濒危植物蒙古扁桃SRAP反应体系优化

为利用SRAP技术研究蒙古扁桃资源遗传多样性评价和种质资源鉴定,利用正交试验法L_(16)(4~5)正交设计,对影响蒙古扁桃SRAP-PCR反应体系的Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度4个因素以及模板DNA浓度进行筛选。优化的蒙古扁桃SRAP-PCR最佳反应体系为Mg~(2+)浓度为2.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.25 mmol/L,模板DNA浓度为100 ng,Taq酶浓度为2.00 U,引物浓度1.0μmol/L,2.5μL 10×PCR buffer,总体积为25μL。筛选结果表明,对蒙古扁桃SRAP-PCR扩增结果影响最大的是Taq聚合酶浓度,最小的是dNTPs浓度。运用该体系对144个随机SRAP引物组合进行筛选,筛选出12个条带清晰、多态性高的引物组合,为蒙古扁桃种质资源的研究奠定了基础。     

褐苞薯蓣ISSR-PCR反应体系的建立与优化

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg~(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1. 875 U,DNA模板量52. 5 ng,d NTPs浓度0. 25 mmol/L,引物浓度0. 437 5μmol/L,Mg~(2+)浓度1. 5 mmol/L,10×Taq Buffer 2. 0μL,其余用dd H_2O补齐。     

春兰SRAP-PCR反应体系的建立与优化

[目的]构建适合春兰SRAP-PCR反应的最佳体系。[方法]对影响PCR反应的5个变量(dNTPs浓度、Mg~(2+)浓度、引物浓度、Taq酶量、模板DNA用量)采用L16(45)正交试验设计,建立春兰SRAP-PCR最适反应体系。[结果]最佳优化体系为0.25 mmol/L d NTPs、2.50 mmol/L Mg~(~(2+))、0.80μmol/L引物、1.00 U Taq酶、200.00 ng模板DNA,共20μL。扩增程序:94℃预变性4 min,反应前5个循环在94℃变性1 min、35℃复性1 min、72℃延伸1 min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高至50℃,最后72℃延伸10 min。[结论]该体系有利于SRAP分子标记在春兰材料上的应用,为春兰分子遗传育种奠定了基础。     

八仙花SRAP反应体系的建立与优化

为建立适合八仙花SRAP-PCR分子标记技术体系,以八仙花栽培品种H.macrophylla‘Lavbla’为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、dNTPs、Mg2 、Taq酶浓度和引物用量对八仙花SRAP扩增反应的影响,确立了八仙花SRAP分析的最佳反应体系为25μl:模板DNA60ng、Mg2 2.0mmol/L、dNTPs0.7mmol/L、Taq酶0.5U、引物0.7μmol/L×2、10×PCRBuffer2.5μl,该反应条件下八仙花SRAP扩增条带清晰,多态性丰富。     

枫香树DNA提取及SRAP-PCR反应体系的建立与优化

通过不同处理的枫香树叶片及基因组DNA提取方法的对比,并采用L16(45)正交试验设计,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg2+,d NTPs,引物浓度及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行优化,确立枫香树SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明,改良CTAB法提取枫香树基因组DNA的产率和纯度均可满足下游试验需要。SRAP-PCR最优反应体系为:总体积20μL,含1×PCR Buffer,1.5 mmol·L-1Mg2+,0.16mmol·L-1d NTPs,0.5μmol·L-1引物,0.9 U Taq DNA聚合酶和40 ng模板DNA。各因素对反应结果的影响大小顺序为Taq DNA聚合酶量d NTPs浓度Mg2+浓度模板DNA用量引物浓度。运用优化的SRAPPCR反应体系对10个不同居群的枫香树基因组DNA扩增检测,结果均能获得稳定性高、多态性丰富和重复性好的条带图谱。     

梨属野生种质资源SRAP-PCR反应体系优化研究

采用正交直观分析法和新复极差法对影响梨属野生种质资源SRAP-PCR反应的5种因素(Mg2+浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶、模板DNA)4个水平进行优化筛选。结果表明,优化后的梨属SRAP-PCR反应体系为25μL,包括10×PCR buffer 2.5μL,2.0 mmol/L Mg2+,200μmol/L d NTPs,0.4μmol/L引物,1.5 U Taq酶,60 ng模板DNA。     

牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

绿豆SSR-PCR反应体系的建立与优化

为探究影响绿豆SSR-PCR反应的因素,建立绿豆SSR-PCR最佳反应体系,为绿豆遗传多样性分析、品种鉴定等提供参考。采用正交设计与单因素试验联合分析法,从Mg~(2+)、Taq酶、引物、d NTPs及模板DNA 5个因素对绿豆SSR-PCR反应体系进行优化分析。5个因素中,Mg~(2+)对SSR-PCR结果影响最大。SSR-PCR反应最佳体系为20μL体系中含0.8 mmol/L Mg~(2+)、1.25 U Taq酶、1.4μmol/L引物、1.8 mmol/L d NTPs、25 ng模板DNA。该绿豆SSR-PCR反应体系的建立为进一步利用SSR分子标记技术研究绿豆资源奠定了基础。     

花吊丝竹ISSR反应体系的建立与优化

建立关于花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系,为花吊丝竹种质资源鉴定提供理论基础。采用单因素试验法,对影响PCR扩增效果的Mg~(2+)浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度及模板DNA用量等5个PCR反应体系主要成分以及退火温度和循环次数进行分析,并利用建立的优化反应体系和扩增程序对100条候选引物进行筛选。结果表明,适合花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系为:20μL的反应液中含3.0 mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L d NTPs、1.25 U Taq DNA聚合酶、0.6μmol/L引物、10 ng模板DNA、2μL 10×Buffer、8.55μL dd H_2O。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,52.7℃退火30 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。建立的花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系能够扩增出清晰、多态性较高的条带,且筛选出的16条引物具有高度多态性。表明该体系具有较高的稳定性、重现性和适用性。     

珍稀濒危植物宝华玉兰ISSR-PCR反应体系建立及优化

为建立和优化宝华玉兰(Magnolia zenii Cheng)ISSR-PCR反应体系,采用正交试验和单因子试验方法对影响PCR扩增体系中的Mg~(2+)、d NTPs、DNA模板、引物和Taq聚合酶一定浓度的用量5个因子进行分析比较。结果显示,宝华玉兰ISSR-PCR 25μL反应体系中的5个因子最佳水平分别为DNA模板(20 ng/μL)3.5μL,引物(10μmol/L)1.25μL,Taq聚合酶(5 U/μL)0.2μL,Mg~(2+)(25 mmol/L)2.0μL,d NTPs(2.5 mmol/L)0.8μL。宝华玉兰ISSR-PCR反应的最优体系建立,为进一步利用ISSR对其进行分子标记辅助育种、分子身份证构建和遗传多样性分析等后续研究奠定了基础。     

苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、d NTPs、Mg2+、引物和Taq DNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(45)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;d NTPs在0.1~0.2 mmol·L-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg2+为2.0mmol·L-1左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48~0.64μmol·L-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;Taq DNA聚合酶在0.50~2.00 U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30 ng、d NTPs 0.125 mmol·L-1、Mg2+2.25 mmol·L-1、引物0.48μmol·L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U,反应总体积25μL.     

剑豆SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】建立和优化剑豆Canavalia ensiformis的SRAP-PCR体系,为分析剑豆遗传多样性和建立遗传图谱打下基础.【方法】首先用单因素试验法对SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因素(Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)各设8个浓度梯度进行试验,找到5个因素的适宜浓度范围,再采用均匀设计法进行5因素4水平和5因素3水平的2轮优化.【结果和结论】建立了剑豆SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Mg2+1.75 mmol/L,d NTPs 200μmol/L,引物0.36μmol/L,Taq DNA聚合酶0.06 U/μL,模板DNA 40 ng.所建立的体系稳定可靠,适用于剑豆后续的SRAP分析.     

华山松SRAP-PCR反应体系的优化

为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究

以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对.     

橡胶树SRAP体系优化及其PCR引物组合的筛选

为橡胶树遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础,分析引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量、Taq酶用量等因素对SRAP-PCR扩增反应的影响。结果表明,橡胶树SRAP-PCR的适宜扩增反应体系(20μL)为:引物0.2μmol/L,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,模板DNA50ng,Taq酶0.5U。利用该体系从400对引物组合中初筛出28组多态性好的引物组合,获得250条清晰带,多态性比率为62.8%。     

利用正交试验设计优化桂花的SSR-PCR体系

以潢川金桂DNA为SSR-PCR扩增模板,采用L_(16)(4~5)正交设计对Taq酶用量、Mg~(2+)浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度以及引物浓度在4个水平上进行了优化,建立了桂花SSR-PCR反应的最佳体系,即在10μL反应体系中,不同成分的最佳含量为Taq酶0.2 U、Mg~(2+)3.0 mmol/L、模板DNA 40 ng、dNTPs 0.60 mmol/L、引物0.8μmol/L。应用最佳体系对引物Of P50进行退火温度的优化,得到最适退火温度范围为60~62℃。     

水曲柳SRAP分子标记反应系统的优化

以水曲柳叶片DNA为模板,利用SRAP(相关序列多态性)技术及L_(16)(4~5)正交试验和单因子试验方法,分析了不同浓度的DNA模板、Mg~(2+)、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶对扩增结果的影响,最终确立的PCR最佳反应系统为:20μL体系中,2×PCR buffer、DNA模板50～100ng,Mg~(2+) 的浓度2.0mmol/L,dNTP0.15mmol/L,引物0.30μmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U;最佳退火温度50℃.在此反应系统下,所扩增谱带清晰、稳定、多态性高.     

花生疮痂病菌ISSR-PCR反应体系的建立和优化

建立和优化了花生疮痂病菌ISSR-PCR反应体系,为研究花生疮痂病菌遗传多样性及遗传结构提供理论基础。采用正交试验和细调性单因素试验对模板DNA用量、最适引物、引物浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度、d NTPs浓度以及退火温度等影响ISSR反应结果的各因素进行了研究。最优体系中各成分浓度分别为Mg~(2+) 2. 0 mmol/L,dNTPs 0. 2 mmol/L,Taq酶1. 5 U,引物0. 88μmol/L,模板DNA 30～40 ng/25μL;筛选出8条适用于花生疮痂病菌遗传多样性分析的ISSR引物。     

龙爪槐SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以龙爪槐(Sophora japonica f.pendula Hort.)叶片为材料,采用L_(16)(4~5)正交设计试验,对SRAP-PCR反应体系中的Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA用量5个因素进行优化,并确立适用于龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系。结果表明,龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系为反应总体积12.5μL,Taq酶0.10 U、Mg~(2+)3.0 nmol/L、dNTPs 2.5 nmol/L、正反向引物均为1.2 nmol/L、DNA 100ng,其余体积用ddH_2O补足。各因素水平变化对反应体系的影响影响大小依次为引物、模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶。用35个龙爪槐样品对优化体系进行验证,均得到条带清晰、多态性丰富的图谱,证实了该体系的稳定性。     

黄秋葵SRAP反应体系的优化

通过研究黄秋葵SRAP反应体系中主要因子TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度和DNA模板浓度对扩增结果的影响,建立黄秋葵SRAP-PCR反应的优化体系。根据试验确定黄秋葵SRAP反应体系为20μL,75ng模板DNA,0.4μmol·L-1引物,0.750 mmol·L-1 dNTP,1.5 U Taq DNA聚合酶,2.0mmol·L-1 MgCl2,2.0μL 10×PCR缓冲液。