贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

鸡催乳素受体基因多态性与就巢及产蛋性状的关联分析

【目的】揭示与繁殖性状关系密切的催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因与中国地方鸡种的就巢性及产蛋性能的关系。【方法】本试验采用PCR-SSCP方法,以576只宁都黄鸡为材料,检测PRLR基因的多态性,并进行多态性与就巢和产蛋性状间的关联分析。【结果】证实了前人研究过的SNP1（T10862C,外显子3）和SNP2（T25670C,外显子6）均与就巢性状无显著关联（P＞0.05）;SNP2对300 d产蛋量影响显著（P＜0.05）;新发现的SNP3（G30716A,内含子8）显著影响开产日龄（P＜0.05）;新发现的SNP4（A31900G,外显子10）极显著地影响就巢率（P＜0.01）,显著影响就巢天数和300 d产蛋量（P＜0.05）。由4个SNPs构建的不同单倍型在开产日龄上的差异达到极显著水平（P＜0.01）,在其它性状上的差异不显著（P＞0.05）。【结论】PRLR基因的多态性与就巢和产蛋性状相关,SNP4的效应更为突出。     

鸡 72 周龄产蛋性状与鸡冠性状典型相关分析

【目的】探究鸡冠性状和 72 周龄产蛋性状间的相关关系。【方法】以东乡绿壳蛋鸡和单冠白莱航 鸡为亲本构建的资源群体 F2 代为素材,测定鸡冠性状和 72 周龄部分产蛋性状。【结果】9 个变量中共有 24 对 相关性达到极显著水平。鸡冠性状中,冠重和冠面积间相关性最大,相关系数达到 0.846（P ＜ 0.01）;72 周龄 产蛋性状中,产蛋数和蛋重相关性最大,相关系数为 0.139（P ＜ 0.01）;两组性状中,冠长和 72 周龄蛋重间 相关性最大,相关系数为 0.118（P ＜ 0.01）。典型相关分析中,鸡冠性状和 72 周龄产蛋性状第一典型相关系 数为 0.203,达到极显著水平。【结论】两组性状间的相关性主要由冠高、冠面积、72 周龄产蛋数、72 周龄蛋 重和 72 周龄蛋壳强度间的显著相关引起。     

巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性及其对屠体性状的影响

[目的]检测巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性（SNPs）,并分析其与巢湖鸭屠体性状的关系。[方法]以巢湖鸭为试验群体,采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测鸭生长素（Ghrelin）基因外显子的3SNPs,并将所发现的SNPs与胴体重、半净膛重和全净膛重等屠体性状进行相关性分析。[结果]巢湖鸭外显子3第54bp处发生G→A的沉默突变,检测到AA、BB和AB3种基因型,该突变位点对巢湖鸭胴体重影响极显著（P〈0.01）,对半净膛重和全净膛重有显著影响（P〈0.05）,BB基因型在胴体重、半净膛重和全净膛重上显著高于AA型和AB型（P〈0.05）。[结论]Ghrelin基因多态性与巢湖鸭的部分屠体性状存在显著相关性,对B等位基因进行选择将有利于提高巢湖鸭的屠体指标。     

中国荷斯坦牛转铁蛋白基因SNPs的检测及其与产奶性能的关系

 【目的】筛查转铁蛋白（transferrin,Tf）基因的多态性并分析其与中国荷斯坦牛产奶和健康性状的关联性,为未来培育高产优质健康奶牛提供可用的分子标记。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对576头中国荷斯坦牛转铁蛋白基因的多态性进行研究,运用SAS 软件分析其与乳品质和乳腺炎性状的关联性。【结果】在Tf基因5´调控区、外显子8和内含子8处发现了g.-1748G＞A、g.13942T＞C和g.14037A＞G共3个新的SNPs;关联分析表明,g.-1748 G＞A位点与305 d产奶量的相关性达到显著水平（P＜0.05）;g.13942T＞C位点与体细胞评分显著相关,CC基因型个体体细胞评分显著高于TT和 TC个体（P＜0.05）;g.14037A＞G位点AA基因型个体305 d产奶量显著高于AG个体（P＜0.05）,AG基因型个体乳蛋白率显著高于GG个体（P＜0.05）。共构建出8种单倍型,发现了19种单倍型组合;H4H4单倍型组合个体的乳脂率和乳蛋白率均最高;H2H5单倍型组合个体305 d产奶量最高;H3H4单倍型组合个体体细胞评分最低。【结论】Tf基因不同基因型和单倍型组合与中国荷斯坦牛产奶量、乳蛋白率和体细胞评分存在显著相关性,但与乳脂率不相关。     

中国荷斯坦牛HSF1基因microRNA SNPs 与耐热性能的相关性研究

 【目的】分析638头中国荷斯坦牛HSF1基因多态性与耐热性的关系,以期为中国耐热奶牛分子育种提供参考依据。【方法】设计引物扩增HSF1基因,通过DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术筛查SNPs并分型,利用miRBASE数据库定位microRNA SNPs,利用SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型构建,利用SAS软件对不同基因型和单倍型组合个体耐热指标包括红细胞钾浓度、产奶量下降率、直肠温度和耐热系数进行相关分析。应用荧光定量RT-PCR技术研究热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平。【结果】发现2个microRNA种子序列新 SNPs,T909C和G4693T。其中909位碱基距离microRNA种子序列5'端3 bp,4 693位突变直接使microRNA种子序列破坏。909位点CC、CT基因型奶牛耐热性能显著高于TT基因型（P＜0.05）;4693位点TT基因型奶牛耐热性能显著高于GG基因型（P＜0.05）。共构建出4种单倍型、发现10种单倍型组合。其中H2H4单倍型组合红细胞钾浓度和直肠温度显著低于H1H3单倍型组合（P＜0.05）,耐热系数显著高于H1H3组合（P＜0.05）,H2H4组合个体产奶量下降率显著低于H1H1组合个体（P＜0.05）,H2H4为耐热单倍型组合。热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平在不同组织中存在差异,在心脏中最高,是肌肉中的11.24倍（P＜0.05）。【结论】HSF1基因microRNA SNPs可作为奶牛抗热应激的候选分子标记应用于育种实践。     

蓝塘×长白猪F2资源群1、4和8号 染色体活体性状的QTL定位

 【目的】鉴定影响猪重要经济性状的QTL。【方法】利用中国地方猪种蓝塘猪（16头母猪）与外来品种长白猪（8头公猪）建立了资源家系,对257头F2代个体的11个活体性状进行测定。根据美国肉畜中心（USDA-MARC 2.0）公布的猪连锁图谱,在1、4和8号染色体上大约每间隔10—20 cM选择一个微卫星标记,共21个标记,采用ABI 377 DNA序列分析仪进行微卫星基因分型,运用QTL Express 软件包在http://latte.cap.ed.ac.uk网站在线分析,进行QTL定位分析。【结果】体高（body height,BodyHh）的QTL定位于SSC1的68 cM处,与标记SW2185（67.6cM）紧密联锁,达到染色体显著水平（P＜0.05）,解释表型变异的2.22%。体长（body length,BodyLh）的QTL定位于SSC4上的72cM处,位于标记SW839—SW0214,达到染色体显著水平（P＜0.05）。【结论】在猪1和4号染色体上分别检测到一个影响体高和体长的QTL,为今后的QTL精细定位、大片段功能基因的克隆分析、以及猪分子育种技术的应用提供参考依据。     

GHRL基因5′侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

 【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关（P＜0.05）,AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著（P＜0.05）;C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关（P＜0.05）,C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著（P＜0.05）。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关（P＜0.05）;与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关（P＜0.01）,单倍型组合H3H4（CCAAAC\CCAACDel）是各个显著相关性状中均值最高的优势单倍型组合。EMSA电泳发现含A等位基因的DNA片段能与转录因子特异的结合,初步证实本试验扩增片段对基因的转录存在一定作用。【结论】GHRL基因与鸡生长和屠体性状存在显著相关性。     

鸭A-FABP基因单核苷酸多态性分析及其与体脂性状相关的研究

以樱桃谷鸭为试验材料,对脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因进行单核苷酸多态性检测(SNPs),并对该基因型与体脂等性状进行关联分析.结果表明:在内含子2中发现A76T、T78C、T93C、C134T 4个单碱基突变,鸭群中表现出3种基因型(AA、AB和BB).方差分析结果表明:该品种的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝脏重、皮脂重、胸肌脂肪含量和肝脏脂肪含量在不同基因型间差异不显著;BB型腹脂重、腹脂率显著高于AA型和AB型;BB型皮脂率和腿肌脂肪含量显著高于AB型.结果提示A-FABP基因可能是影响鸭脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁.     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体（鲁西牛、鲁杂牛（鲁西牛×西门塔尔牛）、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛）共779头3～4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3′-UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P＜0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P＜0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P＜0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P＞0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。     

新疆褐牛基因外显子多态性及其与SCS和泌乳性状关联性分析

【目的】探索ERAP2,Cwc27,PPFIBP2,THADA,ZNF804B和AMHR2基因多态性与新疆褐牛体细胞评分及泌乳性状的相关性,旨在寻找与新疆褐牛体细胞评分及泌乳性状相关的分子标记。【方法】以新疆乌鲁木齐种牛场、新疆天山畜牧生物工程股份有限公司共169头新疆褐牛母牛为试验对象,以2008—2015年间的生产性能测定记录(包括乳脂率、乳蛋白率、总固体含量、乳糖率和体细胞计数等)和305 d产奶量为试验数据,基于课题组前期15头中国荷斯坦牛DNA混池重测序的结果筛选外显子区域10个SNPs,采用基质辅助激光电离飞行时间质谱法(sequenom mass Array genotype)分型技术验证10个SNP位点的遗传多态性,运用SAS8.1软件GLM过程对这10个SNP突变与新疆褐牛体细胞评分(SCS)、305 d产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率和总固体的关联程度进行统计分析。【结果】10个SNP位点均具有多态性,χ~2检验表明群体中9个SNP位点符合Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析结果表明ERAP2基因两个位点(T98741711C和G98736141A)均与新疆褐牛305 d产奶量达到极显著关联(P0.001),其中TT型和GG型个体的产奶量最高;PPFIBP2(C45667492G)位点与新疆褐牛乳糖率达到显著关联(P0.005),其中GG型个体的乳糖率最高;Cwc27(T14533269A)位点与新疆褐牛乳脂率和总固体含量达到显著关联(P0.005),与SCS达到极显著关联(P0.001),其中TT型个体的乳脂率和总固体含量均最高,AA型个体的SCS极显著高于AT和TT型;AMHR2(C26758055G)位点与新疆褐牛乳蛋白率和总固体含量达到极显著关联(P0.001),其中GG型个体显著高于CC和GC型个体。连锁不平衡分析与单倍型构建的结果发现10个SNPs构建了两个单倍型模块,其中SNP1和SNP2位点之间处于连锁不平衡状态(r20.3),SNP4和SNP10位点之间处于强连锁不平衡状态(r20.6),随后分析了单倍型与SCS和泌乳性状之间的相关性,发现单倍型与新疆褐牛SCS和泌乳性状无显著关联(P0.001)。【结论】初步发现了ERAP2,Cwc27,PPFIBP2和AMHR2与新疆褐牛SCS和泌乳性能相关,结果可为新疆褐牛产奶性状的分子标记辅助选育提供参考和依据。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。     

中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联分析

 【目的】研究中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联性,为培育高乳蛋白及高乳脂率奶牛提供参考依据。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对544头中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因的外显子4和5序列进行研究,通过SHEsis 软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】发现6个新的SNPs,包括外显子5上A12907G、G12950A、C12989T、A13028G、T12980C共5个SNP位点,证实前4个位点紧密连锁;外显子4上A10996T共1个SNP位点。单位点基因型与泌乳性状关联分析表明,A10996T突变位点的TT和AT基因型个体乳脂率显著高于AA基因型个体(P＜0.05);T12980C突变位点的TC和CC基因型个体乳脂率、乳蛋白率分别极显著(P＜0.01)、显著(P＜0.05)高于TT基因型个体;紧密连锁的4个突变位点的DE基因型个体乳脂率极显著高于DD基因型个体(P＜0.01)。与泌乳性状的关联分析表明,共构建出7种单倍型,发现16种单倍型组合;其中H6H6单倍型组合个体乳脂率最高,H1H4次之;H1H4单倍型组合个体乳蛋白率最高;H5H6单倍型组合个体乳蛋白率及乳脂率最低。【结论】H1H4单倍型组合在乳蛋白率和乳脂率方面为有利单倍型组合,可作为选择高乳蛋白高乳脂率牛群的分子标记。     

填饲期肥肝鹅脂肪沉积、血脂成分和脂类代谢酶的变化规律

【目的】通过对不同填饲期肥肝鹅体内脂肪沉积、血脂成分和脂类代谢酶等指标的测定分析,探讨肥肝鹅脂肪代谢规律。【方法】选取同批孵化、相同饲养条件下育成的85日龄体重差异不显著（P＞0.05）的肝用型公鹅200只进行填饲,填饲期30 d。从预试期结束起,分别于填饲0、6、12、18、24、30 d取血、屠宰1次;每次随机选取30只体重相近的试验鹅,每只为1个重复,以填饲0 d作为对照。分别测定肝重、皮脂重、腹脂重、肠脂重、皮脂率、腹脂率、肠脂率、血脂成分和脂类代谢相关指标。所有试验鹅填饲同一种饲粮,填饲量定量一致。将经过筛选的玉米粒倒入水锅内,煮沸5-10 min后,捞出沥干,趁热加入1%鹅油、0.3%的食盐并充分拌匀,冷却后作为填饲饲粮;采用双人机械填饲方法。试验鹅采用地面圈养填饲,分栏饲养。【结果】①腹脂重、皮脂重、肠脂重随着填饲时间的延长而增加,填饲12-18 d腹脂、皮脂、肠脂、肥肝脂肪沉积增重最快,填饲30 d时皮脂重＞腹脂重＞肠脂重;②除了填饲6 d皮脂率与肥肝重呈显著负相关（r=-0.869）外,不同填饲期肥肝鹅腹脂重、皮脂重、肠脂重、腹脂率、皮脂率、肠脂率与肝脏重均呈极显著正相关（P＜0.01）。③填饲显著改变游离脂肪酸（non-estesterified fatty acid,NEFA）和载脂蛋白A（apolipoprotein- A,Apo-A）的含量;在整个填饲过程中,载脂蛋白B（apolipoprotein- B,Apo-B）的含量随着填饲时间的延长有下降的趋势,但各填饲阶段之间差异均不显著（P＞0.05）;随着填饲时间的延长,甘油三酯（Triglyceride,TG）、总胆固醇（total cholesterol,TC）、高密度脂蛋白胆固醇（high density lipoprotein-cholesterol,HDL-C）、低密度脂蛋白胆固醇（low density lipoprotein-cholesterol,LDL-C）和极低密度脂蛋白胆固醇（very low density lipoprotein-cholesterol,VLDL-C）的含量逐渐增加。④胆碱酯酶（cholinesterase,CHE）、脂肪酶（lipase,LPS）、脂蛋白脂酶（lipoprotein lipase,LPL）和肝脂酶（lipoprotein lipase,HL）和总脂酶（LPL+HL）活性最大值分别出现在填饲18-24 d,并呈先升高后降低趋势。【结论】填饲显著改变肥肝鹅的机体脂肪组成;填饲能够显著改变肥肝鹅血脂成分含量,肝重与机体脂肪沉积均呈极显著正相关（P＜0.01）;填饲12-24 d是机体脂肪代谢最旺盛的时期,沉积量最多,肥肝增重最快。     

谷氨酰胺和天冬胺酰胺对肉鸡部分脂肪性状及生脂基因mRNA表达水平的影响

 【目的】选用320只1日龄AA肉公鸡,研究谷胺酰胺和天冬胺酰胺对肉鸡部分脂肪性状、血脂指标及相关生脂基因mRNA表达水平的影响,研究2种氨基酸对肉鸡脂代谢的影响机制。【方法】采用双因子完全随机设计,将试验鸡按体重随机分为4个处理组,分别在玉米-豆粕型基础饲粮中添加1%的谷氨酰胺和天冬胺酰胺,试验期为42 d。屠宰后测腹脂率,游标卡尺测皮下脂肪和肌间脂肪厚度,比色法测定血清甘油三酯（TG）、胆固醇（TC）、高密度脂蛋白固醇（HDL-C）,RT-PCR技术检测肝脏、腹脂组织中乙酰辅酶A羧化酶（ACC）、脂肪酸合成酶（FAS）、肉毒碱棕榈酰基转移酶Ⅰ（CPT-1）、脂蛋白酯酶（LPL）、肉毒碱棕榈酰基转移酶α（PPARα）mRNA水平的变化。【结果】饲粮中混合添加谷氨酰胺和天冬胺酰胺可显著提高肉鸡增重（P＜0.05）,对料肉比无显著影响（P＞0.05）,显著提高肌间脂肪宽和皮下脂肪厚（P＜0.05）,对腹脂率和全净膛率无显著影响（P＞0.05）;谷氨酰胺组和天冬胺酰胺组可显著降低腹脂率（P＜0.05）,显著增加皮下脂肪厚和肌间脂肪宽（P＜0.05）;添加谷氨酰胺和天冬胺酰胺后可显著降低血液TG含量（P＜0.05）,提高血液TC含量和降低HDL-C水平,影响血脂代谢。3个试验组肝脏中ACC、FAS、CPT-1、PPARα基因转录表达显著降低（P＜0.05）;谷氨酰胺组LPL 基因表达显著增加（P＜0.05）。3个试验组脂肪组织PPARα转录表达显著增加（P＜0.05）,谷氨酰胺组和天冬胺酰胺组脂肪组织ACC转录表达显著降低（P＜0.05）,混合组脂肪组织FAS、LPL基因转录显著降低（P＜0.05）,而CPT-1转录则表达显著增加（P＜0.05）。【结论】饲粮中添加谷胺酰胺和天冬胺酰胺可提高肉鸡生产性能,在一定程度上减少腹脂沉积,改善胴体性状。     

甘南牦牛GDF-10基因多态与生产性状的相关性分析

【目的】GDF-10基因又称作骨形成蛋白3b,最早通过骨形成蛋白寡聚核苷酸序列的PCR扩增所得,与骨骼的形成和发育有关。很多研究已经表明GDF-10基因在骨骼的形态变化过程中发挥着重要作用。本实验通过研究甘南牦牛GDF-10基因多态性与生产性状间的相关性,证明GDF-10基因与骨骼发育的相关性,发现与牦牛生产性状相关的分子标记,为加快牦牛选育进程,提高牦牛生产性能提供参考。【方法】以298头甘南牦牛血样为材料,随机选取其中的30个DNA样混合组成DNA池,设计9对引物对GDF-10基因外显子1,2和3进行扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶回收后测序。运用BLAST 和Chromas软件通过测序峰图找出突变位点,然后采用高分辨率熔解曲线分析技术（high resolution melting curve,HRM）进行基因型分型和统计等位基因频率。采用SHEsis和PHASE软件对GDF-10基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS17.0进行基因多态位点与生产性状关联性分析。【结果】检测到甘南牦牛GDF-10基因外显子3的 3个多态位点12116（G/A）、12152（C/T）、和13041（T/C）。群体遗传学分析显示,3个多态位点均表现为低度多态（PIC＜0.25）;?2检验表明牦牛群体在13041（T/C）位点未达到Hardy-Weinberg平衡（P＜0.05）,其它两个多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）;多态位点配对连锁不平衡分析发现,三个突变位点之间存在弱连锁平衡;关联分析表明,甘南牦牛GDF-10基因不同突变位点的基因型与体斜长、体高、胸围、体重差异显著或极显著（P＜0.05或P＜0.001）,与管围差异不显著（P＞0.05）;单倍型分析后在群体中发现了7种单倍型组合,其中ATC和ATT组合与牦牛的体尺性状和体重显著相关。【结论】甘南牦牛GDF-10基因3个多态位点和两个单倍型组合与牦牛的体高、体长、体重和胸围显著相关,可以尝试作为牦牛生产性状的候选分子标记,为牦牛遗传资源的保护、开发与新品种的选育提供科学依据。     

杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析

【目的】 利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪（DLY）、二花脸猪（EHL）和莱芜猪（LW）3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在（180±5）日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在（300±5）日龄进行统一屠宰。收集2 mL血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言GenABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216 SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目（LYM）、淋巴细胞比率（LYMR）、嗜碱性粒细胞数目（BAS）、嗜碱性粒细胞比率（BASR）、平均红细胞体积（MCV）、红细胞分布宽度变异系数（RDW_CV）、平均红细胞血红蛋白含量（MCH）和血小板分布宽度（PDW）。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是LYM、MCH、平均红细胞血红蛋白浓度（MCHC）、单核细胞数目（MON）、单核细胞比率（MONR）、平均血小板体积（MPV）、中性粒细胞比率（NEUR）、大血小板细胞（P_LCC）以及血小板压积（PCT）。在莱芜猪中共鉴别到54个基因组显著水平SNPs以及169个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是BASR、红细胞压积（HCT）、MCH、MCHC、MCV和红细胞数目（RBC）。在Meta分析结果中,共鉴别到16个基因组显著水平SNPs以及82个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平SNPs,分别是RBC、HCT、MCH、MCHC、MCV以及MON。通过在Ensembl或NCBI网站上搜寻最强相关SNP区域内的候选基因,初步将F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28、CTSC基因分别确定为影响BASR、HCT、LYM、MCHC、NEUR的重要候选基因。【结论】通过全基因组关联分析和Meta分析共得到610个显著影响杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的SNP位点,初步确定F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28和CTSC基因分别是BASR、HCT、LYM、MCHC和NEUR的重要位置候选基因,为解析商业猪和纯种地方猪的血液性状或免疫性疾病提供重要参考。     

崂山奶山羊微卫星标记与泌乳性状的相关分析

 【目的】探讨微卫星DNA作为崂山奶山羊泌乳性状遗传标记的可行性。【方法】根据比较基因组遗传图谱,选择奶牛6、14、15号染色体上与泌乳性状相关联的微卫星座位（BM1329、BM143、BM302、CSSM66和BMS0812）,对175只崂山奶山羊泌乳母羊进行多态性检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与泌乳性状之间的关联效应。【结果】所选微卫星座位在崂山奶山羊群体中均表现出丰富的遗传多态性,有效等位基因、观察杂合度、多态信息含量和近交系数的平均值分别为3.9924、0.4667、0.6748 和0.347。基因座CSSM66对乳脂率和300 d泌乳量均有显著效应（P＜0.05）,最有利的基因型分别为210/210和194/194,具有正效应的等位基因分别为210和194;BM302对300 d泌乳量有极显著效应(P＜0.01),最有利的基因型为156/150,具有正效应的等位基因为156和150;基因座BM143对乳脂率有显著效应(P＜0.05), 对乳蛋白率有极显著效应(P＜0.01),最有利基因型分别为114/100和100/100,等位基因114和100对乳脂、乳蛋白均有正效应;基因座BM1329对乳脂率有显著效应(P＜0.05),最有利的基因型为182/180。【结论】发现了对崂山奶山羊泌乳性状有显著效应、多态性较高的微卫星基因座,为开展崂山奶山羊的标记辅助选择提供了有价值的遗传标记。     

苏太猪宰后72 h pH和肉色性状的全基因组关联分析

【目的】利用全基因组关联分析（GWAS）方法搜寻与苏太猪肉质性状相关的候选基因及分子标记。【方法】屠宰测定了150头苏太猪的背最长肌和半膜肌72 h pH值（包括72 h pH、45 min至72 h pH下降值）及72 h肉色性状（包括红度a,黄度b,亮度L和主观评分）。利用Illumina猪60 K SNP芯片,对这些个体进行基因型判定,用PLINK v1.07对获得的基因型数据进行质量控制,剔除检出率<99.7%、次等位基因频率（minor allele frequency, MAF）<0.05、偏离哈代温伯格（Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE）P≤10-5的SNP标记和检出率<90%的个体,最终有150个个体和43 760个SNP用于GWAS研究。利用R语言环境下的GenABEL软件包中的广义线性混合模型,对每个SNP与性状作关联分析,采用Bonferroni方法确定关联显性阈值。群体层化效应的检测通过QQ-plot的结果展示,它通过比较无效假设关联显著性的分布与实际关联性分布的差异来展示可能的群体结构或者显著关联位点。【结果】1.背最长肌72 h pH和半膜肌72 h pH、背最长肌45 min至72 h pH下降值和半膜肌45 min至72 h pH下降值、背最长肌和半膜肌的72 h肌肉黄度、背最长肌和半膜肌的肉色主观评分与肌肉亮度L性状间均为高度相关,且均达到显著水平（P<0.05）。2. 群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差,也不存在明显群体层化效应。3.关联分析结果表明共有39个SNPs达到染色体显著水平,分布于基因组上的20个区域（≤10 Mb）;其中,与pH显著关联的SNPs有17个,除了标记ASGA0082337没有定位在猪基因组序列上,其余16个SNPs分别位于3、4、10、14、X号染色体上;与肉色显著关联的SNPs有22个,它们分别位于1、3、7、10、12、14、15号染色体上;但在背最长肌的红度、亮度和肉色主观评分及半膜肌的亮度和肉色主观评分性状中未检测到显著SNPs。 背最长肌和半膜肌的45 min至72 h pH下降值最强关联的SNP位点都为14号染色体上的M1GA0020074和MARC0028756,利用Haploview version 4.2软件开展单倍型分析,结果表明,它们位于一个跨度为433 kb的单倍型框内。【结论】在10、14、15号染色体上存在影响多个肉质指标的一因多效的基因位点,显著位点附近的BNIP3、PRKG1和ADRB3等可能是影响这些性状的候选基因。