基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

为了解江苏省湖泊大银鱼（Protosalanx hyalocranius）种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析。结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.002 1±0.000 1,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中,高邮湖群体的单倍型多样性最高（0.871±0.031）,太湖群体的核苷酸多样性最高（0.002 9±0.000 1）。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低,分别为0.755±0.455和0.001 3±0.000 1。分子方差分析结果显示,大银鱼群体间的遗传变异占15.13%,群体内的遗传变异占84.87%,遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数F_st值统计表明：高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显著性差异,但均与太湖群体存在显著性差异,应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件,推测扩张时间在10.3万~4.1万年前,属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高,但其资源量已经呈现出明显衰退迹象,应加强相应的渔业管理和保护措施,合理开发和利用大银鱼资源,做到可持续发展。     

太湖大银鱼(Protosalanx chinensis)细胞色素b基因序列多态性分析

为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。     

2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化

为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量(47.5%)低于G+C含量(52.5%);共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体(占总个体数的56.25%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数(Fst)为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P 0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

基于线粒体COⅠ基因序列的掌肢新米虾7个自然群体遗传多样性分析

采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。     

基于COⅠ基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性分析

为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态.通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段.序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ基因序列碱基组成相似,且具有明显碱基组成偏向性,A+T的含量高于G+C的含量.翘嘴鲌的46条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义了4种单倍型(Hq1-Hq4),翘嘴鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.422和0.00085;蒙古鲌的20条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义4种单倍型(Hm1-Hm4),蒙古鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.695和0.00190;达氏鲌的41条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义5种单倍型(Hd1-Hd5),达氏鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.230和0.00053.中性检验和歧点分布分析显示,3种鲌类在历史进化过程中经历了不明显的种群扩张.整体来看,滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性水平较低,种群遗传组成趋于单一化,需要采取措施增加鲌类种群数量,提高其遗传多样性水平.     

基于COⅠ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR 扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

利用Cytb和16S rRNA序列研究多鳞四指马鲅和四指马鲅的种群遗传结构

为研究江苏多鳞四指马鲅Eleutheronema rhadinum和台湾四指马鲅Eleutheronema tetradactylum的遗传多样性及种群遗传结构,对两个群体的细胞色素b(Cytb)和16S r RNA序列进行了克隆分析。结果表明:在30个江苏多鳞四指马鲅样本中,检出Cytb单倍型3个,变异位点2个,16S r RNA单倍型1个,变异位点0个;在台湾四指马鲅的30个样本中,检出Cytb单倍型1个,变异位点0个,16S r RNA单倍型1个,变异位点0个;多鳞四指马鲅的Cytb单倍型多样性(H)与核苷酸多样性(Pi)水平均高于四指马鲅,且Tajima'SD、Fu'S Fs中性检验结果皆为负值(P0.1),说明江苏多鳞四指马鲅未经历种群扩张现象。研究表明,尽管多鳞四指马鲅与四指马鲅这两个群体的Cytb和16S r RNA基因存在较低的遗传多样性,但各自的基因型之间存在明显差异,适于作为这两个种类的鉴别标记。     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

基于线粒体D-loop区序列和Cyt b基因的鲟鱼群体遗传多样性分析

【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。     

基于细胞色素b基因的白肌银鱼遗传多样性

测定了珠江水系的广西桂平、广东英德和钦江水系的广西钦州3个群体共计34尾白肌银鱼细胞色素b的5＇端1023 bp序列,发现43个变异位点和28个简约信息位点,共19种单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.888和0.00990,表现出较高的遗传多样性.同一水系的桂平、英德群体间分化程度很低,Fat和Nm 值分别为0.053 69和8.81,而珠江水系2个群体与钦江群体间的Fst值分别为0.380 46、0.395 88,Nm值分别为0.81、0.76,不同水系间的群体呈高度分化.在邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态;估算分歧时间大约在4000年前,为全新世时期;中性检测表明3个群体在过去没有发生种群的快速扩张;AMOVA 分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(89.8％);表明珠江水系的白肌银鱼可以视为一个大的随机交配的群体,而钦江水系群体则由于琼州海峡阻隔而与珠江群体出现明显遗传分化.建议将珠江和钦江群体应作为不同的管理保护单位(MUs)加以保护.     

德宏水牛mtDNA Cytb基因多态性研究

通过对29头德宏水牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到了7种单倍型、14个核苷酸的多态位点,单倍型多样度(Hd)为0.672,核苷酸多样度(Pi)为0.002 3,表明德宏水牛具有丰富的遗传多样性.同时发现德宏水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG.NJ系统发育树构建的结果表明德宏水牛Cytb基因有2个支系A和B,这说明德宏水牛起源于2个母系.     

狼山鸡保种群不同世代线粒体DNA条形码变化规律研究

以1和5世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因全长序列多态性,分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化规律。结果表明:COⅠ基因序列在狼山鸡1和5世代中均存在相同的6个突变位点,为4个单倍型,COⅠ基因序列多态性为0.39%,狼山鸡1和5世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276和0.333,平均核苷酸差异(K)分别为0.707和1.083,核苷酸多样度(Pi)分别为0.000 46和0.000 70。这一结果说明COⅠ基因DNA条形码在1~5世代间稳定遗传,同时反映出狼山鸡保种群保种效果良好。     

黑龙江流域黑斑狗鱼遗传多样性的Cytb基因初探

[目的]了解黑龙江流域黑宽狗鱼不同地理群体的遗传多样性,为其种质资源的保护和开发提供分子的依据。[方法]从4尾来自黑龙江、17尾来自乌苏里江和5尾来自牡丹江的黑斑狗鱼中提取DNA,测定其线粒体DNA细胞色素b基因序列,采用Kirmra2-parameter模型计算各群体间和单倍型间的遗传距离;以白斑狗鱼为外类群,用邻接法构建系统发育树,构建单倍型的简约性网络图;根据单倍型多样性和核苷酸多态性等信息评估种群的遗传多样性。[结果]获得黑斑狗鱼细胞色素b（Cytb）基因1053bp序列,其中G含量最低,仅14．2％,A＋T含量（57．7％）高于G＋C含量（42．3％）;变异位点有8个,总变异率为0．76％,其中简约信息住点有3个;序列中无插入和缺失,转射颠换为7／1,26尾黑癍狗鱼中共有7个单倍型,单倍型多样性（H）较高（0．76308±0．00315）,但核苷酸多态性（π）极低（0．00126）;3个地理群体黑斑狗鱼群体间遗传距离小（0．067％～0．143％）。[结论]黑龙江流域3个群体的26尾黑斑狗鱼属于同一个种群,其遗传多样性极为贫乏,种质资源亟需得到有效保护。     

湘西盲高原鳅线粒体DNA遗传多样性分析

对取自湖南湘西自治州龙山县乌龙山3个不同洞穴的湘西盲高原鳅（Triplophysa xiangxiensis）群体82尾样本的线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列和控制区（D-loop）序列进行了研究,分析了其遗传分化及遗传多样性。湘西盲高原鳅线粒体Cytb基因序列片段长1 140 bp,D-loop序列片段长934 bp,在D loop中发现6个多态位点且均为单一变异位点,D-loop序列中检测到7个单倍体,其单倍型多样性指数(h)在0.083至 0.282之间,其核苷酸多样性(pi)指数范围为0.000 09~0.000 32。3个采样群体的遗传多样性均较低。全部样本的Cytb序列均一致,不存在变异,4种碱基T、C、A、G含量分别是28.3%、28.6%、28.1%、15.0%,AT含量较高。D-loop的分子变异方差分析(AMOVA) 结果显示湘西盲高原鳅遗传变异系数F_ST=-0.008 9,总遗传变异中,各年度种群内变异为100.89%,年度种群间变异为-0.89%,变异主要来自年度种群内部。     

大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验

利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析，并据此开发具有多态性的微卫星DNA（又称简单重复序列）标记。结果显示：在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点，序列总长度为11 803 017 bp，占全基因组长度的2.53%；在6种重复类型的微卫星中，二核苷酸数量最多（401 585个，占比68.35%）。针对微卫星位点设计的99对引物中，有39对具有多态性，选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验，结果表明，多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现，洄游型群体（崇明岛群体）遗传变异丰富（平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576），与淡水群体[太湖群体（陆封型）和连环湖群体（移植型）]分属于2个不同的遗传群组，两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平（遗传分化指数高于0.25,P<0.05）；淡水群体（太湖和连环湖群体）的遗传变异相对匮乏，2个...