我国鸡传染性支气管炎病毒地方分离株的形态观察和S1基因的RT-PCR扩增

参照已发表的IBVBeaudette株全基因组序列 ,自行设计合成了 3条引物 (youl 、you2 -、youM ) ,引物you1 和you2 -在S1基因两侧 ,跨幅约 16 10bp ,引物you2 -和youM 在S1基因的 3’端 ,跨幅约 5 30bp。用这两对引物对 5个IBV地方分离株 (HN2 ,HN4,JX1,SC2和SC1)进行RT -PCR ,均成功地扩增出相应大小的目的片段。病毒在电镜下观察可见到形态多变的冠状病毒粒子     

鸡传染性支气管炎病毒河南分离株S1基因克隆及遗传变异分析

根据GenBank中已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因,设计并合成了1对引物,采用RT-PCR技术扩增鸡传染性支气管炎病毒河南分离株(HN0501)S1基因,并进行克隆和测序.结果表明,所克隆的片段大小为1739 bp,包含S1基因和部分S2基因,S蛋白切割识别位点序列为RRSRR.序列比较分析发现,IBV HN0501株S1基因与澳大利亚N1株、吉林JAAS株S1基因核苷酸同源性分别为99.6%,99.8%,氨基酸同源性均为99.3%,而与其它支气管炎病毒株核苷酸同源性为66.4%~85.2%.通过IBV S1基因系统进化分析,结果发现HN0501株与N1株、JAAS株的亲缘关系近,而与其它支气管炎病毒株的亲缘关系均较远.进一步证实IBVHN0501株为IBV肾型株.     

鸡传染性支气管炎病毒上海地方分离株的RT—PCR快速检测

根据已报道的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）基因序列设计了1对可用于扩增不同病毒株N基因片段的引物，得到了预期的438bp长的产物，并将此RT－PCR方法与鸡胚盲传法结合用于分离、检测IBV。分离病毒的扩增条带经纯化和回收以后，克隆到pMD18-T质粒载体中。在对插入片段进行序列测定后，我们将测序结果与已发表的IBV N基因序列进行了比较，证实具有极高的同源性，表明分离的是IBV。据此建立起一种更加快速、有效的分离、鉴定IBV的方法。     

犬冠状病毒部分纤突蛋白基因的分子克隆

以RT－PCR方法扩增出犬冠状病毒（CCV）YS1、CI1 2株国内分离病毒的部分纤突蛋白基因，经酶切鉴定为CCV特异性核苷酸片段。采用平端连接法将Wizard^TM PCR纯化试剂盒纯化的PCR产物克隆于pUC19 Sma I酶切位点上，获得YS1pUC19、CI1pUC19重组质粒。琼脂糖凝胶电泳鉴定表明：重组质粒大于蓝斑菌质粒。以BamHI、Kpn I双酶切重组质粒可获得比原PCR产物略大的核苷酸片段，并从中以PCR方法扩增出与原PCR产物大小相同的核苷酸片段。     

马巴贝斯虫18S rRNA基因吉林省分离株的序列分析

为分析马巴贝斯虫吉林省分离株的18S rRNA基因序列，根据马巴贝斯虫18S rRNA基因序列设计1对引物，对吉林省的马匹血液基因组DNA进行PCR扩增，PCR产物进行克隆、测序，扩增出大小为435bp的马巴贝斯虫18S rRNA基因片段．序列分析显示，马巴贝斯虫吉林省分离株与南非株同源性最高，为98．4％．     

利用PCR和限制性酶切技术鉴别3种鳗鱼

根据日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗3种鳗鱼的16S rRNA基因序列,设计特异性引物,进行16SrRNA基因的PCR扩增,然后对PCR产物进行ApaI酶切反应.结果显示,日本鳗和欧洲鳗的PCR产物均出现211 bp的特异性扩增条带,美洲鳗的PCR产物出现两条DNA条带;日本鳗的PCR产物经ApaI酶切产生大小为135 bp和76 bp的两条条带,而欧洲鳗的PCR产物经ApaI酶切没有变化.因此,利用该方法可鉴别出日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗等3种鳗鱼.     

采用PCR-RFLP法鉴别IBDV强毒BC6/85株和弱毒B87株

选取传染性法氏囊病病毒(IBDV)强毒力代表株BC6/85和弱毒力代表株B87为研究对象,根据VP2基因保守区设计一对通用引物和两个限制性内切酶位点,分别扩增两个毒株的VP2基因,然后进行BamHⅠ和PstⅠ酶切,采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)分析酶切产物,并进行特异性、敏感性和重复性检测.结果表明:所设计的引物均可扩增两个毒株的VP2基因,大小约856 bp;经BamHⅠ和PstⅠ酶切后,BC6/85株的PCR产物被BamHⅠ和PstⅠ切出166、242和449 bp大小的3个片段,而B87株仅被PstⅠ切出242和615 bp大小的2个片段,且重复性好,特异性强.可见,采用PCR-RFLP分析IBDV VP2基因的方法操作简单,是一种能够快速鉴别IBDV强、弱毒株的可靠方法.     

不同毒株马立克氏病病毒囊膜糖蛋白gI基因的克隆与序列分析

根据马立克氏病病毒（MDV）国际标准株GA的基因序列，设计全盛一对引物，通过PCR技术，分别以弱毒株814和广西分离强毒株G2株基因组为模板，扩增获得预期大小的PCR产物，将PCR产物和pUC18分别经BamH I株和Sma I酶切后，连接、转化TG1，筛选获得了814－gI和G2-gI的基因克隆，将所得克隆进行测序，并将它们与已发表的MDV其他毒株gI的序列进行比较分析，获得了它们的同源性，绘制了系统发生树。     

免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒的分离和鉴定

[目的]鉴定免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒（IBV）。[方法]以接种IBV的鸡胚尿囊液为模板,根据GenBank中登录的IBV的N基因序列设计引物,通过RT-PCR扩增出目的片段,经酶切鉴定后对其进行测序鉴定。[结果]PCR扩增片段长度为409bp,将其Ⅳ基因核苷酸序列与不同地区分离株（山东、黑龙江等）以及欧洲呼吸型疫苗株（M41）的IBV核苷酸序列进行比较,结果表明,不同毒株的核苷酸同源性在85．6％～100．0％,此次分离所得IBV的N基因与IBVSD0708株（EU352625）N基因的核苷酸同源性高达99．3％,而与呼吸型疫苗株M41（M28566）的同源性仅为87．3％。测序结果及序列分析可以证实分离到的病毒为IBV,命名为HN／HL株。[结论]该研究为鸡传染性支气管炎病毒的控制奠定了基础。     

PRV gE抗原表位基因的序列分析

设计，合成了1对特异笥引物，以PRV－MinA和PRV－YueA株的病毒基因组为模板扩增gE的抗原表位基因，均获得了约560bp的特异性产物，将PCR产物克隆到pUCm-T载体上，构建重组质粒pUCMAgE和pUCYAgE。经菌落PCR和质粒酶切鉴定后，将目的基因进行序列测定。结果表明：目的基因均为558bp组成，编码186个氨基酸；核酸序列和推导的氨基酸序列的同源性分析表明，PRV－YueA和PRV－MinA株具有相对较低的同一性，分别为96．9％和92．5％。     

RT-PCR和Digoxigenin标记的核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒试验研究

用２对已发表的引物和１对自行设计的引物对同一ＩＢＶＨ１２０株进行ＲＴ－ＰＣＲ，分别获得了Ｓ１基因上与引物设计相一致的１７２０ｂｐ，２２８ｂｐ，６０２ｂｐ，的扩增片段。用自行设计的引物对７个毒株（Ｈ１２０，Ｈ５２，Ｍ４１，Ｃｏｎｎ，Ｇｒａｙ，Ｔ，Ｈｏｌｔｅ）和５个分离株（宜毒，上毒，云毒，ＨＫ，１１８）的含毒尿囊液或纯化病毒进行ＲＴ－ＰＣＲ。结果除Ｈｏｌｔｅ株，２个分离株（宜毒，云毒）外，其余均被成功地扩增出６０２ｂｐ的片段。将ＩＢＶＨ１２０株０６ｋｂＰＣＲ产物用Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记为探针，分别与上述各ＩＢＶ毒株的核酸及其扩增产物进行核酸杂交，均呈现阳性反应，而该探针不与ＩＢＤＶ和ＮＤＶ的ＤＮＡ，ＥＤＳ－７６病毒的ＤＮＡ及正常鸡胚尿囊液抽提物反应。ＲＴ－ＰＣＲ和核酸杂交技术提供了直接从尿囊液中快速检测出病毒，作为诊断ＩＢＶ的新方法。     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株膜蛋白基因的分子特征分析

根据GenBank中已经公布的鸡传染性支气管炎病毒株M基因序列,设计并合成1对特异引物,利用RT-PCR方法扩增出IBV河南分离株HN99株M基因的全长片段,然后进行克隆、测序,获得了长度为669 bp的HN99株M基因全序列,编码M蛋白222个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有1个潜在的N-糖基化位点,M基因编码的膜蛋白中含有9个高度保守的半胱氨酸;HN99株M蛋白点突变较多,且突变位点呈散在分布遍及整个ORF,主要表现为碱基的插入和缺失,在Glu 21～Leu 37,Set 45～Ile 68,Pro 74～Phe 94位氨基酸的区域内形成3个跨膜区域,在39 Try～43 Thr,171 Ile～176 Pro,183 Arg～193 Ser住氨基酸处含有3个潜在的抗原位点;与GenBank中的11个国内外参考毒株相比,IBV-HN99株M基因核苷酸同源性为87.0%～90.3%,推导的氨基酸同源性为89.7%～94.2%;在系统发生进化树中,HN99株M基因与其他参考毒株属于不同的分支,亲缘关系均较远.     

鸡传染性支气管炎病毒豫北株的分离与鉴定

[目的]分离与鉴定鸡传染性支气管炎病毒。[方法]从豫北某蛋鸡场疑似鸡传染性支气管炎的病鸡中采集气管分泌物、肾脏等组织分离病毒,进行血凝试验、NDV干扰试验,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术对HN07的纤突蛋白S1基因进行扩增、克隆和序列测定。[结果]结果表明,分离到1株病毒,经连续鸡胚传代后,出现侏儒胚和蜷缩胚;血凝试验中,尿囊液无血凝性,而经胰酶处理后有血凝性;NDV干扰试验中,分离的尿囊液明显干扰NDV的增殖;病毒回归试验中病毒可引发接种鸡37.5%死亡;RT-PCR检测试验中,扩增到了约为1.7 kb的目的片段。DNAstar软件分析表明,测定基因具有IBVS1基因的共有分子特征,而且分离株HN07和HD株S1的同源性最高,核苷酸同源性为93.6%。[结论]分离的病毒株HN07为鸡传染性支气管炎病毒。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株LH2/01/10纤突蛋白基因的遗传变异

 对传染性支气管炎病毒LH2/01/10的S1和S2基因分别进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定。结果表明,其S基因由3 495个核苷酸组成,编码的多肽由1 164个氨基酸残基组成。S蛋白的切割识别位点氨基酸组成为组氨酸-精氨酸-精氨酸-精氨酸-精氨酸(HRRRR)。推测其裂解后形成的S1和S2亚单位中,S1由539个氨基酸残基组成,S2由625个氨基酸残基组成。序列分析发现:LH2/01/10与Beau、M41、CU-T2、D1466、DE072、Holte、Gray、Ark99、Conn、H52、KB85     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株N基因的克隆与序列分析

根据GenBank中已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)N基因序列,设计并合成1对特异性引物,用RT-PCR方法扩增IBVHN99株的N基因,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌Top10,提取pMD18-T-N重组质粒,进行酶切和PCR鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与H52,Ark99,BJ等参考毒株进行序列分析。结果表明,N基因全长为1230bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;其核苷酸与H52,Ark99和BJ等毒株的同源性为88.4%~90.7%,氨基酸同源性为91.7%~94.4%;HN99株与H52,Ark99和BJ等其他各毒株的亲缘关系均较远,是1株新的IBV变异株。     

我国黄淮麦区10个短体线虫样品种类的分子鉴定

【目的】短体线虫(Pratylenchus spp.)是植物根系内迁移性寄生线虫,可引起许多作物的根腐线虫病,给世界农业生产造成了极大的危害。为明确我国黄淮麦区与禾谷孢囊线虫复合侵染小麦的短体线虫种类,本研究对采自黄淮4省麦区的10个短体线虫样品进行种类的分子鉴定,分析种群系统进化关系及种内遗传变异,以期为我国小麦根部线虫病害的综合防治提供指导。【方法】对采自江苏、安徽、河南和山东4省小麦孢囊线虫发病田中的10个小麦短体线虫样品进行线虫分离,从各样品中随机挑取5条短体线虫,分别提取单条线虫DNA,扩增r DNA 18S片段并进行测序比对,选取序列有代表性的2个DNA样本进一步扩增其r DNA 28S D2-D3区以及mt DNA-COI基因片段,经序列比对分析后,利用MEGA4.0软件采用邻接法分别构建基于r DNA 18S、28S D2-D3和mt DNA-COI序列的系统进化树,通过聚类关系及相似度分析确定线虫种类,同时利用种特异性引物进行验证。【结果】扩增挑取的50条短体线虫的r DNA 18S区片段,测序得到片段长度在857—935 bp,BLAST比对分析揭示部分样品可能为短体线虫的混合种群;进一步测定的20个代表性DNA样本的r DNA 28S D2-D3区和mt DNA-COI基因的片段长度分别在771—784 bp和415—417 bp;系统进化树以及相似度分析揭示我国黄淮流域4省麦区10个短体线虫样品中有咖啡短体线虫(P.coffeae)、落选短体线虫(P.neglectus)和斯克里布纳短体线虫(P.scribneri),其中,江苏沛县样品JS2和山东潍坊样品SD1是落选短体线虫单一侵染样品,河南永城样品HN2和安徽淮北样品AH3是咖啡短体线虫单一侵染样品,安徽萧县样品AH2、AH5和淮北样品AH4以及河南永城样品HN1和HN3均为落选短体线虫和咖啡短体线虫的混合侵染样品,江苏徐州样品JS1是落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫的混合侵染样品。用SCAR特异性引物扩增20个短体线虫单条DNA样本,结果显示,用落选短体线虫特异性引物PNEG-F1/D3B5能够从JS1-2、JS2-1、JS2-2、AH2-2、AH4-1、AH5-1、HN1-2、HN3-2、SD1-1和SD1-2等10个样本中扩增出140 bp的单一条带,用咖啡短体线虫引物PC1/PC2能够从AH2-1、AH3-1、AH3-2、AH4-2、AH5-2、HN1-1、HN2-1、HN2-2和HN3-1等9个样本中扩增出630 bp的单一条带,用斯克里布纳短体线虫引物Ps F7/Ps R7从JS1-1中扩增出130bp的单一条带,种类鉴定结果与上述序列分析结果相一致。【结论】我国黄淮流域4省小麦孢囊线虫发病田中的短体线虫种类有咖啡短体线虫、落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫,其中落选短体线虫是优势种,证实了短体线虫不同种群复合侵染小麦的现象较为普遍。基于mt DNA-COI基因构建的系统进化树可以有效区分短体线虫的近缘种,相比r DNA 18S和28S基因更适于作为短体线虫种类鉴定的分子靶标。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

新城疫病毒HN基因片段原核表达重组质粒的构建

根据GenBank中发表的新城疫病毒F48E9基因序列设计引物,采用RT-PCR技术,成功获得了该病毒HN基因中两个不交叉的基因片段,长度分别为790bp和579bp.将这两段基因分别克隆到pGEM-T vector中,经酶切鉴定和测序后克隆到原核表达栽体pET-28a,PCR和酶切鉴定表明,克隆的两个新城疫病毒基因片段已经正确地插入到了原核表达载体pET-28a之中.