利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析

【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸F₂资源家系240 d血糖（glucose,GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins,GSP）浓度,采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点,为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础,同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F₂个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰,收集血液后分离血清,利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控,将合格的SNP标记用于后续的关联性分析,利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F₂资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F₂资源群体在10号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP（ALGA0057739,P=1.58×10^-5）,解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552,P=1.45×10^-5）,解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版本）,无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析,这两个SNP都位于SSC8,距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta分析,未发现新的与GSP显著相关的SNP;在1号染色体250.32Mb处（DRGA0002016,P=2.48×10^-5）和14号染色体43.97Mb处（ASGA0062984,P=1.29×10^-5）,定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因,发现ASPM、TRPM3和KCTD10 等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。     

猪USP18基因表达规律及其与产仔数性状 的关联分析

[目的]明确泛素特异性蛋白酶18基因(USP18)在猪不同妊娠时期子宫内膜中的表达规律及其与雌激素和孕激素的关系,并分析其多态性与产仔数性状的关联性,为揭示USP18基因在猪妊娠过程中的作用机理提供参考依据.[方法]PCR扩增猪USP18基因编码区(CDS)序列及开展相关生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测USP18基因在梅山猪和大白猪妊娠15、26和50 d子宫内膜中的表达水平,通过体外细胞试验检测分析雌二醇和孕酮联合处理对子宫内膜上皮细胞USP18基因表达的影响,并采用PCR-RFLP和SPSS 19.0检测猪USP18基因多态性与产仔数性状的关联性.[结果]猪USP18基因CDS序列为966 bp,共编码322个氨基酸残基,编码蛋白分子量为37 kD,理论等电点(pI)为6.74;猪USP18氨基酸序列与牛USP18氨基酸序列的同源性为82%,二者的遗传距离最近.USP18基因在妊娠15和26 d梅山猪和大白猪子宫内膜中的相对表达量均明显高于妊娠50 d,且在妊娠26和50 d,USP18基因在梅山猪子宫内膜组织中的相对表达量显著高于在大白猪子宫内膜组织中的相对表达量(P<0.05,下同).以10-10 mol/L雌二醇和10-8 mol/L孕酮联合处理子宫内膜上皮细胞,USP18基因在子宫内膜上皮细胞中的相对表达量呈上调趋势,且显著高于激素处理前的相对表达量.在猪USP18基因CDS序列953 bp处存在1个SNP位点(T/G错义突变),其不同基因型与产仔数性状的关联分析结果表明,在经产母猪中,TG基因型母猪产活仔数最多,GG基因型母猪产活仔数最少,且差异显著.[结论]猪USP18基因在附植期子宫内膜中高水平表达,且在子宫内膜上皮细胞中的表达受雌激素和孕激素诱导,表明USP18基因在妊娠早期建立过程中发挥着重要作用.USP18基因在梅山猪和大白猪间的差异表达可能是导致梅山猪产仔数高于大白猪的一个重要因素.     

赣西两头乌猪屠宰测定与肉质检测初报

[目的]赣西两头乌猪是江西地方猪品种之一,其生产性能未知,为充分了解赣西两头乌猪的屠宰性能和肉质性状,对其进行屠宰测定和肉质检测,研究结果可以为赣西两头乌猪的保护和利用提供参考依据.[方法]试验对6月龄的12头纯种赣西两头乌猪(公母各半)进行屠宰测定,分析胴体质量和屠宰率等屠宰性能、眼肌面积和瘦肉率等胴体性状以及大理石纹和剪切力等肉品质,并检测肌肉中氨基酸和脂肪酸含量.[结果]赣西两头乌猪平均屠宰率公、母猪分别为70.41％、70.64％;平均膘厚为公猪3.31 cm、母猪4.05 cm,且公猪平均膘厚极显著小于母猪(P<0.01);眼肌面积为公猪24.8 cm2、母猪23.69 cm2;瘦肉率为公猪42.95％、母猪42.42％;脂肪率为公猪34.92％、母猪35.01％;皮率为公猪12.93％、母猪13.14％;骨率为公猪9.21％、母猪9.43％;熟肉率为公猪62.93％、母猪64.38％;失水率为公猪8.61％、母猪8.21％;贮存损失为公猪4.97％、母猪6.18％,且公猪贮存损失显著低于母猪(P<0.05);赣西两头乌猪肌肉化学成分为蛋白质平均含量20.80％、脂肪平均含量3.60％、水分平均含量73.67％.屠宰率、眼肌面积、瘦肉率、脂肪率、皮率、骨率、熟肉率、失水率等性状不存在性别差异.在肌肉氨基酸含量中,组氨酸含量比乐安花猪和东乡花猪要高.在不饱和脂肪酸中棕榈油酸平均含量为2.59％,十七碳烯酸平均含量为0.15％,油酸平均含量为43.58％,亚油酸平均含量为7.05％,亚麻酸平均含量为0.28％,二十碳烯酸平均含量为1.11％,二十碳二烯酸平均含量为0.38％,二十碳三烯酸平均含量为0.13％,花生四烯酸平均含量为0.32％.[结论]赣西两头乌猪具有较高屠宰率,公猪肉的系水力强于母猪,较不容易形成酸肉,肌肉中具有较高的组氨酸和花生四烯酸,是优良的地方猪种.     

杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析

【目的】 利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪（DLY）、二花脸猪（EHL）和莱芜猪（LW）3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在（180±5）日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在（300±5）日龄进行统一屠宰。收集2 mL血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言GenABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216 SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目（LYM）、淋巴细胞比率（LYMR）、嗜碱性粒细胞数目（BAS）、嗜碱性粒细胞比率（BASR）、平均红细胞体积（MCV）、红细胞分布宽度变异系数（RDW_CV）、平均红细胞血红蛋白含量（MCH）和血小板分布宽度（PDW）。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是LYM、MCH、平均红细胞血红蛋白浓度（MCHC）、单核细胞数目（MON）、单核细胞比率（MONR）、平均血小板体积（MPV）、中性粒细胞比率（NEUR）、大血小板细胞（P_LCC）以及血小板压积（PCT）。在莱芜猪中共鉴别到54个基因组显著水平SNPs以及169个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是BASR、红细胞压积（HCT）、MCH、MCHC、MCV和红细胞数目（RBC）。在Meta分析结果中,共鉴别到16个基因组显著水平SNPs以及82个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平SNPs,分别是RBC、HCT、MCH、MCHC、MCV以及MON。通过在Ensembl或NCBI网站上搜寻最强相关SNP区域内的候选基因,初步将F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28、CTSC基因分别确定为影响BASR、HCT、LYM、MCHC、NEUR的重要候选基因。【结论】通过全基因组关联分析和Meta分析共得到610个显著影响杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的SNP位点,初步确定F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28和CTSC基因分别是BASR、HCT、LYM、MCHC和NEUR的重要位置候选基因,为解析商业猪和纯种地方猪的血液性状或免疫性疾病提供重要参考。     

维生素D3对产蛋期种鹅蛋品质、血液生化指标及蛋壳超微结构的影响

试验基于饲粮中添加不同水平维生素D₃对种鹅生产繁殖性能、血清激素等的研究,进一步探索其对种鹅蛋品质、血液生化指标、二者相关性及蛋壳超微结构的影响。选择体况相近的34周龄五龙鹅种鹅180只,随机分为6组,每组6个重复,每重复1只公鹅和4只母鹅。6组的维生素D₃添加量分别为0、100、200、300、400、500 IU/kg。预试期1周,正试期10周。结果表明:0 IU/kg组蛋壳强度低于其他各组(P<0.01);400、500IU/kg组蛋壳厚度厚于0、100IU/kg组(P<0.01);300、400IU/kg组血清钙含量高于0IU/kg组(P<0.05);200、300、400 IU/kg组血清磷含量高于0、500 IU/kg组(P<0.01);血清钙含量与蛋重和蛋壳强度、血清磷含量与蛋壳强度呈显著正相关关系;300、400、500 IU/kg组蛋壳乳突层厚度大于0、100 IU/kg组(P<0.01)。可见,适宜维生素D₃水平可显著改善蛋壳乳突层厚度;血清钙磷含量与种蛋的蛋重、蛋壳强度...     

基于RS和GIS的城市化扩张动态分析——以长江三角洲典型行政区为例

对不同年份江宁区的遥感影像以及土壤信息等数据进行对比,研究区域土地利用类型的转变。结果表明,江宁区的城镇扩张主要是向南发展;城镇扩张主要利用地为耕地,林地、水体、未利用地也有部分被占用;城镇、农村居民点用地增幅较大,主要占用耕地面积;城市化进程驱动力主要为城市经济的快速发展及人口的增长。     

烟酸对产蛋期种鹅繁殖性能、血清生殖激素、血清抗氧化能力及养分利用率的影响

试验旨在研究饲粮中不同烟酸添加水平对产蛋期种鹅繁殖性能、血清生殖激素、血清抗氧化能力及养分利用率的影响。将180只体况相近的34周龄五龙鹅分为6组,每组6个重复,每个重复5只（4母1公）,各组分别在基础饲粮（烟酸含量为29.16 mg/kg）中添加烟酸0、10、20、30、40、50 mg/kg。预试期7 d,正试期70 d。结果表明：烟酸对产蛋期种鹅繁殖性能和血清生殖激素均无显著影响;50 mg/kg组血清总抗氧化能力高于0、10 mg/kg组（P<0.01）,20、30、40 mg/kg组血清总抗氧化能力高于0、10 mg/kg组（P<0.05）;拟合回归方程计算显示,当饲粮中烟酸添加量为44.5 mg/kg时,血清总抗氧化能力最高;30、40、50 mg/kg组粗纤维的表观利用率高于0 mg/kg组（P<0.05）;40 mg/kg组和50 mg/kg组粗脂肪的表观利用率高于0mg/kg组（P<0.05）;40mg/kg组和50mg/kg组磷的表观利用率高于0mg/kg组（P<0.05）。由此可见,基础饲粮中添加40～50 mg/kg烟酸（即饲粮中烟...     

猪ISG15基因表达、多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】明确干扰素刺激基因15(ISG15)在猪不同妊娠时期母胎界面中的表达规律，分析ISG15基因多态位点在中外猪种中的遗传多样性及与繁殖性状的关联性，拟为揭示ISG15基因在猪繁殖功能中发挥的作用提供重要数据。【方法】利用实时荧光定量PCR方法检测ISG15基因在大白猪妊娠15,26,50 d子宫内膜和绒毛膜中的表达水平变化，通过测序比对筛选ISG15基因多态位点，采用PCR-RFLP方法检测多态位点在大白、梅山猪、清平猪、通城猪、大花白猪中的遗传多样性，并利用SPSS19.0分析ISG15基因多态位点与繁殖性状的关联性。【结果】ISG15基因在妊娠26 d子宫内膜和绒毛膜组织中表达水平均显著高于妊娠50 d(P<0.01)，并于第二外显子中存在一个NM＿001128469.3:c.301A>G同义突变位点。该位点在5个猪品种群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，但在地方猪种中，c.301A>G位点处于低度多态，以AA基因型为主，而在大白群体中，c.301A>G位点则处于中度多态，以AG基因型为主。进一步进行繁殖性状关联分析，结果显示，在大白经产...     

DIRAS3诱导猪子宫内膜上皮细胞自噬及对容受性相关基因表达的影响

【目的】旨在探究DIRAS3对猪子宫内膜上皮细胞自噬的调控作用，并分析其对子宫内膜上皮细胞增殖凋亡及子宫内膜容受性相关基因表达的影响，为揭示DIRAS3在猪胚胎附植过程中发挥的功能提供科学依据。【方法】通过构建DIRAS3基因慢病毒载体感染猪子宫内膜上皮细胞，利用Realtime PCR方法检测自噬标志基因LC3-Ⅱ和P62、自噬调节因子mTOR及子宫内膜容受性相关基因COX2、HOXA10、LIF和MSX1的表达水平，并利用CCK-8与流式细胞法分别检测细胞增殖、细胞凋亡情况。【结果】在猪子宫内膜上皮细胞中，DIRAS3可上调LC3-Ⅱ的表达，下调P62的表达，诱导自噬的发生。同时，转染慢病毒干扰载体至子宫内膜上皮细胞发现，DIRAS3表达的抑制，可明显促进细胞中mTOR表达，并诱导细胞增殖，降低细胞凋亡率，且可极显著提高COX2、HOXA10和LIF的表达水平，降低MSX1的表达水平，而此过程中添加雷帕霉素（mTOR抑制剂）处理阻断mTOR通路后，子宫内膜上皮细胞中自噬水平无明显变化，且DIRAS3调控细胞增殖凋亡和容受性相关基因表达的能力受到抑制。【结论】DIRAS3可能通过参与...     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）、构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4，通过质检SNPs数为34 156；平均最小等位基因频率为0.228±0.137，平均多态信息含量为0.255±0.098；平均观察杂合度为0.359±0.181，平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6，公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5；G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs，83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62） Mb，个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082，其中公猪平均近交系数为0.219±0.082，说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。