鸡传染性支气管炎病毒SC株N基因序列测定与同源性分析

从我国四川省一疑似鸡传染性支气管炎(Avianinfectious bronchitisvirus,IB)的雏鸡病料中成功分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV),命名为SC。病毒经鸡胚传代、血凝试验监测和负染电镜检查证实为IBV。自接毒鸡胚尿囊液中提取RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增得到了IBVSC株mRNA6 cDNA(编码N蛋白)。应用DNAstar5．06,Clustal1．8分析软件将克隆测序的N蛋白基因与Genbank中11株国内外参考毒株进行序列比较分析和同源性分析,发现IBV SC株变异独特,明显不同于国内外参考毒株。     

鸡传染性支气管炎病毒SD03株N基因的克隆、序列分析及N蛋白理化性质分析

试验旨在确定国内鸡肾型传染性支气管炎病毒(IBV)流行毒株核蛋白N与市场上现用疫苗株、近年国内外分离株的差异性.本研究利用自山东某鸡场病鸡肾脏组织分离获得、经PCR鉴定为IBV阳性的毒株(命名为SD03株),参考NCBI上部分IBV毒株N基因的保守区域设计引物,进行RT-PCR扩增,构建重组pMD18-T-N/DH5α菌,测序获得N基因序列.与参考株进行了核苷酸及氨基酸同源性分析,结合DNAStar软件与http://www.expasy.org/网站对该基因编码的蛋白进行理化性质分析.结果显示,SD03株为IBV肾型毒株,与LDT3、partridge/GD/S14/2003毒株(肾型)核苷酸及氨基酸同源性均在99.0%以上.与其他国内外肾型经典毒株Ma5、W93、Gray、Holte株氨基酸同源性为90.0%～94.6%,与国内外呼吸型疫苗株H120、H52、M41氨基酸同源性为89.7%～91.0%.本研究深入分析了当前流行株SD03株N蛋白的理化特性,为N蛋白亚单位疫苗在不同系统中表达及蛋白纯化提供了理论依据,为中国现阶段IBV的防控奠定了一定的理论基础.     

鸡传染性支气管炎病毒分离鉴定及S1基因遗传演化分析

为调查辽宁地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及遗传演化情况,从辽宁某鸡场疑似鸡传染性支气管炎病料中分离得到1株病毒,经分子生物学检测、鸡胚矮小化试验、新城疫病毒血凝特性干扰试验和动物回归试验,确定该毒株为IBV,并命名为CH/LN/2019。扩增该毒株S1基因并进行序列分析发现,分离株S1基因全长1 620 nt,编码540个氨基酸,S1蛋白裂解位点为HRRRR,属于基因Ⅰ型(QX型)毒株;同源性比对发现,分离株与基因Ⅰ型代表毒株QXIBV株的核苷酸和氨基酸序列同源性最高,分别为95.6%和94.8%;与国内常规型疫苗H52、H120和Ma5毒株的同源性较低,核苷酸和氨基酸序列同源性仅为77.2%~76.9%和75.4%~76.2%。本试验为辽宁地区鸡传染性支气管炎的流行病学调查及免疫防控提供了参考。     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b 蛋白基因的克隆和序列分析

参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。     

广西1985年～2008年IBV分离株S1基因高变区Ⅰ和N基因的序列和系统进化分析

为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年～2008年的21株IBV的S1基因HVR Ⅰ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析.结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行;广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象;N基因序列存在氨基酸替代现象.21株IBV中12株在S1基因HVR Ⅰ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群.2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大.     

广西鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增了广西1985～2008年的24株传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的核(N)蛋白基因,并对此24株IBV的N蛋白基因进行了克隆、序列测定及分析.结果发现24株IBV分离株N蛋白均舍有一个长1 230 bp的开放阅读框,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的缺失和插入,但存在较多点突变现象.与疫苗株H120核蛋白的3个保守碱性氨基酸区序列进行比较分析发现,大多数毒株在183～232位存在较多的氨基酸替代现象,部分毒株在334～363位也存在较多的氨基酸替代现象.与GenBank中的13个IBV参考毒株N蛋白基因序列进行比较分析,发现2004～2008年的21个分离株中有19个分布于第Ⅰ群中;1985～1988年的3个分离株之间N蛋白核苷酸及其推导氨基酸的同源性均达99%以上,均属于第Ⅲ群中,可见广西不同时期的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群.同时研究还发现GX-NN5分离株可能为基因重组病毒.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象.     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N基因的克隆与序列分析

参照Gen Bank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核酸序列设计了1对引物,利用RT-PCR扩增了1个广西分离株的N基因cDNA片段,并将其克隆到p MDl8-T载体中。序列分析结果表明,N基因序列全长为1 230 bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;分离株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%;分离株与LX4株、BJ株关系较近,与疫苗株处于不同的进化分支,亲缘关系较远,是新的IBV变异株。     

鸡传染性支气管炎病毒基因型与血清型相关性初步研究

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)基因型与血清型之间的相关性,本研究以国内不同地区的17株IBV分离株、2株疫苗株(M41、W93)和1株强毒株(X株)为研究对象,经RT-PCR扩增获得20株IBV的S1基因并进行测序.将其分别与GenBank中的20株国内外参考IBV株的S1基因进行序列比较,绘制S1基因系统进化树...     

IBV D41株主要结构基因及3′端非编码区序列分析

采用反转录及聚合酶链式反应 ( RT-PCR) ,成功地扩增出鸡传染性支气管炎病毒 ( IBV)人工致弱毒D41株 S1基因、M基因、N基因和基因组 3′端非编码区 ( U TR)的 c DNA。序列测定结果表明 :D41株的 S1基因全长 1611bp(从 ATG到 S前体蛋白裂解位点 ) ,编码一条由 53 7个氨基酸组成的多肽 ;M基因全长 678bp,编码一条由 2 2 6个氨基酸组成的多肽 ;N基因全长 12 3 0 bp,编码一条由 410个氨基酸残基组成的多肽 ,3′端 UTR长度为52 5bp,其中高变区 ( HVR)长度为 2 2 5bp。与国内外已报道的一些 IBV标准毒株的相应基因序列进行核苷酸序列同源性分析后发现 :D41株与麻省血清型的毒株同源性最高 ,尤其与国际常用的标准疫苗株 H52和 H12 0的亲缘关系最接近。但它与国内“腺胃型”毒株 QXIBV在系统发生进化树上却相隔较远     

新疆1株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为了解乌鲁木齐市鸡传染性支气管炎(IB)的流行特征，本研究利用鸡胚培养、RT-PCR、新城疫病毒(NDV)干扰及鸡胚半数感染量(EID₅₀)测定等多种方法分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),将其命名为IBV/CK/CH(XJ)/01/2020。对其S1基因进行序列测定及比对分析发现，该分离株在鸡胚上连传5代出现侏儒胚现象，并且可以抑制NDV在鸡胚中的增殖，经计算其EID₅₀为10^-4.58/0.1 mL,为中等毒力毒株，攻毒组与正常组比较，雏鸡气管内有大量黏液且肺脏肿大，表现为呼吸型毒株特征，且其S蛋白裂解位点序列为HRRKR,与TC07-2、GX-NN0903等毒株形成一个独立的发育进化群，均属于TC07-2/GVI-1型IBV;与国内常用的H120、H52、M41等疫苗株的同源性仅为59%～65%。本研究为新疆地区IB的流行病学提供参考，也为当地IB的防控提供了理论依据。     

鸡传染性支气管炎病毒TJ9602、HN9604、BJ9601分离株特性的研究

从天津、河南、北京的鸡场分别分离到TJ9602、HN9604、BJ9601鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、理化特性、血清学试验、抗原定位,对分离株的S1基因进行了RT-PCR扩增、核酸序列分析等研究.确定3株分离毒株为致肾病变的IBV,亲嗜器官为肾脏.HN9604和BJ9601与M41和H120均有较强的中和抗原交叉反应性,S1基因同源性分析,HN9604和BJ9601 S1基因与H120毒株的同源性最高,与H120毒株同属于A分支,均属于Ⅰ群.U9602与H120、M41等参考毒株的中和抗原交叉反应均较低,S1基因同源性分析,属于Ⅱ群.     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N、M基因的克隆与序列分析

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

免疫鸡群IBV的分离鉴定及其S1基因序列研究

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)变异情况,对2018—2019年多次发生疑似鸡传染性支气管炎(IB)的广西某公司发病鸡群进行IBV的分离鉴定,并对分离株进行S1基因序列测定、同源性、系统进化树和重组分析。结果显示:共分离到5株IBV,其S1基因核苷酸相似性为85.2%～99.9%;5株IBV中3株S蛋白裂解位点为HRRRR,2株为RRFRR;2018年分离的2株IBV属于LX4型中的QXⅡ亚型,与疫苗株QXL87处于同一个分支;2019年分离的3株IBV为LDT3-A型,且均为重组毒株,来源于分离株GX-YL161022(QXⅡ亚型,主亲本)与参考株CK/CH/LSC/99I(次亲本)的重组。研究表明这5株IBV主要为LX4型毒株及其参与的重组株,未及时免疫与流行株基因型相同的疫苗以及重组导致的变异可能是造成该养殖场免疫失败的主要原因。     

传染性支气管炎病毒非结构蛋白nsp5在真核细胞中的重组表达及鉴定

本文以嗜肾型鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)毒株的RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得IBV非结构蛋白5(non-structural protein,nsp5)基因片段后,构建了杆状病毒重组质粒IBVnsp5-Bacmid。IBVnsp5-Bacmid转染Sf9细胞,获得nsp5重组杆状病毒,经(immunofluorescence assay,IFA)和Western blot检测到转染细胞表达的nsp5蛋白。进一步从感染的细胞中纯化重组蛋白,并用纯化的蛋白免疫小鼠制备了抗nsp5的多抗血清,该多抗血清可检测到IBV四川株SC021202感染的DF-1细胞中特异性的nsp5蛋白。结果表明IBV nsp5在Bac-to-Bac真核表达系统中获得了成功表达,而且具有良好的免疫原性和反应原性。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株M基因的克隆与序列分析

参照GenBank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核苷酸序列设计1对引物,利用 PCR 扩增IBV广西株的M基因片段,将其克隆到pMD18-T载体中.序列分析结果表明,M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点,3个跨膜区位于23—98肽段区,亲水区较疏水区更易变异.IBV广西株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸序列同源性为83.6%~92.5%,氨基酸序列同源性为82.7%~95.1%.系统进化分析结果显示IBV广西株与SAIB20和LX4两参考株位于同一个分支上,它们的亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远.结果表明IBV广西株是1株新的IBV变异株.     

禽传染性支气管炎病毒嗜肾毒株(X株)核衣壳基因的克隆和序列分析

根据已发表的禽传染性支气管炎病毒 (IBV) Beaudette株核衣壳基因序列 ,设计了 1对特异性引物 ,采用 RT-PCR方法 ,克隆了禽传染性支气管炎病毒嗜肾毒株 (X株 )的核衣壳基因 ,并测定了其序列。 X株 IBV与来自 Gen Bank的其他 10株 IBV相比 ,共存在 136个点突变 ,其中有 15处是连续突变区域 ,这些点突变总体呈散在分布。X株与其他毒株的核衣壳蛋白同源性在 90 .2 %～ 99.0 %之间 ,X株 IBV与同为肾型的 N株同源性最高。     

鸡腺胃型传染性支气管炎病毒金坛分离株核蛋白基因分析及与标准强毒株同源性比较

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒 (infectious bronchitis virus,IBV) Beau株、M41株的核苷酸序列 ,设计并合成 1对引物。应用该引物 ,通过 RT- PCR扩增出 IBV金坛分离株 (JT株 )的核蛋白基因 (N基因 ) ,片段大小为 82 8bp,与设计相符。对 JT株的 N基因进行序列测定 ,并与标准毒株 KB85 2 3、CU - T2、Beau和 M41的 N基因进行同源性比较 ,结果表明 ,JT株与 KB85 2 3、CU- T2、Beau和 M41毒株的 N基因同源性分别为 87%、87%、86 %和 85 %,说明 JT株与标准毒株在 N基因上存在一定的差异。