传染性支气管炎病毒分离株的生物学特性鉴定及其遗传变异分析

通过鸡胚矮小试验、鸡胚气管环组织培养试验、干扰新城疫病毒复制试验和动物回归试验,将2006-2007年在江苏省分离的7株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）鉴定为嗜肾型毒株。采用RT-PCR扩增IBV分离株的S1基因,并进行克隆和序列分析。结果显示7个IBV分离株S1基因的核苷酸同源性为94．6％-99．4％,处于同一个群,分别属于3个亚群。这些毒株与大多数国内近年分离株的同源性较高,而与Massachusetts、T、4／91和793B血清型毒株（包括H120和H52疫苗毒株）的同源性较低。IBV流行毒株和疫苗毒株的差异是造成免疫鸡群发生传染性支气管炎的重要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N、M基因的克隆与序列分析

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。     

一株鸡传染性支气管炎病毒的鉴定及S1基因序列分析

将分离到的一株疑似鸡传染性支气管炎病毒接种SPF鸡胚增殖,通过致鸡胚矮小化试验、红细胞凝集试验、对新城疫病毒增殖干扰试验、动物回归试验及RT-PCR分子鉴定,结果证实该病毒为鸡传染性支气管炎病毒(IBV)。应用MEGA5分析软件,与Gen Bank上IBV常见疫苗株、流行毒株和部分参考株进行序列比对,其S1基因序列与近年来我国流行毒株同源性较高,为95%~99%,与传统疫苗株H120、H52、M41和W93同源性较低,仅为77%~79%。     

传染性支气管炎病毒的分离及其S1基因高变区Ⅰ的遗传变异性分析

应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西某一鸡场两群分别为48日龄和7日龄疑患传染性支气管炎的鸡中分离到两株传染性支气管炎病毒(IBV)(分别命名为GX-NN1和GX-NN2);利用反转录-聚合酶链式反应技术对分离株S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)进行扩增并测定其核苷酸序列,以分析分离株遗传变异的情况。结果表明,两个分离毒株HVRⅠ核苷酸之间的同源性仅为76.3%,分离毒株与参考毒株的同源性在69.3%～99.1%之间;其中分离株GX-NN2与疫苗株H120、H52、Ma5、D41和标准株M41、Beaudette的同源性比较高(95.6%～99.1%),同属一个分支;而分离株GX-NN1则与这些参考毒株的同源性比较低(74.6%～75.4%),独自成为另一个分支。本研究的结果提示,广西养鸡业现场流行的IBV毒株已经发生了变异。     

河南省肉鸡4株禽传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

通过病料接种SPF鸡胚和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2017至2018年从河南省不同发病鸡场分离到4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),分别命名为HB/L1/201711、ZMD/L2/201704、SQ/L3/201803、LY/L4/201710,并对4株毒株S1基因进行克隆和序列分析。结果:HB/L1/201711、SQ/L3/201803 S1基因全长1 620 nt,编码540 aa,其裂解位点分别为HRRRR,分属于基因型V、Ⅰ分支;ZMD/L2/201704、LY/L4/201710株S1基因全长1 617 nt,编码539 aa,其裂解位点为RRSRR,属于基因型Ⅱ分支。ZMD/L2/201704与LY/L4/201710分离株核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,分别为97.6%、95.4%,与另外2株分离株之间核苷酸序列同源性为76.5%、76.8%。4株分离株与国内外参考毒株及疫苗株的氨基酸序列同源性在58.5%~98%之间,具有较大的差异性。其中:ZMD/L2/201704、LY/L4/201710与491型传支疫苗氨基酸同源性较高,可达95.4%、95.9%;SQ/L3/201803与CHI分支参考毒株氨基酸同源性在94.6%~98.9%之间;HB/L1/201711与TWⅠ型毒株2575/98、3468/07有较高同源性,分别为94.8%和93.5%。本研究表明河南省肉鸡鸡群鸡传染性支气管炎病毒基因型相对复杂,推测存在重组与突变。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株S1基因的克隆与序列测定

根据基因库中收录的鸡传染性支气管炎病毒 (IBV)S1基因的序列 ,设计了一对引物并采用RT -PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒HN99株的S1基因 ,扩增产物进行了克隆、测序 ,获得了IBVHN99株S1基因片段 ,其大小为1 739bp(含前导序列 ) ,其核苷酸序列与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte的S1基因核苷酸序列同源性较低 ,分别为 79.1 %,79.2 %,77.3%,77.8%,79 .4%,有大量的点突变并伴有基因插入和缺失 ;IBVHN99株的S1基因推导的氨基酸与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte株氨基酸的同源性分别为80 .1 %,79.9%,79.5%,78.5%,78.5%,经S1基因系统进化分析 ,提示IBVHN99株与其它各毒株的亲缘关系较远 ,初步证实IBVHN99株为一新的IBV毒株     

7株鸡传染性支气管炎变异流行病毒的分离鉴定

为了解2018年生产鸡群中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)遗传变异情况,对分离自山东、四川的7株IBV的S1基因进行了克隆、序列测定和分析。结果表明,QX型是目前山东省鸡群中IBV流行的主要基因型;而四川分离株与QX基因型中的BJY株同源性最高,核苷酸同源性为86.6%,氨基酸同源性为85.2%;且7株分离株与常用疫苗株H120、H52、M41、W93、491等同源性普遍较低,变异较大,可能原因是在长期使用活疫苗免疫的背景下,这种免疫选择压造成了生产现场野毒株的主要基因变异。此分子流行病学调查显示的结果对指导临床防疫有一定的参考价值。     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626 bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株(CK/CH/GX/NN11-3)与基因型Ⅰ毒株(GX-NN-6)在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1620 bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ(类QX型);两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。     

鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。     

鸡传染性支气管炎病毒SX01株的分离鉴定及M基因序列分析

本试验通过鸡胚矮小试验、血凝试验和RT-PCR等方法,从华北地区某鸡场发生疑似肾型传染性支气管炎的发病鸡群分离了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为SX01株.结果显示该分离株能引起鸡胚典型的临床症状;经1%胰酶处理后的尿囊液可凝集鸡红细胞,而未处理的则无血凝活性;利用RT-PCR对分离株M基因序列测定分析结果显示,SX01株的M基因核苷酸序列与GX-GL分离株同源性高达99.4%,与QX基因型毒株SDZB0808核苷酸同源性高达99.1%,与H120株同源性仅为90.0%,与BJ/00/02株M基因核苷酸同源性较低,为90.6%.遗传进化分析结果显示,该分离株与中国地方型分离株(GX-GL、SDZB0808、CK/CH/LJL/110302、DY07、IBVSX7)亲缘关系较近,位于同一进化分支;与H120代表的Mass型疫苗株的亲缘关系较远,是一株肾型传染性支气管炎病毒毒株.     

鸡传染性支气管炎强毒分离株遗传进化分析和免疫保护试验

从山东省发病鸡群中分离鉴定了一株鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus,IBV）强毒株SDIB821/2012,对其进行S1基因序列测定分析和免疫保护试验。S1基因遗传进化分析结果显示,SDIB821/2012属于以QXIBV为代表的基因型,与同属一个基因型的IBV参考株氨基酸同源性为91.6%～98.5%,与疫苗株491同源性为77.6%,与H120和MA5同源性均为74.8%。免疫保护试验结果显示,根据试验鸡临床症状和发病死亡情况,弱毒活疫苗491对SDIB821/2012的保护率为90%,而H120和MA5对SDIB821/2012的保护率分别仅为40%和33%。攻毒后各免疫组喉头、泄殖腔棉拭样品以及气管、肺脏和肾脏组织均可检测到病毒,表明3种IB疫苗均不能对SDIB821/2012提供完全的免疫保护。     

鸡传染性支气管炎病毒SC株N基因序列测定与同源性分析

从我国四川省一疑似鸡传染性支气管炎(Avianinfectious bronchitisvirus，IB)的雏鸡病料中成功分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus，IBV)，命名为SC。病毒经鸡胚传代、血凝试验监测和负染电镜检查证实为IBV。自接毒鸡胚尿囊液中提取RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增得到了IBVSC株mRNA6 cDNA(编码N蛋白)。应用DNAstar5．06，Clustal1．8分析软件将克隆测序的N蛋白基因与Genbank中11株国内外参考毒株进行序列比较分析和同源性分析，发现IBV SC株变异独特，明显不同于国内外参考毒株。     

鸡传染性支气管炎病毒CQ/01/2004株的分离与鉴定

2004年从重庆某肉用鸡场疑似鸡传染性支气管炎的病鸡中采集病料，按常规处理后接种9～10日龄鸡胚，通过鸡胚连续传代培养3代，并对该分离毒株的鸡胚致病性、血凝性和NDV的干扰特性进行检测．同时进行了动物回归试验。结果表明，该分离株具有IBV感染特征，可使鸡胚胚体出血、蜷缩、矮化；该分离毒株无直接血凝性，对NDV有明显的干扰作用；动物回归试验中有75％的感染鸡在10d内发病或死亡。剖检病死鸡可见肾苍白、肿胀，肾小管内充塞大量尿酸盐，支气管有出血点、有大量粘液。采用反转录．聚合酶链式反应（RT-PCR）技术对CQ／01／2004的纤突蛋白S1基因进行扩增、克隆和序列测定，结果表明该基因具有IBVSl基因的共有分子特征，将测序结果提交GenBank进行同源性检索，发现分离株CQ／01／2004和J株S1的同源性最高，核苷酸同源性为94％，氨基酸同源性为89．4％，与M41的核苷酸同源性为80．6％，氨基酸同源性为78．0％。试验结果表明，分离的病毒株CQ／01／2004为鸡传染性支气管炎病毒。     

Phylogenetic analysis of S1 gene of infectious bronchitis virus isolates from China

Between 2006 and 2009, seven strains of infectious bronchitis (IB) virus (IBV) were isolated from vaccinated chicken flocks on different chicken farms in China. The pathogenic characters of seven IBV strains were assessed. Each of the seven strains was infective to the test chickens and could induce an immune response. The results from chicken embryo cross-neutralization assays showed that these strains were antigenically distinct from classic IBV strains of H120, M41, Conn, and Gray. Compared to H120 vaccine strain, point mutation, short insertion, and deletion occurred at many positions in the S1 protein of the seven strains. Five of the seven strains had the motif (HRRRR), which was identical to that of the epidemic IBV strains in China. Two new motifs (HRLRR and RRIRR) emerged in the isolated strains. The homology of the nucleotide and amino acid sequences of the S1 gene among the seven isolates was 81.7%-99.7% and 79.0%-99.4%, respectively. These seven strains were also genetically different from the vaccine strains and non-China IBV strains but closely related to large numbers of Chinese strains. The seven isolates and 36 reference IBV strains were clustered into six distinct groups (I-VI). The seven strains were categorized into groups I, II, and III, forming a big phylogenetic branch, which is closely related to Chinese IBVs, whereas the vaccine strains belonging to group VI are genetically distant from groups I, II, and III. The results from this study indicate that different IBV strains cocirculate in the chicken population in China.     

鸡肾型IBV的分离及其N基因的克隆与测序

通过病毒形态学观察、血凝试验、病毒干扰实验、动物回归实验等分离鉴定了1株鸡肾型传染性支气管炎病毒.利用RT-PCR技术对分离毒株的N基因进行了扩增,经克隆、序列测定和分析,证实分离株为肾型IBV.     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株生物学特性及其免疫原S1基因的克隆与序列分析

本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究,同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明,分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１,且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等,是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因,得到预期的约１．７Ｋｂ片段;并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点,在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定,证实为阳性重组质粒,利用末端双脱氧链终止法对其测序,得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ,包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比,无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低,均未达到８０％,这就提示我们ＳＹ毒     

Isolation and identification of four infectious bronchitis virus strains in China and analyses of their S1 glycoprotein gene

Between 2003 and 2005, four strains of infectious bronchitis virus (IBV) were isolated from the vaccinated chicken flocks in China. The results from chicken embryo cross-neutralization assays showed that all the four isolates were relative to strain A2 of IBV, which was isolated in 1996 in Beijing and related to strain 4/91. The S1 gene of the spike protein was amplified and sequenced. The nucleotide and amino acid sequence of the S1 gene had a similar degree of identity (88.98-99.28%) among the four Chinese IBV isolates. The identity of the S1 protein gene between the four Chinese IBV isolates and 14 strains of other IBVs varied from 70.06 to 81.59%. Phylogenetic analysis suggested that there are at least four groups of IBVs circulating in China and the disease outbreaks might have been caused by infection of multiple strains of IBV.     

鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达

根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。