利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P 0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

绵羊脂肪型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)的变异研究

【目的】明确绵羊A-FABP(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因的变异和单倍型特征.【方法】基于Ensemble数据库中绵羊A-FABP基因全序列,对7个绵羊品种共20个样本的A-FABP基因全序列进行测序分析.【结果】PCR扩增获得绵羊A-FABP基因全长6474bp,A、T、G、C 4种碱基的比例分别为31.48%、33.02%、17.21%和18.29%,A+T平均含量为64.50%,G+C平均含量为35.50%;共发现48处单碱基变异位点和2处微卫星位点M1((TG)n)和M2((TA)n),单一变异位点、2核苷酸变异位点和3核苷酸变异位点比例分别为28.85%、40.4%和0.02%;共发现转换、颠换、插入和缺失4种变异类型,其占变异位点总数的比例分别为45.83%、31.25%、2.08%及20.83%;共发现19种单倍型,单倍型多样度为0.995.【结论】A-FABP基因19个单倍型序列的NJ树分化为2个聚类簇,表明A-FABP基因单倍型最初由2个主要单倍型衍化形成.     

基于线粒体Cytb序列的3个宽体金线蛭群体遗传多样性分析

对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。     

骆马湖大银鱼、太湖新银鱼线粒体Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为了解江苏省骆马湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)和太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)遗传多样性水平,科学管理保护大银鱼和太湖新银鱼种质资源,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列作为分子标记,研究了骆马湖大银鱼和太湖新银鱼的遗传多样性。采用PCR扩增和序列测定获得长度为1 141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。64条大银鱼Cytb基因序列检出10个多态性位点,定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.824±0.025和0.001 49±0.000 13,碱基平均差异数为1.696;64条大银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753±0.025和0.001 98±0.000 13,碱基平均差异数为1.247。大银鱼遗传多样性具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。35条太湖新银鱼Cytb基因序列检出11个多态性位点,定义8个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.449±0.103和0.000 92±0.000 30,碱基平均差异数为1.045;35条太湖新银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.361±0.103和0.000 62±0.000 20,碱基平均差异数为0.393。太湖新银鱼遗传多样性具有低单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。大银鱼及太湖新银鱼的Cytb和COⅠ基因单倍型间的遗传距离较小,分子系统进化树聚为一支,说明大银鱼和太湖新银鱼单倍型未出现遗传分化。大银鱼和太湖新银鱼的Tajima’s D和Fu’s F_s中性检测结果为负值,且核苷酸错配分布图呈现单峰型,表明骆马湖大银鱼和太湖新银鱼进化历史上经历过种群扩张,研究结果为骆马湖银鱼资源可持续发展和利用提供了科学依据。