合作藏猪遗传多样性研究

本研究对来自合作藏猪(合作群体、玛曲群体、碌曲群体)共386头(份)的线粒体D环(mt DNAD-loop)高变区核苷酸进行了分析。结果表明,在长度为435 bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,占所测核苷酸的5.287%,其中有2个单一多态位点和21个简约信息位点,合作猪单倍型多样度(Hd)为0.873、核苷酸多样度(Pi)为0.00549、平均数核苷酸差异(k)为2.338。合作群体单倍型多样度和核苷酸多样度最高(0.883、0.00549)、碌曲群体最低(0.839和0.00348)。合作群体对合作藏猪遗传变异贡献RS(k)、遗传独特性贡献和总体遗传贡献RT(k)最高。就维持合作藏猪总体多样性而言,合作群体起到正效应,玛曲群体、录取群体两类群的存在对于合作藏猪的遗传多样性提高起负作用。     

新疆野猪mtDNA控制区序列遗传多样性分析

[目的]为研究猪种起源和遗传分化提供依据。[方法]从6个新疆野猪样本中提取基因组DNA,克隆线粒体DNA控制区序列并进行测序。在测定新疆野猪与其他20个国内外猪种间的遗传距离的基础上,对其进行聚类分析。[结果]通过PCR扩增克隆到大小为1398bp的DNA片段,其A+T含量为59.87%,有明显的碱基偏向性。控制区内存在大量的ACACGTGCGT串联重复序列。在6个新疆野猪样本中检测到3个单倍型。群体平均单倍型多样度(H)为0.600,核苷酸多样度(π)为0.00086。聚类分析结果表明新疆野猪与滇南小耳猪、泰国野猪和藏猪具有较近的遗传关系。[结论]新疆野猪与亚洲野猪和中国地方猪种有较近的遗传关系。     

甘南州蕨麻猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

测定了甘南州27个蕨麻猪个体的mtDNA D-loop区序列,共检测到14个单倍型的43个多态位点,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.945、0.007 17,表明蕨麻猪有较高的遗传多样性。结合已报道的13个中国地方猪种mtDNA D-loop序列及15个国内外野猪mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现蕨麻猪和贵州可乐猪、Moncai、贵州香猪及藏猪都有较近的遗传关系,并且与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,但没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据。     

河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性 及系统进化分析

为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788～0.854、0.001 56～0.004 55。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。     

云南地方猪种mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由此界定了30个单倍型。云南地方猪种整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.820和0.004 51。在7个品种(群体)中,保山猪单倍型多样度最高(0.828),高黎贡山猪最低(0.644);滇南小耳猪的核苷酸多样度最高(0.005 21),高黎贡山猪同样最低(0.003 27)。由遗传变异贡献率和遗传独特性贡献所决定的总体遗传贡献率中,迪庆藏猪总体遗传贡献率最高(10.342 9),高黎贡山猪和大河猪最低(均为1.059 4)。【结论】就总体单倍型丰富度效应而言,迪庆藏猪、滇南小耳猪、保山猪和撒坝猪对维持云南地方猪种遗传多样性呈正效应,而明光猪、高黎贡山猪和大河猪呈负效应。     

西部地区主要猪品种与野猪遗传聚类分析

对八眉猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪等西部地区地方品种和汉中白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪等8个猪品种以及野猪基因组DNA、混合DNA样进行了RAPD分析。根据8个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明：长白猪与大白猪亲缘关系最近，八眉猪和汉江黑猪次之，而野猪与长白猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果，认为内江猪、八眉猪和汉江黑猪为一类型，荣昌猪和汉中白猪可划分为同一类型，但对野猪与其他品种的亲缘关系应作进一步分析。     

山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究

 【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本（8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种）的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种（配套系）的母系血统情况。     

用RAPD技术对三江白猪与其他三个品种猪的群体亲缘关系的分析

应用40条随机引物对四个品种猪,大白猪、长白猪、三江白猪及东北民猪的基因组进行亲缘关系的DNA多态性分析,结果筛选出12条效果良好的随机引物,并且通过RAPD技术方法和聚类统计分析得出结论;三江白猪、长白猪及东北民猪的亲缘关系较近,而大白猪与其它三种猪之间亲缘关系则相应的较远。     

猪Myf5基因外显子1的多态性分析

利用PCR-SSCP技术,以民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪共7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的Myf5基因外显子1序列设计了4对引物,进行了SNPs检测,并检测到了多态,发现在1 288 bp处有一个点突变G→C。经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪瘦肉率的升高,等位基因M的基因频率也大致按此顺序呈上升趋势。     

野猪·家猪及其杂种猪 ACSL4基因3'UTR区多态性分析

[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据.[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据CenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性.[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB).在ACSL4基因3'UTR区3 862 bp处发生T→C碱基突变.仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现.杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05).[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据.