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1.
为了对新疆部分地区环形泰勒虫Tams1基因型及遗传多样性进行分析,本研究对新疆托克逊、艾丁湖、青河和伊吾地区奶牛血液DNA进行检测,采用PCR方法对Tams1基因扩增、克隆和测序,并进行序列比对。通过MEGA、DNAsp、NetNGlyc等软件及在线软件分析Tams1基因及其蛋白序列。结果显示:1)新疆地区23条环形泰勒虫序列除伊吾地区2号样品序列被归为G3型,其余均属于G1型;此外,新疆地区Tams1基因序列在核苷酸与氨基酸水平上分别具有90.1%~100%和83.9%~100%的相似性。2)Tams1序列在核苷酸的168~217和479~528位置之间可检测到广泛序列变异。通过Hd=0.994±0.006、π=0.071±0.002、S=178、h=38及k=52.32均显示Tams1序列较高的遗传多样性;中性指数结果显示当地环形泰勒虫Tams1基因单倍型数大于多态位点个数,遗传多样性呈平衡选择。3)Tams1蛋白的N末端显示出较大的序列变异性,在3个区域(氨基酸位置27~52、138~175和180~196)存在广泛变异。经B细胞抗原表位预测及3D结构同源建模,发现Tams1蛋白...  相似文献   

2.
牛环形泰勒虫巢式PCR诊断方法的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank上发表的环形泰勒虫Tams1基因序列设计2对巢式引物,成功建立了环形泰勒虫病的巢式PCR快速检测方法.验证试验结果表明,PCR扩增产物测序结果与GenBank收录的Tams1序列同源性在92%~99%,对环形泰勒虫检测具有良好的特异性、重复性以及灵敏度.对新疆焦虫病疫区牛群血样检测发现,巢式PCR检出率为62.2%(61/98),高于常规PCR检出率(58.2%,57/98)和血涂片镜检检出率(35.7%,35/98),提示该巢式PCR方法可用于大规模的环形泰勒虫病的流行病学调查.  相似文献   

3.
牛环形泰勒虫病PCR诊断方法的建立及其应用研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
[目的]建立快速检测牛环形泰勒病的PCR诊断方法.[方法]根据牛环形泰勒虫裂殖子的表面抗原(Tams1)基因,设计一对特异性引物,以地方阳性病例提取的DNA为模板,用PCR扩增出目的条带,经克隆、测序分析后,通过优化反应体系,建立牛环形泰勒虫病的PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行验证试验.[结果]测序结果表明,扩增的目的片段与已知基因序列相似性为99;;该方法检测与牛的其他血液原虫无交叉反应,其最低检出限量为1.6×102 copies/μL.应用所建立的PCR检测方法对新疆吐鲁番市周边疑似地区419份牛全血进行了检测,结果阳性率为52.3; (219/419),而血液涂片检出率为43.7;(183/419).[结论]建立的牛环形泰勒虫PCR快速诊断方法具有有一定的特异性和敏感性,可用于牛环形泰勒虫病的分子诊断和流行病学调查.  相似文献   

4.
[目的与方法]以纯化的牛环形泰勒虫GST-Tams1融合蛋白作为检测抗原,通过优化ELISA反应条件,建立检测牛环形泰勒虫血清特异性抗体的间接ELISA方法.[结果]方阵试验确定的GST-Tams1抗原的最适包被浓度为10 μg/mL,血清最佳稀释倍数为80倍,ELISA阳性反应的临界值为OD<,450>≥0.282,批内和批间重复试验的变异系数均小于15;.Tams1间接ELISA方法能排除GST的干扰,与其它梨形虫病无交叉反应,与环形泰勒虫病巢式PCR检测方法的阳性符合率为96;.[结论]建立的Tams1间接ELSIA检测法重复性好、特异性强、灵敏度高.这是国内首次利用重组蛋白建立的牛环形泰勒虫病血清学诊断方法,为大规模地进行牛环形泰勒虫病的流行病学调查和血清学诊断提供有效的技术手段.  相似文献   

5.
【目的】实现对绒山羊环形泰勒虫和瑟氏泰勒虫的鉴别诊断。【方法】研究在形态学鉴定的基础上,结合分子生物学方法,分别根据二者的差异保守基因30KDa基因和MPSP表面蛋白基因设计上下游引物进行片段扩增和序列鉴定。【结果】制作的血涂片经显微镜观察,在红细胞内一侧边缘可见一个或多个,环形,杆状,梨籽形等多形态的虫体,经姬姆萨染色后,虫体原生质呈淡蓝色,染色质呈红色。以发生泰勒虫病绒山羊的血液DNA为模板,进行PCR扩增,分别在193 bp和875 bp处获取目的条带。测序数据和GenBank登录的环形泰勒虫和瑟氏泰勒虫同源性为100%。此外,通过敏感性试验发现,实验所建立的PCR检测方法能够检测出环形泰勒虫和瑟氏泰勒虫的最低检测量分别为0.15 fg和0.17 fg。  相似文献   

6.
【目的】为建立蜂及蜂产品中美洲幼虫腐臭病(AFB)二温式PCR诊断方法。【方法】选取幼虫芽孢杆菌基因保守序列设计一对特异性引物,优化反应参数,进行特异性、敏感性和重复性试验验证,建立了诊断AFB的二温式PCR方法。【结果】扩增出130 bp的特异性片段,与参考株序列相似性为100%,DNA灵敏度检测幼虫芽孢杆菌达到33 fg/PCR体系,重复性良好。应用该方法对40份实验室模拟样本和50份临床样本进行了检测,与预期结果一致。【结论】该方法具有特异、灵敏、准确等优点,可用于蜂及蜂产品中AFB的快速诊断。  相似文献   

7.
基于Hsp70基因的马梨形虫分类学定位分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
 【目的】为了进一步确定马泰勒虫的分类学定位。【方法】根据GenBank上登录的马巴贝斯虫Hsp70基因序列(AB248743.1),设计引物TeHsp70F, TeHsp70R,以马泰勒虫基因组DNA为模板进行扩增,获得全长为1 920 bp的核酸片段。将该基因序列与GenBank中23种已知虫种的相应序列进行分析比较。【结果】该片段编码639个氨基酸,其疏水性氨基酸达到208个,极性氨基酸167个。同一性分析显示,该基因片段与报道的马巴贝斯虫Hsp70基因(B. equi  BAF02625.1)亲缘关系最近,其次是小泰勒虫(T. parva  XP764717.1)和环形泰勒虫(T. annulata AAA30130.1),而与感染马属动物的另一个虫种驽巴贝斯虫(B. caballi BAF02619.1)亲缘关系较远。【结论】马泰勒虫Hsp70基因的克隆及系统发育分析显示,之前被定名为马巴贝斯虫(B. equi)的虫种隶属于泰勒虫虫种。本试验为马巴贝斯虫正确更名为马泰勒虫(T. equi)的分类地位提供了又一佐证。  相似文献   

8.
以环形泰勒虫兰州株基因组为模板,经PCR扩增获得了suATI的部分基因,将该基因克隆到pMD20-T载体,对重组质粒进行PCR和双酶切鉴定及序列测定.结果表明:该基因的长度为1 377bp,编码了459个氨基酸.同源性分析结果显示:克隆序列与CenBank收录的环形泰勒虫参考核苷酸序列同源性为98.35%,氨基酸同源性...  相似文献   

9.
【目的】克隆马泰勒虫新疆株棒状体颈部蛋白4基因(RON4)并原核表达RON4蛋白。【方法】参考美国马泰勒虫WA株基因组数据及其他顶复门原虫RON4基因信息,设计特异性引物,以马泰勒虫新疆株DNA为模板克隆RON4基因片段,构建pET-32a-RON4原核表达载体后进行原核表达与鉴定,并对RON4基因编码蛋白进行生物信息学分析。【结果】获得马泰勒虫新疆株RON4基因(NCBI登录号为:ON254212)。马泰勒虫新疆株与马泰勒虫WA株亲缘关系最近,RON4基因的核苷酸和氨基酸相似性分别为 99.4%和 99.0%;RON4基因在种间高度保守,其氨基酸序列与其他顶复门原虫具有高度相似的保守区域。成功构建了RON4蛋白原核表达载体,诱导表达获得分子质量为50 ku的重组包涵体蛋白;重组蛋白可与马泰勒虫阳性马血清特异性反应。生物信息学分析表明,马泰勒虫新疆株RON4蛋白的亲水性、柔韧性以及表面可及性较弱,B细胞表面抗原表位区域较少,形成表面抗原表位的结构基础条件不足。【结论】克隆获得了马泰勒虫新疆株RON4基因,并完成了原核表达及鉴定,该基因高度保守,在不同物种间可能具有相似的功能。  相似文献   

10.
中国新疆部分地区马泰勒虫感染的差异性及系统发育分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】分析新疆南北疆马泰勒虫感染的差异性及地方流行株遗传进化距离,研究马泰勒虫遗传多样性及其感染率。【方法】采自南北疆478份疑似马匹的血样,经马泰勒虫PCR方法检测,分析马泰勒虫感染情况并应用最大似然法(ML)基于18 S rRNA基因的遗传进化树及构建系统发育树。【结果】在所采集的样品中,中国新疆北疆地区马泰勒虫感染阳性率为13.96%(25/179),中国新疆南疆地区马泰勒虫感染阳性率为27.09%(78/299)。印度、南非、西班牙、伊朗等地方株聚为一支,扩增的18S rRNA基因(MF398476、MF398477)与瑞典地方株聚为一支。【结论】中国新疆南疆马泰勒虫感染率高于北疆,南北疆马泰勒虫感染存在显著性差异(P=0.0010.05),在不同年龄段马匹的感染无显著性差异(P0.05);扩增的马泰勒虫阿勒泰、托克逊地方流行株(MF398477、MF398476)与瑞士地方株(KM046918.1)亲缘关系最近。  相似文献   

11.
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和mRNA,反转录合成cDNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR对文库部分差异基因进行验证。【结果】通过对文库454个阳性克隆进行测序,共获得了有效表达序列标签(ESTs)364条,大小主要分布在350-1 200 bp之间;将这些ESTs序列在GenBank中进行BLASTn网上序列比对,其匹配于192条基因序列;其中包括环形泰勒虫序列60条(11条为虫体蛋白酶基因序列、10条为膜蛋白基因序列、7条为假设蛋白基因序列、5条为凋亡相关虫体蛋白基因序列、5条为核糖体蛋白基因序列、4条为细胞周期蛋白基因序列、4条为虫体抗原基因序列和虫体其它基因序列14条)、牛基因序列131条(其中19条为肿瘤相关蛋白基因序列)和1条未知序列;其中已有功能注释的ESTs 285条,再将已知功能的ESTs通过WEGO软件从生物学过程(biological process)、细胞组成(cellular component)和分子功能(molecular function)3个部分进行GO聚类分析,结果表明,宿主细胞差异基因主要集中在细胞、细胞进程、结合、催化、代谢进程、生物调节等功能方面。另外,通过对部分环形泰勒虫裂殖体转化宿主细胞差异基因进行荧光定量PCR分析,结果表明,肿瘤相关基因HCLS1和SENP5在转化宿主细胞中转录水平分别是非感染牛PBMCs(非转化宿主细胞)的2.06和1.32倍。【结论】利用SSH技术,成功构建了环形泰勒虫感染宿主细胞的抑制性消减文库,筛选获得了转化宿主细胞和环形泰勒虫裂殖体的表达基因,并通过荧光定量PCR分析获得了2个可能参与宿主细胞转化的基因,为进步探索环形泰勒虫与宿主细胞相互作用的分子机制奠定了基础。  相似文献   

12.
白菜雄性不育相关新基因BcMF1的分离及特征分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】筛选与白菜雄性不育性状相关的新基因,为研究植物雄性不育的分子机制提供依据。【方法】利用cDNA-AFLP技术分析白菜核雄性不育两用系‘ZUBajh97-01AB ’的表达差异,在可育株群中扩增出1条特异条带BcMF-A15T17,通过RACE和PCR技术扩增得到该基因的cDNA和DNA全长序列,并用Northern杂交验证了该基因的表达特征。【结果】该基因被命名为BcMF1,它的cDNA全长为1 684 bp,基因全长为1 985 bp,BcMF1基因仅在两用系可育株群的中、大花蕾中特异表达。推测的BcMF1蛋白含有471个氨基酸,与拟南芥未知功能蛋白家族DUF1216成员的相似性较高,预测该蛋白是一个定位在胞外的分泌蛋白。【结论】BcMF1基因是一个与白菜细胞核雄性不育相关的新基因。  相似文献   

13.
【目的】利用重组β2肾上腺素能受体(β2AR)检测β2激动剂类药物,是弥补传统免疫学检测方法不足、实现该类违禁物多残留的快速检测手段。获得高纯度、高亲和力的重组受体是该技术的核心和难点。本文克隆猪β2 AR并构建其重组穿梭表达质粒,为筛选最适宜的受体表达系统和表达条件提供基础材料。【方法】克隆猪β2AR并进行序列分析,完成重组穿梭表达质粒构建。首先采集新鲜猪肝组织,提取总RNA,根据GenBank已登录的猪β2AR核苷酸序列(AF000134),设计1对引物并进行RT-PCR扩增。扩增产物切胶回收后与pMD-18T载体于4℃、T4连接酶作用下连接过夜。连接产物转化DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选后提取克隆质粒并对其作PCR鉴定、双酶切鉴定及测序分析。然后对所获得的基因及编码的氨基酸序列进行在线BLAST分析、系统进化树构建和疏水性分析。为了提高受体蛋白的表达量及受体配体间的亲和力,对该克隆基因作N端截短186个核苷酸改造;为使表达蛋白C端携带6×His标签,对克隆基因C端进行去除终止子改造。将改造后的克隆基因分别插入pTriEx-1.1 Hygro穿梭表达载体,连接产物转入NovaBlue感受态细胞,经Amp抗性筛选,挑取单菌落提取质粒并进行鉴定。【结果】经分光光度计检测及琼脂糖凝胶电泳分析,所提猪肝细胞总RNA的纯度、浓度及完整性可满足后续试验要求。RT-PCR产物电泳结果显示,在1 200 bp 左右出现1条特异性条带,与预期结果一致。克隆质粒pMD-18T-β2AR经鉴定,证实为阳性重组质粒。测序结果显示,所得猪β2AR基因cDNA序列全长1 257 bp,编码418个氨基酸。该序列已提交至GenBank,登录号为KF023571.1。Compute pI/Mw在线软件预测该蛋白分子质量为46.73 kD。与已发表的猪β2AR(AF000134)相比,基因序列一致性为99.68%,4处发生碱基突变,编码的氨基酸序列一致性为99.28%,3处发生突变,且配体与受体结合位点处的氨基酸均得到正确克隆。在线BLAST分析表明,猪与其它物种的β2AR及氨基酸序列一致性均在80%以上,具有较高的同源性。由系统进化树分析可知,所克隆的猪β2AR与领西猯Pecan tajacu(JN 633666.1)的亲缘性较近,与大仓鼠Tscherskia triton(AY683091.1)和草原田鼠Microtus ochrogaster(XM 005356183.1)的亲缘性较远。氨基酸疏水性分析表明,该受体蛋白N端以疏水性氨基酸为主,C端以亲水性氨基酸为主。经PCR和双酶切鉴定以及测序分析证明,成功构建重组穿梭表达质粒pTriEx-1.1Hygro-β2AR1-418和pTriEx-1.1Hygro-β2AR63-418。【结论】所获克隆基因与已发表猪β2AR高度一致,且活性位点处的氨基酸均得到正确克隆。此外,pTriEx-1.1 Hygro穿梭表达载体适宜用作大肠杆菌、昆虫细胞和哺乳动物细胞表达系统的启动子,是研究目标基因在不同表达系统表达效果的良好材料。本文所构建的穿梭表达质粒pTriEx-1.1Hygro-β2AR1-418和pTriEx-1.1Hygro-β2AR63-418均可用于以上3种表达系统中β2AR蛋白的表达纯化研究。  相似文献   

14.
【目的】对怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因进行克隆和表达分析,为进一步揭示怀玉山三叶青黄酮醇合酶的生物学功能奠定基础。【方法】怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的核心片段通过其转录组数据库进行筛选,怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因利用逆转录PCR进行克隆,序列分析采用生物信息学进行分析,器官表达采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行比较。【结果】怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因cDNA总长度为987 bp,G+C含量为47.92%。怀玉山三叶青黄酮醇合酶由329个氨基酸组成,分子量37578.03 Da,理论等电点5.39,为亲水性蛋白;其二级结构中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲的比例分别占27.66%、21.88%和50.46%。怀玉山三叶青黄酮醇合酶主要存在内质网中,在进化上与山甜菜(Nekemias grossedentata)、河岸葡萄(Vitis riparia)和葡萄(Vitis vinifera)的亲缘关系较近,尤其是与山甜菜(N.grossedentata)黄酮醇合酶在进化上具有最高的亲缘关系。qRT-PCR分析结果表明,怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的表达在2个栽培种中存在器官特异性表达,怀玉2号在根中的相对表达量最高,怀玉1号在茎中的相对表达量最高。【结论】怀玉山三叶青黄酮醇合酶具有典型黄酮醇合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,且怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的表达存在组织器官差异性。  相似文献   

15.
【目的】通过生物信息学分析,将苹果的一段EST序列初步定性为转录因子MdHB-1基因,对该基因进行克隆和真核表达载体构建,为进一步研究其分子生物学功能奠定基础。【方法】根据番茄LeACO-1转录因子LeHB-1的基因序列,对苹果EST库进行Blast,获得一段EST序列,根据该EST序列设计1对特异性引物,以“皇家嘎啦”苹果花器总RNA为材料,经RT-PCR得到1条长约1 000 bp的cDNA片段,T/A 克隆后进行序列测定及分析。将基因MdHB-1与真核表达载体pPICZA连接,构建真核表达载体pPICZA-MdHB-1,并导入毕赤酵母菌种GS115,通过 PCR鉴定该载体的导入情况。【结果】克隆到苹果MdHB-1基因(GenBank登录号为JQ678788),其开放阅读框为1 011 bp,编码336个氨基酸。Blastn和Blastp序列比对分析发现,MdHB-1与已登录的其他物种的HB-1基因相似性达50%~60%。该基因编码的氨基酸中存在保守序列HD-Zip结构域,该保守序列与已经报道的番茄LeHB-1、拟南芥AtHB-1的保守序列的同源性均大于85%。重组表达载体PICZA-MdHB-1构建正确并已成功导入酵母基因组中。【结论】成功克隆了苹果转录因子MdHB-1基因全长,并正确构建了其真核表达载体。  相似文献   

16.
藏绵羊DQA1基因多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点(A/G),属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。  相似文献   

17.
【目的】克隆水稻氨基酸透性酶基因OsAAP14的启动子序列并分析其时空表达特性,为解析氨基酸转运基因生物学功能及了解水稻对有机氮源的响应和氨基酸吸收利用提供理论依据。【方法】PCR扩增OsAAP14基因的启动子序列,并与pCAMBIA1391Z空载体质粒连接构建出启动子-GUS表达载体,并通过农杆菌介导侵染水稻中花11愈伤组织,获得OsAAP14基因的启动子-GUS转基因植株,通过对转基因植株不同组织部位进行GUS染色,并采用石蜡切片技术观察各组织细胞部位表达,经5种不同氨基酸处理后进行根部GUS染色,结合实时荧光定量PCR检测OsAAP14基因在GUS染色部位的相对表达量,最后综合分析该基因的时空表达特性。【结果】克隆获得OsAAP14基因启动子序列为1993 bp,与参考序列日本晴OsAAP14(LOC_Os04g56470)序列一致。该启动子序列含有MBS、P-box、ABRE、CGTCA-motif等激素或胁迫响应元件。从OsAAP14基因的启动子-GUS植株T0代中鉴定获得16个阳性转基因株系。T1代材料不同组织部位GUS染色及实时荧光定量PCR结果均显示,OsAAP14基因在水稻芽伸长的基部和叶片相对表达量较高,在根、叶鞘和穗也有一定表达,但在茎中的相对表达量最低。石蜡切片分析结果显示,OsAAP14基因在根部皮层薄壁细胞、叶片的叶肉细胞、穗的颖壳内部细胞有较高的表达。碱性氨基酸的组氨酸处理下根中的OsAAP14基因表达量随着处理时间的增加显著提高(P<0.05,下同),且赤霉素和脱落酸处理下,根中的OsAAP14基因相对表达量也显著提高。【结论】OsAAP14基因在水稻不同组织均有表达,正常情况(未处理)下在水稻基部和叶片中相对表达量较高,但外源氨基酸和激素处理时,在根中该基因被诱导表达上调,说明OsAAP14基因正常情况下可能主要参与调控水稻地上部分氨基酸的运输,但当外界氨基酸和激素含量增加时则参与调控水稻根部氨基酸的运输。  相似文献   

18.
【目的】克隆小麦蒜氨酸酶基因CDs区,并对其进行序列特征分析和实时定量表达检测。【方法】采用电子延伸结合RT-PCR方法,从小麦叶片分离出蒜氨酸酶基因,网络资源分析其序列特征,实时定量PCR技术检测其在不同条件下的表达情况。【结果】克隆到1个小麦蒜氨酸酶基因TaAly1,其开放阅读框全长1 023 bp,编码340个氨基酸,与水稻和玉米蒜氨酸酶基因的同源性为70%,其基因组DNA序列含有3个内含子;TaAly1在小麦幼苗根部几乎不表达,在叶部表达量最高,其次是茎部;植物激素GA、MeJA、SA处理及条锈菌接种和干旱、低温处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。【结论】成功克隆了小麦TaAly1基因的CDs区,该基因可能通过依赖GA、MeJA和SA的信号通路参与小麦与条锈病的互作。  相似文献   

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