中国矮马群体mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用线粒体细胞色素 b（mtDNA Cytb）基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度（Hd）（0.869）,最低的为四川矮马（0.740）,核苷酸多样度（Pi）最高的为贵州矮马（0.00435）,最低的为宁强矮马（0.00227）,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支均含有5个矮马群体的信息。【结论】5个矮马群体总体上具有较高的遗传多样性,其中云南、贵州及德保矮马的遗传多样性相对较高,四川和宁强矮马相对较低;系统发生关系分析说明中国5个矮马群体存在基因交流,具有多重母系起源。     

河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性 及系统进化分析

为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788～0.854、0.001 56～0.004 55。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。     

引入猪种与合作藏猪mtDNA D-loop的遗传多样性

测定并分析了杜洛克猪、长白猪和大白猪3个引入猪种及合作藏猪共178个个体的线粒体DNA D环(mt DNA D-loop)高变区核苷酸序列,研究引入猪种对合作藏猪遗传资源的影响.结果表明:合作藏猪核苷酸多样度和平均核苷酸差异系数均低于杜洛克猪和大白猪,仅高于长白猪,而其单倍型多样度高于3个引入猪种.单倍型分析结果表明:合作藏猪仅分布在亚洲单倍类,杜洛克猪和大白猪同时具有亚洲和欧洲两个单倍类,欧洲起源猪种没有入侵到合作藏猪母系.     

陆川猪种群线粒体DNA遗传多样性研究

利用线粒体控制区(mtDNA D-loop)5’端564 bp的片段,对6个陆川猪种群共74个个体的遗传多样性进行研究。在74个序列中共发现20个变异位点,产生7个单倍型,其中1个为优势单倍型。总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.530和0.00326,表明陆川猪种群遗传多样性偏低。6个种群中,仁厚镇福绵种群的单倍型多样性和核苷酸多样性较高,乌石镇种群单倍型和核苷酸多样性均较低。将优势单倍型H1与已报道的其他21个中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,结果显示陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有更近的亲缘关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

贵州白香猪母系与父系遗传检测

采用PCR测序技术分析贵州白香猪两品系(Ⅰ系、Ⅱ系)mtDNA D-loop区和Y染色体SRY基因编码区序列.结果表明,在遵循母系遗传的mtDNA D-loop区,贵州白香猪Ⅰ系具有3种单倍型H1、N2和H3;Ⅱ系具有1种单倍型H1;在遵循父系遗传的SRY基因编码区,两品系共享单倍型GWXP Ⅰ.说明贵州白香猪Ⅰ系具有3个母系血统,Ⅱ系具有1个母系血统;Ⅰ系和Ⅱ系具有1个父系血统.通过与GenBank上收录的其他猪品种的同源序列比对发现,贵州白香猪具有独特的线粒体遗传结构,且其线粒体基因纯合性较高.     

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。     

基于PCR-RFLP技术分析H-FABP基因在5个猪群体中的多态性

【目的】肉质是猪肉的重要经济指标,肌内脂肪(IMF)含量是影响肉质的重要因素。H-FABP基因是调控猪肉IMF含量的候选基因。【方法】本实验采用PCR-RFLP技术分析H-FABP基因多态性,并检测该基因在5个猪群体:杜洛克(100头)、长白(80头)、大白(150头)、申农(80头)、梅山(140头)的基因型和基因频率。【结果】H-FABP基因在杜洛克、大白、申农猪群体中检测出DD、Dd和dd 3种基因型。在杜洛克群体中的基因型频率:DD(0.02)、Dd(0.23)和dd(0.75);在大白猪群体中基因型频率DD∶(0.25)、Dd(0.49)和dd(0.26);在申农猪群体中基因型频率:DD(0.10)、Dd(0.30)和dd(0.60)。在长白猪群体中检测的所有样品为dd型;在梅山猪群体中检测的所有样品为DD型。【结论】H-FABP基因在5个猪群体中呈现不同基因型。在长白猪和梅山猪群体中呈现偏态现象。在杜洛克和申农猪群体中主要为dd型,在大白群体中主要为Dd型。     

猪BMP15和BMPR-IB基因的遗传变异及其与产仔性能的关系

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东地方/培育猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共8个猪种481头繁殖母猪进行BMP15和BMPR-IB基因的多态性分析,并采用最小二乘法分析其对产仔数的遗传效应.结果表明:2个基因的3个位点在8个猪种的测定群体中均存在多态性,但山东地方/培育猪种与引进猪种间在基因型频率上存在较大差异;BMP15和BMPR-IB基因对产仔数性状有显著影响(P0.05).对于BMP15基因,AA基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和1.64头(P0.05);CC基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和0.82头(P0.05).对于BMPR-IB基因,山东地方/培育猪种内AA基因型母猪的总产仔数和活产仔数比BB基因型母猪平均多产0.49头和0.51头(P0.05);引进猪种中BB基因型母猪比AA基因型母猪总产仔数和活产仔数平均多产1.05头和0.90头(P0.05).     

Analysis of Genetic Diversity and Relationships of Seven Chinese Indigenous Pig Breeds and Three Exotic Pig Breeds Using the DNA Differential Display Technique

The genetic diversity and relationships of seven Chinese indigenous pig breeds （Meishan, Erhualian, Hezuo, Bamei, Qingping, Tongcheng, and Huainan） and three exotic pig breeds （Large White, Landrace, and Duroc） were analyzed using the DNA differential display technique by means of eight primer combinations. A total of 123 reproducible bands were used to calculate mean Nei＇s gene diversity, and mean Shannon＇s information index for each pig population. Based on these the Nei＇s standard genetic identity and distance were estimated, which was used to construct a dendrogram tree for the 10 pig breeds. The experimental results obtained and the method used in this study for evaluating the genetic diversity and relationships of pigs were also discussed.     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定

【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系（Trio）群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率< 90%的个体,剔除SNP位点检出率< 90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率< 0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334 等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框,其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果,推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。【结论】本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析,在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点,在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因,值得进一步研究。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

猪血清蛋白质多态性与品种分类的研究

本文根据所测定的二花脸、梅山、枫泾、金华、姜曲海和长白猪的4个血清蛋白质系统——前白蛋白(Pa~A,Pa~B)、转铁蛋白(Tf~A,Tf~B,Tf~C)、铜蓝蛋白(CP~A,CP~B,CP~C)和淀粉酶(Am~A,Am~B,Am~C,Am~Y)的基因频率,估算了各品种间遗传距离和品种内平均基因多样度;并对各品种的4个血清蛋白位点的等位基因类型及分布特点进行了分析;进一步考证了我国猪种的起源与分化以及我国部分地方猪种的遗传结构和类缘关系;亦较系统地探讨了太湖猪不同类群的亲缘关系。     

三个外来品种猪染色体的比较研究

分析和比较了长白猪、大约克夏猪、杜洛克猪的常规核型、G带、C带和Ag-NOR带。结果表明,3个品种常规核型及G带无明显差异,C带品种间存在多态性,长白、大约、杜洛克猪的Ag-NOR数分别为2.012,2.064,2.045个,众数均为2个。     

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。