鸡约氏乳杆菌的分离鉴定及进化分析

从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。     

基于oppD/F基因的牛支原体贵州株分子生物学鉴定

为了确定疑似牛支原体(Mb)肺炎病例病原种类,试验采用分子克隆技术对牛支原体贵州流行株oppD/F基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明:所合成引物从支原体分离培养物中扩增出大小约为1 912 bp基因片段,与预期oppD/F基因片段的大小相符,其测序序列与Gen Bank数据库中参考株核苷酸同源性为42.6%~99.8%,与标准株核苷酸同源性为99.6%,与从发病动物中分离得到的内蒙株和湖北株同源性最高(均达到99.8%),与其他途径分离得到的参考菌株同源性都很低;系统进化树分析显示,牛支原体贵州分离株与标准参考株在同一进化分支上,与临床易混淆的丝状支原体丝状亚种存在明显差异。说明此次从疑似牛支原体肺炎病例中分离培养的支原体确为牛支原体。     

应用23S rRNA对禽波氏杆菌分离株的进化分析

通过PCR扩增分离保存的8株禽波氏杆菌、3株兔支气管败血波氏杆菌及1株猪支气管败血波氏杆菌菌株的23S rRNA基因的片段(710bp),分别克隆到载体pMD18-T后测序。利用BLAST工具进行同源性搜索;用DNAStar分析软件进行同源核苷酸序列的多重比较分析并构建禽波氏杆菌菌株的系统生物进化树。结果显示,8株禽波氏杆菌核苷酸序列之间同源性为99.2%～99.7%,与GenBank中收录的NC_010645株禽波氏杆菌核苷酸序列同源性为92.4%～92.5%,与兔支气管败血波氏杆菌和猪支气管败血波氏杆菌的核苷酸序列同源性均为98.5%～99.2%。国内分离的禽波氏杆菌菌株和支气管败血波氏杆菌菌株均与国外分离菌株在遗传基因上有一定的差异。结果表明,23S rRNA序列分析可以作为鉴定禽波氏杆菌的一种快速简便的方法。     

猪肺炎支原体西昌分离株16S rRNA和P46部分基因的克隆与序列分析

为了解西昌猪肺炎支原体的遗传变异情况,对西昌市Mhp分离株XC01的16S rRNA和P46基因部分序列进行PCR扩增和序列分析,并构建NJ树。结果显示,XC01的16S rRNA和P46基因片段的长度分别为1 146 bp和1 059 bp,与Mhp参考株的核苷酸序列同源性分别为97.5%～99.8%和98.6%～99.4%;构建的NJ树显示不同地方的Mhp株未形成明显的地理分支。结果表明,Mhp分离株的16S rRNA和P46基因序列高度保守,在遗传演化中未发生太大的变化。研究结果为猪肺炎支原体的分子遗传变异研究和开展分子流行病学调查提供参考依据。     

我国发生Leachii支原体引起的犊牛多发性关节炎

2009年2月～6月我国某奶牛场发生严重的犊牛多发性关节炎,发病犊牛的症状与最早发生于澳大利亚的犊牛Leachii支原体关节炎非常相似。为确定病原,我们无菌采集2份具有典型症状犊牛的关节液样品进行实验室诊断,2份样品中均检测和分离出支原体。将2个分离菌株的16S rRNA基因和LppA基因与参考支原体菌株进行核苷酸序列比对,发现这2株支原体的16S rRNA基因和LppA基因均与Leachii支原体具有最高的核苷酸序列同源性,分别为99.9%和99.6%。结果显示,本研究分离的2株支原体为Leachii支原体,分别命名为GN407和GN408。综合分析发病犊牛的临床病理学观察和关节液样品的实验室诊断结果,我们确定Leachii支原体为该奶牛场犊牛多发性关节炎的病因。     

牛支原体新疆株的分离鉴定

为调查新疆规模化奶牛场病牛死亡原因并确定病原,本研究无菌采集7份肺炎病死牛病变肺组织样,通过牛支原体液体培养基和固体培养基分离到1株支原体,采用形态学观察和生化试验鉴定该分离株,采用支原体特异性引物和牛支原体16S rRNA通用引物扩增基因序列并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的标准株序列进行同源性比对,采用Mega 6.0软件中的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)依据16S rRNA序列构建分离株系统进化树。结果显示,分离株菌落呈典型的"煎蛋样",菌落中心凹陷深入培养基,周边菲薄而透明,经Dienes染液染色后,菌落中心呈深蓝色。该分离株不分解葡萄糖、尿素、不水解精氨酸,血细胞吸附试验和溶血试验均呈阴性,氯化三苯基四氮唑还原反应呈阳性,产生膜和斑。PCR反应扩增出大小为1 911 bp的牛支原体特异性目的片段;分离株16S rRNA基因序列与牛支原体标准株PG45的序列同源性为99.8%,与牛支原体地方株(Mb NM2012、Mb HB0801、Mb Hubei-1、Mb Ningxia-1、Mb CQ-W70和Mb 08M)的同源性为99.3%～99.7%。系统进化树显示,分离株16S rRNA基因与Mb Ningxia-1株和Mb 08M株亲缘关系较近,处于同一分支。本研究结果证实了引起病牛死亡的病原为牛支原体,为新疆牛支原体病的防治提供了科学依据。     

牛支原体新疆株的分离鉴定

为调查新疆规模化奶牛场病牛死亡原因并确定病原,本研究无菌采集7份肺炎病死牛病变肺组织样,通过牛支原体液体培养基和固体培养基分离到1株支原体,采用形态学观察和生化试验鉴定该分离株,采用支原体特异性引物和牛支原体16S rRNA通用引物扩增基因序列并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的标准株序列进行同源性比对,采用Mega 6.0软件中的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)依据16S rRNA序列构建分离株系统进化树。结果显示,分离株菌落呈典型的"煎蛋样",菌落中心凹陷深入培养基,周边菲薄而透明,经Dienes染液染色后,菌落中心呈深蓝色。该分离株不分解葡萄糖、尿素、不水解精氨酸,血细胞吸附试验和溶血试验均呈阴性,氯化三苯基四氮唑还原反应呈阳性,产生膜和斑。PCR反应扩增出大小为1 911 bp的牛支原体特异性目的片段;分离株16S rRNA基因序列与牛支原体标准株PG45的序列同源性为99.8%,与牛支原体地方株(Mb NM2012、Mb HB0801、Mb Hubei-1、Mb Ningxia-1、Mb CQ-W70和Mb 08M)的同源性为99.3%～99.7%。系统进化树显示,分离株16S rRNA基因与Mb Ningxia-1株和Mb 08M株亲缘关系较近,处于同一分支。本研究结果证实了引起病牛死亡的病原为牛支原体,为新疆牛支原体病的防治提供了科学依据。     

奶牛附红细胞体16S rRNA基因的克隆、测序及系统发育进化树的建立

为了从分子水平上证实奶牛附红细胞体的存在及研究其分类学地位,利用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的疑似奶牛附红细胞体进行16S rRNA基因的PCR扩增及克隆测序。结果扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序结果表明:目的片段长度为1 439 bp,其核苷酸序列与国外已发表的牛温氏附红细胞体(E.wenyoni)的16SrRNA基因片段同源性高达97.1%,暂称为中国广西株(E.wenyoniCGX)。系统发育进化树显示:E.wenyoni和其他血营养菌在系统进化关系上组成了一个大的进化分支,与支原体科、支原体属的病原最接近(75%),而与立克次体科的病原较远(55%)。分析结果支持了Nei mark等和Messick等提出的将这类血营养菌划归支原体科、支原体属的建议。     

副猪嗜血杆菌广东流行株的分离鉴定与基因分析

本研究从广东省各个地区送检病料中成功分离鉴定了4株副猪嗜血杆菌,并且针对副猪嗜血杆菌16S rRNA基因特异性进行PCR检测和基因测序同源性分析,通过GenBank联机比对分析,所分离的菌株与国内外菌株16S rRNA序列同源性在98.2%以上,分离菌株之间同源性在99.6%~100%之间,证明了所暴发的菌株是副猪嗜血杆菌。     

牛荚膜血清A型巴氏杆菌病的分子流行病学调查

本研究针对多杀性巴氏杆菌(Pm)特异性基因kmt1,进化保守基因16S rRNA基因,以及荚膜血清型A、B、D、E和F型对应的荚膜生物合成基因hayD-hayC、bcbD、dcbF、ecbJ和fcbD,设计特异性PCR扩增引物,采用PCR方法扩增相应基因和进行序列测定,并对分离菌株进行分子鉴定和同源性分析。结果显示,来自不同地区的分离菌株均含有Pm种特异性基因kmt1、A型荚膜生物合成基因hayD-hayC和16S rRNA基因。不同地区的分离株,kmt1基因的同源性为100%;A型荚膜生物合成基因hayD-hayC同源性大于99.9%;与国外牛源分离株的hayD-hayC基因的同源性大于98%;不同地区分离株的16S rRNA基因的同源性为100%,而与英国牛源分离株Pm338的16S rRNA基因的同源性高达99.93%。这些结果表明,在我国6个省市流行的牛出血性败血症由同一来源的荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌所致,与英国牛源A型分离株Pm338具有共同的进化来源。     

奇异变形杆菌分离株23S rRNA序列分析

通过PCR反应扩增7株鸡奇异变形杆菌和1株兔奇异变形杆菌的23SrRNA基因片段(1045bp),经克隆测序,用DNA Star分析软件将所获得的序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌、普通变形杆菌以及其他相近属的23S rRNA基因序列进行同源性比较,并由此构建奇异变形杆菌系统进化发生树。结果表示,本实验室保存的7株鸡奇异变形杆菌核苷酸序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为99.4%～99.8%,与兔奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,与普通变形杆菌的核苷酸序列同源性为95.4%～96.2%,而与其他相近属同源性只有92.9%～93.4%。结果表明,23S rRNA基因序列分析可以作为鉴定奇异变形杆菌的一种快速、简便的方法。     

副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

从云南某规模化养猪场病猪肺脏分离到1株革兰氏阴性小杆菌,经细菌生化鉴定、PCR鉴定和16S rRNA序列比对鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对四环素、红霉素、氯霉素、头孢噻吩高敏;对庆大霉素、氧氟沙星、诺氟沙星中敏;对磺胺甲唑耐药。16S rRNA分析结果表明,该分离株与GenBank中的Hps参考株AB078973(基因登录号)同源性为100%,将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。16S rRNA遗传进化关系表明,分离株与副猪嗜血杆菌3株血清5型参考株AB078972、AB078973、AB078974的16S rRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性在99.0%~99.4%之间,初步鉴定为血清5型副猪嗜血杆菌,致病性试验结果表明,分离菌株对小白鼠有强致病性,命名为YN-1株。     

牛呼吸道疾病综合征病例的病原分析

本试验旨在查清广西某牛场1起牛呼吸道疾病综合征(BRDC)病例的病原,指导牛场进行疾病防控。采取现场调查、临床症状与病理变化、病原分离鉴定等方法对病例病原进行分析,根据病原药敏试验结果进行治疗。从病例的肺脏组织中分离到1株支原体和1株革兰氏阴性致病杆菌。支原体分离株在PPLO固体培养基上可见典型的"煎蛋样"菌落,PCR扩增出牛支原体oppF基因特异性的448 bp目的片段,其oppF基因序列与美国分离的牛支原体国际标准株PG45的核苷酸序列同源性为98.4%。革兰氏阴性细菌分离株生化特性符合黏质沙雷氏菌特性,其16S rRNA基因PCR扩增出1 400 bp的目的片段,测序结果与GenBank上登录的黏质沙雷氏菌的核苷酸序列同源性达到99.0%,对小鼠具有致病性。牛支原体和黏质沙雷氏菌分离株均对壮观霉素、阿奇霉素、阿米卡星、庆大霉素和新霉素高度敏感,用高敏药物壮观霉素联合地塞米松等相关措施进行治疗,收到良好效果。结果表明,引起这次牛呼吸道疾病综合征的病原为牛支原体和黏质沙雷氏菌。     

山羊呼吸系统疾病病原分析

为了调查广西省某山羊场一起羊呼吸道疾病的病原,本试验采取流行病学调查、临床症状与病理变化观察、病原分离鉴定、生化试验、PCR及致病性试验等方法对病原进行分析,并根据流行病学特点和药敏试验结果进行防控。结果表明,从病死山羊的肺脏组织中分离出MS1和MS2两株革兰氏阴性的致病杆菌,分离培养或PCR检测发现支原体、流感病毒和寄生虫均为阴性。MS1菌株生化特性符合黏质沙雷氏菌,其16S rRNA基因测序结果与GenBank上登录的黏质沙雷氏菌核苷酸序列同源性达到99%以上;MS2菌株生化特性符合大肠杆菌,其16S rRNA基因测序结果与GenBank上登录的大肠杆菌核苷酸序列同源性达到99%以上,两株菌对小白鼠均具有致病性。大肠杆菌和黏质沙雷氏菌均对壮观霉素、阿米卡星、卡那霉素和新霉素高度敏感,用高敏药物卡那霉素联合地塞米松等相关措施进行治疗,收到良好效果。     

新疆塔城地区马梨形虫感染的分子生物学诊断及分析

采用常规血涂片镜检和PCR技术对新疆塔城地区疑似梨形虫感染的病马进行检测。通过18S rRNA基因通用引物扩增出目的基因,克隆测序后,与GenBank公布的梨形虫18S rDNA参考序列对比分析同源性,并构建系统进化树,确定梨形虫的种属。血涂片鉴定结果显示,红细胞中发现圆环形虫体,具有马梨形虫的主要特征。分子生物学鉴定发现,18S rDNA序列与马泰勒虫美国分离株核苷酸序列同源性为98.3%;遗传进化分析发现,该虫株与已知的泰勒属在同一大枝上,与马泰勒虫美国分离株、马泰勒虫西班牙分离株有较近的亲缘关系。     

基于18S rRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学

利用18S rRNA基因序列分析方法,对我国湖北、广西、新疆和浙江4省的伊氏锥虫及1株布氏锥虫进行分子分类学研究.用分离的锥虫感染实验动物,自感染小鼠的红细胞或全血中提取基因组DNA,根据GenBank中已发表的雏虫18S rRNA序列设计1对锥虫通用引物,通过PCR扩增目的基因片段,将扩增产物连接到pGEM-T载体中,经酶切、PCR确定,进行序列测定.结果显示,7个锥虫分离株的18S rRNA基因大小为2 188 bp.利用DNAS-tar对试验所获得的这7株锥虫和GenBank中部分锥虫的18S rRNA基因进行比较分析,建立2个进化系统发生树.核苷酸同源性比较及系统发生树显示:自我国上述4省分离的伊氏锥虫来源于同一株系,布氏锥虫和广西分离的伊氏锥虫株的18S rRNA核苷酸与其他锥虫分离株仅有较小差异,与国外的6株锥虫的同源性为99%～100%,与另外7株的同源性为62%.     

2株PEDV贵州分离株M基因的克隆及相似性分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)分离株M基因的变异及分子进化情况,试验采用RT-PCR扩增、目的基因克隆与测序及生物信息学软件对贵州省分离的PEDV-GZAS株和PEDVGZHZ株M基因进行序列分析。结果表明:经RT-PCR扩增,得到的片段大小为695 bp;测序结果证实,贵州分离株M基因核苷酸序列大小为695 bp;贵州分离株PEDV-GZAS株与PEDV-GZHZ株之间同源性为84.2%;PEDV-GZHZ株与瑞士疫苗株(AF353511)之间的同源性为97.7%,与中国贵州(KF150217)、泰国(FJ158546)和美国(KF272920)分离株同源性最高为99.4%;贵州分离株PEDVGZAS株与瑞士疫苗株(AF353511)之间的同源性为97.5%,与中国贵州(KF150217)、泰国(FJ158546)和美国(KF272920)分离株同源性最高为99.3%;此次分离的2株分离株都与中国河南(EU287429)分离株同源性最低为83.1%。PEDV贵州分离株PEDV-GZAS株M基因与泰国(FJ158546)分离株遗传进化关系最近,与中国河北(JF508465)分离株亲缘关系较近;PEDV-GZHZ株与PEDV-GZAS株及参考毒株之间遗传进化关系较远。     

一株猪葡萄球菌的分离鉴定

从患有渗出性皮炎的仔猪分离到1株革兰阳性球菌,生化试验、形态学观察进行初步鉴定,然后进行16 S rRNA基因片段的扩增和测序,将测序结果与GenBank上的已知序列进行同源性比较,结果与猪葡萄球菌的核酸序列同源性达到99.6%,综合可见该分离菌株为猪葡萄球菌,并将其命名为GDSH1。     

牛出血性肠炎A型产气荚膜梭菌的分离鉴定

从新疆维吾尔自治区某牛场采集的3份疑似出血性肠炎病料中分离到8株产气荚膜梭菌,用PCR扩增保守基因16SrRNA,并进行序列测定和同源性分析,再通过多重PCR方法扩增型特异性基因进行分离菌株的分型鉴定。结果显示,所分离的8株产气荚膜梭菌之间16S rRNA基因同源型为100%,与GenBank参比序列同源性在99.8%以上,确定为产气荚膜梭菌。遗传进化分析表明,本次分离的8株产气荚膜梭菌之间拥有共同起源,但与所用的参考菌株分属不同来源。多重PCR扩增结果显示,8株菌株均为产气荚膜梭菌A型。     

副猪嗜血杆菌的分离鉴定及其OmpP5基因序列分析

为研究辽宁省副猪嗜血杆菌(Hps)OmpP5基因的遗传变异规律,从辽宁省阜新市某猪场疑似患有副猪嗜血杆菌病的患猪肺部采取组织病料进行细菌分离,通过革兰染色、生化鉴定、卫星现象及Hps 16S rRNA PCR检测,鉴定为副猪嗜血杆菌。根据已发表的Hps OmpP5基因设计1对特异性引物,对分离株OmpP5基因进行扩增、克隆及测序,得到长度为1 116bp的OmpP5基因序列。将该序列与已发表Hps参考株的OmpP5基因进行同源性比对及系统发育树分析,发现核苷酸同源性为89.8%~99.5%,分离株与参考菌株№4在同一分支,表明OmpP5基因具有一定的保守性,分离株和№4亲缘关系较近。研究结果为阐明辽宁省Hps毒力基因及致病机理提供了参考依据。