不同毒株马立克氏病病毒囊膜糖蛋白gI基因的克隆和序列分析

根据马立克氏病病毒 (MDV)国际标准株 GA的基因序列 ,设计合成一对引物。通过 PCR技术 ,分别以弱毒疫苗株 81 4和广西分离强毒株 G2 株基因组为模板 ,扩增获得预期大小的 PCR产物 ,将 PCR产物和 p UC1 8分别经 Bam H 和 Sma 酶切后 ,连接、转化 TG1 ,筛选获得了 81 4 -g I和 G2 -g I的基因克隆 ,将所得克隆进行测序 ,并将它们与已发表的MDV其他毒株 g I的序列进行比较分析 ,获得了它们的同源性 ,绘制了系统发生树     

马立克病病毒囊膜糖蛋白E基因的克隆及序列分析

用聚合酶链式反应（PCR）技术，从中国广西分离的马立克氏病病毒（MDV）N株和G2株基因组DNA中，扩增出MDV糖蛋白E（gE）抗原基因片段的1500bp编码序列，将PCR扩增产物在KpnⅠ和HindⅢ位点克隆进pUC18质粒载体中，以Dig标记的gE PCR产物作为探针做斑点杂交及酶切分析选到含MDV gE基因的目的重组质粒pMNE、pMG2E。通过酶切位点分析显示，两毒株的gE基因内部酶切位点与MDV－GA国际标准强毒株的酶切位点基本一致。对重组pMNE、pMG2E质粒进行部分序列测定，并用DNA Star软件分析，结果表明：插入序列与发表的GA株gE基因序列具有高度同源性，gE基因为高度保守基因。     

马立克氏病病毒河南分离株Meq基因的克隆与序列分析

【目的】了解马立克氏病病毒(Marek’s disease virus,MDV)河南分离株Meq基因的分子特性,为中原地区MDV流行情况提供较详细的信息,为更好地防控MD奠定基础。【方法】应用PCR方法分别扩增了17株MDV河南省野毒分离株的Meq基因片段,克隆测序后,将各毒株Meq基因序列与vv+MDV 648A株、vvMDV RBIB株、vMDV GA株、mMDV疫苗株CVI988株和814株的Meq基因序列进行比对分析。【结果】17株分离株中除HNGS201和HNLC503的Meq基因扩增产物较预期稍大外,其余15个的片段长度为1 020bp,与预期长度相符;MDV河南分离株之间及其与参考毒株Meq基因的核苷酸同源性为99.0%~100%,部分毒株Meq基因的氨基酸序列有10个位点的氨基酸存在规律性突变;MDV河南分离株和参考株共组成3个进化分支,其中强毒株GA、RB1B和648A位于一个分支,分离株HNGS201、HNLH304、HNLC503与mMDV毒株CVI988和814位于同一分支,其余14株分离株位于另一个较大的分支。【结论】河南省可能流行着不同毒力的MDV,一些mMDV毒株的Meq蛋白存在59个或60个氨基酸的插入。     

PRV FB弱毒株与FA株gE,gI基因的同源性研究

用PCR方法扩增了PRVFB弱毒株和PRVFA野毒株的gE,gI基因,对FB弱毒株的gE,gI基因进行克隆和测序,并将其与GenBank中收录的PRVFA的gE,gI基因进行了比较。结果发现,PRVFB和PRVFA株的gE基因有2处碱基发生了点突变,同源性为99%;gI基因有7处碱基发生了突变,其中1处发生了3个碱基的插入突变,同源性为98%。表明PRVFB在传代过程中发生了遗传性变异。     

猪伪狂犬病病毒流行毒株gE/gI缺失突变株的构建及生物学特性研究

【目的】为研制针对猪伪狂犬病病毒流行毒株的疫苗提供候选毒株。【方法】构建针对猪伪狂犬病病毒流行毒株的gE/gI缺失重组转移质粒pMD-LA-RA及携带EGFP标记基因的重组转移质粒pMD-LA-EGFP-RA,将pMDLA-EGFP-RA与伪狂犬病病毒流行毒株PRV AH进行同源重组,利用EGFP为筛选标记,获得携带EGFP基因的gE/gI基因缺失突变株PRV AH gE~–/gI~–/EGFP~+,以此毒株与pMD-LA-RA进行第2次同源重组,筛选去除EGFP基因的gE/gI基因缺失突变株PRV AH gE~–/gI~–,并通过生长曲线、易感细胞连续传代和动物免疫评价其增殖能力、遗传稳定性及免疫原性。【结果】通过2次同源重组,结合荧光观察、空斑纯化和PCR检测,成功获得了PRV AH gE~–/gI~–,经PCR鉴定、荧光观察及测序鉴定,证实该毒株g E和g I基因被成功缺失,且不携带EGFP标记基因。生物学特性研究结果表明,该毒株增殖能力与亲本毒株相当,遗传稳定性及免疫原性良好。【结论】采用同源重组技术成功构建了免疫原性良好的猪伪狂犬病病毒流行毒株gE/gI基因缺失突变株,为研制针对流行毒株的基因缺失疫苗奠定了一定的基础。     

山羊痘病毒疫苗株TK基因的克隆与序列分析

用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计TK基因的特异性引物并进行PCR扩增,获得了2405bp的DNA片段,并将PCR产物克隆至pGEM-TEasy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明,成功获得了TK基因,获得的TK基因内存在唯一的ACC65I酶切位点和3′末端早期转录终止信号TTTTTN(T)T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明,弱毒疫苗株G14-STV44-55TK基因与基因Bank中发表的13个参考毒株的同源性在96%和95%以上,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。     

牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因克隆及序列分析

【目的】对牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因进行克隆及序列分析,为阐明本病致病机理,更好的控制BVDV感染、流行提供理论依据。【方法】以牛病毒性腹泻病毒河北分离株(HB-DCZ)基因组RNA为模板,扩增BVDVHB-DCZ株基因组NS2-3片段cDNA。将PCR产物克隆后进行PCR及双酶切鉴定。克隆产物进行序列测定及分析。【结果】HB-DCZcDNA体外扩增获得特异性条带,大小约为665bp,表明该分离毒株基因组中无插入序列。PCR产物克隆,提取重组质粒,扩增获得特异性的DNA条带,长度约为665bp,用EcoRⅠ和HindⅢ双酶切,获得两条DNA片段,长度分别为2600bp和702bp左右,与理论值相符。序列测定结果表明,克隆得到的NS2-3重要区扩增片段共665核苷酸,NS2-3重要区的蛋白质由208个氨基酸残基组成。HB-DCZ毒株NS2-3重要区核苷酸序列与已公开发表的BVDV其他毒株相比的同源性依次为184株99.1%,ZM195株97.4%,Osloss株92.3%,C_(24)V株77%,NADL株76.4%。HB-DCZ在NS2-3扩增区域中既没有外源序列的插入,也没有基因重组、重排或缺失,但存在某些核苷酸的替换。【结论】HB-DCZ与Osloss株、国内的184株、ZM195株遗传距离较近,与C_(24)V株、NADL株遗传距离较远。HB-DCZ株应为BVDVIb基因亚型。     

猪伪狂犬病病毒豫A株、豫B株PK基因的克隆和序列比较分析

对来自河南省的两份疑似伪狂犬的病料进行了PrvPK基因的PCR扩增,将两份扩增产物分别克隆于pMD18-T载体,对重组质粒作PCR、酶切分析和序列测定,证实了克隆片段的特异性。借助生物学分析软件,将YuA株和YuB株PK基因的核苷酸序列与已被Genebank收录的PryMinA株、PryEr株、NIA-3株及Ka株的PK基因核苷酸序列进行同源性和差异性比较,六个Prv毒株PK基因核苷酸序列间具有很高的同源性,最低者为YuA株和Ka株,其同源性为97．1％;YuA株在282位比其它毒株少一个G,导致缺失突变,93位以后氨基酸序列的同源性大大降低,该毒株与MinA株、YuB株、Er株、Nia-3和Ka株同源性分别降为30．7％、30．7％、30．2％、29．5％和19．5％,明显低于其它组间的最低值86．1％,分离毒对家兔的不致病性可能与该位点的缺失突变有一定关系。以NiA-3株为标准,在其238至249位有一个高变区,在1081至1098位有一个高变区,这两个高变区没有打乱读码框,也没有破坏PK激酶的保守氨基酸位点,推测这两个区域对于PK激酶结构的稳定性和功能的发挥是非必需的。     

番木瓜棕榈疫霉核糖体DNA-ITS序列分析

采用真菌核糖体转录间隔区通用引物ITS1和ITS4,PCR扩增了2株分离自广州的番木瓜疫霉菌(Phytoph-thorasp.)的核糖体基因ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序.供试菌株C0506071、C0506072分别克隆出814 bp、830 bp的序列,两菌株ITS序列间的相似同源率为99.62%.将供试菌株的ITS序列与GenBank中登陆的20株疫霉菌株的ITS序列进行聚类分析,结果表明,供试菌株与GenBank注册的AF467093、AJ517463聚在同一分枝上,均为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora),其他不同的疫霉种聚在不同的分支上,系统学关系较远.这表明分离自广州的2株番木瓜疫霉菌为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora).     

MDV CVI988/Rispens弱毒株VP22基因克隆和序列分析

血清I型马立克氏病病毒(MDV-1)的UL49h基因编码病毒被膜蛋白VP22在病毒的复制和传播过程中具有非常重要的作用.根据已发表的MDV-1 GA株的序列,从CVI988/Rispens弱毒株感染的鸭胚成纤维细胞中扩增VP22基因片段,结果获得大小为732 bp的PCR产物.将PCR产物克隆T载体并测序分析,结果发现,与经典强毒GA株相比,弱毒株CVI988的VP22存在3个定点突变和一个缺失性突变.缺失的位点亲水性强,并位于VP22主要的抗原决定簇区.结果证明强毒株与弱毒株的VP22存在明显差异,为利用CVI988 VP22的蛋白传导域传导目的蛋白奠定了理论基础.     

鸭瘟病毒河南株gI基因的克隆与测序

参考GenBank中鸭瘟病毒gI基因序列设计并合成引物,以鸭瘟病毒河南分离株DNA为模板进行PCR扩增,将扩增片段克隆至PGEM-T载体上,得到含gI基因重组质粒。经酶切鉴定,并对重组阳性质粒进行序列测定。结果表明,获得的片段含鸭瘟病毒gI基因,全长1 089 bp,与已报道的其他疱疹病毒gI基因具有较高的同源性,编码432个氨基酸,蛋白分子质量为39.7ku、等电点(PI)为6.06。     

狂犬病病毒鼠源野毒株糖蛋白基因序列测定及分析

对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR，分别得到了1067bp和938bp2个cDNA片段，对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列。采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和氨基酸的变异特点，在3个抗原位点上，与同一基因型中其他毒株相比，只有个别住点的变异。比较了该毒株和其他所选比较毒株之间的变异特点，G基因抗原区与CVS株的同源性可以达到98％，与ERA株的同源性达90％。讨论了G基因中与毒性相关的核苷酸和氨基酸的特点。     

传染性喉气管炎病毒河南株gB基因的克隆与序列分析

根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)gB基因的核苷酸序列,设计、合成1对引物,应用PCR扩增鸡ILTV河南株(ILTV-CG)gB基因.将扩增片段克隆入pGEM-T Easy载体后,经蓝白斑筛选,菌液PCR和酶切鉴定为阳性的重组菌进行测序.结果表明克隆到ILTV-CG株gB基因,全长为2 629 bp,包含一个完整的开放阅读框,共编码873个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列分析表明,ILTV-CG株gB基因与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-CG株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28～32位5个氨基酸的移码突变.     

传染性喉气管炎病毒河南株gB基因的克隆、序列分析及其真核表达载体的构建

【目的】构建传染性喉气管炎病毒(ILTV)的真核表达载体。【方法】从传染性喉气管炎病毒河南株(ILTV-XY)感染的鸡胚绒毛尿囊膜中提取病毒DNA,进行PCR扩增,PCR产物进行T-A克隆与测序,获得了鸡IL-TV-XYgB全基因序列;对ILTV-XY株gB基因与GenBank中读取的5株ILTVgB基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行了比较分析;并将该基因片段克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,对构建的重组质粒pcDNA3.1/gB进行酶切、测序鉴定。【结果】序列测定表明,gB全基因核苷酸长度为2 629 bp,编码873个氨基酸,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸。与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因进行比较,核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-XY株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又都插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28~32位5个氨基酸的移码突变。构建的重组质粒pcD-NA3.1/gB经酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确。【结论】成功构建了ILTV的真核表达质粒pcDNA3.1/gB,为ILTV核酸疫苗的研究奠定了基础。     

PCV-2陕西株ORF2基因的克隆、分析及原核表达

【目的】克隆猪圆环病毒2型陕西分离株(PCV-2SX株)ORF2基因,并进行序列分析及原核表达。【方法】根据GenBank公布的PCV-2ORF2基因的核苷酸序列,设计并合成1对特异性引物,应用PCR方法扩增PCV-2SX株ORF2全长基因,将其克隆入pGEM-T载体中,进行测序及序列分析。然后,将ORF2基因亚克隆入原核表达载体pET-32a中,在大肠杆菌BL21中进行IPTG诱导表达,对表达产物进行SDS-PAGE和Western-blotting鉴定。【结果】扩增到了702bp的PCV-2ORF2全长基因。序列分析结果表明,PCV-2SX株ORF2基因与广西分离株(EF675237,ChinaGX)和巴西分离株(DQ861802,am21)的核苷酸序列同源性均达98.0%,氨基酸序列同源性均达98.3%,与其他毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在89.9%～97.9%和88.5%～98.0%。SDS-PAGE可检测到分子质量约为48ku的融合蛋白,主要以可溶性蛋白形式存在。Western-blotting分析表明,重组蛋白可被PCV-2阳性血清所识别。【结论】成功克隆了PCV-2SX株ORF2基因,并进行了原核表达。     

MDV CVI988／Rispens弱毒株VP22基因克隆和序列分析

血清Ⅰ型马立克氏病病毒(MDV-1)的UL49h基因编码病毒被膜蛋白VP22在病毒的复制和传播过程中具有非常重要的作用。根据已发表的MDV-1 GA株的序列，从CVI988／Rispens弱毒株感染的鸭胚成纤维细胞中扩增VP22基因片段，结果获得大小为732bp的PCR产物。将PCR产物克隆T载体并测序分析，结果发现，与经典强毒GA株相比，弱毒株CVI988的VP22存在3个定点突变和一个缺失性突变。缺失的位点亲水性强，并位于VP22主要的抗原决定簇区。结果证明强毒株与弱毒株的VP22存在明显差异，为利用CVI988 VP22的蛋白传导域传导目的蛋白奠定了理论基础。     

表达马立克氏病病毒gI基因的重组鸡痘病毒的构建

以马立克氏病病毒 (MDV) 648株基因组DNA为模板 ,用PCR方法扩增 gI基因 ,将其插入到鸡痘病毒转移载体pFG1 1 75 1 ,通过脂质体方法转染鸡痘病毒 (FPV)感染的鸡胚成纤维细胞 (CEF) ,用蓝斑筛选方法纯化 4次 ,得到重组FPV ,用PCR方法证实 gI已插入到FPV基因组中 ,以间接免疫荧光试验鉴定重组FPV在CEF中表达了 gI基因 ,重组FPV命名为rFPVMDV648gI。     

伪狂犬病毒粤A株gE基因真核表达质粒的构建

根据伪狂犬病毒(PRV)NLA-3和Rice株的gE基因序列，设计了1对含有起始密码子和HindⅢ、BarnHI酶切位点的引物，以PRV粤A毒株（PRV-YA)基因组为模板，利用聚合酶链反应(PCR)扩增获得gE基因片段，将这一片段克隆至PMDl8-T载体中，获得重组质粒PMID18-gE；用HindⅢ和BarnHI酶切该重组质粒，回收得到含有以上2个酶切位点粘端的gE基因，将此基因片段克隆至相同酶切、回收后的pcDNA3．1( )真核表达载体中，获得真核表达重组质粒pcDNA3．1-gE，经PCR鉴定、限制性内切酶分析和克隆片段的序列测定、比较，证实了克隆片段的可靠性。     

鸡肾型IBV地方分离株N基因的克隆及分子遗传变异分析

用RT-PCR方法对分离于陕西省不同地区的8个鸡肾型IBV毒株的Ⅳ基因分别进行了扩增,将各扩增产物与T载体连接后,转化感受态细胞筛选阳性克隆质粒并进行基因测序,用DNAstar软件将这8个毒株与GenBank收录的7个IBV代表毒株的Ⅳ基因进行了比较分析,研究了其变异情况。结果表明,B01,YL,WH和 YX株与7株代表毒株的同源性较高,而G,BJ,WG,FF株与7个代表毒株的同源性相对较低。氨基酸推导序列比对结果表明,N蛋白突变以散在的点突变形式为主,其中46,48,50,75,78,189,232,236,237,299,301,350,366等位点容易发生突变,突变位点无明显规律性。     

基于CRISPR/Cas9介导的同源重组技术构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒

为构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV),采用CRISPR/Cas9介导的同源重组技术,对从湖北某猪场送检的病料中分离到的PRV HB2017株进行基因编辑,并利用蚀斑纯化等方法获取基因缺失株。随后,采用PCR、基因测序、间接免疫荧光试验、生长曲线测定及安全性和效力试验对基因缺失株的特性进行初步研究。结果显示:PRV HB2017株的TK、gE和gI基因已缺失,缺失毒株PRV HB2017ΔTKΔgE/gI与亲本毒株PRV HB2017株在PK-15细胞中的生长曲线差异不明显且具有较高的病毒滴度;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株传代至30代,TK和gE/gI基因缺失部分序列稳定,不能恢复;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株对仔猪是安全的;将该基因缺失株以10~(6.0) TCID_(50)和10~(7.0) TCID_(50)的病毒剂量接种仔猪,可保护仔猪免受10~(8.0) TCID_(50)病毒剂量强毒的攻击。