欧洲型PRRSV的分离鉴定及其ORF5基因序列分析

采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5全基因并进行序列测定分析。从采集的病料中成功分离2株PRRSV,2株分离毒株ORF5与Gen Bank中选择的参考毒株比较发现,其核苷酸同源性为82.5%~90.6%,氨基酸同源性为80.6%~91.5%。通过序列进行系统进化分析均显示分离毒株属于欧洲型PRRSV,ORF5基因与LV相比变异较大,应加大对欧洲型PRRSV的监控。     

2015-2016 年川南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)主要引起母猪繁殖障碍与生长猪呼吸障碍性疾病,给养猪业造成严重损失.为了解川南地区2015-2016年PRRSV遗传变异情况,该研究收集了85份疑似感染PRRSV组织样品,通过RT-PCR扩增ORF5基因,对其进行克隆、序列测定和所测序列遗传进化分析.获得15个ORF5序列,其遗传距离与序列相似性为0.0~0.25和81.1%~100%.与VR2332,JXA1,NADC30和JX1411核酸序列相似性分别为83.4%~89.1%,83.4%~99.3%,81.9%~95.7%和81.4%~92.9%.进化树分析显示,15个ORF5序列形成3个亚群,8个ORF5序列与JXA1形成subcluster Ⅰ,5个与NADC30 like形成subcluster Ⅱ,2个与ZJ1503 like毒株形成subcluster Ⅲ.研究结果表明,该地区PRRSVs毒株基因型日趋复杂,建议通过合理疫苗免疫,减少通过重组导致出现复杂的PRRSV基因型,对PRRSV的防控具有重要意义.     

吉林地区高致病性PRRSV JL-04/12株的 分离鉴定与全基因组测序

【目的】确定吉林省某疑似高致病性PRRS猪场的病原,研究其基因特性。【方法】采集疑似感染高致病性PRRSV病猪的脏器组织,处理后接种MARC-145细胞,观察细胞病变,分离PRRSV;应用RT-PCR方法检测和确定分离毒株的基因型,采用间接免疫荧光、电镜观察和全基因组测序检测分离的病毒。【结果】分离毒株为北美洲型PRRSV,命名为JL-04/12,其基因组全长为15 320bp(不包括PolyA),可使MARC-145细胞产生典型的细胞病变。序列比对结果表明:JL-04/12株与经典毒株VR-2332和CH-1a的核苷酸同源性分别为89.5%和94.9%;与高致病性毒株JXA1、HUN4的核苷酸同源性为99.1%。分离毒株JL-04/12编码的2个非结构蛋白和GP2～GP4的氨基酸序列与HUN4株同源性较高,在97.2%～99.3%,而JL-04/12编码的GP5的氨基酸序列与JXA1株同源性较高,为98.5%;JL-04/12编码的GP6和N蛋白的氨基酸序列与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性均为100%。PRRSV JL-04/12株的Nsp2不连续缺失30个氨基酸,与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性最高,均为97.8%,判定该分离株为变异的高致病性PRRSV。【结论】从吉林省分离到1株高致病性PRRSV,说明高致病性PRRS变异病毒在吉林省仍然存在。     

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5 基因遗传变异分析

【目的】监测 2021 年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒 (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV) 的分子流行动态,为 PRRSV 综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同 地区 PRRSV 检测为阳性的 37 个规模猪场采集 521 份患病猪组织样本进行 PRRSV 检测。对样本进行 ORF5 基因 测序,采用 DNAStar 分析 ORF5 核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用 Mega7.0 构建基于 ORF5 基因的 系统遗传进化树。【结果】从 37 个猪场采集的样品 PRRSV 阳性率为 24.4%,猪场阳性率为 45.9%。通过测序分 析获得 17 株来自不同猪场的 PRRSV ORF5 基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株（PRRSV 2）, 其中有 5 株属于 Lineage 8( JXA1-like 和 CH-1a-like）谱系,9 株属于 Lineage 1( NADC30-like 和 NADC34-like）谱系, 3 株属于 Lineage 3（QYYZ-like）谱系,没有监测到 Lineage 5（VR2332-like）谱系的毒株。17 株 PRRSV 毒株的 ORF5 基因之间核苷酸序列同源性为 81.3%~99.5%,推导的氨基酸序列同源性为 80.0%~98.3%。【结论】2021 年 广东省 PRRSV 流行株以 Lineage 1（NADC30-like 和 NADC34-like）和 Lineage 8（JXA1-like 和 CH-1a-like）谱 系为主,占比分别为 52.94% 和 29.41%,Lineage 3（QYYZ-like）谱系降为次要流行株,占比为 17.65%。     

豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析

为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。     

1株NSP2蛋白5个氨基酸缺失的PRRSV遗传进化分析

【目的】研究新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况。【方法】提取PRRSV感染病猪肺脏RNA,通过RT-PCR方法对PRRSV NSP2部分基因和ORF5基因进行扩增、克隆和测序,分析其分子变异特征。【结果】成功克隆到1株PRRSV,命名为XJzx1株,其NSP2基因编码蛋白第472~476位存在5个氨基酸的连续缺失,有别于高致病毒株第482、533~561位30个氨基酸的典型缺失,位于经典毒株HB-2(sh)/2002第471~482位12个氨基酸缺失区域内;XJzx1与HK13株NSP2部分基因核苷酸序列相似性最高,为87.5%,系统进化树分析显示,XJzx1株与我国高致病毒株JXA1、HUN4、SX2009等同属一个分支;XJzx1 ORF5基因与我国经典毒株CH-1a、BJ-4、HK6等同属一个分支,其GP5蛋白不存在氨基酸的缺失或插入,而表现为多位点的突变。【结论】PRRSV XJzx1株具有独特的遗传进化特征,其毒性较经典毒株有所加强,推测为新型变异株。     

2019年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2019年四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的遗传变异情况,采用RT-PCR方法对来自该省部分地区猪场的36份疑似PRRS猪的组织样品进行PRRSV ORF5基因测序,并对所获得的基因序列进行了生物信息学分析.结果显示,成功扩增出14条PRRSV ORF5基因片段.同源性分析显示,14条PRRSV ORF5基因序列均为基因Ⅱ型毒株,分属于1、3、8这3个不同的谱系,以NADC30为代表的谱系1和以QYYZ为代表的谱系3各5株,以JXA1为代表的谱系8毒株4株,各毒株间核苷酸和推导氨基酸的同源性分别为78.5％～100.0％、78.0％～100.0％.氨基酸序列分析结果显示,14个毒株GP5蛋白上3个主要的抗原表位上均存在广泛的变异,同时谱系1和谱系3毒株与毒力相关的位点也发生了不同程度的突变,这些突变可能影响病毒毒力及有助于病毒逃避机体的免疫系统.结果表明,2019年四川省PRRSV呈多亚型毒株同时流行的复杂局面,有必要对PRRSV的流行和变异情况进行实时监测,以此选择更为合适的疫苗毒株及免疫程序,结合严格的生物安全措施,从而达到科学防控PRRS的效果.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒WF-1株的分离鉴定及NSP2和ORF5基因的变异分析

从山东某大型猪场患"猪高热病"的病料中分离到1株病毒,该病毒可在Marc-145细胞上增殖,产生细胞病变。经RT-PCR鉴定证明,该病毒为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将其命名为WF-1株。用RT-PCR法分别扩增该分离株的NSP2基因和ORF5基因,并进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,PRRSV WF-1株的NSP2发生30个氨基酸的不连续缺失,缺失位置与PRRSV参考变异株JXA1相同;ORF5基因与JXA1、CH-1a、VR2332核苷酸同源性分别为98.0%、94.2%、86.4%,氨基酸同源性分别为97.5%、94.0%、87.5%。基因遗传进化树分析结果显示,WF-1株与2006～2008年期间分离的JXA1、SX-1等高致病性变异株的亲缘关系很近,与1996年分离的中等毒力毒株CH-1a亲缘关系较远,与VR2332、CC-1、MLV等弱毒株或疫苗株处于不同的分支。     

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.     

两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析

从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。     

猪繁殖与呼吸综合征河南毒株Henan-1的分离及其NSP2、ORF3、ORF5的序列分析

将2007年1月河南省某猪场送检的疑似高热病病料处理后接种于Marc-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,RT-PCR扩增目的基因并将其克隆入pMD18-T载体进行测序.并与国内外已发表的毒株的序列进行比较.结果表明:分离毒株Henan-1是美洲型PRRSV,而且NSP2基因发生30个AA的不连续缺失;Henan-1的NSP2、ORF3和ORF5基因与JXA1、JX0612、HZ-X、HB-1(sh)、CH-la、HB-2(sh)、SP、ATCC VR-2332、Henan-HN1、Resp PRRS/Repro MLV、PA8、BJ-4等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.0%～99.0%、88.3%～99.2%、88.6%～99.5%,推导的氨基酸同源性分别为66.7%～97.9%、84.7%～98.8%、87.1%～99.5%;而ORF3和ORF5基因与LV4.2.1等位基因核苷酸同源性分别为64.7%和64.2%,推导的氨基酸同源性分别为56.7%和61.0%.基因系统发育树分析表明:Henan-1与JXA1、JX0612株的亲缘关系很近,与HB-1(sh)亲缘关系较近,与HZ-X、CH-1a、HB-2(sh)、SP、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支.     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株JXA1反向遗传平台的构建

【目的】为高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP-PRRSV)的结构功能和致病机理的研究奠定基础。【方法】运用反向遗传技术将HP-PRRSV JXA1株的全基因组分段克隆至改造过的低拷贝载体pOKq上,并在病毒基因组两端分别添加CMV启动子和BGH终止信号肽以及在病毒全基因组第510位核苷酸突变引入Fse I酶切位点,作为遗传标记位点。采取基于DNA-launched途径进行病毒拯救,并对拯救的病毒进行生物学特性分析。【结果】构建的PRRSV JXA1毒株的全长cDNA克隆具有感染性;成功拯救了病毒,命名为rJXA1;成功引入了拯救病毒的遗传标记;拯救病毒与亲本病毒的生长曲线相似,二者达到最高滴度的时间均为感染后72 h。【结论】成功构建了JXA1株反向遗传平台,为进一步研究HP-PRRSV的致病机理、基因功能以及新型疫苗研发奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒FJ04A株的分离及其结构蛋白基因特性分析

从临床表现为繁殖障碍的猪群中分离到一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)FJ04A株,用RT-PCR方法进行鉴定,扩增出该分离毒的结构蛋白基因并进行了序列测定.预测其推导的结构蛋白相对分子质量、等电点、抗原位点和糖基化位点等.序列比较结果表明:该分离毒ORFs2-7与美洲型代表株VR2332核苷酸同源性为98.1%-99.5%,氨基酸同源性为96.5%-99.2%;而与欧洲代表株LV的核苷酸同源性为57.3%-63.4%,氨基酸同源性为54.7%-77.6%.表明该分离毒为PRRSV美洲型毒株.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州流行株ORF5序列变异分析

通过RT-PCR扩增9株贵州省PRRSV流行毒株的ORF5基因,并将其连接到pMD18-T载体进行克隆测序得到目的基因序列.参考国内外毒株,分析其变异特点.结果表明,9株PRRSV贵州流行株都属于美洲型毒株,其ORF5序列之间同源性为99.5%~100.0%.以GZCJ株为贵州省代表毒株,与美洲型参考毒株之间的同源性为89.7%~98.7%,与近年流行的毒株遗传距离较近,与早期流行毒株遗传距离较远,其发生了大量点突变.     

PRRSV陕西分离株ORF5基因克隆、序列分析及原核表达

克隆猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因,并进行序列分析及原核表达。根据GenBank公布的PRRSV ORF5基因的核苷酸序列,设计并合成一对特异性引物,用RT-PCR方法扩增PRRSV陕西分离株糖基化囊膜蛋白基因ORF5,将其克隆入pGEM-T载体中,进行测序及序列分析。再设计另外1对引物扩增ORF5缺失编码N端31个氨基酸残基的基因片段,将截短的ORF5基因亚克隆入原核表达载体pET-32a中,在大肠杆菌BL21中进行原核表达。结果扩增到603 bp的PRRSV全长ORF5基因,序列分析表明,分离株与北美型代表株VR-2332和欧洲型代表株LV氨基酸同源性分别为87.8%和54.5%。因此推测陕西分离株属于北美型。SDS-PAGE可检测到大小约为38 ku的融合蛋白,主要以可溶性蛋白形式存在。West-ern-blot分析表明,重组蛋白可被PRRSV阳性血清所识别。     

2010年云南PRRSV分离株ORF5基因的遗传变异分析

 为了了解云南猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的遗传变异情况及其与猪繁殖与呼吸综合征的分子流行病学关系,对2010年分离到的10个云南PRRSV流行毒株进行了ORF5基因序列的测定与分析。结果显示云南分离株与中国大陆首次分离株CH1a,北美代表株VR2332和欧洲型代表株LV之间的核苷酸同源性分别为93.2%-94.2%,87.4%-89.6%和62.5%-64.0%;氨基酸同源性为90.0-91.5%,87.1-88.6%和51.7-57.7%。遗传进化分析显示,云南10株分离株属于美洲型,并分为两个基因亚型。与传统毒株相比,云南分离株ORF5基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,但关键氨基酸位点未见明显改变,表明目前云南省所流行的PRRSV仍以经典毒株为主。研究结果为云南猪繁殖与呼吸综合征的控制提供了依据。     

新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及Nsp2和ORF5基因遗传变异分析

为探索新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异特征,利用RT-PCR、ORF5和部分NSP2基因序列进行分析,鉴定从新疆某猪场疑似猪高热病死亡猪肺脏分离出的一株病毒.分离的病毒株被鉴定为PRRSV美洲型,命名为XJ-Q株.该株病毒与香港分离株HK13亲缘关系最近,与国内变异株(HUB1和JXA1)同源性较为亲近.与美洲型标准毒株VR-2332相比,该分离株在481位和532～560位共有30个氨基酸缺失;与国内分离的PRRSV变异株相比,在487～489位有3个氨基酸的独特缺失.结果表明,新疆分离株为PRRSV美洲型,属于新缺失的PRRSV毒株.