两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

贵州白山羊L-FABP基因遗传变异对生长性状的影响

本研究旨在探讨肝脏型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因遗传变异与贵州白山羊生长性状的关联性,以期得到能够影响贵州白山羊各群体生长性状显著效应的分子遗传标记。试验采用DNA池、PCR-SSCP法结合PCR产物直接测序对贵州白山羊L-FABP基因4个外显子进行SNPs筛选,并利用SPSS 18.0统计软件分析H-FABP基因遗传变异与生长性状间的相关性。多态位点检测表明,贵州白山羊L-FABP基因内含子两处存在C4557T和A4575G两个多态基因座;遗传效应分析表明,L-FABP基因C4557T和A4575G位点多态座位有利于提高贵州白山羊体重、体高、体斜长和管围,其中基因型CCGG有利于提高贵州白山羊成年母羊的体高和体斜长;TTGG有利于提高贵州白山羊周岁母羊的体重和管围。研究结果初步推测L-FABP基因可能影响贵州白山羊部分生长性状的主效基因或与主效基因连锁,其多态座位可能作为山羊生长性状选择的有效遗传标记。     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

贵州黑山羊FSHR基因与繁殖性状相关性研究

本研究通过探讨FSHR基因SNP与贵州黑山羊繁殖性状关联性。试验采用PCR-SSCP技术检测FSHR基因单核苷酸多态性。结果发现,贵州黑山羊FSHR基因外显子1检测到1个SNP位点C1412A。基因型与繁殖性状关联分析显示,贵州黑山羊FSHR基因AA基因型个体产羔数显著高于与AC和CC基因型个体(P0.05)。研究结果提示:FSHR基因可能是影响山羊产羔数的主效基因。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

GHRL基因5′侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

 【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关（P＜0.05）,AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著（P＜0.05）;C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关（P＜0.05）,C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著（P＜0.05）。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关（P＜0.05）;与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关（P＜0.01）,单倍型组合H3H4（CCAAAC\CCAACDel）是各个显著相关性状中均值最高的优势单倍型组合。EMSA电泳发现含A等位基因的DNA片段能与转录因子特异的结合,初步证实本试验扩增片段对基因的转录存在一定作用。【结论】GHRL基因与鸡生长和屠体性状存在显著相关性。     

GHRL基因5'侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P...     

6个绵羊群体MC4R基因CRS-PCR多态性及其与湖羊、东湖杂交羊生长性状的关联分析

为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0.865)、CT(0.126)和TT(0.009)3种基因型。湖羊群体CT基因型2月龄体质量显著高于TT基因型(P0.05),4月龄体长显著高于CC型(P0.05)和TT型(P0.01);东湖杂交羊群体中CT基因型的4月龄体高显著高于CC基因型(P0.05)。本研究初步表明6个绵羊群体中MC4R基因的CT基因型具有生长优势。     

6个绵羊群体MC4R基因CRS-PCR多态性及其与湖羊、东湖杂交羊生长性状的关联分析

为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0.865)、CT(0.126)和TT(0.009)3种基因型。湖羊群体CT基因型2月龄体质量显著高于TT基因型(P0.05),4月龄体长显著高于CC型(P0.05)和TT型(P0.01);东湖杂交羊群体中CT基因型的4月龄体高显著高于CC基因型(P0.05)。本研究初步表明6个绵羊群体中MC4R基因的CT基因型具有生长优势。     

陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与部分生产性能的相关研究

[目的]探讨陕北白绒山羊群体的遗传特性,为陕北白绒山羊的选育提高和分子标记辅助选择等提供理论和试验依据。[方法]利用PCR-SSCP技术分析253只陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与生长和胴体性状的关系。[结果]结果表明:该座位存在两个突变位点(G→A和T→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AA型和CC型个体的周岁重差异在0.05水平显著,AA型和BB型个体的体斜长差异达0.05显著水平,其AA型与BB型、CC型个体的眼肌面积差异均在0.05水平显著,其他性状在不同基因型间均不存在差异;此外,断奶重、周岁重、胸围和眼肌面积4项指标均表现为AA>BB>CC,出生重表现为AA>CC>BB。[结论]H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记。     

黔北麻羊种质特性研究初报

通过对黔北麻羊的来源与变化、分布地的生态环境特征、体型外貌、生理指标、生产性能、繁殖性能的研究,并与贵州白山羊、贵州黑山羊相关性能进行比较,结果表明：黔北麻羊在其分布地的生境特征、体型外貌、生理指标、生产性能、繁殖性能方面具有特点和特色,是一种比较独特的遗传资源。     

崇明白山羊和徐淮山羊体重与体尺的相关和通径分析

分析了崇明白山羊和徐淮山羊成年母羊的若干体尺指标与体重的相关性及其直接和间接作用,建立了体重．体尺最优回归模型。结果表明：角基周长可作为预测崇明白山羊成年母羊体重和选择的主要体尺因素,胸深与肩宽则可作为徐淮山羊的相应体尺因素。崇明白山羊成年母羊的体尺-体重最优回归模型为Y=-14．5244＋1．91．62X5＋0．3862X4;徐淮山羊的体尺-体重最优回归模型为Y=-47．4653＋1．7264X2＋2．0831X8。     

贵州黑山羊和黔北麻羊MSTN基因DraI酶切多态性分析

以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。     

重庆本地山羊群体遗传关系的RAPD分析

采用RAPD技术分析了重庆本地的板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊基因组池DNA的多态性及其亲缘关系。通过100种随机引物扩增筛选。12种多态引物共获得了16个多态标记。各群体间的遗传距离指数和SPSS分层聚类树形图表明：板角山羊与川东白山羊之间的遗传距离较远;重庆黑山羊和板角山羊的遗传距离较近,2者有着密切的亲缘关系。结果还发现,板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊群体都具有一定的遗传稳定性。     

RIP140基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系的研究

根据牛RIP140基因mRNA序列,设计5对引物(P1～P5),利用每对引物分别扩增随机选取的济宁青山羊和辽宁绒山羊各5个个体,PCR产物克隆测序,获得山羊RIP140基因全部CDS序列。通过序列比对在此序列822位发现C→T的沉默突变。根据获得的山羊RIP140基因的CDS序列设计引物P6,采用PCR-RFLP技术检测C822T多态位点在高繁殖力品种(济宁青山羊、贵州白山羊)和低繁殖力品种(辽宁绒山羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊产羔数的影响。结果发现,引物P6扩增片段在济宁青山羊、贵州白山羊、辽宁绒山羊和波尔山羊中均检测到CC、CT和TT 3种基因型,内蒙古绒山羊中只检测到CT和TT两种基因型。济宁青山羊CC、CT和TT基因型频率分别为0.056、0.309和0.635,CC型和CT型母羊平均产羔数分别比TT型多0.81只(P0.05)和0.65只(P0.05),CC型比CT型多0.16只(P0.05)。研究结果初步表明,RIP140基因的C等位基因是提高山羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记。     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。