利用mtDNA COI基因序列分析引进的澳洲虫纹鳕鲈群体遗传多样性

根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈(Maccullochella peelii)引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体COI的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTAL X(1.83)软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5.0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数(H)为5,单倍型多样性(Hd)为0.300,核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)为分别为0.00073和0.473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNA COI基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较，研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示，用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点，其中32个转换位点，19个颠换位点，5个转换与颠换同时存在的位点，定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析，识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance，K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化，基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系，除范县群体外，其余各群体间相互交叉聚集。     

不同倍性团头鲂群体的线粒体DNA 分析

测定了来自5个不同倍性团头鲂（Megalobrama amblycephala）群体（4n-F1、正交3n、反交3n、异源3n、二倍体2n）57个个体的线粒体DNA控制区、细胞色素b基因、16S rRNA基因和COⅡ基因序列，通过对这4段基因序列的联合分析，研究了5个不同倍性团头鲂群体的遗传变异。这4个基因片段的长度分别为：控制区937bp，细胞色素b基因1140bp，16S rRNA基因片段564bp，COⅡ基因片段642bp。将4个基因片段合并为1条总长度为3283bp的片段：在这条3283bp片段中，T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为27．18％、25．45％、30．71％、16．66％。57个个体中确定了55种单倍型，未发现群体间有共享的单倍型，五群体的单倍型多样度在0．9848-1．0000之间，显示不同倍性团头鲂群体内单倍型类型丰富。5个群体内各序列平均核苷酸差异数（目在8．000-24．273之间，核苷酸多样性指数（π）在0．2483％～0．7866％之间：群体间遗传距离范围为0．0039～0．0106，显示不同倍性团头鲂群体遗传多态性丰富。核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）和核苷酸序列间平均遗传距离在5个群体间的变化趋势一致，由大到小依次为反交3n、异源3n、正交3n、同源4n-F1、二倍体2n。而且，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）以及核苷酸序列间平均遗传距离均显著大于2n群体（P〈0．05）。结果表明，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的遗传多样性水平显著高于2n群体。[中国水产科学，2008，15（2）：222-229]     

长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构；同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示，铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示，铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部，表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因；群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间；平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明，长江流域铜鱼遗传多样性较低，长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高，且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58，高于D．1oop固定指数，显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学，2008，15（3）：377-385]     

结合线粒体D-loop序列和SSR标记对宝石鲈养殖群体遗传多样性的分析

采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。     

深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析

采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析,通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增,获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较,共检测出114个碱基存在变异,其中包括84个简约信息位点,5个碱基存在插入/缺失;并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明:其序列差异(转换 颠换)在0·010~0·154之间,得出20个个体有20种单倍型;并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0·05278和27·500。研究结果表明:深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大,该种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

基于CO I和Cyt b序列的丹江口水库鲢群体遗传结构特征分析

有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。     

墨瑞鳕

墨瑞河真鲈（Maccullochella peelii peelii）,英文名Murray cod,俗称墨瑞鳕、河鳕、东洋鳕、鳕鲈、澳洲淡水鳕鲈等,中国大陆称为澳洲龙纹斑、虫纹鳕鲈或虫纹石斑。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中...     

雅砻江鲈鲤种群遗传结构

鲈鲤(Percocypris pingi)是长江上游特有珍稀鱼类。2011年6-8月,从长江上游支流雅砻江冕宁江段收集34尾鲈鲤,测定其线粒体控制区(D_Loop)序列以评估其遗传多样性。结果显示,D_Loop序列全长933~934 bp,34个D_Loop序列中定义了7个单倍型,12个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.082 0±0.042 0,核苷酸多样性Pi=0.003 6±0.000 4,说明鲈鲤种群遗传资源不丰富,结构简单。     

基于控制区序列分析河鲈遗传多样性

河鲈为我区优质经济鱼类之一,在我国仅分布于新疆阿勒泰地区。为更好的保护和合理开发利用这一有限资源,我们基于mtDNA控制区序列对额尔齐斯河-乌伦古河水系的5个野生群体进行了遗传多样性和遗传结构进行了研究。PCR-SSCP标记结果显示,18个单倍型分布于5个群体的100个个体中。对这18个单倍型个体的mtDNA控制区序列克隆和测序,最终确定13个单倍型,检测到14个变异位点,占分析序列的1.60%。河鲈总种群表现高的单倍型多样度（0.942±0.034）和偏低的核苷酸多样度（0.00242±0.00450）。Tajima’s D和Fuand Li’s D指数的估算结果显示,河鲈5个群体遗传分化不显著（P〉0.1）,具有较稳定的种群结构。YBW,BEJH和LSW群体间存在着一定的基因流（Nm〉1）,WLGH群体与其他群体间的基因流水平低（Nm〉0.6）,存在着由于遗传漂变而产生分化的危险。5个群体间的单倍型序列差异为0.003,说明单倍型间未出现分化。     

基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_ST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。     

皱纹盘鲍4个群体与九孔鲍16S rRN A基因遗传差异分析

采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍（4个群体）和九孔鲍（1个群体）共5个群体（53个样本）16S rRNA基因片段（16S）,测序获得了1000 bp核苷酸序列,其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析,旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型,九孔鲍1个群体（9个样本）有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示,变异位点占比对位点的20．5％,基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0．002～0．011,平均为0．005;九孔鲍群体内的平均遗传距离为0．004,两种鲍间的平均遗传距离为0．218;两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0．982,皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0．0051～0．0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系,显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支,九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支,4个种类未聚成单系支。     

3个群体草鱼mtDNA D-Loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA（mtDNA）D—Loop区段的限制性片段长度多态性（RFLP）进行了分析。PCR扩增出的mtDNA D—Loop区段，用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示：扩增出的142尾试验鱼的mtDNA D-Loop区段为1．6kbp，长沙群体中的两尾为1．8khp，个体间存在长度变异现象；6种限制酶具有酶切位点，共检测到两种单倍型，其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型，142尾为另一种单倍型；瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0，长沙群体内的分别为0．0816、0．00315；长沙群体与瑞昌（或宁河）群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0．0000343和0．6783；X^2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著（P〉0．05）。表明离草鱼mtDNA D—Loop区段的遗传多样性很低。     

凤鲚两群体线粒体细胞色素b基因片断多态性及进化特征

为研究凤鲚（Coilia mystus）的长江群体和珠江群体的遗传多态性、遗传关系及进化特征,使用线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）的细胞色素b（cytochrome b,cytb）基因片断序列进行分析.在该基因片断上共检测到44个变异位点,总变异率为11.5%.凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%～1.0%,珠江群体内部的遗传距离为0.5%～0.8%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为9.4%～10.9%.这2个群体具有完全不相同的单倍型,其中长江群体5个个体中共检测到5种不同的单倍型,单倍型多样性指数为1.000,核苷酸多样性指数为0.677%;珠江群体5个个体中共检测到4种单倍型,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.900和0.573%.对两者序列的自然选择检验分析表明,自然选择在两者差异形成过程中起重要的作用.[中国水产科学,2006,13（3）：337-343]     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国沿海缘边银鲈遗传多样性分析#br#

为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(H_d=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(H_d=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(H_d=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数F_st显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(F_st=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(F_st=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s F_s(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。     

利用线粒体D—loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallus sp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示：在23尾个体中共检测到3个单倍型（Hap1、Hap2,及Hap3）,其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数（0.530）和核苷酸多样性（0.00053）远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%（P〈0.05）,已产生一定的遗传分化。     

基于mt COI、Cyt b、D-loop序列的南方多鳞鱚群体遗传结构分析

基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明，单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785，核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257，整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示，分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%，主要变异均来自群体内。综上，基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果，厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化，可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。