贵州白山羊和黔北麻羊TFAM 基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响.     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

羊MHC基因多态性与抗病性状 的相关性研究进展

羊主要组织相容性复合体（MHC）具有高度多态性,与羊的多种疾病抗性密切相关。MHC 已是世界范围内的研究热点且已取得了很大的研究进展。介绍了羊MHC 的结构与功能、国内外有关羊MHC 的多态性研究现状及MHC 与羊抗病育种的相关研究,并展望了MHC 在羊抗病育种中的应用前景,为今后羊的抗病育种研究提供理论依据。     

山羊前列腺素内过氧化物合酶2基因的多态性检测及生物信息学分析

本试验以贵州省3大地方山羊品种贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和2个省外地方品种关中奶山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对山羊前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明,在5个山羊品种中共检测到6个SNPs位点:A96G、C20T、A239G、T192C、T164A和G91C,其中,A96G和T164A分别位于外显子7和外显子8中,且均为同义突变,其余4个变异位点位于内含子中。生物信息学分析显示,外显子7和8中的2个SNPs位点均导致了mRNA二级结构的改变。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

山羊GHRL 基因多态性及其与 体重、体尺性状的关系研究

采用PCR-SSCP 技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL 基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL 基因外显子4 处存在1 个同义突变位点（C345T）,表现为2 种基因型,分别命名为CC 和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊（麦坪）群体中,CT 基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC 基因型个体,而在贵州黑山羊（纳雍）和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL 基因突变位点（C345T）影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。     

贵州山羊品种RERG基因的克隆及不同组织表达

选择与羊同源性较高的牛ras相关的雌激素调节的生长抑制因子(ras-related estrogen-regulated growth inhibitor,RERG)基因组序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及生物信息学分析.结果显示,克隆了羊RERG基因cDNA序列629 bp,完整的开放阅读框(ORF)为20～620 bp,其编码199个氨基酸.GenBank登录号分别为JN672576、JQ917222和JN580309.通过实时荧光定量RT-PCR技术分析RERG基因在贵州三大地方品种同一年龄段不同组织中的表达情况.结果表明,成年羊肺脏和脾脏表达量是最高,胸腺表达量最低,肌肉表达量为相对中度表达.为进一步研究地方品种羊生长性状的改善提供科学依据.     

RERG基因多态性与黔北麻羊生长性状的相关性研究

以黔北麻羊为研究对象,利用PCR-SSCP和直接测序技术,对RERG基因的第3、4外显示和部分第5外显子进行多态性检测,结果在第3外显子处发现了1个SNP(C264A),进一步将该SNP位点与生长性状进行关联分析,结果表明,AB型个体的体重、体高、体长、胸围、胸深、胸宽、管围均大于AA型和BB型个体。AA型和BB型个体的体重、体高、胸围与AB型个体差异极显著,AA型个体与BB型个体的体长差异显著,AA型个体与AB型个体的体长差异极显著。研究显示,RERG基因对黔北麻羊的生长有一定影响。     

黔北麻羊RERG基因cDNA克隆与序列分析

选择与羊同源性较高的牛RERG基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及序列分析。结果表明:首次克隆了黔北麻羊RERG基因cDNA序列629 bp,GenBank登录号为JN672576,该基因共编码199个氨基酸。黔北麻羊RERG基因与牛的RERG基因同源性高达98.5%。聚类分析显示:哺乳动物、禽类和两栖类各为一类。该聚类结果与动物间遗传距离大小一致,也与各动物在动物学上的分类相吻合,说明RERG基因编码区适于构建种间系统进化树。