基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

冷藏与反复冻融条件下黄羽肉鸡肌肉游离氨基酸含量的变化

为探讨冷藏与反复冻融条件下黄羽肉鸡肌肉游离氨基酸含量的变化,以80日龄黄羽肉鸡为试验对象,将其分为4℃冷藏及-20℃冷冻24h、4℃复融24h为一循环的反复冻融2个组,连续7d或7个循环取其胸肌,检测16种游离氨基酸含量。结果表明:两组中游离氨基酸总量及呈味氨基酸、必需氨基酸、赖氨酸、天冬氨酸和谷氨酸含量均表现出先增加后降低的趋势,但冷鲜组增加量明显高于反复冻融组;而必需氨基酸和赖氨酸占总氨基酸比例在两组中均显著降低,但冷鲜组变化更加缓和有序。这一研究提示,冷藏温度的恒定有利于提高黄羽肉鸡的滋味物质,同时为冷藏或反复冻融条件下最佳食用期限的确定提供了理论依据。     

基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析

通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231~1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。     

鸡leptin及其受体的研究进展

leptin是肥胖基因(obese gene,ob基因)的蛋白产物,与其受体(leptin receptor,LEPR)结合后参与动物的摄食、能量代谢、生殖和激素分泌等生物学功能调控.笔者对鸡leptin在采食行为、能量代谢、繁殖性能和激素分泌等方面的生物学作用和leptin抵抗进行了综述.     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

云龙矮脚鸡系统进化及遗传多样性的研究

通过对云龙矮脚鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨云龙矮脚鸡的遗传多样性和母系起源。结果显示,云龙矮脚鸡mt DNA D-loop区全长1231~1232 bp,1231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在19只个体中,共发现25处单核苷酸多态位点,8种单倍型。系统发育分析发现,云龙矮脚鸡8种单倍型可以分为A、B、C和E 4个分支。A和B与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这2个分支可能起源于云南、缅甸的附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。D分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为云龙矮脚鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

不同鸡种·饲养方式和周龄对鸡蛋蛋壳品质的影响研究

[目的]探讨影响蛋壳品质的因素,为鸡蛋保存运输以及蛋鸡育种提供参考.[方法]以文昌鸡、苏禽青壳蛋鸡、海兰褐、海赛克斯褐、伊莎褐、罗曼褐、京红1号以及新杨褐等8个鸡种为试验素材,研究不同品种、饲养方式以及日龄对鸡蛋蛋壳品质的影响.[结果]不同品种鸡蛋蛋壳强度差异较大,以新杨褐蛋最小,为2.75 kg/cm^2,与罗曼褐、京红1号、海兰褐、海塞克斯褐蛋存在显著差异（P＜0.05）,与伊莎褐存在极显著差异（P＜0.01）;蛋壳厚度以新杨褐、文昌和苏禽青壳蛋鸡相对较低,显著或极显著低于其他鸡种（P ＜0.05或P＜0.01）.平养和笼养方式下蛋壳品质差异不显著（P＞0.05）.66周龄内,随着产蛋周龄的增加蛋壳强度呈先逐渐变大后逐渐变小的变化趋势,66周龄最小,为2.31 kg/cm^2,与21、30、39、48、57周龄存在极显著差异（P ＜0.01）;21周龄和66周龄蛋壳厚度最小,极显著低于30、39和48周龄（P＜0.01）,且显著低于57周龄（P＜0.05）.[结论]不同鸡种鸡蛋蛋壳品质差异较大,产蛋末期蛋壳品质较差.     

江苏省地方鸡品种线粒体DNA遗传多样性分析

江苏省拥有众多优良的地方鸡(Gallus gallus domesticus)遗传资源。这些地方鸡品种经过长期选育,具有肉质好、抗病力强和适应性好等优点,是进行杂交改良的优良素材。为研究江苏省地方鸡遗传资源的群体结构和遗传多样性,本研究对黑狼山、白狼山、鹿苑、溧阳和太湖等5个江苏省地方鸡品种149个个体的线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)控制区(displacement loop, D-loop)全序列进行了PCR扩增和测序。结果表明,5个地方品种mtDNA D-loop区全长为1 231或1 232 bp,共计检测到核苷酸变异位点33个,定义了19个单倍型。总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.862±0.017和0.005 91±0.00135。中介网络图分析显示,江苏省地方品种含有A、B、C、D和E共5个分支(单倍型群),其中A和B分支为优势分支。分子方差(analysis of molecular variance, AMOVA)分析表明,群体内变异占66.5%,群体间变异占33.5%,5个群体间的固定指数F统计量(F-statistics, Fst)为0.334 97(P0.01)。上述结果揭示,江苏地方品种具有相对较低的遗传多样性,可能有5个母系来源,品种间分化不明显,少数群体可能受到了外来高产系的侵入。该研究结果为江苏地方鸡遗传资源的保护、开发及利用提供了遗传背景信息。     

利用羽毛对鸽子进行分子性别鉴定

鸽子是一种单态鸟,并且是典型的"一夫一妻制",给配对和人工繁殖带来了很大的困难.以雏鸽(Columbalivia Gmelin)的羽毛为材料,采用PCR方法扩增染色体螺旋蛋白基因.结果显示,雏鸽羽毛可以提取出高质量的DNA,雄鸽仅有CHD-Z(450 bp)1条带,而雌鸽有CHD-W(380 bp)和CHD-Z(450 bp)2条带.这种性别鉴定技术准确,并且对动物无伤害性,在生产管理上有广阔的应用前景.