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1.
为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化(maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA)、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化(minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA)、平均亲缘关系最大化(the highest mean kinship coefficients,KIN)、随机选择(random selection,RAN)、共同祖先筛选(common ancestor,CA)等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片(Affymetrix Axion HD genotyping array)进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。 相似文献
2.
为了解广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)净化情况,利用ALV-p27特异性抗原检测、病毒分离、PCR扩增和全基因组测序分析等方法,从广东某地方品种鸡群中分离鉴定出1株ALV-J,命名为GDYH-Y1。全基因组序列分析表明,GDYH-Y1分离株的LTR、gag和pol基因相对保守,而3′UTR和gp85基因变异较大,其中gp85基因与ALV-J参考毒株序列同源性仅为87.5%~92.8%,3′UTR区的rTM出现大量碱基缺失,遗传进化分析表明GDYH-Y1分离株与美国白羽肉鸡源分离株ADOL-7501亲缘关系最近。研究为广东地方品种鸡ALV-J净化效果提供数据参考,为分析广东地方品种鸡ALV-J毒株的分子特征和变异趋势提供了重要的数据资料。 相似文献
3.
4.
为研究Hsc70基因作为鸡抗病育种中一种分子标记的可能性,本试验利用克隆测序技术对清远麻鸡、广东温氏矮脚黄鸡、灵山鸡和隐性白羽洛克鸡4个品种共20个个体Hsc70基因的5′侧翼区进行多态性筛查,发现10处变异,包括8个SNPs和2个插入/缺失突变。通过分析,选取C.-521A〉C位点,利用PCR-RFLP方法分析了此位点在灵山鸡和隐性白羽洛克鸡群体中的基因型分布,所得分型结果与测定的耐热性状(T3、皮质酮、CD3+、CD4+和CD8+)进行关联分析,结果表明:常温状态下(15℃),在隐性白羽洛克鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD3+、CD4+和CD8+显著相关(P〈0.05),其中AA基因型个体CD3+值显著低于AC基因型个体,而CD4+与CD8+值显著高于AC基因型个体;热应激状态下(35℃),在灵山鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD8+极显著相关(P〈0.01),CC基因型个体CD8+值极显著高于AA和AC基因型。 相似文献
5.
【目的】对鹌鹑血管活性肠肽1型受体(vasoacitve intestinal peptide type 1 receptor,VIPR-1)cDNA全长基因进行克隆及分析,为鹌鹑的分子育种提供基础资料。【方法】通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得鹌鹑了VIPR-1 cDNA全长序列;通过生物学软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对;采用实时定量PCR方法检测了VIPR-1在8个组织中的表达。【结果】鹌鹑VIPR-1的cDNA全长2 427 bp,包含了1 341 bp的开放性阅读框,编码446个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的鹌鹑VIPR-1编码区序列与鸡该编码区序列存在41个碱基的差异,造成4个氨基酸残基的不同;VIPR-1氨基酸序列与鸡、火鸡、斑胸草雀的氨基酸的一致性分别为99.1%、92.2%、88%,与其它物种的一致性在60%—78%;各物种VIPR-1蛋白进化树符合物种进化规律;VIPR-1理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和β-转角构成;在N-端存在一个由22个氨基酸残基(MKSARLRVLLPLLGCLLSAASS)组成的信号肽,7个α-螺旋构成的跨膜域和C-端结构域,在跨膜域有胆固醇结合位点;在所检测的8个组织中VIPR-1 mRNA均有表达,在小肠中表达量最高。【结论】成功地克隆了鹌鹑VIPR-1 cDNA全长序列,该基因在小肠组织的表达高于其它组织,在跨膜域存在胆固醇结合位点。 相似文献
6.
7.
8.
VIPR-1基因12个多态位点与鸡早期产蛋性状的相关性 总被引:5,自引:0,他引:5
以鸡VIPR-1基因作为早期产蛋性状的候选基因,选取了12个多态位点对644只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与早期产蛋性状的相关性。研究表明:位于5′调控区的位点A-284G与开产日龄(P〈0.0001)、总畸形蛋数(P〈0.05)呈显著相关,等位基因G有利于产蛋量的提高;位于内含子6的位点C+42913T与300日龄产蛋数和300日龄的总正常蛋数显著相关(P〈0.05),CT基因型为优势等位基因型;位于内含子8的位点C+53327T与开产日龄呈极显著相关(P〈0.01),等位基因C有利于开产日龄的提前。 相似文献
9.
下丘脑-垂体-性腺轴上基因多态性与鸡冠高和体重的相关性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。 相似文献
10.