奶牛瘤胃胃液微生物总DNA的提取和纯化

本研究建立了从奶牛瘤胃液中提取混合微生物总DNA的方法，对现有的方法进行改进使其适合于瘤胃混合微生物总DNA的提取。粗提后的瘤胃DNA可以直接扩增出16SrDNA。提取效率为每毫升瘤胃液的DNA提取量为0.1～0.3μg。通过SiO2回收进行纯化，纯化回收率达到34%～50％；用clean-up试剂盒纯化，纯化率可达到85％以上。经过纯化后的DNA可进行其它的分子生物学操作。     

瘤胃微生物总DNA提取方法的比较

目前如何获得完整的瘤胃微生物总DNA是对瘤胃微生物在分子水平研究中关键的一步。瘤胃微生物总DNA分子片段很大,大概在15kb￣20kb,因此需要选择一种合适的提取方法来获得完整的总DNA片段。笔者研究采用物理方法如玻璃珠研磨震荡法、反复冻融法、超声波破碎法、液氮研磨法等,化学方法如表面活性剂十二烷基磺酸钠(sodiumdodecylsulfate,SDS)、溴化十六烷三甲基铵(CetyltrimethylAmmoniumBromide,CTAB等),酶解法(溶菌酶、蛋白酶K等)相结合,并对其进行比较,选择最佳的提取方法,使其符合以后PCR扩增要求以及其它后续研究工作。试验结果表明用玻璃珠研磨震荡加CTAB提取液的方法、反复冻融加SDS提取液的方法提取的瘤胃微生物总DNA的效果高于其它方法,并且通过电泳以及PCR检测,所提取的DNA的量适于进一步的分子生物学研究。     

羊粪沼液微生物总DNA提取方法优化比较研究

[目的]目前沼液污泥中99;的微生物不可培养的,为开展羊粪沼液中微生物多样性的研究,须对沼液总DNA进行提取.[方法]研究以总DNA及其PCR产物的琼脂糖电泳结果为判定依据,以SDS结合酚氯仿抽提总DNA的方法为基础,采用逐步增加净化菌泥、溶菌酶裂解以及DNA纯化等优化方法,并测定优化效果.[结果]后续增加的步骤对提高总DNA的提取效率及质量十分有效,所得DNA在得率、大小以及纯净度方面都有所提高,可以满足后续分子实验的要求.[结论]以SDS法为基础,用TENP和PBS洗涤菌泥,添加适量溶菌酶,并适当延长反应时间至3h,再经纯化柱吸附和洗脱的方法可以获得更高质量的羊粪沼液总DNA.     

独龙牛瘤胃细菌纤维素酶基因克隆

[目的]从分子生物学水平对独龙牛的瘤胃纤维素酶基因资源进行筛选及酶学特性研究,为后续开发利用新的纤维素酶提供参考依据,也为揭示瘤胃微生物降解纤维素的作用机理打下基础.[方法]提取独龙牛瘤胃微生物中的大片段基因组DNA,构建瘤胃微生物基因组文库,并进行纤维素酶活性筛选,筛选获得的高活性基因经测序后进行生物信息学分析与酶学性质研究.[结果]从独龙牛瘤胃中共获得20352个阳性克隆,白斑率达92%,构建的瘤胃微生物基因组文库容量899.6 Mb,空载率1.82%.从瘤胃微生物基因组文库筛选获得2个具有纤维素酶活性的阳性克隆(B1和B2),其中,B1基因序列长1230 bp,编码409个氨基酸,基因编码产物与来自Ruminococcusalbus纤维素酶基因编码产物(β-1,4-内切葡聚糖酶,GenBank登录号P23661.1)的覆盖率高达99%,其同源性高达97%;B2基因序列长1002 bp,编码333个氨基酸,基因编码产物与Unculturedmicroorganism纤维素酶基因编码产物(纤维糊精酶,GenBank登录号ADB80112.1)的覆盖率高达99%,其同源性为83%.B1和B2基因可在Rosetta原核表达宿主菌中成功诱导表达,B1纤维素酶的最适pH为6.0,最适温度40℃;B2纤维素酶的最适pH为6.0,最适温度40~50℃.[结论]从构建的独龙牛瘤胃微生物基因文库中筛选获得2株具有较高活力的纤维素酶(B1和B2),其中,B1为β-1,4-内切葡聚糖酶,而B2为新的纤维糊精酶,可为纤维素的体外降解提供新型材料.     

植物总DNA提取方法的改进

[目的]改进植物总DNA的提取方法.[方法]采用2种研磨方式进行植物DNA提取效果的比较.[结果]2种研磨方式所得DNA质量都较高,可用于后续分子生物学研究;采用研磨缓冲液提取的DNA得率高于液氮研磨.[结论]该方法降低了DNA的提取成本,是一种经济实用的DNA提取方法.     

天津海底淤泥微生物DNA的提取方法研究

[目的]探索一种快速、高效提取海底淤泥中微生物DNA的最佳方法,为开展海底淤泥微生物的分子生物学研究奠定基础。[方法]分析了不同DNA提取液浓度和不同的腐植酸去除方法对淤泥中微生物DNA提取的产率、纯度的影响,探讨天津市海底淤泥中微生物DNA提取的最佳方法。[结果]海底淤泥用焦磷酸钠和氢氧化钠混合浸提剂提取腐植酸后,再用蒸馏水洗去浸提液,用4 ml DNA提取液提取,所得DNA的产率及纯度均优于对照组。[结论]该试验结果为海底淤泥微生物的分子生物学研究奠定了基础。     

不同保存方法对天山樱桃总DNA提取效果的影响

[目的]寻找天山樱桃叶片样品较适合的保存方法,比较研究不同保存方法对天山樱桃总DNA提取效果的影响.[方法]以天山樱桃幼嫩叶片为试验材料,分别采用液氮保存、冷冻保存、干燥保存和微波不同时间处理后硅胶干燥保存等保存方法,比较分析各保存方法对所提取样品总DNA质量的影响.[结果]通过-70℃冷冻保存、室温保存、硅胶干燥保存、微波干燥2min保存的样品所提取总DNA的纯度较高,液氮保存的样品所提取总DNA的完整性好;干燥保存法保存的样品所提取的总DNA扩增效果较好.[结论]考虑到野外采样受到多方面因素的限制,适合天山樱桃分子生物学研究的保存方法为硅胶干燥保存.     

温泉土壤宏基因组文库构建及普鲁兰酶筛选

[目的]构建温泉土壤宏基因组文库并进行普鲁兰酶活性筛选,以期获得高活力、耐高温的新型普鲁兰酶基因.[方法]采用间接法提取温泉土壤样品中宏基因组DNA,经Sephadex G200（含2％ PVPP）凝胶柱和电洗脱两步纯化后,扩增16S rRNA序列,通过序列比对和系统发育进化树分析温泉土壤微生物的多样性;然后以pCC1FOS为载体构建温泉土壤宏基因组文库,并对所获得的宏基因组文库进行活性筛选.[结果]利用宏基因组技术提取温泉土壤样品中微生物的基因组DNA,构建了一个约含1 146个克隆的温泉土壤16S rRNA文库,经遗传进化分析,发现温泉土壤样品中的大部分微生物未被研究过,主要来源于厚壁菌门（Firmicutes）,其次为恐球菌—栖热菌门（Deinococcus-Thermus）和变形杆菌门（Proteobacteria）.用提取获得的宏基因组DNA成功构建了温泉土壤微生物宏基因组Fosmid文库,文库约含2.7万个克隆,平均插入片段长度为40.0 kb,文库外源DNA总容量为1.2×10^9bp;通过活性筛选共获得9个可表达普鲁兰酶活性的克隆.[结论]宏基因组文库技术是获取极端环境微生物新酶的有效手段,可为进一步挖掘普鲁兰酶的应用潜力及研究其耐热机理奠定基础.     

广藿香根际土壤微生物总DNA提取方法的优化

提取高质量的土壤微生物DNA是进行后续分子生物学试验的前提。在3种常用土壤微生物DNA提取方法的基础上,提出了1种新的优化方案,包括使用添加聚乙烯吡咯烷酮(PVP)的磷酸缓冲液对土壤进行预洗、联合使用SDS-CTAB和蛋白酶K来破碎细胞、用酚-氯仿-异戊醇(25∶24∶1)除蛋白质和淀粉等杂质、使用PEG8000沉淀DNA、用琼脂糖凝胶回收试剂盒纯化DNA等。比较分析了优化的方法与其他3种常用方法所获得的总DNA产率和纯度的差别,结果表明,优化的方法所提取DNA的D260 nm/D230 nm、D260 nm/D280 nm值均高于其他3种方法,且PCR扩增条带清晰、DNA产率高,土壤中DNA得率达88.76μg/g,表明该方法适宜提取土壤中的微生物DNA,从而为研究广藿香根际土壤微生物种类及其多样性奠定了基础。     

沉积物中宏基因组DNA快速提取方法:重铬酸钾-SDS法（英文）

[目的]建立一种从黑臭沉积物中快速、不需要任何纯化步骤的基因组DNA提取方法。[方法]富营养化湖泊沉积物是一种复杂的生态系统,土壤微生物在其氮循环过程中起着重要的作用。基于DNA的分子生物学方法为描述这些复杂微生物群落提供了新途径。但是,很难去除基因组DNA(代表了这些复杂系统中的微生物群落)的共提取物腐殖酸、重金属等物质,其能够干扰后续的基因分析。[结果]腐殖酸去除和DNA提取同步进行,提取时间大约为1 h,所得到的核酸不需要用70%的乙醇洗,直接溶解于灭菌水即可用于总细菌16S r DNA、反硝化细菌nos Z基因、甲烷氧化菌pmo A基因、固氮细菌nif H基因、氨氧化细菌和古菌的amo A基因的分子生态学分析。[结论 ]该方法为快速制备沉积物DNA提供了一个框架。     

基于比较基因组学分析的方法定位及注释双峰驼MHC基因

【目的】定位并注释双峰驼主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因序列,为进一步研究双峰驼MHC基因提供科学依据。【方法】运用比较基因组学方法,提取人类MHC(HLA)基因编码序列和牛MHC(BoLA)基因编码序列并分别与双峰驼转录本进行blastn基因序列比对,识别出相似度较高的scaffolds,通过分析HLA、BoLA基因序列比对在这些scaffolds上的位置顺序,对多条scaffolds进行拼接,得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;再分别提取HLA、BoLA全基因组序列与双峰驼已拼接的scaffolds进行基因组共线性分析,利用lastz建立起的Pseudo chromosome与HLA、BoLA全基因组序列的线性关系判断筛选出的scaffolds是否准确;然后通过分析MHC基因在两物种间的线性关系,在双峰驼参考基因组中提取出MHC基因序列,并对这些序列进行基因注释;最后根据得到的双峰驼MHC基因绘制系统进化树,研究其基因间的进化关系。【结果】通过对HLA、BoLA基因编码序列与双峰驼转录本用blastn进行序列比对,识别出了相似度较高的3条scaffolds,即NW_011511766.1(全长4.1M)、NW_011515227.1(全长1.2M)和NW_011514613.1(全长15K),对其拼接得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;利用lastz共线性分析,识别出HLA基因序列和BoLA基因序列并比对出其在双峰驼MHC基因的共线性区域。该区域与拼接得到的Pseudo chromosome一致,证明筛选出的scaffolds是准确的。并且发现Class-Ⅰ类和Class-Ⅲ类基因集中分布在NW_011515227.1上,而Class-Ⅱ类基因集中分布在NW_011511766.1和NW_011514613.1上,进一步分析得知Class-Ⅱ类基因主要分布在NW_011511766.1的3.5—4.1M的位置;将存在共线性区域的序列提取出来,与比对到双峰驼上的MHC基因的编码序列进行blat分析,结果在双峰驼基因组中共识别出24个与牛BoLA基因高度相似的基因,其中Ⅰ类基因1个,Ⅱ类10个,Ⅲ类基因13个。对双峰驼这24个MHC基因进行信息注释并绘制系统进化树,结果显示注释的Class-Ⅰ类和Class-Ⅱ类基因在同一分支。【结论】通过比较基因组学方法定位并注释了双峰驼的MHC基因,将双峰驼MHC基因序列定位到了3条scaffolds上,找到并注释了24个MHC基因,绘制了双峰驼MHC的Pseudo chromosome,为进一步研究双峰驼MHC基因奠定了理论基础。     

准噶尔双峰驼驼乳营养与功能成分与荷斯坦牛乳的差异比较分析

【目的】分析比较准噶尔双峰驼乳和荷斯坦牛乳的差异,为研究驼乳的营养价值和生物学功能提供科学基础。【方法】使用乳成分分析仪、电感耦合等离子体光度发射光谱法、气相色谱和ELISA检测乳的主要营养成分、理化特性、脂肪酸和主要生物活性物质含量。【结果】准噶尔双峰驼乳中乳蛋白、乳糖、钙、灰分、干物质显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。乳密度也显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。乳脂中花生酸、二十一碳酸、棕榈油酸和α-亚麻酸显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。而准噶尔双峰驼乳的电导率、酸碱度、水分显著低于荷斯坦牛乳(P<0.05)。顺-8,11,14-二十碳三烯酸、己酸、辛酸、癸酸和月桂酸显著低于荷斯坦牛乳(P<0.05)。但两乳中所检测的生物活性成分含量无显著差异(P> 0.05)。【结论】准噶尔双峰驼乳相较于荷斯坦牛乳存在诸多显著性差异。     

新疆双峰驼C3d基因cDNA的克隆与序列分析

【目的】克隆骆驼补体C3d基因,分析序列特征,为其佐剂效应研究提供依据。【方法】利用Trizol试剂,从骆驼肝脏组织提取总RNA,并反转录获得cDNA。设计C3d特异引物,应用PCR技术扩增C3d序列,构建到pMD18-T载体。将重组质粒转入感受态菌株并双酶切鉴定。使用ClustW,DNAstar, Swiss-Model软件对构建的重组C3d基因序列进行同源性比对,建立系统进化树并对其二级和三级结构进行预测和分析。【结果】采用骆驼C3d特异引物,PCR扩增获得大小为909 bp的骆驼补体C3d基因。构建至T载体并转入大肠杆菌,获得阳性转化克隆。克隆的新疆双峰驼C3d序列与骆驼科C3d基因之间的同源性在97%以上,与牛和猪C3d基因同源性为88%,与兔和人的C3d基因同源性为83%。对骆驼C3d蛋白采用Swiss-Model软件进行序列分析,预测该蛋白质的二级结构主要由α-螺旋和β-折叠组成,该蛋白可能具有良好的免疫原性和免疫结合活性。【结论】C3d基因在进化中较为保守,在骆驼免疫中可以采用亲缘关系较近的其他动物来源的C3d作为分子佐剂从而增强骆驼免疫效果。     

采用特异性探针药物法测定双峰驼CYP3A酶活性

【目的】探究双峰驼CYP3A酶体外活性及其对外源性药物代谢的影响。【方法】将双峰驼禁食过夜12 h,颈静脉放血处死后,立即于肝门静脉处采集块状肝脏组织,洗去血污称重匀浆后,采用Ca²⁺沉淀法制备双峰驼肝微粒体,并通过BCA法测定其蛋白含量。同时优化双峰驼肝微粒孵育体系,取不同浓度的双峰驼肝微粒体蛋白悬液（0.016、0.031、0.063、0.125、0.250、0.500、1.000、2.000 mg?mL^-1）、不同浓度的探针药物咪达唑仑（MDZ）（7.813、15.625、31.250、62.500、125、250、500、1 000 µg?mL^-1）分别加入到孵育体系中,37℃预孵育5 min后,加入NADPH溶液后再孵育不同时间（0、2、5、10、15、20、25、30 min）。待反应完全后加入冰冷的甲醇和地西泮（DZP）溶液,涡旋混匀,800 µL全部混合液体经14 500 r/min离心20 min后,取20 µL上清液进行高效液相色谱紫外检测（HPLC-UV）,确定最适底物浓度、最适酶浓度以及最适孵育时间。分别取浓度为7.813、15.625、31.250、62.500、125、250、500、1 000 µg?mL^-1 MDZ探针药物溶液20 µL与双峰驼肝微粒体共同孵育15 min后,以混有内标DZP的冰冷甲醇终止反应,采用高效液相色谱紫外检测法测定反应产物1'-羟基咪达唑仑（1'-OHMDZ）的动态含量,计算出部分药物动力学参数。色谱条件：Sigma-Aldrich/Supelco Discovery C₁₈色谱柱（150 mm×4.6 mm,5 μm）;流动相为V（乙腈）﹕V（0.01 mol?L^-1 PBS缓冲液）= 40﹕60;等浓度洗脱20 min;检测波长为254 nm;流速为0.8 mL?min^-1;柱温为30℃;进样量为20 μL。【结果】使用Ca²⁺沉淀法制备的双峰驼肝微粒体保持了酶的良好活性,能满足后续体外药物代谢试验的基本要求,经BCA法测定其蛋白含量为(1.936±0.052) mg?mL^-1。双峰驼肝微粒体蛋白悬液、探针药物MDZ、PBS缓冲液、MgCl₂溶液以及NADPH溶液构成双峰驼肝微粒体孵育体系,随着孵育时间的延长,酶和底物进一步反应,当MDZ浓度为125 µg?mL^-1（终浓度为7.073 nmol?mL^-1）,肝微粒体浓度为2.000 mg?mL^-1（终浓度为0.050 mg?mL^-1）时,孵育15 min,酶和底物的结合最紧密,并呈现出饱和的状态,故确定其终浓度和时间为最适浓度和最佳孵育时间。经HPLC-UV法测定,1'-OHMDZ、MDZ和DZP的出峰保留时间分别为6.710、11.383和15.263 min,各成分色谱峰分离良好,且不受肝微粒体孵育体系中其他干扰峰的影响。HPLC检测方法的精密度、稳定性及回收率的试验结果均符合色谱测定的基本要求,即成功建立了准确、灵敏、可靠、重现性好的双峰驼CYP3A酶特异性探针药物的检测方法。以底物MDZ浓度和反应产物1'-OHMDZ生成速率进行Lineweaver-Burk双倒数作图,分别计算出最大反应速度V_max和米氏常数K_m。经Origin Pro8.6软件进行线性回归分析得到最大反应速度V_max为(0.380±0.028)nmol?mg^-1?min^-1,米氏常数K_m为(9.603±3.229)nmol?mL^-1,以此体现酶和底物的反应情况,并对双峰驼CYP3A酶的活性进行了间接测定。【结论】成功建立了跟踪检测CYP3A酶的特异性探针药物MDZ及其代谢产物浓度的高效液相色谱紫外检测方法。MDZ在体内经CYP3A酶的特异性氧化代谢后主要生成1'-OHMDZ,本文以MDZ的代谢产物1'-OHMDZ的生成速率为检测指标,首次对双峰驼CYP3A酶的体外活性及酶与底物的相互作用特点进行了研究。     

荒漠拟步甲科昆虫总RNA的有效提取及电泳图谱分析

[目的]获得高质量的总RNA是开展分子生物学研究的重要一步,由于不同生物的机体组成成分有较大差异,需要针对不同类型的物种建立各自有效的RNA提取方法.鞘翅目昆虫富含几丁质的外壳,常规方法难以获得高质量的RNA.[方法]以鞘翅目拟步甲科昆虫小胸鳖甲(Microdera punctipennis)为例,采用TRIzol试剂提取分离总RNA,方法略有改进,并对总RNA的电泳谱带特征进行鉴定.[结果]利用该方法从小胸鳖甲成虫中所获得的总RNA纯度较高完整性好,进一步实验证明提取的总RNA可满足RT-PCR等多种后续实验.琼脂糖凝胶电泳分析表明,其总RNA电泳谱带主要以18S带为主,28S则很弱.[结论]该提取方法对其他荒漠拟步甲科昆虫,尤其是含几丁质外壳的甲虫总RNA提取具有指导作用,小胸鳖甲总RAN的电泳谱带与哺乳动物肿瘤细胞的不同.     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

豆天蛾核型多角体病毒gp41同源基因的克隆和序列分析

 【目的】对豆天蛾核型多角体病毒（CbNPV）的gp41同源基因进行克隆和序列分析，为进一步研究该病毒基因组的结构打下基础。【方法】从豆天蛾幼虫尸体中分离纯化了豆天蛾核型多角体病毒，提取其基因组DNA，用shotgun法构建了DNA片段的文库，并进行了全基因组测序。对CbNPV的gp41同源基因进行序列分析。【结果】CbNPV的gp41同源基因长度为933 bp，编码310个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果表明，CbNPV GP41与I类NPV及II类NPV GP41的同源性分别为53%～61%和56%～73%。【结论】初步推测，CbNPV与II类NPV的亲缘关系可能更近。     

新疆双峰驼纳米抗体、重链抗体和常规抗体的热稳定性比较

【目的】 比较纳米抗体、HCAbs与常规抗体之间在温度稳定性方面的差异,为研究HCAb的功能特性和骆驼适应极端环境的免疫特点提供参考。【方法】 从溶菌酶、蒜氨酸酶和丹毒丝菌表面抗原A 3种抗原免疫的新疆双峰驼血清中,采用Protein A和Protein G亲和色谱纯化IgG1、IgG2和IgG3 3种亚型抗体,并在大肠杆菌BL21(DE3)菌中表达和纯化3种纳米抗体。采用ELISA方法,测定经过22~90℃一系列热处理后、平衡至室温的各抗体与相应抗原的结合活性,以剩余抗原结合活性的百分比作为衡量抗体温度稳定性的参数。【结果】 3种抗原免疫后均能在骆驼激发明显的抗体反应。采用Protein A/G亲和色谱,从血清中纯化获得分子量分别为50 KD+25 KD、 46 KD和43 KD的IgG1、IgG2和IgG3亚型抗体。骆驼IgG2和IgG3重链抗体比IgG1具有更高的温度稳定性,其中IgG3表现出比IgG2对温度更高耐受的趋势。从细菌表达纯化的3种纳米抗体都表现出比重链抗体和常规抗体更高的温度稳定性。【结论】 抗体结构形式和分子大小可能显著影响了双峰驼抗体对温度的耐受性。     

16S rRNA高通量测序技术筛选牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及菌群结构

【目的】确定理想的牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及初步分析牦牛瘤胃细菌的群体结构。【方法】采用物理法(珠磨法、反复冻融法)、化学法(CTAB、SDS)及酶解法(溶菌酶、蛋白酶K)三者与瘤胃细菌特点相结合的方法,组合生成9种不同方法,即方法 1(CTAB+SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 2(CTAB+SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 3(CTAB+SDS+Lysozyme+珠磨法)、方法 4(CTAB+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 5(CTAB+Lysozyme+反复冻融法)、方法 6(CTAB+Lysozyme+珠磨法)、方法 7(SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 8(SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 9(SDS+Lysozyme+珠磨法),同时以QIA amp DNA Stool Mini Kit(方法 10)为对照,以这10种方法来提取瘤胃微生物基因组DNA,并通过DNA浓度、纯度、DNA电泳图等基本性质及16S r RNA高通量测序结果对其进行分析比较,同时通过测序结果初步分析牦牛瘤胃细菌群体结构。【结果】不同DNA提取方法效率比对结果显示,同样的化学及生物酶裂解条件下,结合珠磨法及反复冻融法能够显著地增强细胞裂解效率,提高DNA产量。其中方法 3及方法 6提取的DNA具有较高的浓度及纯度,方法 7—10缺乏CTAB阳离子去污剂,提取的DNA量显著低于其他方法(P0.05),除方法 2和8所提取的样品经多次试验,PCR产物目的条带太弱或未检测到外,其余8种方法提取的样品PCR产物目的条带大小正确,浓度合适,符合高通量测序的要求。16S r RNA高通量测序共生成了191 349条原始数据,质控后得到有效序列171 231条。稀释性曲线分析表明,数据量合理并达到饱和,能够完整反映样品的菌群种类。OTU聚类数据统计、分类学和多样性指数分析显示方法 6和10包含的细菌较丰富。不同提取方法对革兰氏阳性菌提取效果比对结果表明方法 6裂解革兰氏阳性菌细胞壁的能力比其他方法相对较高。综上,方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨)提取的DNA产量、样品多样性指数及革兰氏阳性菌破壁能力均优于其他方法。菌群结构分析表明牦牛瘤胃细菌菌群结构包括21门、35纲、75科、112属,丰度较高的菌群依次是拟杆菌Bacteroidtes(64%)、厚壁菌Firmicutes(20%)、螺旋体Spirochaetae(2.3%)和变形菌Proteobacteri(1.8%),纤维杆菌Fibrobacter(1.7%)。牦牛瘤胃细菌群体结构与黄牛相比存在着一定的差异,这可能归因于饮食及环境的不同。【结论】利用16S r RNA高通量测序筛选出了牦牛瘤胃细菌基因组DNA理想提取方法,即方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨),并初步分析了牦牛瘤胃细菌群体结构,为研究牦牛瘤胃微生物群体特殊性及挖掘牦牛体内的基因资源奠定了基础。     

新疆巴旦木花药总RNA的提取

[目的]建立一种有效的巴旦木花药总RNA提取方法,为巴旦木花粉SFB基因克隆和自交不亲和机制研究奠定基础.[方法]利用改良的CTAB法从巴旦木(Amygdalus communis L.)花药中提取高质量的总RNA.[结果]该方法获得的巴旦木花药总RNA完整性好、无多糖和蛋白质的污染,产量较高(鲜花药为283.44 μg/g),OD260/OD280在1.89～1.99,OD260/OD230>2.0.提取的巴旦木花药总RNA反转录成cDNA,以SFB(S-haplotype-specific F-box gene)基因简并引物PCR扩增,获得了目的片段.[结论]改良的CTAB法是一种简单、快速有效的巴旦木花药总RNA提取方法,提取的花药总RNA能够满足巴旦木进一步的分子生物学研究.