基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析

以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性.结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核昔酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性.     

我国部分地方鸡种COⅠ基因多态性及其分子系统进化研究

以我国7个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cyto-chrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,分析地方鸡种COⅠ多态性及其分子系统进化关系。研究结果表明,选择的这段COⅠ基因序列有24个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有,可以作为各品种鉴定的依据;各鸡种在不同位点突变频率不同,7个鸡种均有其特异位点,根据这些特异位点,可以对其进行品种鉴定。7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.001 81～0.008 48。7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以用于探讨地方鸡种分类问题。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

狼山鸡保种群不同世代线粒体DNA条形码变化规律研究

以1和5世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因全长序列多态性,分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化规律。结果表明:COⅠ基因序列在狼山鸡1和5世代中均存在相同的6个突变位点,为4个单倍型,COⅠ基因序列多态性为0.39%,狼山鸡1和5世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276和0.333,平均核苷酸差异(K)分别为0.707和1.083,核苷酸多样度(Pi)分别为0.000 46和0.000 70。这一结果说明COⅠ基因DNA条形码在1~5世代间稳定遗传,同时反映出狼山鸡保种群保种效果良好。     

狼山鸡保种群不同世代线粒体COⅠ基因条形码变化规律研究

以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因全长序列多态性,以分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明,COⅠ基因序列在狼山鸡0和5世代中存在相同的6个突变位点,为4个单倍型;在10和15世代存在相同的3个突变位点,为3个单倍型;4个世代122个个体存在相同的2个突变位点,为5个单倍型,其中106个个体COⅠ基因分布于H2单倍型。狼山鸡0、5、10和15世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276、0.333、0.119和0.252,平均核苷酸差异(K)分别为0.707、1.083、0.182和0.314,核苷酸多样度(Pi)分别为0.00046、0.00070、0.00012和0.00020。结果说明COⅠ基因DNA条形码在0~15世代间稳定遗传,表明狼山鸡保种群保种效果良好。     

基于线粒体COⅠ和COⅡ基因的沙果小食心虫与梨小食心虫的分子鉴定

【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。     

长角天牛属部分种类DNA条形码及系统发育的研究

长角天牛属天牛是严重危害林木的一类蛀干害虫。为了完善长角天牛属线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mt DNA COⅠ)的基因数据库,研究该属部分种类的遗传进化关系,并探索利用COⅠ基因作为DNA条形码鉴别长角天牛种类的可行性。应用巢氏PCR技术扩增了5种长角天牛标本的COⅠ序列,并与Gen Bank记录的4种长角天牛COⅠ序列进行对比,以解析其序列组成变异情况、碱基替换规律和遗传距离差异,最后再利用MEGA 5. 20构建系统发育进化树。结果显示,长角天牛属不同种类间的遗传差异显著,可将此DNA条形码用作长角天牛属不同种类的分子鉴定依据。     

DNA条形码技术在几种苹果园鳞翅目害虫鉴定中的应用

为探讨DNA条形码技术在苹果园鳞翅目昆虫鉴定中的适用性,采用DNA条形码通用引物,扩增并分析采自陕西7个苹果园的鳞翅目昆虫的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,基于扩增的COⅠ序列计算种间和种内遗传距离,并构建NJ树(Neighbor-Joining tree)和ME树(Minimum-Evolution tree)。经通用的DNA条形码技术鉴定显示,采集的鳞翅目昆虫隶属于7个属的9种昆虫;基于p-distance模型的种内和种间遗传距离分析显示,种间遗传距离为8.4%~69.4%,种内遗传距离为0~0.6%,种内最大遗传距离与种间最小遗传距离无重叠;同时,基于种间和种内遗传距离构建NJ树和ME树均显示,同种昆虫在系统树上都各自在同一进化支;因此,基于DNA条形码的鉴定方法可区分这些苹果园的不同鳞翅目害虫。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

基于线粒体COI基因序列分析家鸭系统发育关系

根据北京鸭线粒体DNA( mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列.结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COI基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856.聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001～0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003 ～0.006.基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的番鸭聚为第1类,应属于鸭亚科;雁属的白额雁、灰雁与天鹅属的黑天鹅聚为第2类,应属于雁亚科;鹊雁与中国骛一起聚为第3类,应属于鹊雁亚科.上述结果表明,基于COⅠ基因条形码,在亚科阶元上,所有鸭科物种分类与以往分类结果是一致的.因此,使用DNA条形码鉴定物种系统发育关系时,需考虑阶元划分标准.     

我国沿海裸胸鳝属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为探讨COⅠ基因作为DNA条形码在裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类物种鉴定的有效性,本研究通过PCR扩增及测序获得了我国沿海分布的10种裸胸鳝鱼类线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,结合GenBank下载的3种裸胸鳝共13种31个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算种内与种间遗传距离,基于邻接法与最大似然法构建了分子系统进化树.结果显示:13种裸胸鳝种内遗传距离0.000～0.007之间,平均遗传距离为0.003;种间遗传距离在0.005～0.243之间,除了淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pesudothyrsoideus)与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)为0.005,其他裸胸鳝种间遗传距离均大于2%,平均遗传距离为0.187,表明COⅠ基因可作为裸胸鳝鱼类物种鉴定条形码基因,但也存在一定局限性.进化树上,13种裸胸鳝属鱼类主要形成4个分支,其中密点裸胸鳝(Gymnothorax thyrsoideus)位于进化树基部,进化地位最为原始.淡网纹裸胸鳝与匀斑裸胸鳝相互聚集在一起,没有形成各自单系分支.但形态上两者差异较大,排除同种异名可能性,揭示其可能存在自然杂交引起基因渗透.另外,本研究采集的美丽裸胸鳝(Gymnothorax formosus)与NCBI上公布的美丽裸胸鳝COⅠ序列差异达5.5%,进化树上也能明显区分,有可能揭示其为新的隐存种.     

基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对小叶蝉亚科昆虫种类的分子鉴定

【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。     

应用线粒体基因序列分析虎的进化关系

【目的】研究华南虎Panthera tigris amoyensis、东北虎P.tigris altaica和孟加拉虎P.tigris tigris之间的进化关系.【方法】采用PCR扩增结合质粒测序的方法,获得东北虎、孟加拉虎和华南虎线粒体DNA COⅠ基因750 bp序列、COⅢ基因737 bp的序列和ND4基因561 bp的序列.使用DNAStar和DNAssit软件对这些序列进行碱基组成、序列间的转换/颠换值、遗传距离等分析.选择家猫Felis catus、猎豹Acinonyx jubatus及云豹Neofelis nebulosa的mtDNA作为外群,利用Mega 4.0采用邻接法重建华南虎、东北虎、孟加拉虎的进化关系树.【结果和结论】研究发现东北虎、孟加拉虎和华南虎线粒体DNA COⅠ、COⅢ和ND4基因变异位点较少,且华南虎同孟加拉虎、东北虎的遗传距离要大于孟加拉虎和东北虎的遗传距离;构建了华南虎、东北虎、孟加拉虎的COⅠ、COⅢ和ND4基因的基因树,通过对基因树分析可以得东北虎和孟加拉均是由华南虎进化而来的结论.     

基于线粒体COⅠ基因的大小蠹属昆虫DNA条形码研究

大小蠹属昆虫是重要的林木害虫,大部分种类是检疫性有害生物,我国口岸有多次截获记录。为加强对大小蠹属害虫的检疫鉴定,通过线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ)867 bp片段序列对大小蠹属17个种类进行序列分析,结果表明,线粒体COⅠ基因可作为大小蠹属昆虫分类的依据;DNA条形码是生物系统分类分子水平上的依据。     

直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因的克隆及序列分析

为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。     

两种杂交石斑鱼子一代及其亲本的线粒体COⅠ基因遗传变异分析

对两种杂交石斑鱼子一代（青龙斑和虎龙斑）及其亲本（斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼）的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）基因序列进行了测序分析。在15个样本中,同源序列片段（1551bp）中共检测到9个单倍型和249个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,核苷酸序列同源性在88．1％-100％之间,无明显遗传分化。虎龙斑的2个COⅠ基因单倍型与母本棕点石斑鱼单倍型的同源性为99％和100％,而与父本鞍带石斑鱼的同源性均为88．1％。青龙斑的2个单倍型与母本斜带石斑鱼的3个单倍型的同源性在99．7％-100％之间,而与父本鞍带石斑鱼的同源性分别为89．3％和89．4％,结果表明两种杂交子一代在线粒体DNACOⅠ基因上严格遵循母性遗传规律。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

陕西秦巴山区野桑蚕线粒体COⅠ序列的遗传多样性与系统进化分析

【目的】分析野桑蚕(Bombyx mandarina)的遗传多样性,为发掘和利用其基因资源提供参考。【方法】克隆8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ序列,联合GenBank中39份家蚕、17份野桑蚕COⅠ序列,用DnaSP 5.0软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,采用MEGA X软件构建系统发育树,Network 5.0软件构建单倍型中介网络。基于64份COⅠ序列进行聚类分析,分析遗传多样性和单倍型中介网络,探讨家蚕起源。【结果】克隆了8份秦巴野桑蚕线粒体COⅠ及其侧翼序列,序列长1 531 bp,序列间存在18处核苷酸变异,定义了4个单倍型,8份秦巴野桑蚕与沈阳、青州等北方野桑蚕亲缘关系最近。系统发育树将64份线粒体COⅠ序列聚为4个类群,其中中国野桑蚕聚为2个类群,一是来自陕西、辽宁、山东等的北方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.007 21;二是来自江苏、湖北、重庆等的南方野桑蚕,与家蚕遗传距离为0.019 59;日本野桑蚕群体与家蚕遗传距离为0.031 96。64份COⅠ序列共存在84处单碱基变异位点,定义了31种单倍型。单倍型中介网络图显示,31种家蚕、野桑蚕单倍型总体上可分为3个支系,其中单倍型H_22可能为家蚕祖先单倍型。【结论】秦巴山区野桑蚕与北方省份的野桑蚕亲缘关系最近,秦巴山区可能是家蚕驯化的起源地之一。     

3种溞属动物线粒体COⅠ基因及其侧翼序列的PCR扩增与分析

采用PCR产物直接测序法测定了3种中国常见溞属(Daphnia)动物的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)及其侧翼序列。结果表明扩增出的线粒体DNA片段在碱基使用上存在明显偏倚,A+T含量均超过60%,且在重链上多使用T。推测3种中国溞属动物COⅠ基因的终止密码子均为不完整的终止密码子(T__),而隆线溞(D.carinata)及大型溞(D.magna)COⅠ基因的起始密码子可能是(A)CTA,较为少见。基于COⅠ基因DNA或氨基酸序列进行了同源性、进化分歧及密码子使用偏向性等方面的比较,分析结果和采用不同方法构建的分子系统进化树均显示:中国来源的两种溞属动物隆线溞与大型溞亲缘关系较近,显示出与形态学分类结果的一致性,但长期的地理位置隔离可能增加了形态相似而来源不同(北美与中国)的同种蚤状溞(D.pulex)的种内遗传距离。