鸡传染性喉气管炎病毒烟台株gB基因的序列测定及其结构功能分析

研究以鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)烟台株为模板,PCR扩增出1条约2.7kb的gB基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列测定显示,gB基因长2622bp,包含完整的阅读框架。序列比较分析发现,烟台株和王岗株、河北株的gB基因核苷酸序列与SA2株的相比均在第89位上缺失1个碱基G,而在第102位核苷酸处插入1个碱基A,从而引起氨基酸序列中第29～32位5个氨基酸的移码突变。烟台株还有另外7个碱基发生突变,使得其gB基因与河北株、王岗株、疫苗株的gB基因核苷酸同源性分别为99.8%、SA299.7%和99.6%,氨基酸的同源性分别为99.4%、99.4%、98.9%,表明不同ILTV毒株之间gB基因是非常保守的。     

荧光定量PCR技术检测PRRS变异病毒的研究

为了能准确、快速的检测nsp2基因缺失的猪繁殖与呼吸系统综合征变异病毒(PRRSV),在nsp2基因核苷酸序列上设计了一条上游引物(nsp2-1)和两条下游引物(nsp2-2,nsp2-3),其中一条下游引物(nsp2-2)设计在缺失碱基序列区域。通过条件优化建立了区分经典株和高致病性nsp2基因缺失株的PCR方法;并将最优化条件运用于SYBR Green荧光定量PCR实验,建立了根据融解曲线鉴别nsp2缺失变异株的荧光定量PCR方法,可检出3～6个基因拷贝。     

海兰鸡内源性白血病病毒位点序列鉴定与分析

鉴定和比较海兰鸡基因组中内源性禽白血病病毒(ALV)位点。使用超嗜热古菌Thermococcus sp.4557来源重组表达的Pol B DNA聚合酶,通过一次PCR反应从海兰鸡的基因组DNA中扩增到了包括gag、pol、env基因部分片段及3′-LTR的内源性ALV位点,将其命名为HL-E1。序列比较表明,其env基因与E亚群内源性ALV高度同源;与完整的ALV基因组相比,其gag、pol、env三个主要功能基因分别缺失了93、1 960和805个碱基。海兰鸡基因组中存在4 663bp的缺陷型ALV基因组片段,其env基因和LTR都与鸡基因组上经典的ev1位点的相应基因有96.8%和97.4%的相似性,表明这是整合进海兰鸡染色体基因组中的一个内源性E亚群ALV片段构成的ev位点,这是又一个ev位点的全序列报道。     

绵羊肺腺瘤PCR诊断方法的建立及应用

利用特异性PCR方法实现对绵羊肺腺瘤病毒(OPAV)快速精确诊断和病毒类型的分析.参照GenBank中公布的外源性绵羊肺腺瘤病毒基因序列,针对病毒env基因YXXM基序设计了特异性PCR引物,建立了特异性PCR检测方法.成功扩增出病毒囊膜基因(env)多变区序列片段(ST)通过序列比对确定病毒类型.此方法操作简便,可用...     

J亚群禽白血病病毒GD14A8株分离鉴定及遗传进化分析

为了解J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的流行和变异情况,本研究利用ALV-p27群特异性抗原检测、PCR鉴定、病毒分离和全基因组测序分析等方法,从广东某鸡场分离鉴定出1株ALV-J,命名为GD14A8。全基因组序列分析表明,GD14A8分离株的gag、pol、env基因和LTR相对保守,而3′UTR变异较大,与ALV-J参考毒株序列同源性仅为82.5%~92.5%,其中rTM和E元件呈现大量碱基缺失,U3区出现与血管瘤分离株NHH和SCDY1类似的11个碱基缺失,可能与血管瘤形成相关。遗传进化分析表明,GD14A8分离株与我国鸡源ALV-J血管瘤分离株SCDY1亲缘关系最近。本研究为分析黄羽肉鸡源ALV-J毒株的分子特征提供了重要的数据资料,为深入了解广东地区ALV-J的变异趋势提供参考。     

黄羽父母代种鸡混合感染禽白血病病毒与马立克病病毒的鉴定

广西某养殖场130日龄父母代种鸡发生临床肿瘤样病变和死亡,对病鸡采用病理解剖、组织病理学观察、PCR检测、病毒分离以及分离株重要基因的序列测定和病原鉴定。结果显示:病鸡的心脏、肝脏、脾脏等部位表现有肿瘤样病变; PCR检测及病毒分离培养有J亚群禽白血病病毒(avian leukosis virus subgroup J,ALV-J)和马立克病病毒(Marek's disease virus,MDV)的感染; ALV-J分离株env基因的序列与10株ALV-J参考株的核苷酸相似性为87. 2%～97. 7%,与ALV A-E亚型参考株的相似性为53. 5%～54. 7%;与ALV-J英国原型株HPRS-103的env基因糖基化位点进行分析比较,部分糖基化位点发生了改变; MDV分离株meq基因序列与8株MDV参考株的核苷酸相似性为98. 7%～99. 4%,分离株在第71～80位氨基酸发生突变,符合国内强毒分离株的特征。结果说明:该鸡群为ALV-J和MDV的混合感染。     

鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)王岗株糖蛋白gB基因序列比较分析

根据已经发表的鸡传染性喉气管炎病毒（ILTV）SA2的株的gB基因序列,设计了1对引物,通过PCR扩增了ILTV王岗株的gB基因,并克隆到pUC119质粒的EcoR I位点中,经酶切鉴定证实后,进行了序列测定。结果表明,gB基因长2619bp,包含完整的阅读框架。序列比较分析表明,ILTV王岗株的gB基因核苷酸序列与英国的Throne 882和美国的6322个强毒株的gB基因序列完全一致,而与澳大利亚SA2疫苗株gB基因核苷酸同一性为99.8%,氨基酸的同一性为98.4%。与澳大利亚SA2疫苗株gB基因核苷酸和氨基酸序列比较发现,ILTV3个强毒株（王岗株,Throne 882株和632株)gB基因的核苷酸序列在第89位上均缺失1个碱基G,而在第102位核苷酸处又插入了1个碱基A,从而引起了在氨基酸序列中第29～32位5个氨基酸的移码突变。此变异是否与病毒的毒力有关尚待进一步研究。     

绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜基因的定向克隆与融合表达

根据绵羊肺腺瘤病毒(SJRV)NM株基因组全序列，设计了1对包含囊膜(env)基因在内的引物，并在5′端分别设计了HindⅢ和BnmHⅠ酶切位点，利用PCR技术扩增env基因，通过连接反应将其克隆于pET-30b表达载体上。序列分析表明，env基因全长1836bp，编码612个氨基酸残基；构建表达重组质粒env—pET—30b，转化大肠埃希氏菌BL21，经IPTG于37℃诱导培养，SDS—PAGE电泳分析表明，表达的env基因融合蛋白分子质量约为69ku。     

山羊关节炎-脑炎病毒甘肃株env基因的克隆和序列分析

本试验参考GenBank上发表的CAEV-63株的env基因核苷酸序列设计一对引物，以CAEV甘肃株前病毒DNA为模板，PCR扩增产物约2．9kb，与预期的目的片段大小一致。回收目的基因片段并将其克隆到pMD18-T载体上，经PCR及酶切鉴定阳性的重组质粒测序，结果表明所扩增2893个核苷酸片段含有CAEV囊膜基因的全序列，编码964个氨基酸。核苷酸和氨基酸序列分析显示，CAEV甘肃株env基因与CAEV-63美国株的env基固核苷酸和氨基酸的同源性分别为99．0％和98．1％。     

山羊痘病毒SS株5个ANK基因缺失的重组病毒构建

为研究锚定蛋白基因(Ankyrin,ANK)对山羊痘病毒的影响,试验采用融合PCR和Overlap PCR技术扩增山羊痘病毒SS株5个ANK基因(ANK010、ANK138、ANK140、ANK141.2和ANK145)两端侧翼序列和绿色荧光蛋白(GFP)基因,并将其产物连接Trans1-T 1载体构建ANK缺失的转移载体,经过菌液PCR以及质粒双酶切鉴定,阳性重组质粒用Lip 2000转染至已经感染羊痘病毒SS株的羊睾丸原代细胞,依报告基因GFP的表达情况在荧光显微镜下筛选目的基因缺失的重组病毒,同时设立不感染病毒的对照。结果表明:通过融合PCR方法成功扩增山羊痘病毒SS株ANK基因010和138的两端侧翼序列及GFP基因片段,大小约1200 bp;通过Overlap PCR方法成功得到ANK基因140、141.2和145基因的侧翼及GFP基因片段,大小约900 bp,与理论相符。研究成功构建了基因缺失转移载体,将其转染感染SS病毒的细胞中,5个ANK基因缺失的表达载体均可见绿色荧光斑点,说明得到各自基因缺失的重组羊痘病毒。     

2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。     

表达猪瘟病毒E2蛋白重组猪繁殖与呼吸道综合征病毒的研究

为构建表达猪瘟病毒(CSFV)E2蛋白重组猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV),本研究首先利用高致病性PRRSV弱毒疫苗HuN4-F112株的感染性分子克隆作为平台,构建了一个在nsp2区有缺失的感染性分子克隆,命名为pHuN4-F112-△480-620。以pHuN4-F112-△480-620作为载体,采用突变PCR的方法将CSFV的主要保护性抗原E2基因1 bp～9 99 bp,1 bp～600 bp,1 bp～330 bp及256 bp～330 bp基因片段分别插到nsp2中aa 480～aa 620位氨基酸缺失编码区域。结果显示,插入完整E2基因或较大E2基因片段的重组PRRSV cDNA质粒均未能拯救出病毒,只有插入较小的E2基因片段(256 bp～330 bp)的重组病毒cDNA质粒成功地拯救出了重组病毒rPRRSV-F112-E2(256-330),拯救的病毒能够在MARC-145细胞上引起明显的细胞病变,而且生长速度明显高于其亲本病毒,间接荧光检测表明该重组病毒能够表达外源基因。     

鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。     

Cloning and Genetic Variation Analysis of NSP2 Gene of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Guizhou Strain GZ-R

In order to investigate the genetic variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain GZ-R and the characteristics of NSP2 gene,in this study,two specific primers were designed based on NSP2 gene for nested RT-PCR,cloning and sequence analysis of the target gene.The results showed that the second round of nested PCR not only amplified the expected band of about 3 000 bp,but also amplified another band of 1 200 bp.The two DNA fragments were cloned into the pMD19-T vector,and two fragments were obtained by sequencing.The large fragment was 2 980 bp long and named as GZR-NSP2-L.The small fragment was 1 131 bp long and named as GZR-NSP2-S.The homology comparison results of the two fragments showed that GZR-NSP2-S had GZR-NSP2-L N-terminal nucleotide 1-945 and C-terminal 2 795-2 980 nucleotide,and lack of nucleotide between bits 946-2 794 in GZR-NSP2-L.The nucleotide homology of GZR-NSP2-L with VR-2332 strain and Lelystad virus strain was 81.2% and 48.6%.The results of homology comparison of encoded amino acids were consistent with the results of nucleotide homology,revealing that the PRRSV GZ-R strain belonged to the American-type strain.Comparison of amino acid deletion sites revealed that GZ-R NSP2 had 30 discontinuous amino acid deletions at positions 481 and 533-561.The deletion sites were consistent with PRRSV highly pathogenic strains.In summary,the PRRSV GZ-R strain could be identified as American-type highly pathogenic strain.The experimental results could provide some references for further exploring the epidemic trend of PRRSV in Guizhou province and the mechanism of NSP2 in PRRSV replication.     

口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析

本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV) Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础.从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定.结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099 bp;5'NCR长1040 bp,开放阅读框长6966 bp;3'NCR长93 bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构.通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30 bp的缺失.另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ 4个毒株为同一基因型.     

表达FAdV-8b Fiber蛋白重组FAdV-4的构建与鉴定

为了构建能够同时防控鸡肝炎-心包积液综合征(HHS)和包涵体肝炎(IBH)的新型疫苗,本研究利用禽腺病毒4型(FAdV-4)中国流行株CH/HNJZ/2015的反向遗传操作技术,将禽腺病毒8b型(FAdV-8b)中国流行株的全长Fiber基因插入至FAdV-4基因组中1966 bp自然缺失区,构建感染性克隆并拯救出重组...     

伪狂犬病毒Sa株gI-/gE-/YFP+基因缺失载体构建及突变株筛选

根据伪狂犬病病毒SA株的gI和gE基因序列,设计两对引物,缺失掉gE基因5’端738bp,在克隆测序的基础上,采用酶切方法构建了含部分gE基因的转移载体pBgIE,同时将pBLYFP载体上含CMV启动子、多克隆位点、黄色荧光蛋白(YFP)基因和polyA尾巴的表达盒双酶切后插入到缺失位置,构建转移载体,命名为pBgIE-YFP,为下一步开发以伪狂犬病病毒为载体的基因工程疫苗提供了基础。