中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

基于ND4基因部分片段探讨中国4个家驴品种的母系构成

为了分析中国家驴的遗传多样性,对保种和开发利用这一固有遗传资源提供有益帮助,并对其母性起源提供一些基础资料,作者对我国4个家驴品种(德州、凉州、云南、蒙古)209个个体的mtDNAND4基因编码区409bp片段进行了扩增、单链构象多态(SSCP)检测与测序分析,共检测到5种单倍型8个多态位点,其单倍型多样度为0.4699,核苷酸多样度为0.00308,表明我国家驴的遗传多态性比较丰富。通过对各单倍型序列按照脊椎动物线粒体编码规则翻译成氨基酸序列进行比对发现,部分核苷酸变异引起了氨基酸的变异。构建的简化加权中值网络聚类图显示,4个家驴品种的样品来自两个母系源头,并且,4个中国家驴品种都是由这两个母性世系混杂而成的,即未发现由同一种世系构成的品种。这与以前基于D-loop区序列对于中国家驴的研究结果相似,即地理位置、世系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。     

淮北灰驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mtDNA D-loop区部分序列进行测序,与GenBank已公布的一些驴品种的mtDNA D-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性（Pi）为0.021 95,单倍型多样性（Hd）为0.778,平均核苷酸差异（K）为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

德宏水牛mtDNA Cytb基因多态性研究

通过对29头德宏水牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到了7种单倍型、14个核苷酸的多态位点,单倍型多样度(Hd)为0.672,核苷酸多样度(Pi)为0.002 3,表明德宏水牛具有丰富的遗传多样性.同时发现德宏水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG.NJ系统发育树构建的结果表明德宏水牛Cytb基因有2个支系A和B,这说明德宏水牛起源于2个母系.     

以Cytb基因探讨家马的母系起源

本研究通过对目前GenBank中登录的所有家马Cytb基因的850nt(核苷酸)的同源序列进行比较分析,应用系统发育分析方法从分子水平探讨家马的母系起源及其驯化过程,以期为家马遗传资源的评价、保护与利用提供分子生物学依据.结果发现家马在该基因区域内存在丰富的多态现象,尤以蒙古马的变异最为丰富.系统发育分析结果发现,所有家马的该基因的同源序列聚为了A～G7个分支.蒙古马具有多重母系起源,而韩国Jeju马的母系来源较单一.另外,普氏野马与蒙古马亲缘关系较近.     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

牛、羊、马及鹿科动物母系起源和父系起源研究进展

线粒体DNA和Y染色体是哺乳动物母系起源和父系起源的重要分子遗传标记。哺乳动物线粒体DNA在母系起源中的研究主要集中在Cytb基因、D-Loop区、12Sr RNA和16Sr RNA,而利用线粒体DNA全序列进行起源进化的研究则相对较少。Y染色体在父系起源中的研究主要围绕在Y染色体多态性研究、Y染色体微卫星研究、Y染色体基因拷贝数3各方面。本文就近年来线粒体DNA和Y染色体在母系起源、父系起源中的研究现状进行综述,为哺乳动物起源进化的研究提供理论依据。     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

利用Y染色体进行鹿科动物的起源和进化分析

在现代分子遗传学研究中,线粒体DNA和Y染色体非重组区DNA是最主要的两种标记。线粒体方面的研究主要围绕Cytb基因、D-loop区、12sRNA和16sRNA等基因进行,而Y染色体遗传多样性研究主要包括Y染色体单核苷酸多样性研究、Y染色体微卫星多态性研究、Y染色体基因拷贝数变异研究。目前,鹿科动物的研究主要集中在线粒体DNA方面进行母系起源的研究,但还需要Y染色体分子遗传多样性的研究来进行补充,以研究鹿科动物的起源、驯化历史及迁徙路线。本文对鹿科动物在Y染色体分子遗传多样性与起源进化方面的研究进展进行了综述,为以后研究鹿科动物起源进化进行铺垫。     

贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究*

 务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

德州驴RAPD遗传多态性分析

采用RAPD技术探讨了德州驴的遗传多态性。从20条随机引物中筛选出8条引物对德州驴56个个体的基因组DNA进行随机扩增。结果表明,8条随机引物共扩增产生了784条谱带,其中多态性条带为165条,多态比率在11.1%～37.5%之间;与其他驴的遗传多样性研究结果相比,德州驴的遗传多样性处于中等水平。     

中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

 【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

新疆南疆驴源H3N8亚型EIVHA基因序列分析

为明确新疆南疆驴是否感染马流感病毒(Equine influenza virus,EIV)及驴源EIV HA基因特征,根据GenBank登录的EIV基因序列,设计合成1对引物,采集新疆南疆地区2个驴屠宰点33份驴肺组织样品,采用RT-PCR扩增驴源EIV HA基因片段,并对扩增产物进行测序与序列分析。结果表明,中国新疆南疆驴源EIV A/donkey/Xinjiang/1/2015(H3N8)株HA基因长1 704bp,编码567个氨基酸。同源性分析结果显示,与国内外H3N8亚型EIV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为88.9%~99.9%和88.3%~99.8%,与国内毒株和哈萨克斯坦毒株在一个进化分支内。与GenBank数据库中唯一1个驴源毒株A/donkey/Xinjiang/5/2007(H3N8)的比对结果显示,2个毒株裂解位点、糖基化位点、抗原位点和受体结合位点氨基酸完全一致,只是错位2个氨基酸。确定新疆南疆存在驴感染EIV,可能为国内疫情的延续或周边国家传入。     

基于家系基因组测序对骡基因组结构多样性分析

为分析马(Equus caballus)和驴(Equus asinus)杂交后两套结构和功能完善的独立基因组在骡基因组中整合后的结构多样性，本研究以马属动物三成员家系的全基因组序列为研究对象，分别以纯血马基因组和驴基因组为参考，识别驴、马和骡的InDel、SNP和CNV；通过生物信息分析，分析骡的de novo SNP及其突变频率、识别骡特异性CNV，并进行功能分析。结果显示:1)驴、马和骡分别获得100.01、103.78和114.36 Gb 的高质量Illumina基因组测序数据。2)以纯血马基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为402 533~2 110 786、5 012 403~23 819 055和2 126~3 761；以驴基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为527 351~2 279 875、3 212 499~23 549 224和3 572~7 812。3)骡de novo SNPs分别为555和419，其突变频率为1.72×10^-7~2.21×10^-7。4)获得骡特异性CNVs分别为396和859，总长度分别为2.15和3.77 Mb。5)变异相关基因主要和机体的免疫及癌症过程相关。综上，骡基因组发生了高频率的de novo SNPs和特异性CNVs，这些结构变异可能对马和驴异种杂交不相容以及骡的遗传适应性具有重要意义，为进一步开展马和驴异种杂交的遗传基础及其分子机制的研究提供候选遗传位点。     

中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。     

野猪和17个家猪群体SLA-DRB基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外17个家猪品种SLA-DRB基因第2外显子的多态性进行分析,进一步分析SLA-DRB基因与疾病抗性的关系.结果表明:经限制性内切酶Rsa Ⅰ酶切后,共检测到4个等位基因和10种基因型.在野猪中仅存在BB摹因型和B等位基因,而在家猪群体中出现了野猪群体中所没有的9种基因型和3个等位基因.五指山猪、临高猪、荣昌猪和藏猪的多态性较为丰富,且具有全部4个等位基因.A等位基因在大多数家猪群体中为优势等位基因,B等位基因在梅山猪、五指山猪、藏猪、荣昌猪中为优势等位基因;BB基因型仅在五指山猪、临高猪、藏猪、荣昌猪和太湖猪群体中分布,地方猪品种中梅山猪BB基因型和B等位基因的频率最高.野猪及17个家猪群体间SLA-DRB基因第2外显子遗传多态性可能是由生态环境差异及自然和人工选择所致,这些遗传差异性可能与抗病力有关.