基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究

通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

CaNAα基因在清远麻鸡和隐性白羽鸡不同表型肌肉中的表达

为探讨CaNAα在生长速度差异较大的2个品种鸡生长发育早期不同表型肌肉中的表达规律,利用实时荧光定量PCR技术检测清远麻鸡(慢生型)和隐性白羽鸡(速生型)3种表型肌肉(腓肠肌外侧头、比目鱼肌和趾长伸肌)CaNAαmRNA在0、1、3、5、7、9周龄时的表达情况。结果发现:除清远麻鸡比目鱼肌外,2个鸡品种中其他表型肌肉均呈现先上升后下降然后再上升的趋势;2个鸡品种趾长伸肌的表达量均在1周龄时最高,清远麻鸡7周龄时降至最低,而隐性白羽鸡5周龄时降至最低;腓肠肌外侧头和比目鱼肌CaNAαmRNA的表达峰值在清远麻鸡中出现在3周龄,而在隐性白羽鸡中则出现在9周龄;总体而言,CaNAαmRNA在比目鱼肌中的表达量要低于其在趾长伸肌和腓肠肌外侧头中的表达量;品种间比较发现,CaNAαmRNA在清远麻鸡3种表型肌肉的表达量在0和3周龄时均高于隐性白羽鸡,而在9周龄时则均低于隐性白羽鸡,3周龄时2个品种鸡差异倍数最高。研究结果提示,鸡肌肉CaNAαmRNA表达发育模式具有品种、年龄和表型特异性,并可能与鸡肉品质存在关联。     

鸡IGFIR基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡的IGFIR基因的18个位点的遗传多样性进行研究.结果表明,18个位点的基因频率在这4个群体中的分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5％;独立x2分析显示,除了位点G17445596A、T17416994G、A17313488G和C17337042G,其他14个位点的基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P＜0.05和P＜0.01);红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡4个群体之间的平均多样性差异均不显著.单倍型分析发现,在所研究的区域,红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡等在鸡IGFIR基因内分别划分为5、4、4、3个单倍型块;每个块内2～3个单倍型就可以代表整个块90％以上的遗传信息.此外,还发现鸡IGFIR基因中9个SNP位点可能与复杂经济性状有关,这为以后在经济性状上对该基因的进一步研究提供了参考依据.     

基于mtDNA控制区2个地方鸡品种遗传多样性及起源研究

为探讨我国2个地方蛋鸡品种仙居鸡和白耳黄鸡遗传多样性和起源进化,以30只仙居鸡和30只白耳黄鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对其进行线粒体DNA控制区全序列单倍型和遗传多样性分析,并结合GenBank公布的19条红色原鸡D-loop区全序列,构建系统发育树.结果 表明:2个鸡品种变异区集中在第167-1 215 bp之间,共发现19个多态位点和9个单倍型,其中仙居鸡和白耳黄鸡各有3种特异单倍型.系统发育分析显示,9种单倍型可分为A、B和C共3个分支,白耳黄鸡的优势单倍型属于B分支,仙居鸡的优势单倍型属于C分支.聚类分析显示,白耳黄鸡主要与原鸡滇南亚种聚为一类,仙居鸡与原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种和印尼亚种聚为一类,具有多个母系起源.这一研究从分子水平为2个蛋用型地方鸡品种仙居鸡和白耳黄鸡遗传资源开发利用和保护提供了理论依据.     

PGC-1α基因在两种类型鸡骨骼肌间的表达差异

为了检测过氧化物体增殖物激活受体γ辅激活因子1-α(PGC-1α)基因mRNA在鸡骨骼肌组织中的分布以及在速生型隐性白羽鸡和慢生型清远麻鸡品种间的表达差异,采集不同周龄(0、2、4、6、8、10、12)隐性白羽鸡和清远麻鸡的胸肌和腓肠肌组织样,提取总RNA,以β-actin基因为内参基因,进行实时荧光定量PCR。对PGC-1α基因mRNA进行均一化处理,利用荧光阈值(Ct值)计算PGC-1α基因mRNA在不同骨骼肌组织以及速生型和慢生型鸡品种间的表达量。发现PGC-1α基因在鸡骨骼肌组织不同发育阶段广泛表达,在初生时表达量最高,并显著高于其他各周龄的表达量;相同周龄时,慢生型清远麻鸡骨骼肌中PGC-1α表达量大多高于速生型隐性白羽鸡。表明不同类型鸡骨骼肌PGC-1α mRNA表达具有特定的发育模式,并可能与鸡肉品质存在关联。     

FTO基因在不同品种鸡胚胎与生长期骨骼肌中的表达

以清远麻鸡和隐陛白羽鸡为试验素材,研究脂肪和肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated,FTO)在2个品种胚胎期与生长期胸肌和腿肌组织中的表达模式及差异。结果表明,在胸肌组织中,FTO在两品种不同发育时期呈现不同的表达模式。在清远麻鸡,16胚龄时FTO表达量显著高于其他胚龄,出雏后l周达最高,8周时显著下降(P0.05);在隐性白羽鸡,FTO在20胚龄时表达骤然升高,在l周龄时呈现表达高峰,但8周时仍维持高表达水平。在20胚龄、1周和8周时FTO在隐性白羽鸡胸肌组织中的表达显著高于清远麻鸡。在腿肌组织中,FTO在两品种胚胎期及生长期不同发育时期的表达模式也不同。FTO在清远麻鸡12胚龄时表达量显著高于其他胚龄,出雏1周后FTO的表达相对稳定,各周龄间无显著差异;在隐性白羽鸡中,腿肌中FTO在20胚龄时表达量显著升高,这一高表达状态持续至出雏后8周,但FTO只有在8周时隐性白羽鸡腿肌组织中的表达显著高于清远麻鸡。综合FTO在两品种的胸肌和腿肌组织中的发育模式研究表明,FTO在鸡胚胎期和生长期骨骼肌中的表达存在显著的品种和组织差异性。本研究将为进一步深入研究FTO对鸡肌肉发育的分子遗传机制奠定基础。     

应用蛋白质多态性对家鸡起源的研究

对国内外29个鸡种5个血液蛋白质多态位点上等位基因频率进行遗传距离的计算,并进行了聚类分析。结果表明,原产于意大利的来航鸡和原产于英国的罗斯鸡亲缘关系最为接近;亚洲鸡种间的亲缘关系较近;而家鸡与原鸡间的亲缘关系较远。就4种原鸡(红色原鸡、灰色原鸡、锡兰原鸡、绿颈原鸡)而言,以红色原鸡和家鸡的亲缘关系较为接近。聚类图一方面反映出鸡种之间因地理隔离造成的遗传分化,另一方面也说明红色原鸡可能是家鸡的主要祖先。     

安徽省4个地方鸡品种OCX-32基因外显子4的多态性及其与淮南麻黄鸡蛋品质的相关分析

【目的】研究OCX-32基因在淮南麻黄鸡、五华鸡、淮北麻鸡和皖南三黄鸡等4个安徽省地方鸡品种中的遗传多态性及OCX-32基因与淮南麻黄鸡蛋品质的相关性,为揭示这些群体的遗传特征提供基础数据。【方法】采用PCR-RFLP技术,对淮南麻黄鸡、五华鸡、淮北麻鸡和皖南三黄鸡4个地方鸡品种的OCX-32基因外显子4进行遗传多态性研究,并对外显子4遗传多态性与淮南麻黄鸡蛋品质的相关性进行分析。【结果】OCX-32基因外显子4存在A494C1个单核苷酸多态性位点。该位点在安徽省4个地方鸡品种中的基因频率和基因型频率分布差异不大,C等位基因频率较高。4个地方鸡品种群体在A494C位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,均表现为中度多态。相关分析结果表明,OCX-32基因外显子4的A494C位点基因多态性与淮南麻黄鸡的开产蛋质量、30周龄蛋质量、蛋白高度和哈氏单位显著相关(P0.05);CC基因型的开产蛋质量和30周龄蛋质量显著高于AA基因型,AA和CC基因型的蛋白高度显著高于AC基因,AA基因型的哈氏单位显著高于AC基因型(P0.05)。【结论】OCX-32基因与淮南麻黄鸡蛋品质存在一定的相关性,可作为发掘淮南麻黄鸡蛋品质的分子育种标记。     

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

Genetic diversity and population structure of indigenous chicken breeds in South China

A total of 587 individuals from 12 indigenous chicken breeds from South China and two commercial breeds were genotyped for 26 microsatellites to investigate the genetic diversity and population structure. All microsatellites were found to be polymorphic. The number of alleles per locus ranged from 5 to 36, with an average of 12.10 ± 7.00 (SE). All breeds, except White Recessive Rock, had high allelic polymorphism (>0.5). Higher genetic diversity was revealed in the indigenous chicken breeds rather than in the commercial breeds. Potential introgression from the commercial breeds into the indigenous chickens was also detected. The population structure of these indigenous chicken breeds could be explained by their geographical distribution, which suggested the presence of independent history of breed formation. Data generated in this study will provide valuable information to the conservation for indigenous chicken breeds in future.     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

基于线粒体COⅠ基因15个鸡种的DNA编码研究

 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ）基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种（除藏鸡外）;15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ（COⅠ）这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。     

鸡肉品质分析及关键风味物质和基因的筛选

【目的】对不同品种鸡肉中的风味物质和基因进行筛选,为开展品种选育及鸡肉产品的开发利用等研究提供科学依据。【方法】首先对消费者购买肉鸡的主要选择因素进行市场调查。其次分别选取上市日龄的地方品种鸡（文昌鸡、鹿苑鸡）、培育品种鸡（817肉鸡、花山鸡）、引进白羽肉鸡（罗斯308）,每个品种选取接近平均体重的30只鸡（公母各15只）屠宰,屠宰后迅速取两侧胸肌,用于品尝评定、常规肉品质、肌纤维特性、肌苷酸、脂肪酸、氨基酸含量及相关基因表达的测定。最后通过偏最小二乘法（partial least squares,PLS）将品尝评定结果与理化测定结果进行关联分析,挖掘影响品尝评定的风味物质。【结果】（1）风味是消费者购买肉鸡的主要选择因素。文昌鸡肉的甜味、鲜味显著高于罗斯308(P≤0.05)。（2）文昌鸡、鹿苑鸡平均肌纤维面积显著低于其他品种（P≤0.05）,平均肌纤维直径显著低于花山鸡、罗斯308(P≤0.05)。文昌鸡肌苷酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）。文昌鸡、鹿苑鸡饱和脂肪酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）,罗斯308不饱和脂肪酸含量显著高于文昌鸡、鹿苑鸡、817肉鸡（P≤0.05...     

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。     

中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。     

山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究

 【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本（8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种）的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种（配套系）的母系血统情况。     

部分鸡种Brd2基因SNP和INDEL分析

Brd2(bromodomain containing protein 2)基因位于MHC(major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同鸡种Brd2基因的SNP和Indel位点具有重要意义。试验选取我国26个优良的地方鸡种,对Brd2基因进行目标捕获测序,以NCBI中原鸡(Gallus gallus)的Brd2基因序列为参照,筛选出Brd2基因外显子和内含子中的SNP和Indel以及氨基酸的改变位点,最后制作进化树。在26个鸡种中,Brd2基因的外显子筛选出25个SNP位点,没有检测到Indel位点;内含子筛选出30个Indel位点,没有筛选出SNP位点;外显子中氨基酸仅有4个发生错义突变,其余均发生同义突变。从进化树看出,26个鸡种分为3大类:安卡鸡、雪山草鸡、文昌鸡、北京油鸡和萧山鸡类聚在一起;泰和乌骨鸡、SPF-来航鸡、河南斗鸡和广西黄鸡类聚在一起;剩余的鸡种类聚在一起,但同源性相对较低。在我国优质鸡种中Brd2基因具有一定的保守性,不同鸡种同源性较低。     

应用血液蛋白遗传标记研究广东鸡种类缘性

用聚丙烯酰胺凝胶电泳法和醋酸纤维素薄膜电泳法检测广东鸡地方品种杏花鸡、胡须鸡和清远麻鸡的血浆淀粉酶(Amy—1、Amy—2)、碱性磷酸酶(Akp—1、Akp—2)、酯酶(Es—1)、血红蛋白(Hb)等六种血液蛋白的多态型,计算各群体各位点的表型及基因频率,求出各品种间的相似系数、遗传距离和分比时间,用系统聚类法、模糊聚类法、Tocher聚类法和主坐标分析法研究广东地方鸡种的亲缘关系。研究结果表明:三个广东地方鸡种的血液蛋白表型及基因频率分布有很多相似之处,但又各有其特征;它们之间的亲缘关系都密切,其中杏花鸡与清远麻鸡的亲缘关系最为密切。