大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。     

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

河南3个驴种mtDNA D-loop区序列多态性及起源进化分析

【目的】研究河南3个驴种（河南小毛驴、长垣驴、泌阳驴）的遗传多样性及其系统发育关系。【方法】采用PCR和测序技术,测定15头长垣驴、20头泌阳驴和14头河南小毛驴共49个个体的mtDNA D-loop区部分序列,采用DNAsp 4.90进行多态性分析,并利用MEGA4.1的邻接（NJ）法构建系统发育树。【结果】长垣驴、泌阳驴和河南小毛驴3个驴种共49个样本的PCR扩增产物长度均为444 bp,mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为2.295%,2.163%和2.799%;单倍型多样度结果分别为0.879,0.629和0.956,表明3个驴品种mtDNA D-loop区均具有较高的多态性,其中河南小毛驴最高,长垣驴和泌阳驴次之;构建的NJ系统发育树表明,河南省3个驴种属于混合起源,泌阳驴与长垣驴亲缘关系较远,而与河南小毛驴的亲缘关系较近。【结论】河南省3个驴种具有较丰富的遗传多样性,河南省家驴属于混合母系起源。     

基于线粒体 Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性，并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列，对宽甸（KD）和丹东江域（DD）2个野生细鳞鱼群体和 1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明： Cytb基因1 141 bp，A+T含量 53.55%，G+C含量46.45%，D-loop区序列988 bp，A+T含量62.75%，G＋C含量37.25%；基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和 56个多态性位点，定义了21和26种单倍型，其中KD、DD和YZ群体 Cytb基因的单倍型数分别为14、10和 7，KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10；遗传多样性分析 Cytb基因表现出高单倍型多样性（0.986）和低核苷酸多样性（0.004 66），而D-loop区表现出高单倍型多样性（0.981）和高水平的核苷酸多样性（0.019 82），基于 Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型，说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小，而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度；分子方差分析（AMOVA）发现群体内部的遗传变异（Cytb：73.38%；D-loop：85.91%）占比明显高于群体间的遗传变异（Cytb：26.62%；D-loop：14.09%），表明鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内，不同地理群体间的遗传变异不大；群体单倍型系统发育树表明，KD、DD和YZ群体间互有交叉，均未表现出明显的地理聚集，3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构，结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性，推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件，随后处于相对平衡稳定状态。     

基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究

为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231~1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

不同品种绵羊D-loop区遗传多样性研究

线粒体DNA（Mitochondria DNA,mtDNA）D-loop区的进化速度快且多态性丰富, 因此在生物的遗传多样性和起源进化研究中具有重要意义。采用PCR扩增和基因测序的方法分析甘肃高山细毛羊（G）、欧拉羊（O）、杜泊羊（D）、蒙古羊（M）、小尾寒羊（S）和湖羊（H）的线粒体DNA D-loop区遗传多样性和进化关系。结果显示,试验羊D-loop区中GC含量低于AT含量,共检测到171 个变异位点,单一多态位点58 个,简约信息位点113 个,共87 个单倍型,单倍型多样度（H_d）分别为 0.993、1.000、0.968、1.000、0.933和1.000,核苷酸多样度（P_i）分别为 0.022 37、0.014 63、0.011 93、0.017 47、0.021 40和0.023 48,湖羊的平均核苷酸差异度最大（K=31.622）,而杜泊羊最小（K=15.995）。蒙古羊和杜泊羊的核苷酸平均差异数K_xy最大,蒙古羊和欧拉羊的核苷酸平均差异数K_xy最小。核苷酸歧异度D_xy与核苷酸平均差异数K_xy结果一致。系统发育树结果显示,湖羊与小尾寒羊先聚集在一起,然后与杜泊羊聚为一类;欧拉羊与蒙古羊先聚为一类,然后与甘肃高山细毛羊聚为一大类,说明湖羊与小尾寒羊遗传差异小。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

中国家驴品种遗传多样性及母系起源研究

为了给中国家驴遗传资源的评价、保护和利用提供一些分子生物学基础,本研究通过自行设计引物,采用PCR-SSCP技术对中国家驴线粒体DNA( Mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因308bp片段序列的变异进行检测来探讨其遗传多样性和母系起源.发现了3种基因型,结合GenBank已公布的数据进行分析发现在中国家驴品种中共存在15个突变位点,17个单倍型,通过计算各群体的遗传多样性指数发现中国家驴的遗传多样性比较丰富.另外,还通过与两种非洲野驴的Cytb序列进行比对和网络聚类分析方法对所有家驴的样品进行了母系起源的研究,证明家驴起源于非洲的索马里驴和努比亚驴.     

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

云龙矮脚鸡系统进化及遗传多样性的研究

通过对云龙矮脚鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨云龙矮脚鸡的遗传多样性和母系起源。结果显示,云龙矮脚鸡mt DNA D-loop区全长1231~1232 bp,1231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在19只个体中,共发现25处单核苷酸多态位点,8种单倍型。系统发育分析发现,云龙矮脚鸡8种单倍型可以分为A、B、C和E 4个分支。A和B与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这2个分支可能起源于云南、缅甸的附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。D分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为云龙矮脚鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

基于ND4基因部分片段探讨中国4个家驴品种的母系构成

为了分析中国家驴的遗传多样性,对保种和开发利用这一固有遗传资源提供有益帮助,并对其母性起源提供一些基础资料,作者对我国4个家驴品种(德州、凉州、云南、蒙古)209个个体的mtDNAND4基因编码区409bp片段进行了扩增、单链构象多态(SSCP)检测与测序分析,共检测到5种单倍型8个多态位点,其单倍型多样度为0.4699,核苷酸多样度为0.00308,表明我国家驴的遗传多态性比较丰富。通过对各单倍型序列按照脊椎动物线粒体编码规则翻译成氨基酸序列进行比对发现,部分核苷酸变异引起了氨基酸的变异。构建的简化加权中值网络聚类图显示,4个家驴品种的样品来自两个母系源头,并且,4个中国家驴品种都是由这两个母性世系混杂而成的,即未发现由同一种世系构成的品种。这与以前基于D-loop区序列对于中国家驴的研究结果相似,即地理位置、世系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

基于线粒体DNA分析青鱼养殖群体的遗传多样性

为了解安徽省养殖青鱼群体的遗传多样性变化,基于线粒体Cytb基因与D-loop区采用直接测序的方法,分析了安徽省滁州、怀远和无为3个青鱼养殖群体的遗传多样性和群体分化,并评估突变、环境选择和基因流等因素对遗传多样性的影响。结果显示:3个群体具有丰富的遗传多样性(Hd 0.5,Pi 0.05);群体间出现了高度分化(Fst 0.15),但是仍有遗传背景交叉;Cytb基因与D-loop区分别检出9个和41个变异位点;群体间基因交流明显(Nm 1);受到纯化选择作用(Ka/Ks=0～0.099)。     

黄淮杜泊羊线粒体DNA遗传多态性研究

线粒体DNA遗传变异丰富,是研究群体遗传多样性的重要手段。通过对黄淮杜泊羊、杜泊羊、鲁西黑头羊和小尾寒羊的线粒体D-loop遗传变异进行检测,分析4个品种的遗传多样性和品种间的遗传分化,构建系统发育树,并计算4个品种的遗传关系和遗传距离。结果表明,黄淮杜泊羊群体遗传多样性丰富（单倍型多样度h=0.984 21,核苷酸多样度P_i=0.015 50）,遗传稳定;系统发育树黄淮杜泊羊的黑头群体和白头群体聚为一类,与鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊明显区分;黄淮杜泊羊与杜泊羊遗传距离最近（0.055）、与小尾寒羊遗传距离最远（0.070）,且黄淮杜泊羊与鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊品种间遗传分化程度大。说明黄淮杜泊羊的遗传多样性丰富、遗传分化程度高,在遗传上明显区别于鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊,黄淮杜泊羊黑头和白头群体的遗传一致,且群体遗传稳定,试验结果与育种设计方案相吻合,说明黄淮杜泊羊具备了新品种的遗传条件。     

锦江河3种鳜的遗传变异及其多样性评价

为探究锦江河国家级水产种质资源保护区内鳜类遗传变异特征及其多样性水平,基于PCR扩增与测序技术对大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3个群体97尾鱼的线粒体控制区序列进行比较分析。结果显示,大眼鳜序列长度为843 bp,无变异位点,只有1种单倍型,斑鳜有852 bp和856 bp两种序列,28个多态位点和11个单倍型,中国少鳞鳜也有845 bp和846 bp两种长度,5个多态位点和5个单倍型;大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3种鳜鱼群体内的遗传距离分别为0. 000 0、0. 008 7±0. 002 0和0. 002 0±0. 000 9,单倍型多样度和核苷酸多态性分别为0. 000 0、0. 859 9、0. 736 7和0. 000 0、0. 008 7、0. 002 0。分析表明,3种鳜鱼在终止序列区和保守序列区存在种或属间差异,锦江斑鳜是一个遗传变异大,多样性丰富的稳定种群;中国少鳞鳜虽然单倍型多样度丰富,但遭受过瓶颈效应,导致其核苷酸多样性偏低;大眼鳜遗传组成单一,多样性十分贫乏,推测可能有入侵的养殖群体。锦江系梵净山国家级自然保护区内最大的河流,历史上鳜类资源丰富,但已遭严重的破坏,加强其鳜类遗传资源的研究与保护十分必要。