用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系

利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cyt b基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bp D-loop和818bp Cyt b的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cyt b)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cyt b)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cyt b)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。     

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区序列的长麦穗鱼遗传多样性研究

为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(H_d)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173～0.03615 (Cyt b)、0.00193～0.02639 (D-loop);遗传分化指数(F_st)和基因流(N_m)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,...     

基于CO I和Cyt b序列的丹江口水库鲢群体遗传结构特征分析

有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)...     

长江流域4个野生大眼鳜群体的遗传多样性分析

为探讨长江流域大眼鳜(Sinipercakneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对4个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计79尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长1141 bp的Cyt b基因全序列,共检测到26种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为0.685 (CS)～0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为0.176%(CS)～0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在0.002～0.003。(2)获得了长度为834～840bp的D-loop全序列,在79尾个体中共检测到46种单倍型。单倍型多样性指数为0.754 (CS)～0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为0.548%(CS)～1.412%(YC)。群体内遗传距离在0.005(CS)～0.014(YC),群体间遗传距离在0.008～0.012,提示4个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。     

洞庭湖水系鳜遗传结构

测定了采自洞庭湖水系6个地理位置(湘江常宁、沅江洪江、沅江桃源、澧水石门、洞庭湖万子湖和南岳坡)共100尾鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体Cyt b基因DNA序列。结果显示:1 140 bp的Cyt b基因共检测到55个变异位点,100个样本得到9个单倍型。单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.777±0.033和0.019 70±0.000 74。洞庭湖的万子湖和南岳坡2个群体遗传多样性指数最高,湘江常宁群体遗传多样性指数最低。分子变异分析(AMOVA)结果显示:FST=0.098 03(P>0.05),9.8%的变异来自群体间,91.2%的变异来自群体内。除常宁群体分化显著外,其它群体没有出现明显遗传分化(两两之间FST在-0.065～0.024之间)。     

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类，主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊，近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景，本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列，分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示，太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点，定义25个单倍型；平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037，核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021；4个群体中，高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd: 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027)，太湖群体的遗传多样性最低(Hd: 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示，太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%)，遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明，骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示，25个单倍型形成2个明显的地理分支，一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成，另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明，太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看，太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低，应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护，骆马湖群体单独管理和保护。     

三峡库区干支流似鳊群体的遗传结构

为全面了解三峡库区小型鱼类优势物种似鳊（Pseudobrama simoni）群体的遗传结构，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列分析了三峡库首的太平溪（干流）、青干河（支流）和袁水河（支流），库中的万州（干流）和甘井河（支流）以及库尾的木洞河（支流）和嘉陵江（支流）共7个似鳊群体的遗传多样性、群体之间的遗传分化情况和种群的历史动态。结果显示，三峡库区似鳊群体遗传多样性较低，单倍型多样性为0.061~0.326、核苷酸多样性为0.005%~0.036%；分子方差变异分析（AMOVA）表明，似鳊群体的遗传变异绝大部分源自于群体内部（99.82%），只有0.18%的变异来自群体之间；遗传分化指数（Fst）显示，所有群体之间不存在显著的遗传分化；系统进化树和单倍型网络图表明，三峡库区似鳊群体没有形成明显的系统地理格局；Mantel 检验显示，三峡库区各似鳊群体群体之间的遗传分化程度与地理距离的远近无相关性；中性检验Tajima''s D值和Fu''s Fs值表明，三峡库区似鳊群体在6.58万年前可能发生过种群扩张现象。     

New genetic recombination in hypervariable regions of the white spot syndrome virus isolated from Litopenaeus vannamei (Boone) in northwest Mexico

The white spot syndrome virus (WSSV) is a pathogen of great concern to the worldwide shrimp culture. In comparative studies on the WSSV genome, regions such as the open reading frame (ORF) 14–15 and ORF 23–24, prone to deletions and recombination, had been useful to study the evolutive relationships among viral strains. When looking for the WSSV strains infecting Litopenaeus vannamei (Boone) in northwest Mexico, we found evidence of a genetic similarity in ORF 14–15 to a strain from India and a recombination involving ORFs 78, 79 and 80. Two genotypes were found involving the insertion of a 265 base‐pair segment of ORF 108 into ORF 78 with inversions and deletions within ORFs 78, 79 and 80. The WSSV has an Asian origin and the mutations found could be an adaptation strategy to infect L. vannamei and other crustacean species of the American continent.     

中国沿海6个花鲈群体的遗传多样性分析

利用8对微卫星或简单重复序列[microsatellite or simple sequence repeats(SSR)]标记对辽宁东港(DG)、绥中(SZ),河北秦皇岛(QHD),山东青岛(QD),浙江舟山(ZS)以及广东珠海(ZH)海域的6个花鲈(Lateolabrax maculatus)群体进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到等位基因90个,每个位点的等位基因数(NA)为3~20;有效等位基因数(Ae)为1.7~11.4;观测杂合度(Ho)为0.355~0.971;期望杂合度(He)为0.398~0.912;多态信息含量(PIC)为0.365~0.906;6个群体的遗传多样性处于中等水平且群体间差异不显著(P0.05),其中舟山群体的遗传多样性最高(NA=11;He=0.762;PIC=0.734),绥中群体的遗传多样性最低(NA=9.8;He=0.721;PIC=0.692);哈代?温伯格平衡检验显示,除秦皇岛群体外,标记Lama18、Lama21和Lama29在其他5个群体中偏离HWE(P0.01)。位点Lama18与Lama42间存在极显著性的连锁不平衡(P0.01);分子方差(AMOVA)分析结果显示群体间、群体内个体间以及所有个体间的方差均达显著性水平(P0.01);群体间配对Fst(pair-wise Fst)和遗传距离分析结果显示,舟山群体与其他5个群体遗传分化最远,遗传距离最大,而北方的绥中、东港、青岛以及秦皇岛4个群体间分化不显著;聚类分析显示,珠海与秦皇岛群体先聚合,再与舟山群体聚为一支。绥中、东港、青岛群体聚为一支;遗传组分分析结果显示,6个花鲈群体中共包含3个主要遗传组分,其中舟山群体遗传混杂少,遗传信息保留完整,而绥中、东港和青岛3个群体遗传组分类似,遗传混杂严重。另外,秦皇岛与珠海群体约40%的遗传组分相同;研究结果表明,中国沿海的花鲈群体中除舟山群体外,绥中、东港、青岛、秦皇岛和珠海5个群体的遗传多样性已受到现有养殖模式与养殖逃逸的影响。     

Genetic variation in the growth traits of straight-bred and crossbred black bream (Acanthopagrus butcheri Munro) at 90 days of age

The current slow growth rate of black bream (Acanthopagrus butcheri Munro) impedes their widespread commercial aquaculture across inland southern Australia. We report initial estimates of genetic variation for growth traits at 90 days of age from a diallel cross using two black bream populations. Standard length, total length, and wet weight varied significantly among lines and among half‐sib groups within lines. Differences among half‐sib groups explained 6.8% of the total variance in standard length, 8.3% in total length, and 7.1% in wet weight, giving estimated heritabilities over all lines of 0.27±0.11 for standard length, 0.33±0.13 for total length, and 0.28±0.12 for wet weight. There was no evidence for heterosis in any traits when straight‐bred and crossbred lines were compared. There were high phenotypic (r_P=0.95–0.98) and genetic (r_G=0.63–0.69) correlations among all growth traits.     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

文蛤北方种群生化遗传结构与变异的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对文蛤5个北方种群进行了生化遗传分析。结果表明:文蛤5个天然种群的多态座位比例为0.475±0.064;平均杂合度为0.212±0.026,总体上遗传多样性较好,遗传变异水平较高。在各多态座位中有78.95%的座位符合Hardy-W e inberg平衡,有65.79%的座位d值为正,34.21%的座位为近交座位,存在近交,但近交程度不高。通过聚类分析可以初步判定,这5个群体同属于一个种,种群间由于地理隔离已形成了不同的地理种群。     

中国沿海脉红螺群体遗传多样性及其遗传结构

我国脉红螺自然资源日趋衰减,为制定相应保护措施需要对脉红螺遗传多样性及遗传结构进行分析研究。利用9个微卫星标记分析了我国沿海9个脉红螺群体的遗传多样性和遗传分化水平。遗传多样性分析结果显示,群体平均等位基因丰度（AR）为8.6~9.5,期望杂合度（HE）为0.705~0.777,观测杂合度（HO）为0.498~0.626。遗传分化分析结果显示,群体间遗传分化指数（FST）范围为0.012 2~0.093 6,各群体间没有显著的遗传分化,遗传距离（DC）为0.212~0.349。本研究结果表明,我国沿海脉红螺群体具有较高的遗传多样性,各群体间没有显著分化。     

南海海域常见龙虾的遗传多样性分析

运用RAPD技术分析了南海海域黄斑龙虾、锦绣龙虾、密毛龙虾、杂色龙虾、波纹龙虾、中国龙虾、日本龙虾7种常见龙虾的种内和种间遗传多样性、种间亲缘关系及种质特异性标记。研究结果显示,7种龙虾的遗传多样性均较丰富,种质资源良好,其平均多态性位点比率为73.39%～89.12%,平均遗传距离为0.2134～0.4044,平均Nei基因多样性指数为0.0834～0.1990;对7个种的种间遗传距离进行聚类分析表明,日本龙虾与密毛龙虾的亲缘关系最近,与杂色龙虾的亲缘关系最远。     

广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹（Scylla paramamosain）6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体〉党江群体〉珍珠湾群体〉闸口群体〉清化群体〉流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。     

伊犁河流域不同群体伊犁裂腹鱼遗传差异分析

伊犁裂腹鱼（Schizothorax pseudaksaiensis）仅分布于新疆伊犁河流域,是该流域典型的土著种和生态敏感种。近年来,过度捕捞及水利工程开发使栖息地环境改变,种群数量急剧减少。本研究分析了伊犁河流域4个采样点共计54尾伊犁裂腹鱼线粒体DNA细胞色素b基因（长度为1109bp）的序列,探讨了伊犁裂腹鱼遗传结构及其影响因素。54尾个体共定义了16种单倍型,其中雅玛渡采样点群体（YJ）享有单倍型的数量最多,而恰普其海水库群体（YQ）享有单倍型的数量最少。单倍型分子系统树和中介网络图均分为两支,不同群体间单倍型交叉出现。平均遗传距离表明,4个伊犁裂腹鱼群体的遗传分化为种内个体间差异,尚未达到亚种水平。伊犁裂腹鱼单倍型分布的分化可能与大坝的阻隔效应有关。建议对两个类群伊犁裂腹鱼采取不同的管理策略加以保护。     

Multiplex PCR for genotyping Flavobacterium columnare

Recent research has identified four distinct genetic groups among isolates of Flavobacterium columnare through multilocus phylogenetic analyses; however, there are no quick methods to determine the genotype of an isolate. The objective of this research was to develop a multiplex PCR to rapidly genotype F. columnare to genetic group. Comparative bacterial genomics was used to identify regions in the genomes unique to each genetic group, and primers were designed to specifically amplify different sized amplicons for each genetic group. The optimized assay was demonstrated to be specific for each genetic group and F. columnare, and no specific amplicons were generated using gDNA from a panel of other Flavobacterium spp. and bacterial fish pathogens. The analytical sensitivity of the assay ranged from 209 to 883 genome equivalents depending on the genetic group. The multiplex PCR was evaluated by genotyping a panel of 22 unknown F. columnare isolates and performing DNA sequencing of the dnaK gene in parallel. The results demonstrated 100% accordance between multiplex PCR results and assignment to genetic group via phylogenetic analysis. The multiplex PCR provides a useful tool for assigning an unknown isolate to genetic group and may be used to determine which genetic groups of F. columnare are circulating and most predominant in different aquaculture industries.