3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。     

3个群体鳙鱼mtDNA D-loop区段的限制性片段长度多态性分析

鳙鱼（Aristichthys nobilis）采自江西瑞昌、湖南氐沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾，对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增，使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示，在12种内切酶中，8种有酶切位点，2种个体间有变异，为AfaⅠ和HinfⅠ，共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况，计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0．7283和0．5007，长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0．8135。Afa Ⅰ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型，在长沙群体中占87．5％，而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为鳙鱼瑞昌群体和长沙群体可能是两个隔离的独立群体。     

4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。     

3个群体草鱼mtDNA D-Loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA（mtDNA）D—Loop区段的限制性片段长度多态性（RFLP）进行了分析。PCR扩增出的mtDNA D—Loop区段，用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示：扩增出的142尾试验鱼的mtDNA D-Loop区段为1．6kbp，长沙群体中的两尾为1．8khp，个体间存在长度变异现象；6种限制酶具有酶切位点，共检测到两种单倍型，其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型，142尾为另一种单倍型；瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0，长沙群体内的分别为0．0816、0．00315；长沙群体与瑞昌（或宁河）群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0．0000343和0．6783；X^2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著（P〉0．05）。表明离草鱼mtDNA D—Loop区段的遗传多样性很低。     

红螯螯虾累代繁养群体的遗传多样性分析

为研究国内不同繁养基地红螯螯虾群体的遗传结构特征,采用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列直接测序的方法,获取红螯螯虾国内6个繁养群体(安徽阜阳、浙江湖州、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州)共180个样本的COⅠ序列。试验结果显示,序列比对长度为831 bp,其中变异位点56个,简约信息位点16个。基因序列G+C(%)含量较低(39.765%),表现出较明显的碱基组成偏倚性。180个样本共检测到10种单倍型,其中单倍型H1出现次数最多,为安徽阜阳、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州群体的共享单倍型。国内红螯螯虾繁养群体的遗传多样性较高,所有样本的总体单倍型多样性指数为0.693,核苷酸多样性指数为0.00652。其中苏州群体的单倍型多样性指数最高(0.964),海南澄迈群体最低(0.618)。不同群体间的遗传距离为0.00403～0.00969,海南澄迈和安徽阜阳群体间的遗传距离较大(0.00969),广东珠海和江苏苏州群体间遗传距离最小(0.00403)。试验结果表明,国内红螯螯虾繁养群体保持着较高的遗传多样性,群体间存在着一定的基因交流。试验结果为后续合理开发利用国内红螯螯虾种质资源积累了数据资料。     

州河鲤、建鲤和框鳞镜鲤的mtDNA D-loop的RFLP分析

应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ)有酶切位点,4种(DraⅠ、HaeⅢ、TaqⅠ和XspⅠ)个体间存在变异。不同酶切结果组合后,共得到6种单倍型。州河鲤中以单倍型Ⅲ为主,达91.37%,建鲤以单倍型Ⅵ为主,达81.25%;框鳞镜鲤中单倍型Ⅱ占39.47%,单倍型Ⅲ占47.37%;州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤群体内的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.1603、0.3327,0.6287、0.003042,0.004838、0.007163。州河鲤与框鳞镜鲤间的Rogers遗传距最小,为0.4080;州河鲤与建鲤间的为0.8440;框鳞镜鲤与建鲤间的为0.6469。     

长江中游湖泊中黄颡鱼线粒体DNA的遗传变异

运用mtDNAPCR RFLP技术对位于长江中游的洞庭湖、涨渡湖、长湖黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)自然群体的种群遗传结构进行比较分析。PCR技术扩增出黄颡鱼mtDNAND1/2基因,选用8种限制性内切酶对PCR产物进行酶切,3个群体的黄颡鱼共检出15种单倍型,单倍型间的遗传距离为0 20%～2 08%(0 8135%±0 4095%)。各不同群体的单倍型在系统树上有部分交叉,虽然不同群体在各单倍型中出现的频率有所不同,但每个群体都和其他群体存在共有的单倍型。尽管单倍型的分布或结构有所不同,但种群间的遗传距离不大,与通江型湖泊相比,两个阻隔型湖泊间的遗传距离更为接近。     

长江水系中华绒螯蟹线粒体DNA的遗传多样性研究

本文对长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的线粒体COI基因进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。应用PCR技术扩增了中华绒螯蟹线粒体COI基因,选用8种能识别4碱基的限制性内切酶对该基因片段进行RFLP分析。在两个群体中共检测出8种复合单倍型,其中复合单倍型AAAAAAAA和BBBBBAAB为两个群体所共有,它的个体数所占的百分比在两个群体(南京和江都)中分别为87.9%、12.1%和50.0%、25.0%。在南京群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.077,而在江都群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.004～0.077；南京和江都群体的线粒体COI基因多态度(或称核苷酸多样性指数)π值分别为0.008和0.019。结果说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。     

基于线粒体D-loop区探讨我国养殖大口黑鲈的分类地位和遗传变异

对大口黑鲈国内养殖种群(G)和北方亚种(N)、佛罗里达亚种(F)两个野生种群共23个个体的线粒体DNA D-loop区序列进行分析,探讨国内养殖大口黑鲈(Micropterus salmoides)的分类地位和遗传变异。D-loop区序列分析结果表明,共检测到73个变异位点,总变异率为9.0%。三群体间没有共享单倍型,群体G的5个个体含2种单倍型,群体N的11个个体含9种单倍型,群体F中每个个体均为一种单倍型。对三个群体间的遗传距离分析表明,养殖群体与北方亚种野生群体的遗传距离为0.009,与佛罗里达亚种野生群体的遗传距离为0.053,表明国内养殖的大口黑鲈在分类上属于北方亚种,分子系统进化树的进一步分析结果与其一致。群体N、F和G的核苷酸多样性指数(π)依次为0.008 2,0.013和0.000 5,单倍型多样性指数(h)分别为0.946,1.000和0.400,显示出养殖大口黑鲈群体的遗传多样性相比国外野生群体有明显下降,有必要开展大口黑鲈的遗传改良研究,提高其种质质量。     

基于线粒体COⅠ序列比较长江口中华绒螯蟹放流与野生群体的遗传多样性

为探讨长江口中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)放流亲蟹与野生群体的遗传多样性和遗传结构的差异,对77个放流和野生亲蟹个体进行了线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列的比较分析,结果表明:所检测的样本共计77个COⅠ基因序列(630 bp)中,变异位点(V)41个,简约信息位点(P)37个,A+T(61.7%)的含量明显高于C+G(38.3%),表现出较为明显的碱基组成偏倚性;两个群体共检测出15种单倍型,其中单倍型Hap-1出现频率最大,为两个群体所共享,放流和野生群体各具有5种独有单倍型;两个群体的单倍型多样性指数(H)为0.825,核苷酸多样性指数(π)为0.004 66,平均核苷酸变异数(K)为2.910,其中野生群体的单倍型多样性指数(0.833)和核苷酸多样性指数(0.007 70)均高于放流群体(0.810和0.002 11)。AMOVA分子方差分析表明,长江口中华绒螯蟹放流与野生群体总的遗传变异主要来自群体内,其中96.53%遗传变异来自各群体内部,3.47%遗传变异来自群体间。群体内遗传分化指数(FST)野生群体(0.034 75)高于放流群体(0.034 57),两个群体间遗传分化指数(FST)为0.034 66(P0.05),两个群体遗传分化不显著。两个群体间的基因流(Nm)为13.93(Nm1),表明放流群体和野生群体的基因交流较为频繁。     

基于控制区序列分析河鲈遗传多样性

河鲈为我区优质经济鱼类之一,在我国仅分布于新疆阿勒泰地区。为更好的保护和合理开发利用这一有限资源,我们基于mtDNA控制区序列对额尔齐斯河-乌伦古河水系的5个野生群体进行了遗传多样性和遗传结构进行了研究。PCR-SSCP标记结果显示,18个单倍型分布于5个群体的100个个体中。对这18个单倍型个体的mtDNA控制区序列克隆和测序,最终确定13个单倍型,检测到14个变异位点,占分析序列的1.60%。河鲈总种群表现高的单倍型多样度（0.942±0.034）和偏低的核苷酸多样度（0.00242±0.00450）。Tajima’s D和Fuand Li’s D指数的估算结果显示,河鲈5个群体遗传分化不显著（P〉0.1）,具有较稳定的种群结构。YBW,BEJH和LSW群体间存在着一定的基因流（Nm〉1）,WLGH群体与其他群体间的基因流水平低（Nm〉0.6）,存在着由于遗传漂变而产生分化的危险。5个群体间的单倍型序列差异为0.003,说明单倍型间未出现分化。     

高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ 基因序列多态性分析

为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。     

利用mtDNACCOI基因序列分析引进的澳洲虫纹鳕鲈群体遗传多样性

根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈（MaccuUochellapeelii）引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体C01的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTALX（1．83）软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5．0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为5,单倍型多样性（Hd）为0．300,核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（k）为分别为0．00073和0．473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNAC01基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。     

凡纳滨对虾引进群体和养殖群体的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对2008年引进的SPF凡纳滨对虾群体(G0)与2006年引进亲虾繁育的两代群体(G1、G2)的遗传结构进行了分析。使用AluI、TaqI、M boI、SpeI、SspI共5种限制性内切酶对线粒体DNA控制区进行单酶切分析,酶切得到的单倍型在2~4个之间,三个群体的复合单倍型类型分别有3个、7个和9个,没有为三个群体所共有的复合单倍型,复合单倍型的分布显示群体间差异显著。三个群体(G0、G1、G2)的核苷酸多样度π值逐渐增加,分别为0.033 3、0.128 6、0.134 9,复合单倍型多样度h分别为0.622 2、0.850 0、0.847 0,说明养殖群体的遗传多样性大于引进群体。聚类分析的结果表明随着养殖世代的增加,养殖群体与引进群体的差异呈增大的趋势。由此推测G0与G1的亲本存在较大的遗传差异,并且在使用引进群体作为亲本的育种过程中可能出现了种质混杂。     

中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化

用13种限制性内切酶对兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤及瓯江彩鲤4种红鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。共产生17种限制性态型,其中5种酶为限制性片段长度多态性(RFLPs),归结为5种单倍型;兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤和瓯江彩鲤的核苷酸多样性(Ⅱ)分别为0．0087、0．0059、0．0094、0．0286,瓯江彩鲤的遗传多样性最为丰富;瓯江彩鲤起源于单倍型Ⅱ为主的母系祖先,推算分化时间分别约在11．5万年、9．5万年前;玻璃红鲤和荷包红鲤起源于单倍型I为主的母系祖先,推算分化时间分别约为5～5．6万年、2万年前。     

利用线粒体D—loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallus sp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示：在23尾个体中共检测到3个单倍型（Hap1、Hap2,及Hap3）,其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数（0.530）和核苷酸多样性（0.00053）远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%（P〈0.05）,已产生一定的遗传分化。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中...     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。