1株犬类志贺邻单胞菌的分离鉴定及序列分析

从病死犬病料中分离到1株类志贺邻单胞菌,并对该菌做了生理生化鉴定、药敏试验,致病性试验。结果表明,本菌对多种抗生素耐药,其庆大霉素耐药机制与所携带的质粒相关;本菌对小白鼠有强致病性,其LD50为1．6×10^7.4CFU。用PCR方法扩增分离菌株16SrDNA基因并测序,并将其与GenBank上其他细菌16SrDNA核苷酸序列进行同源性分析。结果表明,分离株的16SrDNA核苷酸序列与类志贺邻单胞菌（GQ359962．1）的同源性为98％,因此将该分离菌株鉴定为致病性肠球菌,命名为YN-1株（云南-1株）。     

羊源肺炎克雷伯氏菌的分离与鉴定

本研究通过病死羊的肺脏中进行细菌分离、形态学观察、生化试验、致病性试验、药敏试验和16S rRNA扩增。结果从肺中分离到1株具有致病性的革兰氏阴性短杆菌。生化试验鉴定结果符合肺炎克雷伯氏菌的特征。分离株对头孢噻肟、阿米卡星、头孢曲松和链霉敏感外,对强力霉素等12药物具有耐药性。16S rRNA测序结果分析显示分离株与肺炎克雷伯氏菌的核苷酸同源性为97.1%~99.0%,在核苷酸进化树上与肺炎克雷伯氏菌属于同一分支。结果表明本研究从病死羊的肺脏中分离到1株肺炎克雷伯氏菌。     

仔猪雷极氏普罗菲登斯菌的分离鉴定及系统进化分析

为了解猪雷极氏普罗菲登斯菌(P.rettgeri)的生物学特性、致病性及16SrRNA基因系统进化关系,从发生严重腹泻、血便的哺乳仔猪群的内脏器官中分离到1株病原菌,根据形态特征、培养特性、生化特性、16SrRNA基因序列分析鉴定为P.rettgeri。小鼠攻毒试验证实,该分离菌株对试验小鼠有较强致病力,哺乳仔猪回归试验可复制出与临床上相似的典型症状,并从发病死亡小鼠及哺乳仔猪中分离到攻毒菌株。系统进化分析表明,分离菌株与雷极氏普罗菲登斯菌系统进化关系最为密切,其16SrRNA基因序列与雷极氏普罗菲登斯菌代表菌株的同源性在97.3%~99.6%之间。药敏试验结果表明,分离菌株对头孢哌酮钠、头孢噻肟钠、头孢曲松钠、头孢唑啉、头孢呋肟、头孢吡肟、阿莫西林、链霉素、氨曲南、诺氟沙星、左氟沙星、恩诺沙星、卡那霉素、氨苄青霉素、米诺环素、链霉素、阿米卡星等多数药物敏感。首次报道了雷极氏普罗菲登斯菌可以引起哺乳仔猪严重腹泻,提示在仔猪腹泻中应注意该菌感染的诊断、监测和防控。     

副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

从云南某规模化养猪场病猪肺脏分离到1株革兰氏阴性小杆菌,经细菌生化鉴定、PCR鉴定和16S rRNA序列比对鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对四环素、红霉素、氯霉素、头孢噻吩高敏;对庆大霉素、氧氟沙星、诺氟沙星中敏;对磺胺甲唑耐药。16S rRNA分析结果表明,该分离株与GenBank中的Hps参考株AB078973(基因登录号)同源性为100%,将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。16S rRNA遗传进化关系表明,分离株与副猪嗜血杆菌3株血清5型参考株AB078972、AB078973、AB078974的16S rRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性在99.0%~99.4%之间,初步鉴定为血清5型副猪嗜血杆菌,致病性试验结果表明,分离菌株对小白鼠有强致病性,命名为YN-1株。     

山瑞鳖源肺炎克雷伯菌的分离鉴定及其药敏特性分析

从患病山瑞鳖的肝脏和肺脏分离纯化到1株革兰阴性杆菌GX120222,经细菌培养特性观察和VITEK 2compact全自动微生物鉴定系统对理化特性进行鉴定,结果与肺炎克雷伯菌肺炎亚种(Klebsiella pneumoniae ss pneumonia)特征相符;将该菌16SrRNA基因序列(KP091888)与GenBank中的序列进行BLAST比对并构建系统发育树,结果表明其与肺炎克雷伯菌的16SrRNA基因序列同源性最高(100%),在系统发育树上与肺炎克雷伯菌肺炎亚种的菌株聚为一簇,且与肺炎克雷伯菌肺炎亚种标准菌株ATCC43816KPPR1(CP009208)的亲缘关系最近,进一步确定菌株GX120222为肺炎克雷伯菌肺炎亚种。人工感染试验结果显示,该菌对供试的山瑞鳖有较强致病性,半数致死量(LD50)为3.8×10~7 CFU/mL;药敏试验显示,GX120222对头孢西叮、舒普深和阿米卡星敏感,对特治星中度敏感,对所测的其他26种抗菌素耐药。上述结果表明,肺炎克雷伯菌GX120222是导致此次山瑞鳖发病死亡的病原菌,且具有多重耐药性。     

1株雏鸡致病性肺炎克雷伯菌分离鉴定与系统进化发育分析

为了确定引起雏鸡死亡的病原菌,从发病致死的雏鸡体内分离1株病菌,采用细菌常规的分离鉴定、16S rRNA基因测序、致病性试验、K-B药敏纸片法等分别对分离菌株进行鉴定、致病性及耐药性检测。结果显示,分离株鉴定为致病性肺炎克雷伯菌;其16S rRNA基因序列与GenBank登录的12株肺炎克雷伯菌参考株同源性在98%～99%之间,与肺炎克雷伯菌参考株KP262416.1聚于一支,与KJ803938.1聚于一大支,且与2株参考株存在密切的遗传进化关系;该菌株对头孢曲松、头孢克肟、恩诺沙星等4种药物敏感;对环丙沙星、新霉素、丁胺卡那霉素等6种药物中敏;对氨苄西林、阿莫西林、青霉素等6种药物耐药。     

副鸡嗜血杆菌的分离鉴定及16SrRNA序列分析

从云南省和四川省规模化养鸡场鸡传染性鼻炎疑似病例鸡鼻窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,并对其进行生化鉴 定、PCR鉴定和16SrRNA序列比对鉴定.16SrRNA分析表明两分离株与GenBank中的其他副鸡嗜血杆菌(Haemophilus paragallinarum,HPg)参考株核苷酸同源性为94.2％～99.2％.两分离菌株鉴定为副鸡嗜血杆菌,分别命名为YNAN20120110和SCPZH20120120株.16SrRNA遗传进化关系表明:分离株与NAD非依赖型副鸡嗜血杆菌血清A型代表株GU951543(HP105strain)的16SrRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性为99.2％;与副鸡嗜血杆菌血清A型参考株AY498867(0083株)核苷酸同源性为96.9％.致病性实验表明分离菌株对成年产蛋鸡有强致病性.抗生素药物敏感试验表明:分离菌株对头孢吡肟、头孢噻吩、氯霉素、卡那霉素和氧氟沙星高敏,对四环素中敏,对磺胺甲唑耐药.     

家养野猪副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

对江西省某家养野猪场临诊疑似副猪嗜血杆菌（Haemophilusparasuis,Hps）感染的病例进行细菌分离鉴定,PCR扩增分离菌株的16SrRNA并进行测序分析,并对分离菌进行细菌形态、生化鉴定和PCR鉴定及序列比对分析。结果显示,获得1株家养野猪源Hps分离株（命名为HPJXYZ01）,该分离株与国内外参考菌株序列之闻的同源性为93．1％～99．2％,与本实验室江西省家猪源分离株的同源性为84％～92．1％。结果表明,江西省家养野猪中存在Hps感染,分离株与国内外家猪源Hps间的16SrRNA序列差异不大,Hps16SrRNA核苷酸序列比较稳定,其进化不存在明显的地域相关性。     

一株致仔猪关节炎粪肠球菌的鉴定

对1株分离自关节炎病仔猪的肠球菌进行鉴定。选用常规方法进行染色特性、培养特性观察以及药物敏感性和致病试验,然后利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特性鉴定,并用PCR方法扩增分离株的16 S rRNA基因,克隆并测序,与GenBank上登录的相关菌株及3个粪肠球菌标准菌株进行16 SrRNA序列比较、同源性分析并构建系统发育树。结果显示,该分离株形态及染色特性与肠球菌一致,对仔猪具有一定的致病性,并对临床常用的7种药物产生了耐受性;Vitek-32生化鉴定和16 S rRNA基因同源性分析及比对结果均显示其为粪肠球菌(E.faecalis)。试验证实了粪肠球菌可导致仔猪关节炎。     

山东部分地区毛皮动物肺炎克雷伯氏菌的分离鉴定及系统发育分析

为确诊近两年造成毛皮动物(狐狸、貉子、水貂)死亡的主要细菌性病原,本研究在流行病学调查基础上,对新鲜病死毛皮动物进行临床症状观察、病理学检查,同时取病变肝、肺、气管为样品分离纯化细菌,对所分离的细菌进行形态特征、理化特性检查及药敏试验、致病性试验和16S rRNA基因的分子鉴定.结果显示,从剖检病死毛皮动物的肺、肝、气管组织等均检出同种细菌,分离菌株对菌必治和舒巴坦高度敏感,对小白鼠具有较强致病作用,与已知的肺炎克雷伯氏菌16S rRNA序列的同源性为98.6％～100％.综合分析,该分离菌株为克雷伯氏菌属的肺炎克雷伯氏菌.     

水貂奇异变形杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列分析

从辽宁某貂场发病水貂中分离到1株致病菌,命名为PMSD株,通过形态学观察和生化试验等常规鉴定发现符合奇异变形杆菌特性,进一步经VITEK 2Compact 30全自动细菌鉴定及药敏分析系统鉴定该株细菌为奇异变形杆菌。药敏试验结果显示PMSD株对氨基糖苷类药物、喹诺酮类药物等敏感,而对β-内酰胺类药物和磺胺类药物等不敏感。以细菌16SrRNA基因为模板应用通用引物进行PCR扩增,得到PMSD株的16SrRNA基因序列,长约1 504bp,提交到GenBank中,登录号:KM229530。将该序列与GenBank中序列进行BLAST比对,结果发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达99%以上。选取其中前20株作为参考序列,运用生物学软件构建系统发育树并进行同源性比对,结果表明,分离菌PMSD株与20个代表菌株的同源性为98.9%~99.7%,其中与BB2000株、HI4320株、B1株和FCC141株同源性最高,为99.7%。本研究为预防和控制奇异变形杆菌引起的水貂疾病奠定了一定的基础。     

引发仔猪水样腹泻的多重耐药、高致病性大肠埃希菌的分离与鉴定

近来,长春地区多个养猪场发生高致病性、高死亡率的仔猪水样腹泻,腹泻仔猪经多种药物反复治疗,均无疗效。试验从发病仔猪肠壁内膜分离到2株大肠埃希菌(Escherichia coli),经鉴定,分离菌株为多耐药、高致病性菌株。将分离株进行生化试验及其16S rRNA序列的克隆、测序,并与GenBank中的序列进行对比,结果显示,分离菌株16S rRNA与GenBank登录的大肠埃希菌序列同源性达99%。动物回归试验结果显示,该大肠埃希菌能引起仔猪水样腹泻。药敏试验结果显示,常用治疗大肠杆菌病的药物如庆大霉素、氧氟沙星、环丙沙星等均对其无效。     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

Genetic diversity of Streptococcus equi subsp. zooepidemicus isolated from horses

Streptococcus equi subsp. zooepidemicus (SEZ) is an opportunistic and zoonotic pathogen of horses. In this study, genetic intraspecies variability of SEZ obtained mainly from respiratory and genital samples of horses was investigated by analysis of the 16S–23S rRNA intergenic spacer region (ISR) and of the 16S rRNA gene. 16S–23S ISR rRNA type A1 was predominant, although a high rate of multiple products (30.5%) was obtained. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene detected three genogroups (I, II and III). 16S rRNA variable regions V1 and V2 are the most important regions for evaluating SEZ intraspecies variability, but at least V1-V5 regions should be considered to avoid mistakes. Analysis of all 16S rRNA sequences available in databases assigned human SEZ to groups I and III but not to group II. These results show a high genetic variability in SEZ collected from different specimens of horses from various regions of Italy.     

新疆某牛场大肠杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

为了调查新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的原因并确定病原,无菌采集15份腹泻犊牛粪样进行病原的分离培养,采用形态学观察、生化试验、血清学和致病性分析等方法鉴定分离菌株,利用大肠杆菌16S rRNA通用引物进行基因序列扩增并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的其他菌株序列进行同源性比对,采用Mega 6.0软件依据16S rRNA序列构建分离株系统进化树并进行分析,同时对分离菌株的黏附性基因进行鉴定。结果从15份样品中分离获得2株分离菌株;试验显示,分离株均发酵葡萄糖,MR试验、吲哚和甲基红试验呈阳性,硫化氢、氧化酶、DNA酶、VP试验呈阴性。2株分离菌株血清型均为O78,且均具有致病性。药敏试验显示,分离菌株均对环丙沙星、卡那霉素、氟哌酸、庆大霉素、磺胺甲唑、头孢哌酮、壮观霉素、多黏菌素B、呋喃妥因敏感。分离株16S rRNA基因序列与大肠杆菌菌株NF738(GenBank登录号:MT649856)同源性为≥99.7%,且处于同一大分支。经PCR鉴定,分离菌株具有K88黏附性基因。本研究结果证实了引起新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的病原为致病性产肠毒素型大肠杆菌。     

Ribotyping of Indian Isolates of <Emphasis Type="Italic">Pasteurella multocida</Emphasis> Based on 16S and 23S rRNA Genes

The applicability of ribotyping based on 16S and 23S rRNA was evaluated for molecular epidemiological studies. Forty-eight isolates of Pasteurella multocida isolated from different hosts and geographical locations and one reference isolate were ribotyped. Only four ribotypes were found. All the isolates including reference isolate from wild carnivores had the same ribotype, though they had different serotypes. The isolate from a tiger had one band in addition to the bands present in the major ribotype. The isolates from lions represented two ribotypes; of these ribotypes, one (r2) had an additional band of 3.6 kbp, which was absent in all other ribotypes. The second ribotype (r4) from a lion had one band missing (6 kbp) that was present in the other ribotypes. These isolates were further typed using ERIC-PCR and REP-PCR. With ERIC-PCR and REP-PCR, higher D values of 0.83 and 0.89 were obtained. The current study revealed that ribotyping is not a very efficient typing tool for use in molecular epidemiology for differentiation of isolates.     

扭角羚肺炎克雷伯氏菌的分离鉴定

本试验旨在报告四川省野生扭角羚自然生存过程中致病性细菌的检测及生物学特征。试验对发病死亡扭角羚病变组织进行细菌学检查及分离,对分别从肝脏、脾脏和肺脏分离得到的4株优势菌进行形态特征、生化特性和16SrDNA分子鉴定,判定为肺炎克雷伯氏菌。这4株菌对供试小白鼠均有致病性。测其LD50,分别为2.9×107、2.9×107、4.5×107和1.1×108 CFU/只。4株分离菌对供试的先锋霉素等敏感,对阿米卡星等中度敏感,对红霉素等耐药。推测这4株肺炎克雷伯氏菌是导致扭角羚死亡的主要病原菌。     

山羊腹泻粪便中奇异变形杆菌的分离鉴定及系统发育分析

该研究从四川成都某羊场腹泻简阳大耳山羊粪便中分离鉴定出奇异变形杆菌（14/20）,随机选取5个菌株腹腔注射小鼠,5×10^8 CFU/只,小鼠于接种后12 h内全部死亡。PCR扩增分离株的16S rRNA序列,测序结果显示其与GenBank中奇异变形杆菌的序列同源性为99%～100%,分离菌株间的同源性为99.8%～100%;系统发育分析结果显示,分离菌株与不同宿主源奇异变形杆菌共聚为2个分支,存在一定的多样性,但其进化不存在显著的地域及宿主相关性。本研究结果表明,奇异变形杆菌与山羊腹泻密切相关,对养羊业的危害及公共卫生学意义值得关注。     

从湖羊肺脏中分离绵羊肺炎支原体的鉴定

从新疆湖羊肺脏病料中分离出一株支原体XJ-3f，用其培养物人工感染80日龄健康绵羊，28d后剖杀，剖检可见肺表面肉粉色实变，显微病理变化为大灶性融合性肺炎。参考国际已知支原体16SrRNA序列，设计一对扩增700bp片段的通用引物，直接提取肺脏组织DNA进行PCR扩增并克隆、测序。将该序列与GenBank中33种支原体序列比较，结果证明该序列与绵羊肺炎支原体（M．ovipneumonia）标准株Y．98同源性为99．9％，而与山羊支原体山羊亚种（M．capricolum subsp．capricolum，Mcc）、丝状支原体山羊亚种（M．mycoides subsp．Capri，Mmc）、丝状支原体丝状亚种LC型（M．mycoides subsp．mycoides LC，M．mmLC）等同源率为81％。以感染羊血清和Y．98与从发病羊肺脏中分离出的三株支原体茵体蛋白进行Western blot，证明均与感染羊血清有特异性反应，且与Y．98相比无明显差异，故确定分离株为绵羊肺炎支原体（M．ovipneumonia）。     

甘肃地区牛源金黄色葡萄球菌分子鉴定及RAPD分型

本研究目的是分离鉴定引起甘肃地区奶牛乳房炎的金黄色葡萄球菌,掌握其基因型情况。利用16S、23SrRNA保守序列PCR扩增对乳房炎奶样中的金黄色葡萄球菌进行鉴定,并进行RAPD基因分型。结果表明,310份奶样中共分离出金黄色葡萄球菌100株,RAPD结果显示这100株金黄色葡萄球菌均可得到清晰的RAPD指纹图谱,扩增产物在2～7条带之间,具有多种带型组成。通过聚类分析100株菌产生11个基因型,其中Ⅰ型4株,Ⅱ型4株,Ⅲ型10株,Ⅳ型13株,Ⅴ型7株,Ⅵ型24株,Ⅶ型16株,Ⅷ型6株,Ⅸ型4株,Ⅹ型10株,Ⅺ型2株。Ⅵ型为该地区的流行优势菌群,不同牛场各基因型菌株分布有明显差异。本研究说明牛场的环境与养殖条件对病原菌流行传播有明显的影响,这一结果对地区性奶牛乳房炎的防治提供了可靠的理论依据。