梨属野生种质资源SRAP-PCR反应体系优化研究

采用正交直观分析法和新复极差法对影响梨属野生种质资源SRAP-PCR反应的5种因素(Mg2+浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶、模板DNA)4个水平进行优化筛选。结果表明,优化后的梨属SRAP-PCR反应体系为25μL,包括10×PCR buffer 2.5μL,2.0 mmol/L Mg2+,200μmol/L d NTPs,0.4μmol/L引物,1.5 U Taq酶,60 ng模板DNA。     

苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、d NTPs、Mg2+、引物和Taq DNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(45)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;d NTPs在0.1~0.2 mmol·L-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg2+为2.0mmol·L-1左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48~0.64μmol·L-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;Taq DNA聚合酶在0.50~2.00 U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30 ng、d NTPs 0.125 mmol·L-1、Mg2+2.25 mmol·L-1、引物0.48μmol·L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U,反应总体积25μL.     

黄秋葵SRAP反应体系的优化

通过研究黄秋葵SRAP反应体系中主要因子TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度和DNA模板浓度对扩增结果的影响,建立黄秋葵SRAP-PCR反应的优化体系。根据试验确定黄秋葵SRAP反应体系为20μL,75ng模板DNA,0.4μmol·L-1引物,0.750 mmol·L-1 dNTP,1.5 U Taq DNA聚合酶,2.0mmol·L-1 MgCl2,2.0μL 10×PCR缓冲液。     

白花蛇舌草ISSR反应体系的建立与优化

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、d NTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度等5因素4水平条件对ISSR反应体系进行优化。白花蛇舌草ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为引物浓度0. 562 5μmol/L,Mg2+浓度2. 75 mmol/L,d NTPs浓度0. 375 mmol/L,DNA模板量60 ng,Taq DNA聚合酶1. 25 U,2. 0μL 10×Taq Buffer,其余用dd H_2O补齐。该试验建立并优化了白花蛇舌草ISSR-PCR反应体系,为白花蛇舌草种质资源遗传多态性的研究提供参考依据。     

文冠果DNA提取及RAPD和ISSR反应体系构建

为研究文冠果种质遗传多样性,以新疆奇台文冠果自然栽培居群的48个单株为材料,采用改良CTAB法提取文冠果基因组DNA,并对其RAPD和ISSR反应体系进行了优化。研究结果表明:文冠果的RAPD最适反应体系为:PCR扩增总体积为20μL,包含30ng的模板DNA,10×PCR buffer 2μL,2.0 mmol·L-1Mg2+,0.1mmol·L-1dNTP和Taq DNA聚合酶1U;ISSR最适反应体系为:PCR扩增总体积为20μL,包括30ng的模板DNA,10×PCR buffer 2μL,2.5mmol·L-1 Mg2+,0.2mmol·L-1dNTP和Taq DNA聚合酶1U。在最适反应体系下,RAPD和ISSR分析具有良好的稳定性和可重复性。     

桃SRAP-PCR反应体系建立及与半矮生型相关标记的研究

试验采用常规CTAB法提取了桃叶片基因组DNA,并以半矮生型桃基因组DNA为模板,通过对影响扩增结果的Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度及引物浓度的梯度试验,对桃SRAP-PCR反应体系进行了优化.结果表明:桃SRAP-PCR的最佳反应体系为DNA模板25～30ng,10×Buffer2μL,Mg2+浓度2.5mmol·L-1,dNTP浓度0.25mmol·L-1,Taq酶1.1U,引物浓度0.3μmol·L-1.通过BSA法建立半矮生型和普通型基因池,从266对SRAP引物中筛选出21对与桃半矮生性状相关的SRAP标记,并通过对18个个体的扩增检测,发现了1个与半矮生性状相关的标记.     

正交设计优化日本落叶松SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对日本落叶松SRAP-PCR反应体系的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度五因素在四个水平上进行优化试验,PCR结果采用统计软件SPSS13.0进行分析,结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中模板DNA影响最大;筛选得到日本落叶松SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为模板DNA浓度为120ng·20μL-1,dNTPs的浓度为0.15mmol·L-1,引物浓度为0.3μmol·L-1,Mg2+浓度为1.5mmol·L-1,Taq酶浓度为0.SU·2μL-1.这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对日本落叶松遗传多样性的研究奠定基础.     

剑豆SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】建立和优化剑豆Canavalia ensiformis的SRAP-PCR体系,为分析剑豆遗传多样性和建立遗传图谱打下基础.【方法】首先用单因素试验法对SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因素(Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)各设8个浓度梯度进行试验,找到5个因素的适宜浓度范围,再采用均匀设计法进行5因素4水平和5因素3水平的2轮优化.【结果和结论】建立了剑豆SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Mg2+1.75 mmol/L,d NTPs 200μmol/L,引物0.36μmol/L,Taq DNA聚合酶0.06 U/μL,模板DNA 40 ng.所建立的体系稳定可靠,适用于剑豆后续的SRAP分析.     

枸杞SRAP反应体系建立和优化

以宁杞1号为试验材料,探讨Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、模板DNA用量对枸杞SRAP-PCR反应的影响.建立20μL反应体系,模版DNA 50 ng,Buffer 1×,Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.3 mmol.L-1,引物0.3μmol.L-1,Taq DNA聚合酶用量为1 U,并利用该反应体系,两对不同引物组合Me1/Em1和Me3/Em5对12份枸杞样品DNA进行SRAP-PCR扩增,1.8%琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,不同品种(系)间DNA谱带多态性丰富,说明该体系稳定可靠.     

沙棘SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

为建立适合沙棘(Hippophae rhamnoides L.)的SRAP-PCR反应体系,对影响SRAP-PCR的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、模板DNA浓度进行了优化.优化后的反应体系为Mg2+3.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶2U/25μL、引物0.8 μmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、模板DNA 30ng/25μL,反应总体系25 μL.利用此体系从30对引物组合中筛选出17对适合沙棘SRAP-PCR的引物,有助于沙棘的分子标记辅助育种研究.     

葡萄ISSR-PCR反应体系的建立与正交设计优化

建立和优化稳定的葡萄ISSR-PCR反应体系,为进一步开展葡萄遗传多样性研究和品种选优提供理论依据。运用改良的CTAB法从葡萄嫩叶中提取基因组总DNA,通过单因素试验分析d NTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、DNA模板用量、Taq DNA聚合酶用量等5个因素对葡萄ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响,并采用正交设计试验方法优化建立葡萄ISSR-PCR最佳反应体系。优化的最佳ISSR-PCR反应体系(20μL)为:10×PCR buffer、0.225 mmol/L d NTPs、Taq DNA聚合酶1.0 U、1.00μmol/L引物、2.75 mmol/L Mg2+、DNA模板30 ng。利用优化的ISSR-PCR反应体系能够扩增获得清晰、稳定的DNA条带,可用于后续的葡萄种质资源遗传多样性分析。     

小桐子SSR-PCR反应体系的优化

采用改良的CTAB法从小桐子嫩叶中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和SSR-PCR扩增检测,结果表明,改良CTAB法提取的小桐子基因组DNA完整性好,纯度较高,可作为SSR分子标记的模板。同时,对影响小桐子SSR-PCR扩增的d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物及Mg2+浓度等4个因素进行了优化,优化后的小桐子SSR-PCR扩增的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中含有模板DNA 100 ng,d NTPs 0.2 mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶100 U·m L~(-1),引物0.6μmol·L~(-1),Mg~(2+)1.5 mmol·L~(-1)。适宜的扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性1 min,51~53℃(退火温度随引物不同而改变)退火1 min,72℃延伸2 min,35个循环;72℃延伸10 min。     

巴东木莲DNA的提取及SRAP-PCR反应体系的正交优化

研究确定了提取巴东木莲基因组DNA的方法,采用正交试验设计法对影响SRAP-PCR反应的引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量、Mg2 和dNTPs浓度及PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了比较、优化.同时对DNA模板浓度进行了筛选.结果表明,Mg2 、dNTPs、Taq酶及引物的不同水平均对PCR反应结果有显著的影响.建立了巴东木莲20μL SRAP-PCR的反应体系为lxbuffer、Mg2 浓度为2.O mmol.L-1、dNTPs浓度为O.25 mmol·L-1、引物浓度为0.45μmol·L-1、Taq酶为0.5 U和模板DNA 40ng.适宜的扩增程序为94℃预变性1 min,94℃变性1 min,33℃复性1 min,72℃延伸1 min,10个循环;94℃变性1 min.55℃复性l min,72℃延伸1 rain,30个循环;最后72℃延伸5min.试验表明,该体系重复性好、稳定性强.     

基于单因素试验的大豆CDDP-PCR反应体系优化

[目的]优化大豆CDDP-PCR反应体系。[方法]采用单因素试验方法对影响大豆CDDP-PCR反应的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、d NTPs浓度和模板DNA用量等因素进行优化。[结果]优化后的大豆CDDP-PCR体系为:Mg2+浓度2.0 mmol/L、Taq聚合酶用量1.5 U、引物浓度0.375μmol/L、d NTPs浓度0.3 mmol/L、DNA模板用量40 ng。运用24个大豆品种验证了该反应体系稳定、可靠。[结论]该反应体系的建立为大豆种质遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种奠定了基础。     

新疆野核桃SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

利用正交设计对新疆野核桃序列相关扩增多态性PCR(SRAP-PCR)反应体系中的5个因素(模板DNA、Mg2+、引物、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度)在5水平上进行优化,对比不同浓度模板DNA对扩增结果的影响,建立了新疆野核桃SRAP最佳反应体系。结果表明,优化的新疆野核桃SRAP-PCR最佳反应体系为:20μL的反应体系中,2.5μg/m L模板DNA、0.4μmol/L引物、2 mmol/L Mg~(2+)、0.2 mmol/L d NTPs、25 U/mL Taq酶U;最佳PCR扩增程序的退火温度为54℃。各因素扩增结果表明,Mg~(2+)浓度对扩增反应结果影响最大,d NTPs浓度影响最小。运用该体系对新疆野核桃样本进行了验证,表明该体系扩增稳定可靠。用该体系对100个SRAP引物组合进行筛选,筛选出15个扩增条带清晰且多态性丰富的引物组合,为新疆野核桃种质资源研究奠定了基础。     

牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

苹果RAPD反应体系的研究

对苹果基因组 DNA的 RAPD扩增体系各参数进行筛选比较 ,建立的最佳反应体系为 :模板 DNA 1 .0 mg/L ,引物 1 .5mg/L ,Taq DNA聚合酶 0 .1 mol/(L· min) ,Mg2 +2 .5mmol/L,d NTPs0 .4mmol/L。     

单雌蓖麻ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以单雌蓖麻提取的基因组DNA为材料,采用单因子试验方法,分别研究了Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶以及模板DNA用量5种因素对ISSR-PCR反应的影响;建立了适合单雌蓖麻IS-SR-PCR扩增的反应体系,即在20μL反应体系中,10×PCR buffer 2.5μL(Mg2+free),模板DNA 20 ng,2.0mmol/L MgCl2,引物浓度1.0μmol/L,dNTP 0.4 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U。     

二次通用旋转组合设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系

采用二次通用旋转组合设计,对辣椒SRAP反应体系中的Taq酶用量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA用量等5个主要因素进行优化。结果表明,筛选出的辣椒最优SRAP-PCR反应体系为Taq聚合酶0.5 U,Mg2+2.3 mmol.L-1,dNTPs 0.2 mmol.L-1,引物0.8μmol.L-1,模板DNA 45 ng,总体积10μL。应用该体系对辣椒18份种质材料进行验证,结果证明该体系可靠稳定。因此,该试验的优化方法和优化体系适用于辣椒SRAP分子标记的研究。     

水稻SSR-PCR技术反应体系的优化

以水稻为材料,研究了SSR-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA浓度时水稻SSR扩增效果的影响.结果表明,在试验设计范围内,Mg2+和dNTP浓度对扩增影响较大,引物浓度在1.6～3.0μmol·L-1范围内对扩增影响较小,TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度对扩增影响也很小.确定的最佳反应体系为20μL,Mg2+浓度为1.75 mmol·L-1、dNTPs为0.20 mmol·L-1、引物为2.4 μmol·L-1、Taq DNA聚合酶为0.75U、模扳DNA为45ng.