东海野生灰鲳mtDNA D-loop序列遗传变异分析

以东海区野生灰鲳背部肌肉的线粒体DNA为模板,采用PCR技术对7个个体的D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了471 bp的核苷酸片断（除去两端部分序列）。用DNAMAN6.0软件进行了排序比较发现,东海野生灰鲳的D-loop序列同源性高达99.48%;用DNASP4.0软件分析得知,7个序列共有6个单倍型（在GenBank登录号：GU970085-GU970087,GU970089-GU970091）,在7个个体中,共检测到14个变异位点,包括13个转换和1个颠换位点。运用MEGA4.0软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了MP和NJ系统树。用DNASP4.0软件计算出的多态位点数为14,核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.009 71和4.571。研究结果表明,东海野生灰鲳的D-loop序列个体变异程度并不丰富。     

东北地区五个引进鸭品种的遗传多样性分析

通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种(樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭)20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列.通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的"Pairwisedistance"计算个体间的相对遗传距离.结果表明:其序列差异在0.000～0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并构建了系统发育树.运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.01911、0.9842和13.3588.研究结果表明:鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小.但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析.     

基于线粒体COI基因序列探讨广西钦州湾牡蛎的遗传分化

【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C+G 39.5%,A+T含量高于G+C含量。运用DNAStar软件对66个钦州湾牡蛎序列进行比对,白肉牡蛎中共检测到4个多态位点,包括3个转换位点和1个颠换位点,有4种单倍型;红肉牡蛎中共检测到26个多态位点,转换位点和颠换位点各13个,有3种单倍型。GenBank中香港牡蛎COI序列与白肉牡蛎的遗传距离为0.000,有明巨牡蛎COI序列与红肉牡蛎的遗传距离为0.011,白肉牡蛎与红肉牡蛎的遗传距离为0.146;NJ和UPGMA系统进化树表明,白肉牡蛎与红肉牡蛎亲缘关系较远,白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。【结论】序列特征、遗传距离和系统进化树分析结果表明,COI基因可用于牡蛎的种类鉴定和系统发育分析。     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

基于细胞色素b基因的鱇浪白鱼野生群体和养殖群体遗传多样性分析

为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列.结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型.养殖群体的核苷酸多样性指数(0.003 38)和单倍型多样性指数(0.980 95)高于野生群体核苷酸多样性指数(0.003 21)和单倍型多样性指数(0.934 07).野生群体和养殖群体内的遗传距离分别为0.003 39和0.003 43,群体间的遗传距离(0.003 64)略大于群体内遗传距离.分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.064 1(P<0.01),即6.41%的变异来自群体间,93.59%的变异来自群体内,变异大多发生在群体内,野生群体和养殖群体间未发生显著的遗传分化.2个群体Tajima's D检验、Fu和Li's D与F检验均为负值,表明2个群体的检验结果均偏离中性模式,鱇浪白鱼群体可能受到群体扩张和自然选择的作用.     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

东北狍mtDNA D-loop序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东北狍(Capreolus capreolus)mtDNA D-loop序列进行扩增，所得PCR产物经纯化后克隆测序，得到622bp的核苷酸片段，多态位点数(S)为351，核苷酸多样性(Pi)为0．3492，平均核苷酸差异数(K)为166．238。狍的mtDNA D-loop区序列个体变异程度大，适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性

为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。     

我国四大海域三疣梭子蟹线粒体控制区基因片段序列比较分析

通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段.分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%.共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个.83个个体具有66种单倍型(haplotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离比较近,单独聚在一起.我国四大海域的野生三疣梭子蟹不同群体间有一定遗传分化.     

山羊mtDNA多态性及其遗传结构的研究*

 对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。     

秀丽白虾3个地理种群mtDNA 16S rRNA基因序列变异及遗传分化

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。     

黑龙江省野猪线粒体D-Loop区的生物信息学分析

对Genbank中野猪的线粒体D-Loop区的基因序列进行了SNP分析及分子进化树构建。结果表明:黑龙江野猪线粒体DNA的D-Loop区全长1 145 bp,A+T含量(61.3%)明显高于G+C含量(38.7%);发现了93个多态位点,界定了20种单倍型,野猪mtDNA D-Loop区核苷酸多样性为0.02553,单倍型多样性为0.995,平均核苷酸差异数为15.443;黑龙江野猪与意大利和瑞典野猪亲缘关系最近,与马来西亚野猪的亲缘关系最远,推测黑龙江野猪含有欧洲野猪血统。     

安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析

为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支.     

基于线粒体控制区的中部太平洋黄鳍金枪鱼种群遗传结构的研究

根据2010年9月-2012年1月,我国远洋捕捞船在太平洋中部(16°S~8°N;160°W~155°E)的7个采样点采集到的101个样本,利用线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因的585 bp序列,分析了它们的遗传多样性和遗传结构。结果显示,585 bp片段中发现23个变异位点,80个单倍型;序列多样性分析结果显示,7个采样群体单倍型多样性指数h=0.994±0.002和核苷酸多样性指数π=0.00892±0.00038。分子方差分析揭示98.18%的遗传变异来自种群内,群体间的Fst分析揭示黄鳍金枪鱼7个采样群体内部不存在显著的遗传分化。Fu’s Fs呈负值和核苷酸不配对呈单峰,显示了黄鳍金枪鱼大约在335~544万年前经历了种群扩张;基因交流与遗传分化分析表明,该7个采样点的黄鳍金枪鱼群体之间存在强烈的基因交流,种群遗传分化水平较低。黄鳍金枪鱼种群遗传多样性低,为单一种群,应采用合理的有效措施进行管理,确保黄鳍金枪鱼产业的可持续发展。     

浙江近海三疣梭子蟹4个群体的控制区序列分析

以浙江近海三疣梭子蟹大螯肌肉的线粒体DNA作为模板,对4群体共67个个体的控制区（D-loop）序列进行了PCR扩增。通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了控制区3’端的rRNA部分序列（64 bp）、D-loop全序列（1179 bp）及控制区5’端tRNA-Ile部分序列（73 bp）。经DNASP软件分析得知,67个D-loop序列定义了65个单倍型,在65个单倍型中,除去插入/缺失位点,所有单倍型共检测到344个多态位点,主要发生在D-loop序列的中间区域;D-loop序列检测到26个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在中央后端区域,以13 bp重复片断插入的形式进行。每个个体含有0～3个连续重复片断。通过对三疣梭子蟹的遗传多样性分析发现,D-loop序列的单倍型多样性为0.982～1.000,核苷酸多样性指数为0.02770～0.03633,平均核苷酸差异数为31.790～43.304。综合分析,三个成蟹群体的遗传多样性相近,都低于仔蟹的遗传多样性,说明经过遗传育种,可以提高三疣梭子蟹的种质情况,真正实现对三疣梭子蟹的科学利用。     

樱桃谷鸭线粒体控制区的遗传多样性分析

[目的]探究樱桃谷鸭的遗传背景。[方法]通过线粒体D—loop区测序对樱桃谷鸭19个个体进行测序。[结果]结果表明,樱桃谷鸭群体内的核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．01434、0．982和10．140,存在4种单倍型,可以将樱桃谷鸭分为2个较大的类群,同时樱桃谷鸭与绿头野鸭、建昌鸭和野生斑嘴鸭有较高的亲缘性。鸭种群线粒体D—loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,可用于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。[结论]该研究结果为樱桃谷鸭的多态性位点和单倍型的深入分析提供参考。     

中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析

测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。