应用23S rRNA对禽波氏杆菌分离株的进化分析

通过PCR扩增分离保存的8株禽波氏杆菌、3株兔支气管败血波氏杆菌及1株猪支气管败血波氏杆菌菌株的23S rRNA基因的片段(710bp),分别克隆到载体pMD18-T后测序。利用BLAST工具进行同源性搜索;用DNAStar分析软件进行同源核苷酸序列的多重比较分析并构建禽波氏杆菌菌株的系统生物进化树。结果显示,8株禽波氏杆菌核苷酸序列之间同源性为99.2%～99.7%,与GenBank中收录的NC_010645株禽波氏杆菌核苷酸序列同源性为92.4%～92.5%,与兔支气管败血波氏杆菌和猪支气管败血波氏杆菌的核苷酸序列同源性均为98.5%～99.2%。国内分离的禽波氏杆菌菌株和支气管败血波氏杆菌菌株均与国外分离菌株在遗传基因上有一定的差异。结果表明,23S rRNA序列分析可以作为鉴定禽波氏杆菌的一种快速简便的方法。     

鸡源致病性奇异变形杆菌的分离鉴定与遗传进化分析

为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌（YLF1、WS）,通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用（K-B）法检测分离菌对14种常用抗生素（包括β-内酰胺类、头孢烯类、氨基糖苷类、四环素类、氟喹诺酮类、大环内酯类）的敏感性;并与GenBank中公布的21种不同来源的变形杆菌16S rRNA基因序列进行遗传进化分析。结果表明,YLF1、WS菌株均具有迁徙性和β-溶血生长特征,镜检为革兰氏阴性长短不一的杆菌或球菌,经16S rRNA基因鉴定与GenBank中奇异变形杆菌同源性均在99%以上,YLF1、WS菌株确定为奇异变形杆菌,均表现为多重耐药,耐药率分别为78.6%（11/14）和71.4%（10/14）;雏鸡致死率均为80%;YLF1、WS菌株与日本人体分离株、中国新疆黄牛分离株和中国广东土壤分离株同源性最高,达99.9%;与来自中国河南、中国新疆及印度的鸡源奇异变形杆菌同源性较高（98.9%~99.3%）,遗传关系密切。表明凉山地区鸡群中存在奇异变形杆菌感染,分离株有较高的致病力和较强的耐药性,也提示分离菌可能来源于环境、感染鸡或其他动物,同时存在人畜共患的潜在危险。     

鸡奇异变形杆菌的分离鉴定及药敏分析

从云南某鸡场发病鸡肝脏中分离到一株革兰氏阴性多形性小杆菌,并进行生理生化鉴定、16SrDNA基因比对鉴定、致病性试验和药敏试验。试验结果表明：该分离株分解葡萄糖、乳糖、半乳糖和木糖,产酸产气,迅速分解尿素,H2S试验阳性,结合分离株的培养特性和革兰氏染色镜检结果,将分离株初步鉴定为鸡奇异变形杆菌;分离株16srDNA核苷酸序列与GenBank上其它鸡奇异变形杆菌之间的同源性高达99％～100％,与ALK428（基因登录号KC456557）为代表的许多奇异变形杆菌菌株之间的核苷酸同源性高达100％,将分离菌株进一步鉴定为鸡奇异变形杆菌;分离株对小白鼠有强致病性,对头孢噻肟敏感,对青霉素、氨苄西林、头孢噻吩、链霉素、卡那霉素、氧氟沙星、磺胺嘧啶、氟苯尼考等多种抗生素表现严重的多重耐药性。     

山羊奇异变形杆菌分离鉴定及其16S-23S rRNA ISR序列RFLP分析

2012年初,山东菏泽某羊场的羊群发病,从发病羊器官分离到2株病原细菌。对病原细菌进行鉴定,并对其与已知同种异源菌株相似性差异进行分析。从患病山羊内脏器官分离细菌,经形态特征、培养特性、生化试验、血清学试验及致病性试验进行鉴定;再通过设计通用引物扩增16S-23SrRNA ISR(intergenic spacer region)序列,将PCR产物经HinfⅠ单酶切获得3条可视条带,同时对扩增条带中的主带测序并进行系统发育分析。结果表明,分离菌株为奇异变形杆菌;分离菌株同本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌PCR-RFLP结果一致;分离菌株PCR产物同GenBank收录的HI4320株奇异变形杆菌及本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌进行序列比较,分离羊源菌株与兔源菌株相似性为94.8%、与鸡源菌株相似性为96.0%～98.2%,与人源HI4320株相似性为96.9%。研究证实发病羊致病病原为奇异变形杆菌,其与鸡源、兔源和人源奇异变形杆菌的亲缘关系较近。     

16S-23S rRNA基因间隔序列PCR及RFLP对奇异变形杆菌分离株的鉴别与系统发育分析

根据临床常见致病菌16S-23S rRNA基因间隔序列(ISR)两端的16S及23S rRNA保守序列设计PCR扩增的通用引物,对9株奇异变形杆菌和6株相近菌株应用通用引物PCR扩增16S-23S rRNA ISR序列.通过PCR长度多态性比较、RFLP分析以及部分序列测序比较,分析鉴别奇异变形杆菌.结果显示,PCR长度多态性可以将奇异变形杆菌同其余菌种进行区分;RFLP分析可以将所有试验菌种进行区分;部分序列测序可以对奇异变形杆菌进行分型.由此表明,16S 23S rRNA ISR序列PCR及RFLP分析可以简单、快速、准确的鉴定奇异变形杆菌.     

基于18S rRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学

利用18S rRNA基因序列分析方法,对我国湖北、广西、新疆和浙江4省的伊氏锥虫及1株布氏锥虫进行分子分类学研究.用分离的锥虫感染实验动物,自感染小鼠的红细胞或全血中提取基因组DNA,根据GenBank中已发表的雏虫18S rRNA序列设计1对锥虫通用引物,通过PCR扩增目的基因片段,将扩增产物连接到pGEM-T载体中,经酶切、PCR确定,进行序列测定.结果显示,7个锥虫分离株的18S rRNA基因大小为2 188 bp.利用DNAS-tar对试验所获得的这7株锥虫和GenBank中部分锥虫的18S rRNA基因进行比较分析,建立2个进化系统发生树.核苷酸同源性比较及系统发生树显示:自我国上述4省分离的伊氏锥虫来源于同一株系,布氏锥虫和广西分离的伊氏锥虫株的18S rRNA核苷酸与其他锥虫分离株仅有较小差异,与国外的6株锥虫的同源性为99%～100%,与另外7株的同源性为62%.     

鸡约氏乳杆菌的分离鉴定及进化分析

从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。     

鸡奇异变形杆菌的分离鉴定和16S rRNA基因序列测定与系统进化分析

从山东泰安一鸡场发病雏鸡眼中分离到1株致病菌(编号为QY),通过细菌形态学等常规鉴定符合奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)特性。用奇异变形杆菌阳性血清诊断结果呈阳性,人工感染证明该菌株是造成该鸡场雏鸡大批发病死亡的致病菌。药敏试验结果显示对头孢类、恩诺沙星等高度敏感,而对青霉素和复合磺胺等不敏感。以细菌16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增,得到QY的16SrRNA基因序列,长约1 453bp(GenBank,登录号为GU477712)。将该序列与GenBank中序列进行Blast比对,发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达98%以上。运用DNAStar软件与其中10株奇异变形杆菌分离株构建系统进化树,结果表明,分离株(QY菌株)与10个代表菌株的同源性均为98.9%～99.9%,其中与AB272366同源性最高为99.9%。从分子水平证明该菌是奇异变形杆菌并分析了其遗传进化规律,为鸡奇异变形杆菌的鉴定及其引起的疾病的诊断与治疗提供了参考。     

兔奇异变形杆菌的分离鉴定及耐药性分析

为了解拉萨市一种兔场种兔腹泻死亡的病因,本试验从一只种兔的肠道内容物中分离出一株细菌,通过革兰氏染色、生化鉴定、16S rRNA PCR扩增和序列比对、动物回归试验及药敏试验进行了分析。结果显示,分离菌株为单个或成对的短杆状的革兰氏阴性菌;分离菌与GenBank中奇异变形杆菌的同源性为73.5%～99.8%,采用Mega 7.0软件将分离菌株与11株参考菌株的16S rRNA序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树,综合分析后确定分离菌株为奇异变形杆菌,命名为T2018。在动物回归试验中有3只试验兔出现了腹泻,但均未死亡,剖检结果显示,空肠、回肠肠壁薄而透明,内有半透明胶冻样物;结肠和盲肠黏膜充血,浆膜上有出血斑点。药敏试验显示,分离菌株仅对阿莫西林/克拉维酸、庆大霉素和喹诺酮类的氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星5种抗菌药表现出高度敏感,对哌拉西林表现为中介,对其他24种抗生素均表现为耐药。上述结果表明该种兔场种兔腹泻死亡的病原为奇异变形杆菌。     

兔奇异变形杆菌的分离鉴定及耐药性分析

为了解拉萨市一种兔场种兔腹泻死亡的病因,本试验从一只种兔的肠道内容物中分离出一株细菌,通过革兰氏染色、生化鉴定、16S rRNA PCR扩增和序列比对、动物回归试验及药敏试验进行了分析。结果显示,分离菌株为单个或成对的短杆状的革兰氏阴性菌;分离菌与GenBank中奇异变形杆菌的同源性为73.5%～99.8%,采用Mega 7.0软件将分离菌株与11株参考菌株的16S rRNA序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树,综合分析后确定分离菌株为奇异变形杆菌,命名为T2018。在动物回归试验中有3只试验兔出现了腹泻,但均未死亡,剖检结果显示,空肠、回肠肠壁薄而透明,内有半透明胶冻样物;结肠和盲肠黏膜充血,浆膜上有出血斑点。药敏试验显示,分离菌株仅对阿莫西林/克拉维酸、庆大霉素和喹诺酮类的氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星5种抗菌药表现出高度敏感,对哌拉西林表现为中介,对其他24种抗生素均表现为耐药。上述结果表明该种兔场种兔腹泻死亡的病原为奇异变形杆菌。     

山羊腹泻粪便中奇异变形杆菌的分离鉴定及系统发育分析

该研究从四川成都某羊场腹泻简阳大耳山羊粪便中分离鉴定出奇异变形杆菌（14/20）,随机选取5个菌株腹腔注射小鼠,5×10^8 CFU/只,小鼠于接种后12 h内全部死亡。PCR扩增分离株的16S rRNA序列,测序结果显示其与GenBank中奇异变形杆菌的序列同源性为99%～100%,分离菌株间的同源性为99.8%～100%;系统发育分析结果显示,分离菌株与不同宿主源奇异变形杆菌共聚为2个分支,存在一定的多样性,但其进化不存在显著的地域及宿主相关性。本研究结果表明,奇异变形杆菌与山羊腹泻密切相关,对养羊业的危害及公共卫生学意义值得关注。     

猪源奇异变形杆菌的分离鉴定及集群运动分析

本试验从发病猪肝脏中分离到1株细菌,经革兰氏染色镜检、生化试验、药敏分析、16S rDNA测序,确认该菌为1株多重耐药奇异变形杆菌。该菌与GenBank中其他9株不同来源的奇异变形杆菌进行16S rDNA比对分析,从遗传进化规律方面证明不同来源的的奇异变形杆菌亲缘性极其相近。周期性群集运动分析结果表明在含0.5%和1.0%琼脂平板上,该菌不以圆环样周期运动;在含1.5%和2.0%琼脂平板上,该菌以圆环样周期运动。     

野猪源奇异变形杆菌的分离鉴定及致病性分析

为探究贵州省野猪携带病原菌情况,本试验对无菌采集自全省6个地区15头野猪肝脏样本的分离菌株进行培养观察、革兰染色、生化鉴定、16S rRNA基因序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验及病理组织切片,同时根据已报道的基因序列合成奇异变形杆菌的mrpA、rsbA、ureC、zapA、rsmA、hpmA、FIiL、ucaA、pm...     

猪源奇异变形杆菌的分离鉴定、耐药性分析及毒力基因检测

为确定屠宰场发病猪死亡原因,本研究对从死亡猪内脏中分离到的细菌,进行革兰染色镜检、生化鉴定和16S rRNA基因测序鉴定,并进行药敏试验、毒力基因检测及小鼠攻毒试验。结果显示,革兰染色镜检为细小或中等短杆状或丝状革兰阴性杆菌;生化试验特性分析及16S rRNA基因测序鉴定为奇异变形杆菌,命名为GZ2-2株。药敏试验结果显示,分离菌对哌拉西林、头孢呋辛、头孢他啶等11种药物敏感,对卡那霉素和米诺环素2种药物为中敏,对氨苄西林、头孢唑林、四环素等6种药物耐药;毒力基因检测结果显示,该分离菌携带rsbA、atfA、pmfA、mrpA、zapA、ureC、atfC和ucaA 8种毒力基因;小鼠攻毒试验表明,该分离菌有较强致病力。本试验成功分离到一株具有多重耐药性并携带8种毒力基因的奇异变形杆菌,为该菌感染的防治及其分子流行病学研究奠定了基础。     

1株竹鼠奇异变形杆菌的分离鉴定及药敏分析

为确定广东某竹鼠养殖场发生竹鼠死亡的原因,本研究从发病竹鼠血液和组织中分离到可疑细菌,并对分离的菌株进行革兰氏染色、生化特性分析和16S rRNA基因鉴定及序列分析,同时进行药敏试验。结果显示:分离的细菌为杆状、球状和球杆状形状不一的革兰氏阴性菌;生化特性与奇异变形杆菌基本一致;16S rRNA序列与NCBI数据库中奇异变形杆菌16S rRNA核苷酸相似性为99%以上。结果表明,该分离细菌为奇异变形杆菌将其命名为GD/ZS-01株;药敏实验显示,该菌株对头孢哌酮、丁胺卡那和左氧氟沙星高度敏感。本研究结果为竹鼠养殖场疫情的防治提供了科学参考。     

1株番鸭源奇异变形杆菌的分离鉴定及其毒力基因分析

为查清引起滁州地区某养殖场雏番鸭死亡原因,本研究通过对分离细菌的鉴定和动物致病性试验,确定奇异变形杆菌是引起此次雏番鸭发病的病原体,并将分离的奇异变形杆菌命名为AHcz-1株.根据其16S rRNA基因序列,建立其遗传进化树;根据已报道的8个毒力基因ureC、zapA、mrpA、ucaA、rsbA、pmfA、atfA、atfC序列,设计引物进行PCR扩增,并对毒力基因进行序列分析.结果显示:AHcz-1株与日本株(AB932526.1)亲缘关系最近,同源性高达100%;毒力基因pmfA、atfA、ureC均未发生变异;AHcz-1株具有较强的致病性;致病菌对丁胺卡那高度敏感,对庆大霉素、恩诺沙星中度敏感,对其它17种抗生素不敏感,表明AHcz-1株具有多重耐药性.本研究为番鸭源奇异变形杆菌临床诊断、临床用药及遗传变异研究奠定了基础.     

潍坊市犬奇异变形杆菌分离鉴定及耐药性检测

奇异变形杆菌为人兽共患病原菌,多为继发感染.本研究从潍坊地区宠物医院的犬瘟热患病犬眼鼻分泌物和犬细小病毒感染患病犬直肠粪便中,共采集样品39份,进行奇异变形杆菌分离鉴定和耐药性检测.结果显示:分离鉴定出11株奇异变形杆菌,分离率为28.20％,其中犬细小病毒感染犬的奇异变形杆菌分离率为47.37％;16S rRNA序列...     

猪源奇异变形杆菌的分离鉴定及其Ⅰ类整合子的检测

为鉴定从临床病料中分离的两株细菌(XL株、XT株)的种属、致病性及耐药性等生物学特征,本研究对分离菌进行了纯化、革兰氏染色、迁徙生长试验、16S rDNA的序列比对、小鼠致病试验、药敏试验以及耐药基因Ⅰ类整合子的扩增。结果表明:两株细菌均为奇异变形杆菌;与NCBI登录的猪源奇异变形杆菌的16S rDNA的同源性高达99.9%~100%;两株细菌致病性均很强;两株细菌均存在多重耐药,仅有丁胺卡那对它们高敏;两株细菌均能扩增出Ⅰ类整合子。该研究结果为进一步研究变形杆菌的耐药性提供了科学依据。