巴马小型猪主要固有免疫分子的克隆及序列分析

为了开展巴马猪的固有免疫相关研究,试验采用巴马小型猪的外周血分离淋巴细胞,提取总RNA,利用特异性引物进行RT-PCR,将克隆片段与pc DNA3.1载体相连接,转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆并进行测序,并将测序结果提交NCBI,比较克隆序列与已知序列的同源性。结果表明:克隆的巴马猪TLR7、TLR8、TLR9、VISA、STING和IRF3序列长度分别为3 075,3 087,3 097,1 575,1 260,1 137 bp,测序结果与预期相符,各序列与猪的同源性较高。     

猪葡萄球菌EXHC、SHETA基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

为分析猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因结构并预测其所编码蛋白的结构和功能,本试验根据GenBank已报道的猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因序列分别设计了1对特异性引物,从猪葡萄球菌GDZC株中扩增获得EXHC和SHETA基因片段,大小分别为1007和971 bp。序列分析结果表明,EXHC基因与猪葡萄球菌丹麦分离株(GenBank登录号:AF515455)及猪源松鼠葡萄球菌河北分离株(GenBank登录号:JF755400)的核苷酸序列、氨基酸序列同源性均为100.0%,而与其他葡萄球菌脱落毒素基因的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为3.3%~53.9%和7.9%~44.2%。SHETA基因与日本分离株(GenBank登录号:AB036768)的核苷酸序列同源性为96.2%,氨基酸序列同源性为98.4%,在保守区共有31个碱基发生突变。利用DNAStar软件对EXHC和SHETA蛋白结构进行分析,结果显示EXHC基因编码的蛋白为亲水性蛋白,SHETA基因编码蛋白为疏水性蛋白,抗原性较差。本研究从猪葡萄球菌GDZC株中成功扩增获得EXHC和SHETA基因片段并对其编码的蛋白结构进行了预测,证实了中国分离的猪葡萄球菌同时携带有EXHC和SHETA 2种毒素基因,为进一步研究猪葡萄球菌的致病机理及毒素之间的相互作用提供了理论依据。     

长毛兔金黄色葡萄球菌的分离鉴定

从内蒙古包头市某养殖场患有肺炎的病兔分离到一株革兰氏阳性球菌,通过形态学观察和生化试验进行了初步鉴定,并通过16S rRNA序列扩增和测序进行分析,BLAST分析结果显示,该菌与金黄色葡萄球菌的核酸序列同源性达99.6%,确定该分离菌株为兔金黄色葡萄球菌,并将其命名为BTSH1。     

哺乳仔猪流行渗出性皮炎的实验室诊断与防治分析

文章对某新建猪场初产母猪所产仔猪感染流行渗出性皮炎的病例进行了细菌分离和PCR测序分析,并对分离菌进行了药物敏感性检测。结果分离到2种菌落颜色的优势细菌,经PCR测序分析发现白色菌落细菌16Sr RNA基因与Gen Bank收录猪葡萄球菌同源性为99.2%,黄色菌落细菌16Sr RNA基因与Gen Bank收录松鼠葡萄球菌同源性为99.4%。通过药物敏感性检测,发现头孢噻吩以及先锋V号对两种葡萄球菌均有很好的杀灭效果。最后,文章就规模猪场仔猪渗出性皮炎防治进行了讨论与分析。     

生猪伤口和猪场空气中葡萄球菌的鉴定及药敏试验

从患病猪伤口以及空气中各分离到1株葡萄球菌并进行了16S rRNA部分基因的PCR扩增、序列测定以及两株细菌的药物敏感性试验。试验结果表明,从伤口中分离的葡萄球菌具有溶血性,空气中分离的葡萄球菌不具备溶血性;伤口中葡萄球菌16S RNA部分基因与GeneBank收录的溶血性葡萄球菌(AP006716.1)16S RNA基因相应部分序列同源性为99%,空气中葡萄球菌与GeneBank收录的葡萄球菌(AB188210.1)16S RNA基因相应部分序列同源性为99%。药物敏感性比较试验表明,两种葡萄球菌敏感性基本相同,均对头孢类药物敏感,对红霉素、卡拉霉素不敏感。     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆鉴定及序列分析

用PCR技术对华南地区分离的17株不同血清型副猪嗜血杆菌菌株ompP2基因进行克隆鉴定,并以CLUSTALS1和PHYLIP-3.68软件将ompP2基因序列进行比对和遗传进化分析.17株副猪嗜血杆菌茵株中均能扩出ompP2基因,克隆测序结果发现ompP2基因大小有所不同,与参考序列ABKM01000007的同源性在92％～99％之间.序列比较结果显示,ompP2基因与GenBank公布的副猪嗜血杆茵全基因组测序中的ompP2基因序列具有较高的同源性,不同菌株ompP2基因序列大小存在差异,为进一步验证ompP2蛋白的功能及相关研究奠定了基础.     

猪源隐孢子虫Hsp70基因的测定与种系发育关系分析

从河南两个地区猪的粪便中分离纯化了猪源隐孢子虫卵囊。参考隐孢子虫Hsp70基因属特异性引物,用PCR分别扩增了卵囊基因组DNA大小均为1 948 bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列和推测出的氨基酸序列分别用ClustalX软件与已报道的相应序列比对,用DNASTAR中的MegAlign分析其同源性,并用PAUP绘制系统发育进化树。序列分析结果显示河南猪源隐孢子虫两个分离株Hsp70 DNA序列的同源性为99.9%,与其他隐孢子虫相应序列同源性介于81.9%~99.8%之间,其中与猪隐孢子虫(Cryptosporidium suis,AF221533)同源性最高分别为99.8%,97.9%;与安氏隐孢子虫(C.andersoni,AY954592)同源性最低。两个分离株推导Hsp70氨基酸序列的同源性为100%,同其他隐孢子虫相关序列的同源性在92.8%~99.8%之间。本研究为隐孢子虫诊断及流行病学研究打下了良好基础。     

家养野猪副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

对江西省某家养野猪场临诊疑似副猪嗜血杆菌（Haemophilusparasuis,Hps）感染的病例进行细菌分离鉴定,PCR扩增分离菌株的16SrRNA并进行测序分析,并对分离菌进行细菌形态、生化鉴定和PCR鉴定及序列比对分析。结果显示,获得1株家养野猪源Hps分离株（命名为HPJXYZ01）,该分离株与国内外参考菌株序列之闻的同源性为93．1％～99．2％,与本实验室江西省家猪源分离株的同源性为84％～92．1％。结果表明,江西省家养野猪中存在Hps感染,分离株与国内外家猪源Hps间的16SrRNA序列差异不大,Hps16SrRNA核苷酸序列比较稳定,其进化不存在明显的地域相关性。     

腹泻仔猪中猪圆环病毒2型的检测及生物信息学分析

为研究仔猪腹泻中猪圆环病毒2型(PCV2)的生物信息,参考Gen Bank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计并合成一对特异性引物,从四川地区猪场送检的腹泻仔猪病料中扩增PCV2全长基因序列,回收PCR产物。将其插入PMD19-T载体,构建了重组质粒,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。将测序结果及推导的氨基酸序列与国内外的不同分离株进行生物信息学分析。结果表明,分离株基因组全长为1 767 bp,分离的三株基因组与Gen Bank上已发表的PCV2分离株之间的核苷酸同源性分别为1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%,氨基酸序列同源性为1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%,说明四川地区腹泻仔猪病料中PCV2的变异相对保守。     

江西省猪细环病毒1型和2型流行情况调查及全基因组克隆与序列分析

目前在我省许多地区猪群中是否存在TTSuV感染尚未见相关报道,为更好的了解猪细环病毒1型和2型在猪群中进化情况以及进一步研究其遗传变异,根据NCBI已发表的猪细环病毒两种基因型全基因组序列,在序列保守区域用设计特异性引物,采用聚合酶链反应(PCR)进行该病毒的检测及全基因的扩增。通过将扩增产物胶回收后进行T-A克隆,然后进行序列测定和同源性与系统进化分析。本试验检测出猪群TTSuV1型和TTSuV2型在猪群中的感染情况,全基因测序得到的序列确定为TTSuV1和TTSuV2全基因序列。对测得序列进行同源性分析与遗传进化分析,分析结果表明,分离株(JX TTSuV)与国内外不同地域TTSuV全基因组序列之间差异较大,同源性为67.8%~97.2%;进化分析表明,JX TTSuV与其他株TTSuV参考株亲缘关系远近各不相同,与日本分离株(AB076001)和巴西分离株(AY823991)亲缘关系较近。