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1.
为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化(maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA)、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化(minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA)、平均亲缘关系最大化(the highest mean kinship coefficients,KIN)、随机选择(random selection,RAN)、共同祖先筛选(common ancestor,CA)等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片(Affymetrix Axion HD genotyping array)进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。  相似文献   
2.
为了解广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)净化情况,利用ALV-p27特异性抗原检测、病毒分离、PCR扩增和全基因组测序分析等方法,从广东某地方品种鸡群中分离鉴定出1株ALV-J,命名为GDYH-Y1。全基因组序列分析表明,GDYH-Y1分离株的LTR、gag和pol基因相对保守,而3′UTR和gp85基因变异较大,其中gp85基因与ALV-J参考毒株序列同源性仅为87.5%~92.8%,3′UTR区的rTM出现大量碱基缺失,遗传进化分析表明GDYH-Y1分离株与美国白羽肉鸡源分离株ADOL-7501亲缘关系最近。研究为广东地方品种鸡ALV-J净化效果提供数据参考,为分析广东地方品种鸡ALV-J毒株的分子特征和变异趋势提供了重要的数据资料。  相似文献   
3.
<正>1前言目前优质肉鸡主要是以活鸡形式销售,市场对肉鸡的外观非常关注,要求活鸡的冠高脸红,羽毛光亮贴身,精神状态良好,这样在饲养方式上,平养比笼养有优势。平养鸡舍带运动场,鸡只的活动空间大,鸡只羽毛光亮、鸡冠红润,具有较好的卖相;另外在交易市场,活鸡需要存放一定的时间,一般在一个小空间地面  相似文献   
4.
为研究Hsc70基因作为鸡抗病育种中一种分子标记的可能性,本试验利用克隆测序技术对清远麻鸡、广东温氏矮脚黄鸡、灵山鸡和隐性白羽洛克鸡4个品种共20个个体Hsc70基因的5′侧翼区进行多态性筛查,发现10处变异,包括8个SNPs和2个插入/缺失突变。通过分析,选取C.-521A〉C位点,利用PCR-RFLP方法分析了此位点在灵山鸡和隐性白羽洛克鸡群体中的基因型分布,所得分型结果与测定的耐热性状(T3、皮质酮、CD3+、CD4+和CD8+)进行关联分析,结果表明:常温状态下(15℃),在隐性白羽洛克鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD3+、CD4+和CD8+显著相关(P〈0.05),其中AA基因型个体CD3+值显著低于AC基因型个体,而CD4+与CD8+值显著高于AC基因型个体;热应激状态下(35℃),在灵山鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD8+极显著相关(P〈0.01),CC基因型个体CD8+值极显著高于AA和AC基因型。  相似文献   
5.
【目的】对鹌鹑血管活性肠肽1型受体(vasoacitve intestinal peptide type 1 receptor,VIPR-1)cDNA全长基因进行克隆及分析,为鹌鹑的分子育种提供基础资料。【方法】通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得鹌鹑了VIPR-1 cDNA全长序列;通过生物学软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对;采用实时定量PCR方法检测了VIPR-1在8个组织中的表达。【结果】鹌鹑VIPR-1的cDNA全长2 427 bp,包含了1 341 bp的开放性阅读框,编码446个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的鹌鹑VIPR-1编码区序列与鸡该编码区序列存在41个碱基的差异,造成4个氨基酸残基的不同;VIPR-1氨基酸序列与鸡、火鸡、斑胸草雀的氨基酸的一致性分别为99.1%、92.2%、88%,与其它物种的一致性在60%—78%;各物种VIPR-1蛋白进化树符合物种进化规律;VIPR-1理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和β-转角构成;在N-端存在一个由22个氨基酸残基(MKSARLRVLLPLLGCLLSAASS)组成的信号肽,7个α-螺旋构成的跨膜域和C-端结构域,在跨膜域有胆固醇结合位点;在所检测的8个组织中VIPR-1 mRNA均有表达,在小肠中表达量最高。【结论】成功地克隆了鹌鹑VIPR-1 cDNA全长序列,该基因在小肠组织的表达高于其它组织,在跨膜域存在胆固醇结合位点。  相似文献   
6.
广西三黄鸡胫生长发育规律探讨   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过运用Logistic、Compertz和Bertalanffy模型拟合优质广西三黄鸡生长期体重、胫长和胫宽的生长曲线,发现3种模型都能很好地拟合体重、胫长和胫宽的生长曲线,与体重相比,胫长和胫宽属于早期发育性状,16周龄胫长与胫宽已经非常接近极限值,但体重仍有较大的增长空间。  相似文献   
7.
1 引言 禽学是研究利用现代科学理论来规范和改进家禽生产的各个技术环节,用现代经济管理方法科学地组织和管理家禽生产,实现家禽业内部的专业化和各个环节的社会化;合理利用家禽的种质资源和饲料资源,建立合理的家禽业生产结构和生态系统;不断提高劳动生产率、禽蛋和禽肉的产品率和商品率,使家禽生产实现高产、优质、低成本的目标,以满足社会对优质禽蛋和禽肉日益增长的需要的一门学科.  相似文献   
8.
VIPR-1基因12个多态位点与鸡早期产蛋性状的相关性   总被引:5,自引:0,他引:5  
以鸡VIPR-1基因作为早期产蛋性状的候选基因,选取了12个多态位点对644只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与早期产蛋性状的相关性。研究表明:位于5′调控区的位点A-284G与开产日龄(P〈0.0001)、总畸形蛋数(P〈0.05)呈显著相关,等位基因G有利于产蛋量的提高;位于内含子6的位点C+42913T与300日龄产蛋数和300日龄的总正常蛋数显著相关(P〈0.05),CT基因型为优势等位基因型;位于内含子8的位点C+53327T与开产日龄呈极显著相关(P〈0.01),等位基因C有利于开产日龄的提前。  相似文献   
9.
鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。  相似文献   
10.
动物rDNA基因是一种GC含量较高、结构复杂的重复序列。通过结合生物信息学技术,经反复摸索后选用LAPCR法扩增莱航鸡rDNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了莱航鸡的3个rDNA基因及其2个间隔序列。研究对克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等进行了探索。  相似文献   
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