Ⅰ型鸭病毒性肝炎RT-PCR检测方法研究

根据Ⅰ型鸭病毒性肝炎ZJ/06强毒株的测序结果,在其基因组3D基因区设计合成一对可扩增238 bp的特异性引物,成功的建立了检测DHV-Ⅰ的RT-PCR方法,并确定了其特异性与敏感性,对DHV-Ⅰ分离毒株和临床病料进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果,而作为阴性对照的常见4种鸭病病原:鸭瘟病毒、鸭产蛋综合症病毒、鸭副粘病毒、鸭里默氏杆菌均未扩增到任何片断。利用BHK-21细胞、SPF鸡胚对DHV-Ⅰ临床病料进行病毒分离鉴定,结果表明建立的DHV-Ⅰ的RT-PCR检测方法具有快速、特异、敏感的特点。     

应用RT-PCR技术快速检测鸭Ⅰ型病毒性肝炎

根据Genbank收录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)的VP1基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-Ⅰ的RT-PCR方法,并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-Ⅰ分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果,而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-Ⅰ临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致。结果表明,建立的DHV-Ⅰ的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点。     

鸭瘟病毒河南株gI基因的克隆与测序

参考GenBank中鸭瘟病毒gI基因序列设计并合成引物,以鸭瘟病毒河南分离株DNA为模板进行PCR扩增,将扩增片段克隆至PGEM-T载体上,得到含gI基因重组质粒。经酶切鉴定,并对重组阳性质粒进行序列测定。结果表明,获得的片段含鸭瘟病毒gI基因,全长1 089 bp,与已报道的其他疱疹病毒gI基因具有较高的同源性,编码432个氨基酸,蛋白分子质量为39.7ku、等电点(PI)为6.06。     

鸭出血性卵巢炎病毒RT-PCR检测方法的建立

参照(GenBank上登录的黄病毒科黄病毒属Ns5基因片段序列设计引物,建立能检测引起鸭出血性卵巢炎病毒的RT-PCR方法.该办法能从鸭出血性卵巢炎病毒扩增出1条约470 bp的特异性片段,从H9亚型禽流感病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽Ⅰ型副粘病毒均不能扩增出目的片段;敏感性试验显示建立的RT-PCR...     

鸭肝炎病毒Ⅰ型基因片段的原核表达及单克隆抗体的制备

根据Genebank上已报道的鸭肝炎病毒Ⅰ型基因的全长序列,设计了1对引物,通过RT-PCR方法扩增出特异的DHV-Ⅰ基因片段;将该片段克隆入原核表达载体pET-28a,转化大肠杆菌Rosetta-gami(DE3),并用IPTG诱导表达后,通过Ni柱纯化,获得了表观分子量在20kD左右的融合表达蛋白;将表达纯化后的蛋白作为抗原,免疫BALB/c健康小鼠,筛选和制备了1株DHV-Ⅰ单克隆抗体细胞株。Western-blot及ELISA分析表明:表达的重组蛋白均能与鸭DHV-Ⅰ阳性血清和制备的DHV-Ⅰ单克隆抗体产生反应。同时,制备的DHV-Ⅰ单克隆抗体除了能与重组蛋白反应,还能识别天然的DHV-Ⅰ病毒蛋白。     

鸭病毒性肝炎病毒分离鉴定及VP1基因序列分析

应用无母源抗体的鸭胚从疑似病毒性鸭肝炎的病麻鸭肝脏中分离到1株病毒。该分离毒能致死鸡胚、番鸭胚和麻鸭胚,死胚尿囊液均无血凝性;病毒能被鸭病毒性肝炎高免血清特异性中和;病毒人工感染3日龄麻鸭发病率和死亡率均达50%,并从病死鸭肝脏中回收到分离毒;RT-PCR扩增结果表明分离毒为I型DHV阳性,同时将此扩增的1 052 bp目的片段克隆到pMD18-T载体,对重组阳性质粒进行序列测定和分析表明分离毒的VP1基因与台湾省分离株DHV-03D的亲缘关系最近,同源率为95.7%,对VP1氨基酸潜在位点分析发现该分离毒具有野毒的分子特征。上述结果表明该分离毒为Ⅰ型鸭肝炎病毒,命名为DHV-NA株。     

牛病毒性腹泻病毒的分离与鉴定

[目的]为了解牛病毒性腹泻/黏膜病在新疆的流行现状,对疑似该病病料进行地方毒株的分离,并对其进行鉴定.[方法]将采自新疆不同地区疑似牛病毒性腹泻的病料接种MDBK细胞,并盲传2～4代;对分离株进行毒力测定及中和试验,应用RT-PCR方法扩增分离株的5'UTR基因片段并克隆测序分析.[结果]分离到的8 株病毒可发生细胞病变,在MDBK细胞上的TCID50为103～106.毒株血清中和实验结果,RT-PCR反应结果,克隆后重组质粒经BamH I、Hind III双酶切鉴定、重组质粒PCR鉴定结果均得到预计扩增片段.重组质粒测序结果与GenBank中已发表的牛病毒性腹泻病毒NADL株序列同源性为82.0;～94.8;.[结论]证实所分离到的病毒为BVDV,命名为B-S-1、B-S-2、B-S-3、B-S-4、B-S-5、B-S-6、B-G-1和B-G-2.     

鸭副粘病毒病RT-PCR诊断方法的建立与应用

【目的】建立快速、准确检测鸭副粘病毒病的方法。【方法】根据GenBank中发表的新城疫F基因序列设计1对引物,扩增鸭副粘病毒融合蛋白基因727bp的特异性片段,进行特异性试验和敏感性试验,建立了鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法。应用建立的诊断方法,对从山东不同地区分离的20株疑似鸭副粘病毒毒株和150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织进行了检测。【结果】特异性试验表明,建立的RT-PCR检测方法能够从鸭副粘病毒SDFCH株中扩增到727bp的特异性片段,而对鸭瘟病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭肝炎病毒的扩增结果均为阴性;敏感性试验表明,该法最低检出量的cDNA质量浓度为3pg/μL;山东不同地区20株疑似鸭副粘病毒分离株中有15份为阳性;150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织有125例为阳性。【结论】建立的鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法,且有快速、准确、特异性强、敏感性高的特点。     

鸭瘟病毒强弱毒株TK基因的克隆及序列比较分析

根据GenBank中已发表的鸭瘟病毒TK基因序列,设计一对引物,对1株鸭瘟病毒强毒和1株鸭瘟病毒疫苗毒进行PCR扩增。将扩增的目的片段分别克隆到pMD18-T载体,经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定,获得阳性重组质粒,然后对阳性重组质粒进行序列测定及分析。结果表明,本实验所扩增的鸭瘟病毒TK基因及侧翼UL24基因大小为1 995 bp,鸭瘟强、弱毒株TK基因及侧翼UL24基因序列完全相同,该病毒TK基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911509与AY963569,四川株DQ640611,AV1221株EF173464,sd-01株EF417996同源性分别为99.5%,99.9%,100%,99.9%,100%,而该病毒UL24基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911511,DQ227739,EF417996同源性为99.9%,99.8%,99.9%,表明鸭瘟病毒强弱毒株TK基因及侧翼UL24基因高度保守。为构建鸭瘟病毒TK基因缺失的转移载体奠定了基础。     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT—PCR检测方法的建立

参考GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒（DHV-I）的基因序列,应用Primer Premier5．0软件设计了一对引物,建立了适合DHV—I快速检测的RT—PCR检测方法。以该方法对实验室分离并保存的DHV强毒株Z10株的RNA为模板进行RT—PCR扩增,得到了预期大小为699bp的目的片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果与GenBank中的DHV-I的相应基因序列比对分析,同源性均达90％以上．表明为DHV—I的基因序列,对NDV,IBDV,DPV和GPV等常见病毒扩增结果为阴性。该方法敏感性检测结果表明．最低RNA模板检出量为24pg。表明所建立的RT—PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的快速诊断。     

鸭瘟病毒的分离与初步鉴定

采集疑似鸭瘟病毒自然感染的病死番鸭的肝脾等组织,应用番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病毒分离,通过对分离毒的血凝特性(HA)测定、间接免疫荧光试验(IFA)荧光定量PCR、PCR产物测序和动物回归试验等初步鉴定。结果显示:通过MDEF从疑似病料中分离到4株病毒(DPVfj1、DPVfj2、DPVfj3、DPVfj4),均不能凝集鸽红细胞;IFA结果排除了分离毒为鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭副粘病毒和禽坦布苏病毒;鸭瘟病毒荧光PCR试剂盒检测分离毒核酸均为鸭瘟阳性;鸭瘟病毒(JQ673560)gJ蛋白基因序列特异引物进行PCR扩增均为阳性,且PCR产物序列与鸭瘟病毒参考株gJ蛋白基因序列相似度均大于99%;动物回归试验显示,分离毒人工感染30日龄番鸭和同居感染5日龄雏番鸭均可复制出与自然感染一致的临床表现及病理变化,并能回收到病毒。上述结果表明4株分离毒均为鸭瘟病毒强毒株。     

鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

根据鸭肝炎病毒(Duck Hepatitis Virus,DHV)3D基因序列,设计合成1对引物,通过优化RT-PCR反应条件,建立了DHV的RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该引物仅特异性扩增出DHV 460 bp的特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)和鹅副粘病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法能检测到100 pg的DHV核酸;对6份临床病料进行RT-PCR扩增,DHV的检出率为83.33%(5/6)。结果表明:该方法具有良好的特异性和敏感性,可对临床病料中的DHV进行快速检测。     

鹅细小病毒PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中鹅细小病毒(GPV)的7株全基因序列,在相对保守的NS区域设计了一对引物,以GPV-98E株鹅胚尿囊液的核酸提取物为模板,经优化反应条件,建立了特异性检测GPV的PCR方法。敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为4.194 pg,尿囊液的最小检出量为3.09个ELD50;特异性试验结果显示,采用该方法检测GPV能够扩增出与预期大小相符的476 bp的特异性片段,而对作为对照的鸭瘟病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)、鹅副粘病毒(GPMV)的核酸均未扩增出任何条带。在临床检测中,对52份雏鹅的心、肝、肠等组织进行PCR扩增,能够检测到相应的特异性病毒核酸片段,表明建立的鹅细小病毒PCR检测方法具有敏感性高、特异性强的特点,具有潜在的临床应用价值。     

1型鸭肝炎病毒RT-PCR快速检测方法的建立

为建立快速检测临床1型鸭肝炎病毒(DHAV-1)感染的方法,根据DHAV-1的vp1基因序列设计1对引物,以DHAV-1及其他常见的感染鸭的病毒基因组为模板,建立了DHAV-1的特异性RT-PCR检测方法;以10倍梯度稀释的DHAV-1 RNA为模板,测定该方法的灵敏度;采集江苏多地的疑似DHAV-1感染病料,提取基因组进行RT-PCR扩增,产物经测序鉴定后判断所建立方法的检测率。结果显示,建立的方法可以特异性扩增DHAV-1 vp1基因保守区360 bp的序列,最低可检测1 fg基因组模板,对临床样品检测率为100%。表明,成功建立了特异性强、灵敏度高且可以用于临床快速诊断DHAV-1感染的方法。     

新型鸭呼肠孤病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感和特异性检测新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)的方法,本研究根据GenBank数据库中NDRV S3基因保守序列设计1对特异性引物和1条MGB荧光探针,建立了一种检测NDRV的一步法MGB荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通RT-PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.999,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。该方法对经典鸭呼肠孤病毒、H9N2禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、A型鸭肝炎病毒、鸭新城疫病毒、鸭瘟病毒及番鸭细小病毒均未检测到信号,对NDRV的最小检出量为10拷贝·μL^-1。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。此外,利用该方法对239份疑似新型呼肠孤病毒病样品进行检测,常规RT-PCR检测时有75份为阳性,一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR方法检测时有100份为阳性,而且常规RT-PCR检测出的阳性样品用一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测时均为阳性,符合率为100%。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。     

四川白鹅白细胞介素-2基因的克隆及生物信息学分析(英文)

[Objective] The study aimed to clone interleukin-2(IL-2) gene from Sichuan white goose. [Method] Based on the IL-2 gene of duck accessed in GenBank, a pair of primers was designed for cloning IL-2 gene from total RNA of peripheral blood lymphocytes of Sichuan white goose stimulated by ConA via RT-PCR technology. The yielded fragment was sequenced for bioinformatics analysis. [Result] The full length of IL-2 gene of Sichuan white goose is 468 bp that contains a 441 bp open reading frame(ORF), encoding 146 amino acid residues. Bioinformatics analysis shows that the amino acid sequence of IL-2 gene of Sichuan white goose contains four phosphorylation sites, a glycosylation site and a signal peptide with 21 amino acid residues. Homologies of IL-2 nucleotide sequence and amino acid sequence between Sichuan white goose and duck, chicken, turkey are 92.7%, 77.5%, 78.2% and 85.8%, 65.5%, 64.1%, respectively. By contrast IL-2 nucleotide sequence and amino acid sequence between Sichuan white goose and mammalian and rodents such as human, monkey, rat, bovine, horse, pig, cat, mouse, rabbit and deer, are all less than 45% and 28%, respectively. [Conclusion] The IL-2 gene of Sichuan white goose has closer genetic relationship with those of chicken and duck.     

四川白鹅白细胞介素-2基因的克隆及生物信息学分析

[目的]克隆分析四川白鹅白细胞介素-2(IL-2)基因。[方法]参照GenBank中发表的鸭IL-2基因保守序列,设计1对引物,采用RT-PCR技术从ConA刺激的四川白鹅外周血淋巴细胞的总RNA中扩增鹅IL-2基因,并进行测序及生物信息学分析。[结果]四川白鹅IL-2基因全长468 bp,含1个441 bp的开放阅读框(ORF),编码146个氨基酸。生物学软件分析表明该序列编码的氨基酸序列中有4个磷酸化位点,1个糖基化位点,含有21个氨基酸残基组成的信号肽。同源性分析表明四川白鹅IL-2基因与鸭、鸡和火鸡IL-2核苷酸及氨基酸序列同源性均分别为92.2%、77.5%、78.2%和85.8%、65.5%、64.1%,而与其他种属的哺乳动物及啮齿类动物(如人、猴、大鼠、牛、马、猪、猫、小鼠、兔和鹿)的IL-2基因的核苷酸和氨基酸同源性均分别低于45%和28%。[结论]四川白鹅IL-2基因与鸭和鸡具有较近的亲缘关系。     

1型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究

 【目的】测定1型鸭肝炎病毒（DHV1）毒株R全基因组,建立鸭肝炎病毒1型巢式PCR与实时荧光定量RT-PCR。【方法】设计特异性引物测定DHV1毒株R全基因组,以3D为靶基因序列的引物P1和P2,P3 和P4进行巢式PCR,引物F和R进行实时荧光定量RT-PCR。【结果】序列分析发现该毒株与其它GenBank上发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%～99.2%,编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%～98.8%,表明DHV1-R株与其它DHV1毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。基因组结构5′UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C- 3A-3B-3C-3D-3′UTR在遗传进化关系上与副肠孤病毒属（Parechovirus）亲缘关系较近。参照鸭肝炎病毒1型基因序列设计特异性引物,分别进行巢式PCR和SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR 方法检测鸭肝炎病毒1型, 结果表明巢式PCR敏感性为6 pg•ml-1。实时荧光定量RT-PCR确定特异性产物的Tm值,同时做普通RT-PCR。试验结果表明,特异性产物的Tm值为85.6℃,最低能检测到含0.015 fg•μl-1 阳性质粒标准品。【结论】建立的巢式PCR与SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR 检测方法显示了较好的特异性、敏感性,为鸭肝炎病毒1型的临床检测和流行情况调查提供了新的技术手段。