拟穴青蟹Na+/H+ exchanger基因克隆及其在盐度胁迫下的表达分析

克隆了拟穴青蟹(Scylla paramamosain)Na~+/H~+-exchanger基因,其cDNA序列全长3 624 bp,开放阅读框(ORF)长2 886 bp,可编码961个氨基酸,预测蛋白质分子量和等电点分别为110.8 kDa和7.42,具有信号肽和典型的Na~+/H~+-exchanger蛋白结构域,含12个跨膜α螺旋。拟穴青蟹Na~+/H~+-exchanger的氨基酸序列与三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的一致度最高,达到84.9%;该基因在卵巢中表达量最高,其次是精巢、鳃等;该基因在受精卵时期表达水平最高,大眼幼体时期次之。拟穴青蟹大眼幼体在低盐(盐度7和17)胁迫过程中,Na~+/H~+-exchanger基因在20 min表达水平最高,之后基本恢复到正常表达水平;在高盐(盐度37)胁迫(20 min～2 h)期间,该基因表达水平先下降再逐渐上升。Na~+/H~+-exchanger基因在拟穴青蟹大眼幼体阶段盐度适应中发挥着重要作用,且低盐显著诱导Na~+/H~+-exchanger基因的高表达,推测拟穴青蟹Na~+/H~+-exchanger基因在低盐环境下发挥重要的渗透调节功能。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化

为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。     

基于超声波标志法的浅海围栏养殖大黄鱼行为研究

为了解浅海大型围栏人工饲养大黄鱼(Larimichthys crocea)的行为特征,于2017年8月22日、26日利用小型超声波标志,对6尾大黄鱼分别使用体内植入法和背鳍悬挂法进行24 h运动行为跟踪,获得了围栏内大黄鱼昼夜垂直运动深度及水平位置数据。结果表明:1)体内植入法的试验鱼进入稳定状态所需时间比背鳍悬挂法多2 h左右,稳定性优于背鳍悬挂法;2)两种固定方法大黄鱼活动水层多处于水下4～10 m深度,且更加集中于6 m附近水层;3)试验鱼的水平运动多出现在围栏外侧做往返游动,在靠近工作平台附近出现的概率最小,在投饵区的活动较为频繁。试验首次基于超声波标志跟踪法研究了浅海大型围栏人工饲养下大黄鱼的行为特性,可为今后浅海大型围栏养殖大黄鱼的操作平台选址建设、养殖管理以及大型围栏的设计优化提供科学的理论依据和数据支持。     

南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。     

凡纳滨对虾引进群体和2个养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显的遗传分化,说明种群结构发生了明显的遗传变异,变异可能来自于突变、随机漂变和选择的共同作用。实验结果能够很好地解释经过若干群体选育后,子代群体发生种质退化的现状,由此建议综合采用遗传育种的方法从引进的亲虾中筛选出性状优良稳定的仔虾作为虾苗。     

三种赤潮微藻基因组DNA快速制备方法的研究

采用超声波法、煮沸法和微波法3种方法分别对塔玛亚历山大藻、环状异帽藻和角毛藻进行细胞破碎及快速制备基因组DNA的研究。通过细胞计数和DNA浓度测定的手段对三种方法进行了比较,以选择适合不同藻种的细胞破碎方法。结果表明,塔玛亚历山大藻和环状异帽藻用超声波法破碎效果较好;角毛藻用微波法较好。对用该三种方法制备的基因组DNA做了PCR扩增,电泳检测表明,与CTAB法扩增效果一样。本文建立的微藻DNA快速制备方法有望应用在赤潮藻类的快速分子鉴定方面。     

条斑紫菜细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析

利用已知甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的特征性保守区域获得的探针筛选条斑紫菜cDNA文库，获得了1个全长的cDNA克隆GAP2，编码细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)。其中GAP2 cDNA插入片段为1596bp，包括一个1008bp的开放阅读框编码336个氨基酸的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)蛋白。将获得的GAPC蛋白的氨基酸序列与其它物种的GAPDH序列进行多重序列比较后，发现条斑紫菜的GAPC氨基酸序列包含了4个高度保守的结构域。条斑紫菜GAPC的cDNA序列中GC含量很高，为64．2％，与紫菜EST分析中得到的结果(65．2％)近似。通过GAPDH的分子发育进化分析，对红藻的分类地位进行了初步探讨，条斑紫菜的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列已登记到GenBank数据库，序列号分别为：AY273820。     

饥饿对拟穴青蟹大眼幼体和Ⅰ期仔蟹蜕皮和生长的影响#br#

为了给拟穴青蟹(Scylla paramamosain)苗种培育过程中饵料的合理投喂提供基础理论数据,采用投喂-饥饿和饥饿-投喂的处理方式对拟穴青蟹大眼幼体和Ⅰ期仔蟹分别开展营养储存饱和点实验(PRS)和不可恢复点实验(PNR),研究饥饿对大眼幼体和Ⅰ期仔蟹蜕皮和生长的影响。结果显示,大眼幼体的PRS实验中,投喂时间≤2 d时,大眼幼体的蜕皮率为0;投喂时间≥4 d时,大眼幼体的蜕皮率和发育时间与连续投喂组(F组)无显著性差异;但投喂4 d-饥饿组(F4S组)大眼幼体蜕皮后Ⅰ期仔蟹的增重率和个体大小均显著小于F组(P<0.05)。大眼幼体的PNR实验中,饥饿2 d时大眼幼体的存活率仅为(30.00±13.23)%。Ⅰ期仔蟹的PRS实验中,连续饥饿组(S组)Ⅰ期仔蟹的蜕皮率为0,而投喂2 d-饥饿组(F2S组)、投喂3 d-饥饿组(F3S组)和F组3组Ⅰ期仔蟹的蜕皮率均无显著性差异。投喂1 d-饥饿组(F1S组)和F2S组Ⅰ期仔蟹蜕皮后Ⅱ期仔蟹的增重率和个体大小均显著小于F组(P<0.05),且F1S组Ⅰ期仔蟹的发育时间显著延长(P<0.05)。Ⅰ期仔蟹的PNR实验中,除饥饿1 d-投喂组(S1F组)外,F组Ⅰ期仔蟹的蜕皮率显著高于其他处理组(P<0.05);各组Ⅰ期仔蟹蜕皮后Ⅱ期仔蟹的增重率与饥饿时间呈负相关,而发育时间却与饥饿时间呈正相关;饥饿时间≥2 d时,Ⅰ期仔蟹蜕皮后Ⅱ期仔蟹的个体大小明显变小。拟合分析结果显示,大眼幼体的PRS;值是3.57 d,Ⅰ期仔蟹的PRS;和PNR;值分别是0.90 d和2.01 d。研究结果表明,新蜕皮的大眼幼体必须给予充足的饵料才可确保高的存活率,大眼幼体投喂6 d后可以适当减少投喂量,短期饥饿对Ⅰ期仔蟹蜕壳和生长的影响相对较小,Ⅰ期仔蟹的耐饥饿能力强于大眼幼体。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测，从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增，结果表明，17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带，分子量在200～2000bp之间，其中多态位点为86个，占58．11％；群体的Shannon多样性指数为0．1905，Nei基因多样性指数为0．2280；个体间最大遗传距离为0.212，最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断，刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。