猪肌肉糖原酵解潜能及其组分与肉质、脂肪沉积和血液性状的相关性

利用白色杜洛克×二花脸资源家系中测定的F2代个体表型数据,分析肌肉糖原酵解潜能(GP)及其组分与肉质、脂肪沉积和血液性状的相关性.结果表明:背最长肌GP与pH24 h值(r=-0.39,P<0.001)、b*值(r=0.36,P<0.001)和L*值(r=0.13,P<0.001)相关,提示GP越高,则肉的终pH值趋向更低,肉色更加苍白.乳酸含量与pH45 min (r=-0.59,P<0.001)、T45 min(r=0.24,P<0.001)、L*值(r=0.34,P<0.001)和总色素含量(r=0.32,P<0.001)相关,提示宰时乳酸含量高,pH值初始下降速度快,肉温度偏高、肉色偏白.乳酸和GP与脂肪沉积性状显著正相关,而GP及其组分与血液性状各组分相关系数普遍低或者不显著.这表明肌糖原含量及组分是影响肉质的重要因素,并与脂肪沉积有一定相关,但与血液指标无关.     

猪耳廓软骨板细胞的体外传代培养

耳廓是哺乳动物听觉器官的重要组成部分.猪(Sus Scrofa)耳廓大小经历长期的人工驯养和选育后变异很大.目前,对猪耳廓大小的研究主要集中在遗传机理的解析,对其在细胞水平的研究还尚未完善.本研究通过酶法分离得到猪耳廓软骨板细胞并在体外培养,将原代猪耳廓细胞连续培养,用流式细胞仪分别检测从3～10代耳廓软骨板细胞的大小和分布情况,以及耳廓软骨板细胞与软骨干细胞阳性标记物CD44和CD90的结合能力.同时,将3～10代细胞分别与Annexin V-FITC/PI(细胞凋亡试剂盒)孵育,用流式细胞仪进行凋亡特性分析.通过流式细胞检测发现,体外培养的软骨板细胞由软骨细胞(P1)和软骨前体细胞(P2)组成.P1细胞占大多数(69.4％),呈纤维状;P2细胞为少数(11.0％),呈椭圆状.与CD44和CD90结合分析表明,P1细胞几乎不能与CD44结合,绝大部分P2细胞能与CD44结合,P1和P2细胞均能与CD90相结合,P2细胞结合能力略强于P1细胞.分别对两类细胞进行细胞凋亡分析后发现,P1细胞体外培养只有少量细胞凋亡或坏死,活细胞率达(96.61±1.32)％,说明P1细胞在体外传代过程中能维持稳定状态;P2细胞处于晚期凋亡和坏死细胞的比例＞83％,说明P2细胞在体外培养条件下细胞状态不稳定.本研究结果表明,体外建立一套针对于软骨前体细胞培养的体系很有必要,以保证软骨前体细胞可以持续增殖、并可向软骨细胞转化.本研究为今后以猪耳廓作为模型开展人类弹性软骨再生医学研究提供了基础依据.     

整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因

【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F₂资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F₂资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F₂资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率< 90%和孟德尔错误检出率> 5%的个体。检出率< 95%、次等位基因频率< 5%、哈代-温伯格检验(HWE) P < 5×10^-6、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II 测序仪测序对502头F₂资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中GenABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P < 5×10^-4时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology & KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具GeneMANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F₂资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P < 5×10^-4时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P < 10^-5时得到304个eQTL,每个转录本映射到1-6个eQTL,其中有35个顺式eQTL,120个反式eQTL。MCH和MCV的顺式eQTL位置重叠位于8号染色体。7号染色体存有数量最多的eQTL,其中多数为反式eQTL。通过eQTL定位确定了KIT为候选基因。Gene Ontology & KEGG pathway富集分析鉴别到与红细胞性状相关的基因KIT、PSEN2和TFRC,与白细胞性状相关的基因THBS1和CYR61。通过整合前期GWAS数据及eQTL定位并建立基因共表达网络,鉴定到与白细胞性状相关的基因RPS10。【结论】利用基于白色杜洛克×二花脸F₂资源群体的eQTL定位并结合前期GWAS数据,鉴别到与红细胞性状相关的基因KIT、PSEN2和TFRC,与白细胞性状相关的基因THBS1、CYR61和RPS10。     

利用三个基因标记选育大白核心群后备种猪初报

猪氟烷基因(RYR1)c.1843C>T突变位点是造成猪应激综合征的主效基因位点.硬脂酰辅酶A去不饱和酶基因(SCD)是控制单不饱和脂肪酸合成的关键酶,其启动子区域-233上T>C突变位点对肥胖和背膘厚有重要影响.α1岩藻糖基转移酶基因(FUT1)基因是ETEC F18受体蛋白基因,其开放阅读框M307的G>A突变位点影响仔猪断乳后水肿和腹泻的发生.该研究采用PCR-RFLP方法,检测了福建仁锋种猪有限公司大约克核心群60头后备种猪个体在这3个基因相应突变位点的基因型.结果表明,该群体已完全淘汰了应激敏感型n等位基因,建立了氟烷应激抵抗系:且保持着高频率(90.8%)的SCD基因、有利降低背膘沉积、提高瘦肉率的T等位基因;但FUT1的ECF18抗性等位基因A的频率相对较低(26.7%),易感等位基因G的频率较高(73.3%).该研究结果结合该场的性能测定结果运用于指导该大白核心群后备种猪的选种选育实践,可望提高核心群内种猪产肉量性状、抗应激能力和降低仔猪断乳后腹泻抗性发生.     

在白色杜洛克×二花脸资源家系中定位影响猪肉滴水损失的QTL

 【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点（QTL）。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性（r = 0.50—0.58,P＜0.01）,而在两个连续测定时间点间相关性更高（r = 0.72,P＜0.01）。滴水损失与24 h的pH、肉的亮度（Minolta L）,肉色评分、大理石纹、水分含量及肌内脂肪含量呈中等或较低的显著相关（r = 0.09—0.35,P＜0.05）。QTL分析共检测到9个影响滴水损失相关性状的QTL,6个背最长肌滴水损失QTL,分别位于SSC1、SSC10和SSC12,其中SSC10上的QTL达到5%基因组显著水平;影响半膜肌滴水损失的3个QTL分别位于SSC2、SSC6和SSC17上。【结论】在SSC6、SSC10、SSC12及SSC17上首次检测到滴水损失QTL。多个滴水损失QTL与早先定位的pH QTL或肌内脂肪含量QTL的置信区间重叠。检测到的QTL无一个既影响背最长肌滴水损失,又影响半膜肌滴水损失。大部分QTL有利等位基因（减少滴水损失）源自二花脸猪。     

杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析

【目的】 利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪（DLY）、二花脸猪（EHL）和莱芜猪（LW）3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在（180±5）日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在（300±5）日龄进行统一屠宰。收集2 mL血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言GenABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216 SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目（LYM）、淋巴细胞比率（LYMR）、嗜碱性粒细胞数目（BAS）、嗜碱性粒细胞比率（BASR）、平均红细胞体积（MCV）、红细胞分布宽度变异系数（RDW_CV）、平均红细胞血红蛋白含量（MCH）和血小板分布宽度（PDW）。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是LYM、MCH、平均红细胞血红蛋白浓度（MCHC）、单核细胞数目（MON）、单核细胞比率（MONR）、平均血小板体积（MPV）、中性粒细胞比率（NEUR）、大血小板细胞（P_LCC）以及血小板压积（PCT）。在莱芜猪中共鉴别到54个基因组显著水平SNPs以及169个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是BASR、红细胞压积（HCT）、MCH、MCHC、MCV和红细胞数目（RBC）。在Meta分析结果中,共鉴别到16个基因组显著水平SNPs以及82个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平SNPs,分别是RBC、HCT、MCH、MCHC、MCV以及MON。通过在Ensembl或NCBI网站上搜寻最强相关SNP区域内的候选基因,初步将F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28、CTSC基因分别确定为影响BASR、HCT、LYM、MCHC、NEUR的重要候选基因。【结论】通过全基因组关联分析和Meta分析共得到610个显著影响杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的SNP位点,初步确定F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28和CTSC基因分别是BASR、HCT、LYM、MCHC和NEUR的重要位置候选基因,为解析商业猪和纯种地方猪的血液性状或免疫性疾病提供重要参考。     

白色杜洛克×二花脸资源群体中屠宰季节对猪肉pH值和肉色的影响

以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色问差异及pH值对肉色影响的差异.结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响.冬季组背最长肌45 minpH值显著高于夏季组,而2种肌肉24 hpH值在两组间无差异;夏季组2种肌肉的L*值均显著高于冬季组,a*和b*值显著低于冬季组.2组的2种肌肉pH值与L*值显著中度相关,a*值和b*值与pH值仅在夏季组中呈中度相关.     

利用白色杜洛克×二花脸资源家系定位影响猪肉硬实度的QTL

为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座(QTL),本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F_2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度,检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型,并据此进行了QTL定位分析.共检测到9个QTLs,包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs,分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10,其中SSC1和SSC7的QTLs达到1%基因组显著水平;影响半膜肌硬实度的5个QTLs分别位于SSC1、SSC7、SSC10、SSC12和SSC14,其中SSC7和SSC14的QTLs分别达到5%和1%基因组显著水平.     

猪腹脂脂肪细胞大小、数量及其与脂肪沉积能力和脂肪酸组成的相关性研究

为探讨猪腹脂脂肪细胞的数量与大小对猪腹部脂肪沉积能力以及腹脂脂肪酸组成的影响,研究选取了白色杜洛克×二花脸资源家系中343头240日龄F2代个体,测定了每个个体的腹部脂肪重、板油重、花油重及背膘厚度等脂肪沉积性状,通过HE染色技术对腹脂脂肪细胞切片染色后进行图像分析,测定脂肪细胞的大小和数量。结果表明:性别对腹脂重影响极显著(P0.001),阉公猪饱和脂肪酸含量极显著高于育肥母猪(P0.001),其他类型脂肪酸低于母猪。脂肪细胞的大小和数量在不同性别间差异显著(P0.05),且与多数脂肪沉积能力及脂肪酸组成性状呈显著正相关。个体脂肪细胞的增大是造成肥胖的主要原因,多不饱和脂肪酸含量与脂肪细胞大小有显著负相关。     

不同冻存法对肌肉冰冻切片后HE染色和肌球蛋白ATP酶染色效果的影响

使用分步法和一步法冻存巴马香猪背最长肌,冰冻切片后比较苏木精-伊红染色法(HE染色)和肌球蛋白三磷酸腺苷酶染色法(ATP酶染色)效果。结果表明:分步法冻存的肌肉样品冰晶少,细胞形态完整,HE染色效果好,核质明显;ATP酶染色效果好,可较好地区分Ⅰ型Ⅱ型肌纤维。一步法冻存的肌肉样品冰晶多,细胞形态不完整,HE染色效果差,核质模糊;ATP酶染色效果差,基本染不上色,无法对肌纤维类型进行区分。分步冻存法的建立为通量式制备猪肉的恒冻切片奠定了基础,也为进一步开展相关性状的生理学、遗传学及种猪选育提供了很好的表型测定方法。