,但试剂价格较昂贵,不适合做大量样品提取;NaOH粗提法的灵敏度虽相对较低,但由于操作简便,经济快速,更适合用于大量样品的检测。     

3种苹果潜隐性病毒一步多重RT-PCR检测体系的优化

为建立更为快速准确的苹果潜隐性病毒检测方法,以携带苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的田间苹果成龄树为试材,设计合成了扩增目的片段为273 bp(ASGV)、358bp(ACLSV)和432 bp(ASPV)的3对特异性引物,并对影响RT-PCR体系的主要参数进行试验优化.结果表明:建立的一步多重RT-PCR体系可以实现对3种主要潜隐性病毒的特异性检测;通过对田间多个样品的检测验证,表明该方法的准确性和灵敏度都很高,并缩短了单个样品的检测时间,极大地提高了工作效率.     

马铃薯Y病毒的RT—PCR检测

通过两种方法提取了烟草病叶中PVY病毒的RNA,然后针对PVY~N的CP基因序列,设计合成了一对特异性引物,运用反转录PCR技术对提取的PVY－RNA进行了体外扩增,结果得到与预期大小相一致的780bp片段,而对照未得到任何产物,从而建立了运用RT－PCR手段检测植物中PVY的又一有效途径,并运用此方法对东北三省部分地区马铃薯种薯中PVY的带毒情况进行了检测。     

RT-PCR和Digoxigenin标记的核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒试验研究

用２对已发表的引物和１对自行设计的引物对同一ＩＢＶＨ１２０株进行ＲＴ－ＰＣＲ，分别获得了Ｓ１基因上与引物设计相一致的１７２０ｂｐ，２２８ｂｐ，６０２ｂｐ，的扩增片段。用自行设计的引物对７个毒株（Ｈ１２０，Ｈ５２，Ｍ４１，Ｃｏｎｎ，Ｇｒａｙ，Ｔ，Ｈｏｌｔｅ）和５个分离株（宜毒，上毒，云毒，ＨＫ，１１８）的含毒尿囊液或纯化病毒进行ＲＴ－ＰＣＲ。结果除Ｈｏｌｔｅ株，２个分离株（宜毒，云毒）外，其余均被成功地扩增出６０２ｂｐ的片段。将ＩＢＶＨ１２０株０６ｋｂＰＣＲ产物用Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记为探针，分别与上述各ＩＢＶ毒株的核酸及其扩增产物进行核酸杂交，均呈现阳性反应，而该探针不与ＩＢＤＶ和ＮＤＶ的ＤＮＡ，ＥＤＳ－７６病毒的ＤＮＡ及正常鸡胚尿囊液抽提物反应。ＲＴ－ＰＣＲ和核酸杂交技术提供了直接从尿囊液中快速检测出病毒，作为诊断ＩＢＶ的新方法。     

RT-PCR检测CPIV方法的建立与应用

【目的】建立CPIV的RT-PCR检测方法。【方法】从临床上疑似犬副流感(CPI)的犬鼻腔分泌物中提取CPIV总RNA。根据Genebank中收录的CPIV(序列号AY581307)中NP基因保守序列,设计一对特异性引物,扩增出667 bp片段,以此建立CPIV的RT-PCR检测方法。【结果】特异性试验表明该引物不能扩增犬其它常见的传染病病毒基因。敏感性试验表明该引物能检测到10~(-6)的CPIV总RNA量。重复性试验表明该引物具有良好的稳定性和重复性。对临床采集的32份样品进行RT-PCR检测时,阳性率为53.12%。【结论】实验建立了CPI的RT-PCR检测方法,可适合于临床CPIV的早期快速诊断和小规模的分子流行病学调查。     

猪乙型脑炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据猪乙型脑炎病毒(JEV)基因序列,设计合成了一对引物,以JEV疫苗株为模板,建立了检测JEV的RT PCR方法。应用该方法对JEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为430 bp的特异性目的片段;RT PCR产物测序结果与文献报道的JEV不同毒株的序列同源性达到98%~100%;敏感性测定该RT PCR可扩增到10 pg的JEV-RNA。结果表明,建立的RT PCR方法对JEV的检测敏感性高、特异性强。     

RT-PCR方法检测烟草环斑病毒的研究

 根据烟草环斑病毒（TRSV）外壳蛋白基因非编序列设计的引物P1,P2,用感病及健康组织总RNA为模板,进行cDNA 合成和PCR试验,感病组织中扩增出了600 bp的目的片段,而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件,建立了RT-PCR检测烟草环斑病毒（TRSV）的方法。     

一步法复合RT-PCR鉴别ND强毒与AI病毒的研究

根据新城疫病毒（NDV）融合蛋白和禽流感病毒（AIV）核蛋白的核酸序列设计2对引物,对NDV和AIV的特异扩增片段分别为156bp和219bp,建立了同时检测强毒力NDV和AIV核酸的一步法复合RT—PCR。试验中未能检出弱毒力NDV,IBV,IBDV,REV,REOV及SPF鸡肌肉组织的RNA,从不同年代分离的16个NDV强毒株全为阳性而NDV弱毒株全为阴性。经验证,复合引物与单一引物的扩增效率一致,能够检出NDV和H;亚型AIV的最低病毒量分别为10^3.7EID。和10^3.9EID50。试验结果表明,此次建立的一步法复合RT—PCR特异、敏感,适用于强毒力NDV和AIV．感染的快速鉴别。     

犬瘟热病毒反转录—聚合酶链反应检测方法的建立及初步应用

根据 Gen Bank中 Barrett报道的犬瘟热病毒弱毒株 Onderstepoort的血凝蛋白基因序列 ,设计合成了一对能扩增 76 0 bp基因片段的引物。用异硫氰酸胍 -酚 -仿一步抽提法提取细胞总 RNA进行反转录 ,再以此产物为模板进行 PCR扩增 ,筛选出最佳扩增条件。结果以此对引物进行 PCR扩增能得到与设计片段大小相同的产物 ,并且不扩增犬细小病毒、犬 I型腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒的核酸。敏感性试验证实 ,此法能扩增出稀释 1 0 0 0倍的 CDV强毒细胞培养物 ( 1 0 5 .1 TCID5 0 /0 .1 ml)的反转录产物 ,其敏感性远高于电镜负染和荧光抗体染色法。经初步应用表明 ,此法可用于犬瘟热的临床诊断和实验研究。     

小鼠肝炎病毒RT-PCR检测方法的研究

用4株小鼠肝炎病毒(MHV1,MHV3,A59,JHM)分别感染DBT细胞,收获病毒,提取病毒RNA。根据病毒基因的特异性保守序列设计引物,在最佳务件下进行RT—PCR,建立了RT—PCR检测方法,即两步法和一步法,分别扩增出600bp,375bp的特异性核酸片段,其中,一步法检测MHV更快速、简便。     

用RT—PCR法对猪瘟病毒检测的研究

用异硫氰酸胍-酚-仿一步抽提法提取病料细胞总RNA并进行反转录，再以此产物为模板对CSFV可疑病料进行了PCR扩增。结果用CSFV特异性引物扩增能得到与设计片段大小相同的产物(272bp)，并且不扩增猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒的核酸；其敏感性要高于猪瘟荧光抗体染色法、猪瘟强弱毒酶标单克隆抗体染色法和电镜负染法，为临床上猪瘟的诊断提供了一个快速、有效的诊断方法。