广西地区犬细小病毒检测及VP2基因序列分析

为了调查广西地区犬细小病毒(CPV)的优势毒株及其遗传变异情况,试验利用PCR方法对采自广西地区的423份犬血清样本进行CPV检测并扩增其VP2基因,利用MegAlign软件进行同源性比对并分析VP2蛋白主要突变的氨基酸位点,同时利用MEGA 7.0软件采用邻接法构建遗传进化树。结果表明：共获得55份CPV阳性血清样本,阳性率约为13.0%。PCR扩增得到大小约为1 755 bp的VP2基因。55株分离毒株之间的相似性为98.6%～100%;分离毒株与国内外参考毒株的相似性为97.4%～100%,与疫苗株Pfizer/vaccine/06的相似性为98.3%～98.9%。扩增序列的推导氨基酸主要在第5,297,370,426,440位发生变异。在55株分离毒株中,有32株为New CPV-2a亚型毒株,20株为CPV-2c亚型毒株,3株为New CPV-2b亚型毒株。55株分离毒株形成3个主要的流行分支,与国内参考毒株的亲缘关系较近,而与国外参考毒株、猫细小病毒的亲缘关系较远。说明New CPV-2a、CPV-2c、New CPV-2b亚型毒株在广西地区流行广泛,正逐步取代CPV-2a...     

番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的序列分析

将番鸭细小病毒强毒株MDPV－Q经番鸭胚传代，获得致弱株MDPV－26，应用PCR技术扩增MDPV－26株的VP2基因片段，将扩增后的VP2基因重组到pMD 18-T质粒载体上，并对插入片段进行序列测定，将测定结果及由该结果推导的氨基酸序列分别与MDPV－Q株及国外已发表的MDPV相应序列进行同源性比较及分析，结果表明，MDPV－26与强毒株MDPV－Q的VP2基因序列及与国外分离株均具有很高的同源性。     

3株O型FMDV VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的O型口蹄疫病毒(FMDV)(分别命名F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计2对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的cD-NA片段,将3个cDNA片段分别克隆到pMD20-T Vector载体中进行序列测定,得到3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3个O型FMDV毒株VP1基因cDNA长度均为639 bp,编码213个氨基酸。3株O型毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在92.3%~94.2%之间,推导氨基酸序列同源性在97.2%~98.6%之间。与3个毒株同源性高的主要为香港和台湾的毒株。     

猫细小病毒JL1-05株的分离与鉴定

通过细胞培养方法,从疑似患猫泛白细胞减少症而死亡的成年猫体内分离到1株病毒,命名为JL1-05.经细胞敏感试验、形态学观察、血凝及血凝抑制试验、动物感染、特征序列PCR扩增及测序分析,该病毒在猫肾细胞上生长良好,无囊膜,直径为20～24 nm,对热、乙醚、氯仿、胰蛋白酶有抗性,在4℃对猪红细胞有凝集作用,PCR扩增产物与预期一致,与标准毒株VP2基因序列同源性高达99%以上.该病毒特征与猫细小病毒的基本相符,为猫细小病毒.     

鸡传染性法氏囊病毒江苏地方株的分离及其VP2基因分析

用SPF鸡胚从江苏溧水某鸡场病死鸡的法氏囊组织中分离到1株法氏囊病毒(IBDV-LS株),该病毒不能凝集鸡的红细胞,琼扩试验证明与IBDV标准阳性血清发生反应,应用RT-PCR扩增IBDV VP2基因,测序后并与GenBank中的IBDV已知序列进行比较。结果表明,分离的IB-DV-LS与国内外超强毒的核苷酸同源性在94.6%以上,推导氨基酸同源性96.6%,并与超强毒株处于进化树同一分支;说明IBDV-LS属IBDV超强毒株,而亲水区内个别氨基酸的替换,提示该毒株已发生一定的变异。     

高致病性猪蓝耳病病毒GS/LZh/07株的分离、鉴定及其非结构蛋白Nsp2基因特性分析

将高致病性猪蓝耳病疑似病料接种Marc145细胞,发现该病料可使Marc145细胞产生CPE,应用猪蓝耳病病原检测试剂盒从细胞培养物中检测到PRRSV,命名为Gs/Lzh/07株。同时应用RT-PCR方法扩增该分离毒株的非结构蛋白Nsp2基因,并进行了序列测定,发现所扩增到的Nsp2基因有90个核苷酸的缺失。序列比对结果表明：该分离病毒Nsp2基因与经典毒株PRRSV-ch-1a核苷酸同源性为83.0%,氨基酸同源性为72.7%;与高致病性变异毒株NX和SD核苷酸同源性为95.5%,氨基酸同源性为90.9%,可见该毒来源于2006-2007年流行毒株,说明高致病性猪蓝耳病变异病毒已经在甘肃省存在。该毒株的成功分离为高致病性猪蓝耳病流行病学调查分析提供数据,也为预防控制该病积累了资料。Nsp2的特性分析为揭示高致病性猪蓝耳病PRRSV在甘肃省的流行特点提供参考。     

广西猪源H9N2亚型流感病毒的分离与鉴定

用SPF鸡胚从广西地区猪群中分离到1株H9N2型猪流感病毒(SIV),经鸡胚接种3代后出现稳定的鸡血红细胞凝集效价为27,且凝集性能被H9亚型阳性血清抑制,而不被其他亚型流感病毒阳性血清所抑制.分离株的HA基因及NA基因扩增结果显示,该毒株HA基因与流感病毒H9亚型同源性最高,NA基因与流感病毒N2亚型同源性最高,说明...     

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。     

虎源猫瘟热病毒的分离和鉴定

为了分离并鉴定发病虎粪便和脾脏中的1株疑似猫瘟热病毒(FPV),试验将金标记FPV试纸条初步鉴定阳性的虎粪样经无菌处理,接种于猫肾传代(CRFK)细胞。结果表明:经细胞传代成功分离猫瘟热病毒,命名为FPV-HLJ;该毒株接种细胞后能够产生明显细胞病变(CPE);病毒细胞培养液能凝集猪红细胞(凝集效价达26～28),但不能凝集鸡红细胞;电镜观察可见大量外观呈圆形或六边形,大小20～23nm的病毒粒子;对该病毒VP2全基因克隆并测序,该基因全长均为1755个核苷酸,编码584个氨基酸,与FPV标准毒株CU-4(GenBank登录号M38246)VP2基因大小相同,其决定抗原性、血凝性和宿主特异性的几个关键位点的氨基酸符合FPV的氨基酸序列特征,证明该毒株为猫瘟热病毒。     

犬细小病毒的分离鉴定及VP2基因的克隆分析

2006年从南京疑似细小病毒感染的病犬中分离犬细小病毒一株,分离的病毒培养物能凝集猪红细胞,凝集效价达到128倍,并能被已知的犬细小病毒阳性血清所抑制。其衣壳蛋白基因VP2被克隆并测序,核酸、氨基酸序列同源性分析表明:血清型为CPV-2b。通过软件对其氨基酸序列分析,预测VP2区域可能的B细胞表位分别为:5-30,300-320,360-380,380-400,400-420区段,这为犬细小病毒基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

华东地区猪A群轮状病毒的VP7和VP4基因序列分析

为了掌握华东地区猪轮状病毒(PRV)的流行情况,通过对华东地区猪轮状病毒流行病学的调查,分析临床猪轮状病毒对应的2个抗原序列VP7和VP4的基因型,进而丰富VP7和VP4基因库。采集2017-2018年华东地区包括江苏、浙江、上海、山东、安徽等省(市),部分猪场猪的粪便拭子共201份,PCR检测PRV阳性52份,阳性率25.9%。选择5个阳性样本进行VP7和VP4基因全长扩增并克隆测序,应用DNASTAR、MEGA5等生物学软件对其进行比对分析。结果显示:5个VP7核苷酸序列全长均为1 062 bp,5个VP4序列全长均为2 362 bp。VP7与2008年分离的G9型代表毒株NMTL的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为93.2%～95.2%和97.2%～97.5%。VP4与OSU毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为98.5%～98.7%和99.3%～99.4%。表明这5株猪轮状病毒的基因型鉴定为G9P7。与参考毒株相比,VP7氨基酸第100、122、180、309位有突变,但无插入和缺失现象,VP4氨基酸在第30、137、686、774位有突变,但无插入和缺失。     

牛病毒性腹泻病毒TC株的分离鉴定及E0基因的序列分析

从新疆塔城地区某牛场采集患病犊牛全血,将RT-PCR方法鉴定为牛病毒性腹泻病毒(BVDV)阳性的样品接种到MDBK细胞,传代至第4代,出现典型病变(CPE)。通过间接免疫荧光试验,证明该分离病毒为BVDV,命名为BVDV-TC。设计引物对E0基因进行扩增和序列分析。所得片段与GenBank上已发表的BVDV毒株核苷酸序列的同源性为69.3%~93.8%,氨基酸同源性为73.6%~97.8%,TC株的遗传距离与VEDEVAC株最接近。BVDV-TC是第一个在新疆地区报道的1b亚型BVDV毒株,为新疆地区BVDV感染的防控提供依据。     

猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株细胞传代研究

为研究猪源牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)生物学特性,将本实验室分离得到的SD0803毒株在马-达氏牛肾细胞(mardin-darby bovine kidney,MDBK)上连续传40代,提取第40代病毒基因组RNA,设计扩增及测序引物,用RT-PCR方法分5段扩增第40代病毒基因片段,并进行全长测序,利用DNASTAR软件进行序列拼接及分析,与亲代病毒SD0803序列比对分析;用Real-time PCR方法测定第1、10、20、30和40代细胞上清中的病毒复制效率,并绘制多步生长曲线。测序结果表明,第40代病毒与亲代病毒核苷酸序列的同源性为99.8%,氨基酸序列的同源性为99.6%,其中有23处发生核苷酸突变,14处为有义突变,氨基酸变化主要集中在E2和NS5B区域。多步生长曲线显示,传代病毒和亲本病毒均能在MDBK细胞上获得较高的复制效率,并有着相似的生长特性,复制效率基本一致。本次研究为研制猪源BVDV疫苗做好了物质储备,为下一步研究其致病性和抗原性奠定基础。     

南宁地区犬细小病毒VP2基因的克隆及遗传进化分析

为了解广西南宁地区犬细小病毒（CPV）的流行现状与病毒变异情况,本试验对初步确诊为犬细小病毒病的12份阳性病料提取基因组DNA,以提取的基因组DNA为模板,通过PCR扩增VP2基因序列并测序,将12个阳性毒株样本VP2基因测序结果与GenBank中登录的17株国内外CPV分离株VP2基因进行同源性比对,采用Mega 7.0软件绘制遗传进化树,分析其病毒亚型和遗传进化情况。结果显示,成功扩增得到12个毒株样本的VP2基因片段,大小约1 755 bp,12株阳性样本毒株的VP2基因同源性在99.2%~100.0%之间,其中NN01与NN07、NN02与NN06同源性最高,为100.0%;阳性样本毒株与国内其他分离株VP2基因的同源性为97.6%~100.0%,其中NN08、NN10及NN04与CPV-ZJ1579同源性最高,均为100.0%,属于CPV-2a亚型;阳性样本毒株与国外代表性毒株同源性在98.1%~99.8%之间。遗传进化树分析表明,12个样本毒株中有3株属于CPV-2a亚型,3株属于CPV-2b亚型,6株属于CPV-2c亚型。这是继2018年初广西分离到CPV-2c型CPV后,首次发现南宁地区大规模流行CPV-2c亚型病毒,预示着CPV-2c亚型CPV在国内的流行正在增加。综上所述,广西南宁地区CPV-2a、CPV-2b与CPV-2c亚型并存,但CPV-2c亚型的比重比其他地区大,这也给该地区提供了新的防治信息,在实际CPV防控工作中除了对CPV-2a、CPV-2b等传统流行亚型的关注之外,更应该重视CPV-2c亚型CPV的防控。     

犬细小病毒上海株的分离与鉴定

为研究上海地区犬细小病毒的流行情况,采集疑似犬细小病毒感染犬的肠内容物,无菌处理病料后同步接种猫肾脏F81细胞,盲传至第5代出现细胞病变,从肠内容物中分离出1株病毒。采用细胞培养病变观察、病毒形态学鉴定、直接免疫荧光抗体检测、细胞敏感谱试验、红细胞凝集试验、部分理化特性鉴定和VP2序列的测定等方法,鉴定分离株为犬细小病毒,命名为CPV-2/canine/Shanghai/01/2018。该病毒的TCID50为105.3/0.1 mL,血凝效价为28,病毒测得VP2基因序列的全长为1 755 bp。与已知序列比较,其核苷酸同源性为98.3%～99.1%,氨基酸同源性为97.3%～99.3%。对其VP2基因的氨基酸序列进行分析,确定该细小病毒属于CPV-2c亚型。研究提示,上海地区CPV存在不同的基因亚型,在进行疫苗免疫时应当选择正确的疫苗株。     

猪细小病毒体外培养适应毒株的培育及动物感染试验

从初产母猪流产胎儿的肠系膜淋巴结中分离到一株猪细小病毒(PPV),采用无污染的猪睾丸传代细胞系(ST)对该毒株传代,培育成一株细胞适应毒株,命名为PPV-HJ毒株。该毒株经ST细胞连续传50代,于第25代起毒价显著提升,第40代毒价维持稳定(107.2 TCID50/mL)。用免疫过氧化物酶单层细胞染色试验(IPMA)检测表明,病毒感染的阳性细胞染成棕红色,病毒抗原主要分布在细胞核中。免疫电镜观察到PPV粒子呈球状,直径约21nm。基因克隆测序证实,该毒株的NS1基因序列与GenBank中PPV-ZJ毒株同源性最高,达98.41%。用该毒株第50代培养物(1×107.2 TCID50/mL)接种35日龄仔猪,未表现出明显的临床症状,剖检未观察到明显的病理学变化,PCR法在猪的肺脏、扁桃体、腹股沟淋巴结、下颌淋巴结、小肠中检测到病毒核酸,表明该毒株对易感动物具有一定的感染性。本研究成功地培育出一株PPV体外细胞培养适应毒株,其繁殖性能稳定,为今后开展PPV与猪圆环病毒2型(PCV-2)混合感染的协同致病性研究,以及联合疫苗的研制奠定了基础。     

成都地区犬细小病毒VP2基因克隆分析及基因型鉴定

根据GenBank中犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)VP2基因序列设计合成两对特异性引物1F/1R和2F/2R,从疑似CPV感染病犬的粪便病料中提取DNA作为模板,分段扩增涵盖VP2基因的两个片段,大小分别为1325和758 bp,并进行克隆、测序,通过拼接得到11条长度为1755 bp的VP2基因完整序列。核苷酸同源性分析表明,扩增得到的11个完整VP2基因序列与GenBank中发布的21株国内外参考毒株比较,核苷酸同源性为96.2%~99.8%。采用DNAStar软件分析,预测VP2蛋白可能成为B细胞表位的区段位于Met1-Val38、Met73-Val82、Met96-Ala103、Lys151-Thr170、Gly235-Phe243、Leu294-Phe303、Ala359-Thr399、Ile469-His483、Ala503-Arg520、Lys570-Tyr584。将扩增获得的VP2基因编码的氨基酸序列与CPV参考毒株进行比较,第426位和第555位氨基酸残基分别为Asp和Val,鉴定出本试验得到的CPV基因型均为2a型,初步证实成都地区仍以CPV-2a为主要流行毒株。     

猪乙型脑炎病毒E基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪乙型脑炎病毒SA14-14-2基因序列设计2对引物,从分离的猪源乙型脑炎病毒SD-001株的细胞培养物中扩增出包括E基因全长的两段基因.将扩增的目的片段进行克隆与序列分析.结果表明,所克隆的E基因编码结构域(Domain)区段与SA14-14-2、P3、Beijing-1等毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性分别达97.2%与96.8%以上,属于Ⅲ型乙型脑炎病毒,与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有8个氨基酸位点变异.     

兔出血症病毒CD株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆、核酸及氨基酸序列比较分析

以兔出血症病毒 CD株人工感染家兔 ,发病死亡后 ,取肝脏匀浆 ,用 Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒 RNA。根据 Gen Bank已发表序列保守区设计并合成引物 ,采用 RT- PCR方法扩增了 RHDV衣壳蛋白 VP6 0基因。将所扩增片段克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了序列测定 ,测序结果表明 ,CD株 VP6 0基因全长 174 0 bp。该序列与已发表的其他分布于世界各地的 14株 RHDV序列进行了比较和基因进化树分析。无毒株与各强毒株之间的同源性为 85 .3%～86 .5 % ,强毒株间的同源性较高 ,为 92 .1%～ 10 0 %。根据进化树可把强毒株分为 2大群 ,一群为 CD株、Iowa2 0 0 0株、0 0 - 139株、99- 0 5株 ,其余的为另一群。进一步细分 ,还可以分为 4个亚群和 7个组。但毒株之间的地域性差异并不明显。同时根据 15株 RHDV VP6 0基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列 ,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析。结果显示 ,各毒株氨基酸之间的的同源性在 90 .5 %～ 10 0 %之间 ,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为 90 .5 %～ 91.9% ,强毒株间的同源性在 95 %～ 10 0 %之间 ;氨基酸变异分析未发现突变造成的 VP6 0蛋白高级结构的根本性变化