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基于18S rRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学 总被引:2,自引:0,他引:2
利用18S rRNA基因序列分析方法,对我国湖北、广西、新疆和浙江4省的伊氏锥虫及1株布氏锥虫进行分子分类学研究.用分离的锥虫感染实验动物,自感染小鼠的红细胞或全血中提取基因组DNA,根据GenBank中已发表的雏虫18S rRNA序列设计1对锥虫通用引物,通过PCR扩增目的基因片段,将扩增产物连接到pGEM-T载体中,经酶切、PCR确定,进行序列测定.结果显示,7个锥虫分离株的18S rRNA基因大小为2 188 bp.利用DNAS-tar对试验所获得的这7株锥虫和GenBank中部分锥虫的18S rRNA基因进行比较分析,建立2个进化系统发生树.核苷酸同源性比较及系统发生树显示:自我国上述4省分离的伊氏锥虫来源于同一株系,布氏锥虫和广西分离的伊氏锥虫株的18S rRNA核苷酸与其他锥虫分离株仅有较小差异,与国外的6株锥虫的同源性为99%~100%,与另外7株的同源性为62%. 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒S1基因和鸡Ⅱ型干扰素基因在重组鸡痘病毒中的共表达 总被引:5,自引:3,他引:5
将鸡Ⅱ型干扰素(ChIFNγ)基因和鸡传染性支气管炎病毒S1基因同时插人到鸡痘病毒转移载体中,构建含有这2个基因的鸡痘病毒转移载体pSY—ChIFNγS1。采用脂质体法将该质粒转染鸡痘病毒感染的鸡胚成纤维细胞(CEF),经过8轮蓝斑筛选,得到纯化的能够同时表达鸡Ⅱ型干扰素和鸡传染性支气管炎病毒S1基因的重组鸡痘病毒rFPV—ChIFNγS1。rFPV—ChIFNγS1接种28日龄的SPF鸡1周后,可以检测到针对传染性支气管炎病毒S1基因的ELISA抗体,重组病毒接种鸡的CD4^+、CD8^+和γδTCR阳性T淋巴细胞的百分比含量显著高于非免疫对照鸡(P%0.05);免疫4周后用传染性支气管炎LX4强毒株攻击,rFPV—ChIFNγS1免疫组仅有1只出现轻微的呼吸道症状(1/16),而非免疫对照组则有16只发病(16/16),并有2只出现死亡(2/16),表明rFPV—ChIFNγS1对接种鸡可以产生良好的保护效果。 相似文献
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分析2013—2019年中国西北部分省区不同基因亚型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)抗原基因Erns的分子特征,了解其遗传演化规律。从甘肃、青海、宁夏规模化牛场送检的疑似牛病毒性腹泻发病牛150份EDTA抗凝血提取总RNA,利用RT-PCR扩增病毒基因组Erns-E1区,克隆测序后比对,构建系统进化树进行遗传演化关系分析。利用牛肾细胞MDBK对检出的不同基因亚型BVDV进行分离,并鉴定其生物型。RT-PCR扩增结果表明,BVDV总体阳性率为37.33%,其中甘肃省、青海省、宁夏回族自治区BVDV阳性率分别为37.68%、35.71%、40.00%。获得56份Erns-E1 DNA,克隆测序获得33条不同的Erns序列,长度均为681 bp,分析表明流行株分属10个BVDV基因亚型:BVDV-1a (2株)、BVDV-1b (5株)、BVDV-1c (1株)、BVDV-1d (3株)、BVDV-1m (11株)、BVDV-1o (1株)、BVDV-1p (4株)、BVDV-1q (4株)、BVDV-1v (1株)、BVDV-2a (1株)。分离获得BVDV-1a亚型、BVDV-1b亚型、BVDV-1v亚型、BVDV-2a亚型分离株各1株,BVDV-1 d亚型分离株2株,均为非致细胞病变型。各亚型株间Erns基因核苷酸相似性以BVDV-1a~1d经典亚型株(79.8%~85.9%)或1m~1q及1v新亚型株(81.0%~87.3%)较高,以BVDV-1 m和BVDV-1p流行株亚型间相似性最高(87.3%)。各亚型株Erns基因编码蛋白的RNA酶活性位点以及双链RNA作用基序(139KKGK142)保守,但Erns第26位糖基化位点(26 NRSL)在1m~1q、1v亚型株移位(24 NVSR)。首次以Erns核苷酸序列构建系统进化树,结果显示1m~1q及1v等亚型BVDV株在进化上关系较为密切。本研究首次选用Erns靶标基因对甘肃、青海、宁夏部分省区牛源BVDV株进行同源性及系统进化分析,发现10个基因亚型流行株,以1m亚型株最为普遍,1m~1q及1v等亚型株亲缘关系密切。 相似文献
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为揭示18S rRNA V4高变区在物种分类学的本质意义,及进一步阐述马泰勒虫(之前称马巴贝斯虫)的分类学地位,本试验参考马泰勒虫(DQ287951)和驽巴贝斯虫(FJ209026) 18S rRNA基因序列,在其V4高变区设计引物.将获得的片段克隆至pMD19-T进行测序,正确的结果与其他种梨形虫的相应序列进行分析.系统发生树结果显示,泰勒虫和巴贝斯虫处于明显的两个分支,而称之为马巴贝斯虫的物种和泰勒虫有着较为密切的关系,他们处于同一分支,其亲缘关系较巴贝斯虫更远.序列对齐分析表明,巴贝斯虫核苷酸序列相对于泰勒虫种序列存在多个位点的缺失和突变.而马巴贝斯虫和泰勒虫18S rRNA V4高变区核苷酸序列的相似程度较高,与巴贝斯虫在该序列上的差异较大.以上结果表明,泰勒虫种和巴贝斯虫种18S rRNA V4高变区核苷酸序列间的这种缺失和突变可作为泰勒虫和巴贝斯虫分类依据的本质因素之一.马巴贝斯虫应隶属于泰勒虫科,泰勒虫属. 相似文献
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子孢子与裂殖体2(spm2)是环形泰勒虫重要的表面抗原。为了深入研究环形泰勒虫spm2主要抗原区域spm-N蛋白的功能,利用大肠杆菌表达系统表达重组spm-N蛋白并进行纯化及鉴定。通过序列设计合成特异性引物,利用PCR扩增环形泰勒虫spm-N基因片段,将目的片段定向克隆至表达载体pET30a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3)表达菌,用IPTG诱导表达重组蛋白。结果显示:重组spm-N蛋白以可溶性的形式表达,获得了较高纯度的spm-N蛋白,且该蛋白的反应原性和特异性均较好。本研究成功表达了重组spm-N蛋白,为深入揭示spm-N蛋白的功能提供了依据。 相似文献
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长角血蜱卵cDNA表达文库的构建 总被引:2,自引:0,他引:2
【目的】以长角血蜱卵为材料构建高质量的长角血蜱卵cDNA表达文库,为进一步筛选克隆目的基因奠定基础。【方法】在无RNA酶污染的环境下从长角血蜱卵中提取RNA,进而纯化mRNA,采取oligo(dT)引物合成双链cDNA,定向克隆到λSCREEN载体。用PhageMaker extract对其进行体外包装以形成完整的噬菌体,转染大肠杆菌ER1647,测定库容量。并用构建的cDNA文库克隆已知的长角血蜱促卵泡激素基因。【结果】所构建长角血蜱卵cDNA表达文库的基础库容量约为1.38×106 PFU,重组率为100%,扩增后文库的滴度为2×109 PFU•ml-1。获得了目的基因,其序列与GenBank中的长角血蜱促卵泡激素(DQ248886)的核苷酸序列的同源性为97.8%。【结论】成功构建了长角血蜱卵cDNA表达文库。 相似文献
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蜱的免疫预防是目前国内外研究的热点,以抗血清为探针筛选cDNA表达文库是获取功能抗原基因的有效的方法之一,为了获得抗长角血蜱免疫原基因,用兔抗长角血蜱血清和兔抗长角血蜱唾液腺蛋白血清对长角血蜱雌蜱唾液腺cDNA表达文库进行了免疫筛选,经过两轮筛选共获得34个阳性克隆,所得阳性噬菌体转染宿主菌BM25.8使之亚克隆为重组质粒,用此质粒转化宿主菌JM109并进行序列测定和生物信息学分析.结果表明:在长角血蜱雌蜱唾液腺cDNA表达文库中获得26个长角血蜱免疫相关cDNA序列,其编码蛋白与长角血蜱HL35、黏附素hlim3假定蛋白、热休克蛋白、NADH脱氢酶、钙网蛋白以及杂色花蜱和肩突硬蜱的二硫异构酶等具有同源性.所获阳性克隆为长角血蜱保护性抗原基因的筛选奠定了基础. 相似文献
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【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和mRNA,反转录合成cDNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR对文库部分差异基因进行验证。【结果】通过对文库454个阳性克隆进行测序,共获得了有效表达序列标签(ESTs)364条,大小主要分布在350-1 200 bp之间;将这些ESTs序列在GenBank中进行BLASTn网上序列比对,其匹配于192条基因序列;其中包括环形泰勒虫序列60条(11条为虫体蛋白酶基因序列、10条为膜蛋白基因序列、7条为假设蛋白基因序列、5条为凋亡相关虫体蛋白基因序列、5条为核糖体蛋白基因序列、4条为细胞周期蛋白基因序列、4条为虫体抗原基因序列和虫体其它基因序列14条)、牛基因序列131条(其中19条为肿瘤相关蛋白基因序列)和1条未知序列;其中已有功能注释的ESTs 285条,再将已知功能的ESTs通过WEGO软件从生物学过程(biological process)、细胞组成(cellular component)和分子功能(molecular function)3个部分进行GO聚类分析,结果表明,宿主细胞差异基因主要集中在细胞、细胞进程、结合、催化、代谢进程、生物调节等功能方面。另外,通过对部分环形泰勒虫裂殖体转化宿主细胞差异基因进行荧光定量PCR分析,结果表明,肿瘤相关基因HCLS1和SENP5在转化宿主细胞中转录水平分别是非感染牛PBMCs(非转化宿主细胞)的2.06和1.32倍。【结论】利用SSH技术,成功构建了环形泰勒虫感染宿主细胞的抑制性消减文库,筛选获得了转化宿主细胞和环形泰勒虫裂殖体的表达基因,并通过荧光定量PCR分析获得了2个可能参与宿主细胞转化的基因,为进步探索环形泰勒虫与宿主细胞相互作用的分子机制奠定了基础。 相似文献