鸭呼肠孤病毒的RT-PCR检测方法的建立

为快速检测临床鸭呼肠孤病毒的感染情况,根据鸭呼肠孤病毒σC蛋白的基因序列设计1对特异性PCR引物,并以呼肠孤病毒基因组为模板,建立了鸭呼肠孤病毒的特异性RT-PCR检测方法。采集江苏省多地疑似呼肠孤病毒感染病料,提取基因组DNA进行RT-PCR扩增,产物经测序鉴定后判断建立的方法对临床样品的检出率。结果显示,该方法可以特异性扩增鸭呼肠孤病毒σC基因保守区438 bp的序列,与其他鸭病毒无交叉反应,最低可检测1 fg基因组DNA,对于临床样品检出率为100%。该方法可以用于临床快速诊断鸭呼肠孤病毒感染。     

禽坦布苏病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据ATmV非结构蛋白NS1的基因特征,设计特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、重复性进行检测。用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和之前建立的RT-PCR方法同时对临床15份疑似ATmV感染的病料进行检测,计算其符合率。【结果】成功建立了检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,当NS1基因含量为(2.67×102)~(2.67×107)拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.998,扩增效率为99.9%。建立的ATmV实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为2.67×102拷贝/μL;特异性强,对水禽常见病毒(如Ⅰ型鸭肝炎病毒、新型鸭呼肠孤病毒、禽流感病毒、禽Ⅰ型副粘病毒与番鸭细小病毒等)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.39%~1.17%和0.51%~1.82%。对临床送检的15份病料,TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为73.33%(11/15),RTPCR方法的阳性率为60.0%(9/15),2种方法的符合率为100.0%。【结论】建立了基于TaqMan探针的ATmV实时荧光定量PCR检测方法,该方法可应用于ATmV感染的早期检测。     

用荧光定量RT-PCR方法检测新型鸭呼肠孤病毒

根据新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)S1基因序列设计1对特异性引物,建立了基于SYBR GreenⅠ的实时荧光定量RT-PCR检测方法。根据含目的基因的质粒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。敏感性试验显示,该方法最低可检出15个拷贝的病毒c DNA,其病毒最低检出量为0.5TCID50。该方法具有良好的特异性,对鸭坦布苏病毒(DTMUV)、A型鸭甲肝病毒(DHV-1)、C型鸭甲肝病毒(DHV-3)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)、减蛋综合征病毒(EDSV)、鸭新城疫病毒(NDV)、鸭瘟病毒(DPV)、鸭疫里默氏杆菌(RA)的检测结果均为阴性。该方法重复性好,组内变异系数为0.32%~0.91%,组间变异系数为1.03%~1.51%。利用该方法对人工感染雏鸭的粪便排毒情况进行检测,结果发现,攻毒后2~12 d是粪便排毒期,其中3~6 d是排毒高峰期。临床样品检测结果表明,该方法比常规RT-PCR具有更高的敏感性,而且从收到样品到得出检测结果只需4 h。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因方法的建立

为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因β-actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β-actin的标准曲线.结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R2均在0.99以上;最小检出量为10拷贝/μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异.可见,SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点.     

番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法的建立

根据经典和新型水禽呼肠孤病毒σA基因的保守序列设计一对PCR引物,通过优化病毒RNA提取方法和PCR条件,建立了番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法。该方法可自1株经典型或4株新型水禽呼肠孤病毒特异性扩增出436 bp条带,其最低病毒检出量为3.6 TCID50,而对鸭甲肝病毒、鸭瘟病毒、新城疫病毒、坦布苏病毒、番鸭细小病毒、产蛋下降综合征病毒和H9N2亚型禽流感病毒扩增均为阴性。对2011~2012采集的224份(番鸭74、鹅68、鸭82)疑似临床病料进行检测,结果 56份为阳性,番鸭、鸭和鹅阳性率分别为59.5%(44/74),11.0%(9/82)和4.4%(3/68),表明水禽呼肠孤病毒主要在番鸭中流行。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT—PCR检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因方法的建立

为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和8NS基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因B—actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18－T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β—actin的标准曲线。结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R^2均在0．99以上;最小检出量为10拷贝／μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异。可见,SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点。     

猪轮状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法的建立

根据GenBank中登录的猪轮状病毒(PoRV)VP6基因序列特征,设计特异性的引物和探针,条件优化后,建立检测PoRV TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法.结果表明:建立的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,最低可检测192拷贝·μL~(-1);特异性强,对猪常见病原(如猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒和猪流行性乙型脑炎病毒等)检测均为阴性;重复性好,扩增相关系数为0.999,其组内和组间变异系数分别为0.25%~1.26%和0.31%~1.49%.对临床收集的79份猪腹泻病料进行常规RT-PCR检测,检测出阳性样品4份,阳性率为5.06%(4/79);对这79份病料进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测,检测出阳性样品6份,阳性率为7.59%(6/79);同时,4份经RT-PCR检测为阳性的样品经TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测均为阳性,符合率达100%.本研究建立的方法为PoRV早期感染诊断提供检测手段.     

应用RT-PCR技术快速检测鸭I型病毒性肝炎

根据Genbank收录的I型鸭肝炎病毒(DHV-I)的VPI基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-I的RT-PCR方法.并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-I分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果.而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-I临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致.结果表明,建立的DHV-I的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点.     

新型鸭呼肠孤病毒、新型鹅细小病毒和鸭坦布苏病毒多重PCR检测方法的建立及初步应用

[目的]建立能同时检测新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)、新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)和鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)的方法.[方法]根据NDRV、NGPV和DTMUV基因组的保守区域设计3对特异性引物...     

应用RT-PCR技术快速检测鸭Ⅰ型病毒性肝炎

根据Genbank收录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)的VP1基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-Ⅰ的RT-PCR方法,并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-Ⅰ分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果,而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-Ⅰ临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致。结果表明,建立的DHV-Ⅰ的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点。     

新型鸭呼肠孤病毒在DF-1细胞系中的增殖特性

为了研究新型鸭呼肠孤病毒(new-type duck reovirus,NDRV)在鸡胚成纤维细胞DF-1中的增殖特性,将NDRV JDM10毒株接种到DF-1细胞,连续传代后,通过观察病毒对细胞的致病变效应,测定半数组织感染量(TCID₅₀)、RT-PCR检测、间接免疫荧光(IFA)及Western-blot免疫学检测,探索NDRV对DF-1细胞的作用效果。结果表明,NDRV JDM10毒株在DF-1细胞中能有效增殖,产生明显的致病变效应;RT-PCR检测成功扩增出1条大小为1 001 bp的条带;病毒蛋白在细胞中获得了良好的表达,并与抗NDRV σC单克隆抗体发生特异性反应;NDRV JDM10毒株在感染DF-1细胞后会经历潜伏期、快速增长期、稳定期3个时期,并在72 h病毒效价达到峰值,TCID₅₀为1×10^-7.90·(0.1mL)^-1。本研究为进一步研究NDRV的致病机理和研制细胞疫苗奠定了基础。     

番鸭呼肠孤病毒在番鸭体内的动态分布和排毒规律

应用RT-PCR技术检测番鸭呼肠孤病毒在人工感染番鸭体内的动态分布和排毒规律.结果显示在感染后ld可在肝、脾脏、法氏囊、胸腺和盲肠扁桃体中检出病毒RNA,表明病毒首先入侵免疫器官;随后其他器官中逐渐检测到病毒.高峰期为攻毒后7～14 d,所有器官中均能检测到病毒,此时也是病毒感染发病最严重的时间.感染后14 d,在肺和...     

抗番鸭呼肠孤病毒(MDRV)单克隆抗体的制备及应用

【目的】制备抗番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的单克隆抗体,建立番鸭呼肠孤病毒病的间接免疫荧光（IFA）快速诊断方法。【方法】制备MDRV抗原,用之免疫Babl/c小鼠,取免疫小鼠脾细胞和SP2/0骨髓瘤细胞进行融合,采用IFA和ELISA筛选阳性杂交瘤细胞株,体内诱生腹水法制备单克隆抗体,检测其生物学特性,应用制备的单克隆抗体建立MDRV IFA快速诊断方法。【结果】筛选到237-11,45-12和3-H3 3株特异性好并能稳定分泌抗MDRV单克隆抗体的杂交瘤细胞株,其中45-12株单抗为IgM亚型,237-11和3-H3株单抗为IgG3亚型。45-12和3-H3 2株单抗具有ELISA特性,效价分别为10-4和10-5;237-11株单抗具有IFA特性,效价达10³。特异性测定结果显示,3株单抗仅与MDRV反应,而与正常细胞培养物（MDEF）、番鸭细小病毒（MPV）、鹅细小病毒(GPV)、禽呼肠孤病毒(ARV) 、鸭副黏病毒（PMV）和鸭肝炎病毒（DHV）均无交叉反应。应用抗MDRV单抗建立的IFA方法与病毒分离法（VI）的符合率为91%。【结论】筛选到2株具有ELISA特性、1株具有IFA特性且能分泌抗MDRV单克隆抗体的杂交瘤细胞株,建立了MDRV IFA快速诊断方法,为番鸭呼肠孤病毒病的快速诊断奠定了基础。     

番鸭源呼肠孤病毒YJL株σNS基因克隆和序列分析

参考GenBank上公布的禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)σ非结构基因(σNS)序列设计合成一对引物,对番鸭源呼肠孤病毒YJL株σNS全基因进行RT-PCR扩增,克隆到pMD18-T载体中,并对克隆产物进行PCR鉴定和测序;YJL株σNS的编码基因位于S4节段,基因全长1192 bp,其5′端和3′端序列分别为5′-GCTTTT和3′-TATTCATC,具有典型的禽正呼肠孤病毒基因末端碱基序列;σNS基因只有一个有效阅读框(24-1127 bp),编码由367个氨基酸组成的σNS蛋白;σNS蛋白的分子质量约为40.57 ku,等电点(PI)为7.875.YJL株与法国MDRV-89026株σNS基因核苷酸的同源性为77.8%,推导氨基酸的同源性为90.2%;与ARV-S1133株σNS基因的同源性为99.4%,推导氨基酸的同源性为99.5%;系统进化树分析表明,YJL株σNS基因和蛋白与S1133株的亲缘关系更近,处在ARV分支上.可见,番鸭源呼肠孤病毒YJL株属于ARV,同时也表明我国发病番鸭群中存在不同基因群的呼肠孤病毒感染.     

应用半套式RT-PCR技术诊断番鸭呼肠孤病毒病

参考GenBank中番鸭呼肠孤病毒(muscovy duck reovirus,MDRV)S1基因序列设计并合成3条引物C1、HP11和HP12,组成半套式RT-PCR,扩增片段为300 bp.应用该半套式RT-PCR对MDRV、禽呼肠孤病毒(ARV)、番鸭细小病毒(MPV)、鹅细小病毒(GPV)、鸡胚成纤维细胞(CEF)和番鸭胚成纤维细胞(MDEF)培养物进行扩增.结果仅能从MDRV中扩增出300 bp特异片段,而不能从ARV、MPV、GPV、CEF和MDEF细胞培养物中扩增出特异片段;该方法检测灵敏度为1 fg核酸,重复性好.对人工感染和临床疑似病例用病毒分离和半套式RT-PCR进行检测,2种方法符合率为100%.因此,该半套式RT-PCR可以用于番鸭呼肠孤病毒病的临床快速检测.     

番鸭呼肠孤病毒感染对体液免疫功能的影响

 【目的】探讨番鸭呼肠孤病毒感染对体液免疫功能的影响。【方法】将60只5日龄健康番鸭,随机平均分为两组,分室隔离饲养。试验组雏鸭每只腿部肌肉注射番鸭呼肠孤病毒细胞毒0.2 mL（0.01个TCID50=10-3.7558）,对照组相同部位注射等量灭菌生理盐水,每隔5 d,应用组织化学法检测脾脏和法式囊中浆细胞数量,间接血凝法检测血清中禽流感抗体水平和放射免疫法检测血清中IL-2,IL-6含量的变化。【结果】番鸭感染呼肠孤病毒,法氏囊和脾脏中浆细胞数量试验组均比对照组少,在感染后15 d达到最少,试验组极显著地低于对照组（P＜0.01）;同时,番鸭感染呼肠孤病毒可抑制禽流感抗体形成,感染后15d抗体水平最低,试验组极显著地低于对照组（P＜0.01）,此后又逐渐升高;血清中IL-2和IL-6的含量也在感染初期降低后又逐渐回升,感染后10 d均达最低,试验组极显著地低于对照组（P＜0.01）。【结论】番鸭呼肠孤病毒感染5日龄雏番鸭,通过破坏免疫器官(法氏囊,脾脏)中的浆细胞,降低了机体抗体形成能力,同时,也通过对免疫分子的影响反过来影响机体的体液免疫功能。提示,增强机体体液免疫功能是防制该病的一个途径。     

禽呼肠孤病毒血清学相关性及S3基因序列同源性分析

采用血清学交叉中和试验方法,分析了4株禽呼肠孤病毒株CL(鸡源禽呼肠孤病毒)、YH和YB(鸭源禽呼肠孤病毒)及S1133(禽呼肠孤病毒标准株)之间抗原的相互关系;并对CL株的S3基因进行克隆测序,用DNAsis和Prosis等分析软件进行序列比较及推导氨基酸序列分析.结果表明:4株禽呼肠孤病毒株之间具有共同的群特异抗原,但不同病毒株间存在中和抗原位点的不对称性;血清学相关性与S3基因序列及其推导的σB蛋白氨基酸序列同源性不一致,表明禽呼肠孤病毒诱导机体产生特异性中和抗体的病毒蛋白不止σB蛋白一个,σB氨基酸序列同源性与血清学相关性没有必然的直接联系.     

鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(DHV-Ⅰ)的基因序列设计、合成引物,以山东、江苏、广东等地分离株的RNA为模板进行RT-PCR扩增,得到预期大小的目的片段.将山东分离株扩增的目的片段克隆到pGM-T载体,酶切鉴定得到阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,与参考毒株R85952的序列比较发现,山东分离株与参考序列的同源性为974%.试验结果表明,所建立的RT-PCR方法最低模板检出量为100 pg,且该方法只能特异地检测出DHV,不能检出鸭瘟病毒、小鹅瘟病毒、鹅副粘病毒和番鸭细小病毒等.自然感染病料的检测分离结果表明,该方法既可用于DHV-Ⅰ分离株的快速鉴定,也可用于临床感染病例的检测与诊断.     

番鸭硬酯酰辅酶A去饱和酶1基因克隆、序列分析及填饲对其表达的影响

研究旨在克隆番鸭硬酯酰辅酶A去饱和酶1(SCD1)基因,并探讨该基因组织特异性表达规律以及填饲对其表达的影响。试验以番鸭为材料,采用RT-PCR方法从番鸭肝脏中扩增出SCD1基因完整CDS区域,并采用相关分子生物学软件对所获得的基因片段进行分析,同时利用实时荧光定量PCR方法检测SCD1基因在番鸭12种组织以及填饲不同阶段肝脏和脂肪组织中mRNA表达丰度。结果表明,所扩增的SCD1基因编码完整的开放阅读框,ORF长度为1 083bp,共编码360个氨基酸;与GenBank中禽类的氨基酸同源性在91%~97%之间,与哺乳类动物同源性在80%~90%之间,与鱼类同源性在68%~75%之间。实时荧光定量PCR结果显示SCD1基因在肝脏和腹脂中表达最高,在其他组织中少量表达或未检测到表达。填饲使得番鸭肝脏组织中SCD1基因表达极显著升高,脂肪组织中SCD1基因表达量显著升高,揭示SCD1基因可能在番鸭肥肝形成中起到重要作用。     

鸭瘟病毒的分离与初步鉴定

采集疑似鸭瘟病毒自然感染的病死番鸭的肝脾等组织,应用番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病毒分离,通过对分离毒的血凝特性(HA)测定、间接免疫荧光试验(IFA)荧光定量PCR、PCR产物测序和动物回归试验等初步鉴定。结果显示:通过MDEF从疑似病料中分离到4株病毒(DPVfj1、DPVfj2、DPVfj3、DPVfj4),均不能凝集鸽红细胞;IFA结果排除了分离毒为鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭副粘病毒和禽坦布苏病毒;鸭瘟病毒荧光PCR试剂盒检测分离毒核酸均为鸭瘟阳性;鸭瘟病毒(JQ673560)gJ蛋白基因序列特异引物进行PCR扩增均为阳性,且PCR产物序列与鸭瘟病毒参考株gJ蛋白基因序列相似度均大于99%;动物回归试验显示,分离毒人工感染30日龄番鸭和同居感染5日龄雏番鸭均可复制出与自然感染一致的临床表现及病理变化,并能回收到病毒。上述结果表明4株分离毒均为鸭瘟病毒强毒株。