基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

淮北灰驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mtDNA D-loop区部分序列进行测序,与GenBank已公布的一些驴品种的mtDNA D-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性（Pi）为0.021 95,单倍型多样性（Hd）为0.778,平均核苷酸差异（K）为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。     

基于线粒体 Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性，并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列，对宽甸（KD）和丹东江域（DD）2个野生细鳞鱼群体和 1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明： Cytb基因1 141 bp，A+T含量 53.55%，G+C含量46.45%，D-loop区序列988 bp，A+T含量62.75%，G＋C含量37.25%；基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和 56个多态性位点，定义了21和26种单倍型，其中KD、DD和YZ群体 Cytb基因的单倍型数分别为14、10和 7，KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10；遗传多样性分析 Cytb基因表现出高单倍型多样性（0.986）和低核苷酸多样性（0.004 66），而D-loop区表现出高单倍型多样性（0.981）和高水平的核苷酸多样性（0.019 82），基于 Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型，说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小，而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度；分子方差分析（AMOVA）发现群体内部的遗传变异（Cytb：73.38%；D-loop：85.91%）占比明显高于群体间的遗传变异（Cytb：26.62%；D-loop：14.09%），表明鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内，不同地理群体间的遗传变异不大；群体单倍型系统发育树表明，KD、DD和YZ群体间互有交叉，均未表现出明显的地理聚集，3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构，结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性，推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件，随后处于相对平衡稳定状态。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

林麝粪便基因组DNA的提取及PCR扩增

【目的】探索从林麝粪便中提取基因组DNA并进行物种鉴定的可行性,为林麝野外调查工作以及分子粪便学在林麝保护中的应用提供科学依据。【方法】采集林麝粪便,采用改良的CTAB抽提基因组DNA;按常规PCR法对mtDNA D-loop区和Cyt b基因进行扩增测序后,用DNAMAN 6.0软件进行系统发育分析;在不同温度存放不同时间,研究林麝粪便基因组DNA的提取与mtDNA D-loop区和Cyt b基因PCR扩增的时效性。【结果】以提取的基因组DNA为模板进行PCR扩增均能特异性地扩增出mtDNA D-loop区和Cyt b基因。系统发育分析结果表明:所扩增产物为林麝的mtDNA D-loop区和Cyt b基因。时效性分析结果显示:常温和4℃条件下保存96h以内的林麝粪便所提取的基因组DNA能有效扩增出mtDNA D-loop区和Cyt b基因。【结论】自然条件下林麝粪便中林麝自身体细胞DNA保存时间较长,通过在野外采集林麝粪便提取基因组DNA并进行物种鉴定是可行的。     

基于线粒体D-loop区序列和Cyt b基因的鲟鱼群体遗传多样性分析

【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。     

云南地方猪种mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由此界定了30个单倍型。云南地方猪种整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.820和0.004 51。在7个品种(群体)中,保山猪单倍型多样度最高(0.828),高黎贡山猪最低(0.644);滇南小耳猪的核苷酸多样度最高(0.005 21),高黎贡山猪同样最低(0.003 27)。由遗传变异贡献率和遗传独特性贡献所决定的总体遗传贡献率中,迪庆藏猪总体遗传贡献率最高(10.342 9),高黎贡山猪和大河猪最低(均为1.059 4)。【结论】就总体单倍型丰富度效应而言,迪庆藏猪、滇南小耳猪、保山猪和撒坝猪对维持云南地方猪种遗传多样性呈正效应,而明光猪、高黎贡山猪和大河猪呈负效应。     

太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性

为深入研究太湖鲢鱼的种群遗传结构及进化过程,有效的保护和利用太湖鲢鱼种质资源,作者采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物.PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列).用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点.运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%0.35%和6.368.研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNAD-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富.     

蝗虫线粒体DNA(mtDNA)研究概况

线粒体DNA（mtDNA）具有快速进化、不易发生突变等独特的优点，正成为昆虫系统发育、种群遗传变异与分化研究和近缘种、种下分类单元鉴定的理想工具之一。文中介绍了应用线粒体DNA研究蝗虫物种起源与分化、系统发育、遗传多样性及体色分化等方面的进展概况。     

云南绵羊mtDNA D—LOOP序列多态性研究

采用 PCR-SSCP 技术与 mtDNA D-Loop 序列分析相结合的方法,对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊 3 个地方绵羊品种共 134 个个体进行 mtDNA 序列多态性及起源进化研究.PCR-SSCP 分析显示,在云南的 3个绵羊群体中检测到线粒体编码区的 Cytb 和 ND2 基因的 2 种单倍型 A 和 B.根据不同的单倍型从 3 个绵羊群体中共筛选出 23 个样品进行了 mtDNA D-Loop 区克隆测序,系统发育分析揭示,云南绵羊 mtDNA D-Loop 序列单倍型分为支系 A 和支系 B 两大类.基于 PCR-SSCP 和 D-Loop 区序列的分析结果一致提示云南绵羊存在支系 A 和支系B两大母系起源,对云南绵羊进行 mtDNA D-Loop 序列多态性分析,结果发现线粒体 D-Loop 区系列单倍型多样度删为 87.5%～100%;核苷酸多样度只为 0.21～0.26;平均核苷酸差异数 K 为 22.9%～36.8%.此结果揭示云南绵羊遗传多样性相对贫乏.对云南绵羊 mtDNA D-Loop 进行 Mismatch 分析和 Tajima's 值中性检验,结果显示,云南绵羊群体核昔酸差异数表现出完整的 2 个峰形,且经过中性检验不显著,由此推断云南绵羊在过去没有出现群体扩张,群体大小保持稳定.     

郏县红牛细胞色素B序列测定及多态性分析

以郏县红牛基因组DNA为模板,对mtDNA Cytb全序列进行扩增、测序、序列核苷酸组成分析、序列的变异和多态性分析,得出2点结论:①mtDNA基因全序列长度均为1 140 bp,不存在序列长度差异,富含A和T。②全序列比对与普通牛仅有1个突变位点,与瘤牛有8个突变位点。     

马铃薯亚细胞结构线粒体DNA的分离与提取

以马铃薯块茎为材料,通过差速离心分离出线粒体,过垫梯度离心进一步纯化。显微镜下观察所得的线粒体的纯度、形态;并用数码相机进行照相。线粒体样用SDS、蛋白酶K、核酸酶处理后用饱和酚、苯酚/氯仿及氯仿/异戊醇提取处理,乙醇沉淀,提取得线粒体DNA(mtDNA)。紫外分光光度计检测提取浓度、纯度,1%琼脂糖电泳获得清晰、整齐的条带。     

中国鸡种线粒体研究概况

综述了中国鸡种线粒体的研究进展,指出了中国鸡种线粒体研究的不足,为开展中国鸡种线粒体的后续研究提供参考。     

马鹿线粒体DNA序列多态性分析

采用聚合酶链武反应（PCR）技术对40只马鹿mtDNA细胞色素b序列进行扩增，对所得PCR产物测序，测得405bp的核甘酸片段序列，统计分析了6个品种或类型间的遗传关系，通过遗传关系建立了系统发育树。结果表明：天山马鹿和东北马鹿的亲缘关系较近，塔里木马鹿同天山马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿、左家马鹿的亲缘关系较远，塔里木马鹿和天山马鹿的亲缘关系最远。将6个马鹿品种（或类型）重新划分为4大类群：东北马鹿和左家马鹿为一类，天山马鹿和阿尔泰马鹿为一类，塔里木马鹿为一类，甘肃马鹿为一类。     

实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环核苷酸组成与变异分析

对兰州、上海、北京和武汉4个封闭群共98只金黄地鼠线粒体DNA(mtDNA)D-环进行分析.结果表明:实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环序列中,T、C、A、G碱基含量分别为30.9%2、5.2%、29.5%、14.4%,其中A+T为60.4%、G+C为39.6%,G+C含量明显低于A+T;发现的167个多态位点中,113个转换、52个颠换、2个位点既有转换也有颠换,分别占多态位点数的67.7%、31.1%1、.2%,没有插入/缺失同时出现的位点,表明我国实验用封闭群金黄地鼠个体间多态性丰富,群体间无明显变异.     

从mtDNA和SRY基因多态揭示云南大额牛杂交起源

从父系、母系全面揭示云南大额牛的遗传背景.采集了云南大额牛、印度野牛(Bosgaurus)、迪庆黄牛、怒江黄牛以及文山高峰牛共5个种群的血液样品,对其中70头牛mtDNA D-loop和39头公牛Y染色体非同源部分SRY基因序列多态检测,结合GenBank已经报道的相关序列,对所构建的单倍型NJ系统树和网络图进行了聚类分析.线粒体DNA数据显示,云南大额牛母系来源于瘤牛(B.indicus)和普通黄牛(B.taurus),云南本地牛母系也来源于瘤牛和普通黄牛;SRY基因序列信息显示,云南大额牛父系来源于大额牛(B.frontalis),云南本地牛父系来源于印度瘤牛.结果说明,云南大额牛为大额牛与黄牛的杂交后代,云南本地牛主要为瘤牛血统.     

线粒体DNA标记在昆虫学研究中的应用进展

综述了昆虫线粒体DNA（mtDNA）的特点、mtDNA标记优缺点及该标记在昆虫学研究中的应用。目前应用mtDNA作分子遗传标记主要用来进行昆虫分类单元的鉴定、物种或种群的系统发育、遗传多样性、基因流、起源及杂交带的研究,但由于mtDNA标记的缺点,因此常需与其他标记技术结合使用才能获得更可靠的结果。