基于线粒体COI基因的马科鱼类DNA条形码研究

为明确中国马鲅科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马鲅科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马鲅科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马鲅(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马鲅种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马鲅有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马鲅(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马鲅(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马鲅(P.mullani)与七丝指马鲅(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马鲅(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马鲅的错误鉴定。     

中日沿海部分鱼类DNA条形码研究

为明确日本及中国沿海部分鱼类的分类地位,测定了日本7目24科34属37种鱼类184条线粒体COI基因5′端652 bp序列,结合GenBank下载的日本和中国143条同源序列,共分析了7目24科35属40种327条鱼类DNA条形码。结果显示,40种鱼类的属内种间平均遗传距离(6.25%)是种内平均遗传距离(0.42%)的14.88倍,在邻接树上形成36个自展支持率为97%～99%的单系分支,支持其物种有效性。花鲈(Lateolabrax spp.)种内平均遗传距离为3.91%,在邻接树上形成了产自中国和日本的2个分支,分支间平均遗传距离(6.98%)是分支内平均遗传距离(0.49%)的14.2倍,支持前人将二者分为日本花鲈(L.japonicus)和中国花鲈(L.maculatus)的分类处理。白姑鱼(Pennahia argentata)种内遗传距离为2.01%,在邻接树上形成2个自展数据支持率为99%的分支,分支间平均遗传距离(3.28%)是分支内遗传距离(0.29%)的11.3倍,表明日本和中国的白姑鱼可能为2个亚种乃至2个种。赫氏高眼鲽(Cleisthenes herzensteini)和松木高眼鲽(C.pinetorum)混杂在一支上,种间平均遗传距离(0.32%)和种内平均遗传距离(0.23%)均在一般物种的种内遗传范围内,推测可能是鉴定错误,但不排除存在谱系拣选尚未完成的可能性。瓦氏■(Callionymus valenciennei)和饰鳍斜棘■(Repomucenus ornatipinnis)在邻接树上形成2个小分支,分支间平均遗传距离(1.97%)是分支内遗传距离(0.43%)的4.6倍,种间平均遗传距离为1.97%,推测可能为近期分化的2个亚种乃至2个种;由于■科鱼类个体细小,雌雄异形,形态差异显著,也不排除形态鉴定错误的可能。     

铆钉菇对重金属的耐性及其对油松分泌TOC的影响

为了进一步了解外生菌根真菌抗重金属胁迫机理,采用室内培养方法,研究了在不同pH环境下,纯培养铆钉菇的生长状况和培养环境的变化。结果表明,pH是影响菌根真菌抗重金属能力的重要因素。对照和Cd50μmol·L-1处理下,菌根真菌最佳生长pH条件为5.0;Cu50μmol·L-1处理和Cu25μmol·L-1 Cd25μmol·L-1混合处理下,菌根真菌最佳生长pH条件为4.0。菌根真菌能够通过调节自身的培养环境来缓解过高或过低pH的胁迫作用,使培养体系pH向适于真菌生长的方向改变。这种调节作用在重金属处理条件下更加明显。在此基础上,研究了铆钉菇和油松共生条件下,重金属处理前后菌根分泌物总有机碳含量(TotalOrganicCarbon)的变化。结果表明,在Cu处理后,接种G.viscidus油松分泌物的TOC含量显著高于Cu处理前,说明菌根真菌可以通过分泌有机物质来螯合、固定重金属,影响重金属的生物有效性,从而达到缓解胁迫的目的。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国近海蓝圆鲹遗传多样性研究

为了解蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)遗传多样性和种群结构,提出合理的蓝圆鲹种质资源保护依据,测定并分析了中国沿海10个地理群体193个体线粒体细胞色素C氧化酶I(COⅠ)基因序列。在652 bp的COⅠ序列中共检测到62个变异位点,29个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性(0.626 00±0.030 00)和低核苷酸多样性(0.002 25±0.001 16)的特点。核苷酸多样性显示:以福建海域为界北方高于南方(北方π=0.004 06～0.005 68,南方π=0.000 17～0.003 05),南海以阳江为界东部高于西部(东部π=0.001 43～0.005 68,西部π=0.000 17～0.002 86),单倍型网络图未出现明显系谱结构和地理结构。群体间遗传分化系数F_(st)显示,北海群体与其他群体有较高的遗传分化(F_(st)=0.145～0.798,P<0.001),新盈与陵水、惠来、阳江、福州和舟山样本之间也存在较高的遗传分化(F_(st)=0.006～0.229,P<0.05),其余群体间分化不显著。AMOVA分析表明,组群内群体间的变异比例占到16.66%～19.49%,原因可能是蓝圆鲹只作短距离洄游的生活习性以及受中国沿岸流、黑潮、暖流和北部湾特殊的大陆架的影响、北海和新盈与其他群体基因交流有限所致。蓝圆鲹整体的Fu’s F_S为显著性负值(F_S=-1.171 8,P<0.01);核苷酸错配峰图为明显单峰;单倍型网络图呈典型星状结构,表明蓝圆鲹群体经历过种群扩张。根据Bayesian skyline plot(BSP)分析扩张大约发生在0.222百万年前。北海和新盈群体与其他群体间存在较高的分化,可作为独立的管理保护单位,其中核苷酸多样性最低的新盈群体需避免遗传多样性的进一步降低;其余群体作为另一管理保护单位,其中崂山群体核苷酸多样性最高,舟山群体其次,应重点保护二者的种质遗传资源。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国沿海缘边银鲈遗传多样性分析#br#

为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(H_d=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(H_d=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(H_d=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数F_st显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(F_st=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(F_st=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s F_s(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。