广西狂犬病野毒株N和G基因的克隆与序列分析

从广西南宁、隆安和巴马分离到三株狂犬病病毒野毒株,分别编号为GXN119、GXLA和GXBM。对三株的N基因和GXN119、GXBM株的G基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。将测序所得结果和收集到的国内外已发表毒株相应基因进行了核苷酸和推定氨基酸的序列进行比较分析。三株野毒之间N基因的核苷酸同源性分别为:89.1%(GXN119/GXBM)、89.7%(GXN119/GXLA)和89.4%(GXLA/GXBM),G基因的核苷酸同源性为86.7%(GXN119/GXBM)。比较N基因推导氨基酸序列同源性,分别为:97.8%(GXN119/GXBM)、97.8%(GXN119/GXLA)和99.1%(GXLA/GXBM),表明N基因同义变异较多。将两株野毒株GXN119、GXBM与人用疫苗3aG株和兽用疫苗ERA株的G基因进行了核苷酸序列比较,同源性介于82.7%～84.0%之间,推定氨基酸同源性在88.0%～91.6%之间。N蛋白的第40位Ser和106位Asp显示了广西狂犬病流行病学的区域特异性。     

绵羊伪狂犬病病毒的分离鉴定及其gD基因序列分析

本研究以1例疑似绵羊伪狂犬病病例为研究对象,进行了病毒分离鉴定及其g D基因分析。将病料接种BHK-21细胞,细胞出现病变,经间接免疫荧光和荧光定量PCR检测结果证实,所分离的病毒为伪狂犬病病毒,将其命名为SH1311毒株。在电镜下观察病毒,病毒粒子呈球形,囊膜表面有大量纤突。对分离株g D基因进行PCR扩增、测序和序列分析,并与国内外伪狂犬病病毒株的同源性进行比较发现,该分离株与2012年以来上海市分离的猪PRV毒株g D基因的同源性最高,为99.8%~100%,而与2010年上海市流行毒株相比,同源性只有80.5%。构建的g D基因进化树显示,SH1311分离株与上海市2012~2015年间分离的7株猪伪狂犬病病毒以及国内JS-2012、HNB、HN1201、HLJ8、BJ/RD、ZJ01毒株属于同一个进化分支,亲缘关系最近,与欧美以及韩国的流行毒株都处在不同的分支上。     

吉林鹿源狂犬病病毒野毒株磷蛋白基因的测序及分析比较

通过对狂犬病病毒鹿源野毒株(DRV)总RNA的提取,用RT-PCR方法扩增磷(N S)蛋白基因并与T载体连接、克隆,将其转化到大肠杆菌JM109细胞中,测定N S蛋白基因的序列,与其他已经发表的国际标准株、疫苗株等进行比较,分析其氨基酸的同源性和N S蛋白的分子生物学功能,为狂犬病病毒野毒株全基因序列的测定奠定基础。     

重组伪狂犬病病毒介导的siRNA对高致病性PRRSV N蛋白基因表达的抑制作用

构建表达HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因的siRNA重组伪狂犬病病毒3株,将其感染PK-15细胞,在细胞水平上评价重组伪狂犬病病毒介导的siRNA对N蛋白表达的抑制效果.PCR扩增带CMV-siRNA-poly(A)片段和新霉素基因,通过酶切将CMV-siRNA-poly(A)片段和新霉素基因分别插入伪狂犬病病毒转移载体pUSKBH中,构建重组伪狂犬病病毒通用转移载体pUsiRNA.分别用BamH Ⅰ和HindⅢ酶切pUsiRNA,回收后与HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因的3个siRNA分子连接,构建表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒表达载体.将鉴定正确的重组伪狂犬病病毒表达载体与伪狂犬病病毒DNA共转染PK-15细胞,经同源重组及噬斑纯化获得表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒株,应用PCR及Southern blot鉴定重组病毒.将HN1株N蛋白基因的真核表达质粒pAcGFP1-N转染PK-15,经筛选获得稳定表达N蛋白基因的细胞.将鉴定正确的表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒接种于稳定表达N蛋白基因的细胞,利用绿色荧光蛋白基因及半定量RT-PCR检测重组伪狂犬病病毒介导的N蛋白基因siRNA对N蛋白表达的抑制效果.结果显示,PCR扩增到的CMV-siR-NA-poly(A)片段约为0.7kb,新霉素基因约1.5kb.经酶切、PCR及测序鉴定,构建了表达siRNA的通用伪狂犬病病毒转移载体pUsiRNA.经PCR及Southern blot检测,获得了3株表达HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒gG-/siRNAN1、gG-/siRNAN2和gG-/siRNAN3;经荧光显微镜观察和半定量RT-PCR检测表明,重组伪狂犬病病毒介导的N蛋白基因siRNA能够显著抑制N蛋白在PK-15细胞中表达,其中gG-/siR-NAN2抑制效果最好.这为深入研究N蛋白基因siRNA抑制HP-PRRSV复制奠定基础,并为HP-PRRSV的防制提供新的思路.     

一起绵羊伪狂犬病的发生及病毒gE基因的序列变异分析

为了确诊一起绵羊伪狂犬病的发生,采集送检病羊的皮肤、脾脏、淋巴结、脑等组织器官进行实验室病毒分离和PCR检测。结果显示,病料中扩增出了伪狂犬病病毒的特异性g E基因片段。结合流行病学调查、病理剖检和实验室诊断,确定引起此次疫情的病原为伪狂犬病病毒。为了进一步了解此次疫情中PRV g E基因的分子特征,特对PCR扩增产物进行了连接、转化和测序分析。遗传进化分析表明,该分离株与亚洲各分离株处于同一分支,基因同源性高达98.4%-99.4%,与欧洲、美洲分离株同源性相对较远,分别为97.0%-97.2%、97.2%-97.3%;g E蛋白氨基酸序列分析显示,该分离株在g E蛋白的第48位和第492位各存在1个天冬氨酸的插入,与我国当前流行的伪狂犬变异株相同,同时在当前猪伪狂犬病病毒变异株基础上又出现了新氨基酸位点的变异,如L49P、P160T、V406G、G445R,其分子生物学特性有待进一步的研究。本文通过综合诊断确定该病由伪狂犬病病毒引起,为我国绵羊伪狂犬病的流行病学分析及防控提供了重要的理论依据。     

广西陆川某猪场猪伪狂犬病病毒的分离鉴定及gE基因的分析

为了确诊猪伪狂犬病病毒(PRV)的感染,探讨目前广西猪群中流行的PRVgE基因的变异特征,为更好地防控猪伪狂犬病(PR)提供参考依据,本研究采集了广西陆川某猪场保育猪群发生呼吸道症状的肺脏组织,并用Vero细胞进行病毒分离,应用PCR方法对分离株的gE基因进行克隆和测序,根据测序结果证实分离到1个PRV毒株,命名为GXLC1。分离株在Vero细胞上增殖,细胞出现典型的病变;GXLC1株gE基因与GenBank上20株国内外具有代表性参考毒株的核苷酸序列同源性为97.1%~99.4%,氨基酸同源性为94.3%~99.6%;gE基因的遗传进化分析显示,GXLC1株与2012年的国内流行毒株亲缘关系较近,与欧美分离株亲缘关系较远;氨基酸序列分析显示,GXLC1株gE蛋白主要抗原表位区较之国内经典强毒株有3个氨基酸位点的变异,可能导致gE抗原性发生改变。本研究将分离到的1个PRV毒株进行了gE基因的分析,发现GXLC1株为近年来流行的变异株,gE蛋白在抗原表位区上有3个氨基酸位点的变异,这是否会影响GXLC1株毒力和抗原性的变化,还有待进一步研究;对gE基因变异特征的分析和病毒的分离为进一步丰富广西PRV的分子流行病学和疫苗的研制提供参考依据和重要材料。     

伪狂犬病病毒FJSW的分离鉴定及gG基因序列分析

从福建省某规模化猪场的患猪中分离到一株疑似猪伪狂犬病病毒,命名为FJSW株,对其进行PCR鉴定、gG基因测序等鉴定,并与GenBank上发表的国内外毒株进行序列分析和遗传进化分析。结果显示,病毒经Vero细胞培养可产生典型细胞病变。该毒株gG基因核苷酸序列与国内分离毒株的同源性为99.7%~100.0%,与国外分离毒株核苷酸同源性为98.9%~99.1%。遗传进化分析表明,FJSW株与国内2012年以来新分离的流行毒株属于同一分支,与国外分离的毒株亲缘关系较远。鉴定结果表明,分离株FJSW是一株伪狂犬病变异毒株。     

犬瘟热病毒贵州分离株N基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株N蛋白基因序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的N基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株N基因的ORF全长1572 bp,其编码氨基酸序列与国外Shuskiy株和01-2689株的同源性分别为98.9%和97.1%,与部分国内分离株同源性在95%以上,说明N蛋白是保守性较强的结构蛋白。     

山羊源伪狂犬病病毒的分离与鉴定

为确诊一例发病山羊是否感染伪狂犬病病毒,采集发病羊体的肺脏和脑组织进行伪狂犬病病毒gE基因PCR检测,并将病料接种至PK-15细胞分离病毒,以及进行小鼠感染试验和gD基因分析。结果表明,PCR检测结果 PRV阳性,病料接种PK-15细胞24h后,细胞开始出现细胞病变;将病毒感染小鼠,36h后小鼠出现局部奇痒、死亡;gD基因序列分析发现,分离毒株与GenBank中的PRV gD基因序列同源性均在98%以上,氨基酸同源性在99%以上;在分离毒株gD基因的808bp~837bp位置上存在缺失与变异、高变重复区。本研究成功分离获得一株羊源伪狂犬病毒,为云南省羊伪狂犬病防控和基础研究提供资料。     

猪细小病毒自然弱毒N株结构蛋白VP1基因的扩增及序列分析

设计两对引物,对广西分离的猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)结构蛋白VP1基因进行分段PCR扩增与测序,并与中国湖北、四川及加拿大、西班牙等地PPV毒株的VP1基因进行对比分析。结果表明这些毒株的VP1基因变异很小,发现存在有6个核苷酸高变位点。PPV-N株与加拿大NADL-2株的VP1基因的同源性最高,它们的核苷酸序列、推导的氨基酸序列的同源性分别为99.9%、99.6%,这为判断PPV-N株和NADL-2株均同属PPV弱毒株提供了分子生物学依据。     

一株H9N2亚型禽流感病毒分离株的生物学特性研究及其全基因组序列分析

本试验对1株2010年从广东省分离的H9N2亚型禽流感病毒A/chicken/Guangdong/QY/2010(H9N2)的生物学特性进行研究并对其全基因组序列进行分析。结果显示,该毒株的鸡胚半数感染量 EID₅₀为10^－9/0.1 mL,鸡胚最小致死量的平均死亡时间MDT为104 h,脑内致病指数ICPI值为0.51,静脉致病指数IVPI为0。用RT-PCR方法扩增病毒的基因组各片段,将扩增片段进行克隆、测序并进行序列分析。结果显示,该毒株的HA基因与Ck/HK/G9/97和Dk/HK/Y280/97在同一分支上,HA的裂解位点为PARSSR↓GLF,有8个潜在糖基化位点,226位氨基酸残基为L,较保守的202位受体结合位点由L突变为P,该毒株的HA和NA核苷酸序列与Dk/HK/Y280/97同源性较高,NS、PA、PB1的核苷酸序列均与Ck/SH/F/98同源性较高,NP基因与A/VN/ 1203/04(H5N1)的核苷酸序列同源性为95.3%。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对3株H5N1亚型高致病性禽流感病毒新疆株的NA基因进行了扩增,分别得到了3个毒株的NA基因,序列分析表明,3个毒株NA的全长核苷酸序列均为1 380 bp.同源性分析表明,3个分离株之间的核苷酸同源性在95.1%～97.9%之间;与来自青海、浙江、广东、东南亚等不同地区水禽禽流感病毒毒株的同源性为90.3%～98.8%;与分离自香港、浙江、越南等地区的流感病毒同源性为86.7%～97.9%.     

基于N基因的小反刍兽疫病毒贵州流行株分子特征与分群研究

为探讨小反刍兽疫病毒（peste des petits ruminants virus,PPRV）贵州流行株N基因分子特征和分群,试验设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对小反刍兽疫（peste des petits ruminants,PPR）临床样本进行N基因扩增,克隆至pMD19-T载体,对阳性重组质粒进行测序,应用DANStar软件对测序序列和参考序列进行核苷酸同源性、氨基酸同源性、变异位点及系统进化树分析。结果显示：PPRV贵州流行株N基因扩增长度为1 578 bp,其相互间核苷酸、氨基酸同源性分别为99.6%~100.0%及99.2%~100.0%,与国内参考株N基因的核苷酸序列（97.7%~99.9%）及氨基酸序列（98.3%~100.0%）同源性较国外参考株（88.5%~97.7%和92.2%~98.5%）高;PPRV贵州流行株N基因编码的氨基酸同疫苗株Nigeria 75-1相比存在26个位点突变,但没有氨基酸的缺失或增加;基于N基因系统进化分析显示,PPRV贵州流行株同国内参考株处于同一个进化分支,但与国外参考株处于不同进化分支;其属于病毒进化的Ⅳ基因群,与国内参考株处于同一系统分群,但与疫苗株Nigeria 75-1（Ⅰ基因群）处于不同基因群。     

禽流感病毒分离株A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)HA基因序列分析

采用RT_PCR技术,以A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)RNA为模板,扩增了1.73kb 的HA 全基因cDNA。将HAcDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的1728 个核苷酸片段包含了完整的HA基因的开放阅读框架和上下游引物序列、蛋白质合成的起始密码子和终止密码子。核苷酸序列比较分析结果表明:A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1) 与A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)有11 个核苷酸差异,同源率99.4% ;与A/HongKong/156/97(H5N1) 有25 个核苷酸差异,同源率98.6 % ;与A/Chicken/HongKong/258/97 (H5N1) 有30 个核苷酸差异,同源率98.3% ;它们的氨基酸序列同源率依次分别为99 .2 % 、98.6% 和98.1% 。受体结合位点的氨基酸序列完全一致;HA裂解位点氨基酸序列也完全一致,各有5 个碱性氨基酸插入。这说明上述4 个流感病毒分离株可能来自同一个祖先,具有相同的毒力和相似的生物学特性。     

1株猫杯状病毒的分离鉴定及其ORF2序列的遗传演化分析

为了解猫杯状病毒形态特征及遗传演化情况,采用F81细胞从患病宠物猫的鼻拭子样品中分离获得1株猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV),命名为SH1。经电镜观察,病毒粒子呈球形,无囊膜,符合FCV的形态特征。采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和衣壳蛋白基因(ORF2)序列的分析。结果显示:分离株与国内外参考株的ORF2序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~79.7%和84.5%~90.9%;ORF2基因的遗传演化分析显示,30株FCV毒株形成两大分支,即基因群Ⅰ和Ⅱ,分离株属于基因群Ⅰ;进一步分析发现,基因群Ⅰ和Ⅱ主要在377、539和557氨基酸位点存在差异,基因群Ⅰ和Ⅱ分别为N、A、G和K、V、S。研究结果为FCV感染的防控提供科学依据。     

TGEV的sM、M和N基因克隆及特征分析

参照(3enBank中收录的TGEV sM、M和N基因序列各设计1对特异引物，经RT-PCR扩增获得了TS株的相应基因片段，分别约为346、932和1217bp，其大小与预计的目的片段相符。与其他毒株的相应基因相比较，并经剪接后，TS株的sM、M和N基因全长分别为248、789和1149bp，各编码82个、262个和382个氨基酸；TS株与Purdue株、TF1株和96-1933株的sM基因核苷酸序列同源性分别为95．2％、92．7％和90．2％；推导氨基酸的同源性分别为95．9％、97．2％、98．8％；与Purdue株、TFl株、TGEVH株和96-1933株的M基因核苷酸序列同源性分别为95．2％、98．0％、99．6％和95．0％；推导氨基酸的同源性分别为97．0％、97．3％、98．5％、93．5％；与Purdue株、TF1株、FS722／70株、Korea株、TO14株、TC；EVH株和96-1933株的N基因核苷酸序列同源性分别为98．1％、97．7％、99．0％、98．3％、99．2％、99．0％和95．9％，推导氨基酸的同源性分别为97．9％、98．4％、99．0％、97．7％、99．5％、96．2％、96．6％。并对TS株基因间的保守序列和sM、M和N基因及其编码的相应氨基酸的结构特征进行了分析，发现sM和N基因在TGEV中保守；并提示在我国不仅存在有2个不同亚基因型的TGEV，而且我国的TGEV可能是输入性的。     

犬瘟热病毒山东株的分离及N蛋白基因的克隆与序列分析

本试验采用Vero细胞从临床疑似患犬瘟热的犬组织病料中分离出一株病毒,通过观察细胞病变,提取细胞培养物RNA并扩增克隆分析N蛋白基因部分序列进行了鉴定。结果表明,该毒株接种于Vero细胞后,出现了典型的细胞病变;对接种病料后的Vero细胞培养物提取总RNA进行RT-PCR扩增,得到了287 bp的目的片段;序列分析表明该分离株与犬瘟热病毒弱毒(Onderstepoort和Snyder Hill)的同源性为95.5%~96.9%,与标准强毒株(A75/17和2544/Han95)及野毒株(XJ-4、ZJ7、98-2646等)的同源性较高,为97.2%~99.0%,证明该毒株为犬瘟热病毒野毒株,命名为QD10。     

家蚕核型多角体病毒p35基因的核苷酸序列分析

对家蚕核型多角体病毒苏州株 (BmNPVsu)p35基因的序列分析表明 :BmNPVsup35编码序列为 897nt,编码 2 98aa。同源性分析表明 :BmNPVsup35与BmNPVT3、AcNPV、SlNPV在核苷酸水平上同源性分别为 99.5%、95.1 %、89.3% ,在氨基酸水平上的同源性分别为 98.7%、89.4 %、76.4 % ,显示了杆状病毒p35基因在进化上的保守性。BmNPVT3中位的N14 6、S2 0 2 、E2 0 4 、K2 4 4 ,在BmNPVsu中分别被G、N、Q、N取代 ,BmNPVT3中S2 2 2 ,在BmNPVsuP35中发生了缺失。推测BmNPVsuP35蛋白的功能及抑制细胞凋亡的能力与BmNPVT3P35蛋白的相似     

禽流感病毒A/Chicken/Mudanjiang/0823/00(H9N2) 株NS1基因的克隆及序列分析

用PCR方法,成功扩增出国内分离株禽流感病毒H9N2型非结构蛋白(NS1)基因cDNA,并将该片段连接到pMD 18-T载体上,转化TGI感受态细胞,在含氨苄青霉素的LB平板上筛选阳性克隆,提取质粒,经限制性内切酶鉴定,对目的片段进行测序,结果获得了NS1基因全长,约700bp.该片段的核酸序列与已知A/Chick/HongKong/1074/99(H9N2)、A/Chick/HongKong/1073/99(H9N2)毒株序列进行同源性比较,同源性皆为94.37%,氨基酸序列同源性分别为93.91%和93.48%.     

禽流感病毒A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因的克隆及序列分析

根据GenBank公开发表的H9N2型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计1对引物,用RT-PCR方法成功扩增出H9N2型禽流感病毒分离株A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因,凝胶电泳结果显示,扩增产物为1.7 kb的单一条带,与预期结果相符.将PCR扩增片段连接到pCR2.1-T载体上,重组质粒酶切鉴定正确.序列测定分析结果显示,所获序列与GenBank中收录的H9N2亚型分离株核苷酸同源性最高达99%,与原型毒株A/Furkey/Wisconsin/1/1966(H9N2)氨基酸同源性为89%.对HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明,此毒株为低致病力毒株.