志贺氏菌可视浊度/荧光环介导等温扩增方法的建立

为给实验室和现场检测提供一种快速且易于操作的志贺氏菌检测方法,通过将LAMP技术分别与荧光检测技术和浊度检测技术相结合,建立了灵敏、特异、准确的可视浊度/荧光环介导等温扩增(LAMP)检测方法。根据志贺氏菌基因保守序列,利用LAMP在线软件设计4条最佳引物,通过优化反应温度,分别建立了可视浊度环介导等温扩增检测方法(LAMP-浊度)以及可视荧光环介导等温扩增检测方法(LAMP-荧光),并分析所建立的两种方法的特异性和灵敏度。结果显示:所建立的LAMP-浊度方法最适反应温度是63℃,菌液灵敏度为13.6 cfu/mL,是普通PCR方法的10倍;所建立的LAMP-荧光方法最适反应温度是64℃,菌液灵敏度为1.36 cfu/mL,是普通PCR方法的100倍。利用4株志贺氏菌和10株非志贺氏菌,证实了建立的两种可视化LAMP方法具有良好的特异性。通过环介导等温扩增技术分别与浊度检测技术和荧光检测技术相结合,使其完成时间缩短至1 h内,整个扩增过程可实时监测,并可避免由于开盖加染料而导致的假阳性。     

基于荧光显色的环介导等温扩增技术(LAMP)检测禽呼肠孤病毒

建立了一种基于荧光显色的禽呼肠孤病毒(ARV)环介导等温扩增(LAMP)检测方法.该检测方法使用针对ARV的p10基因8个区域的6条LAMP引物,能够在等温(63℃)条件下1h内完成反应,具有良好的敏感性和特异性,最低能够检出102个拷贝的病毒,敏感性比普通PCR高100倍,而对其他病毒检测结果为阴性.在荧光显色中分别应用SYBR Green Ⅰ和钙黄绿素作为显色剂,其结果与琼脂糖凝胶电泳一致.在对80份临床样本的检测中,使用LAMP和PCR检测出阳性样本的数量分别为68份和55份.因此,基于荧光显色的LAMP方法可以应用于ARV的快速检测,具有在科研机构、基层实验室特别是检测现场推广和应用的潜力.     

环介导等温扩增技术快速检测猪流行性腹泻病毒

为建立一种快速、灵敏的检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,本研究针对PEDV的NP基因设计LAMP引物,对反应体系优化并进行特异性及敏感性等试验.结果表明,该方法在65℃下恒温扩增60 min,经SYBR Green Ⅰ染色后仅肉眼观察即可判定结果.该方法特异性好,与传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒及大肠杆菌等无交叉反应,对重组质粒最低检测限度为16拷贝/μL,灵敏度高于普通PCR.该LAMP检测方法特异性强,灵敏度高,操作方便,适于临床检测PEDV.     

应用环介导等温扩增技术快速检测单核细胞增生李斯特菌的研究

目的建立环介导等温扩增技术快速检测单核细胞增生李斯特菌。方法根据单核细胞增生李斯特菌(LM)hlyA基因序列中的保守区域,采用在线引物设计软件Primer Explorer4.0进行设计,获得一套特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,对单核细胞增生李斯特菌hlyA基因进行LAMP扩增,并与常规PCR方法进行比较。结果建立的LAMP方法能成功扩增出梯形条带,LAMP检测单核细胞增生李斯特菌纯培养物和人工染菌的灵敏度为5.44×102cfu/mL,而对照PCR检测的灵敏度为5.44×104cfu/mL。对10株细菌进行LAMP扩增,仅单核细胞增生李斯特菌得到阳性结果。从DNA提取到报告结果,耗时仅1h。结论 LAMP检测单核细胞增生李斯特菌灵敏度高,特异性强,耗时短,方法简便,有望发展成为快速检测食品中单核细胞增生李斯特菌的有效手段。     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。     

猴痘病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物、环引物体积及反应温度建立了一种MPXV实时荧光LAMP检测方法,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,并应用该方法检测了临床样品和模拟样品。结果表明：建立的MPXV实时荧光LAMP检测方法于64℃恒温反应60 min即可完成DNA检测;该方法能特异性地检出MPXV,最低检出限为25 copies/μL,灵敏度是普通PCR方法的20倍;该方法对12份临床样品的检测结果均为阴性,可检测出质粒浓度为0.5×10²～0.5×10⁶ copies/μL的模拟阳性样品。说明建立的MPXV荧光LAMP检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的优点,可用于MPXV的快速鉴别诊断。     

等温扩增技术的原理及其在病原检测中的应用

等温扩增技术(IAT)作为一种新型的体外核酸扩增技术,与PCR相比,该技术具有特异性强、敏感性高、简单便捷和成本低等优点。目前,等温扩增技术在病原检测方面得以应用,论文对环介导等温扩增(LAMP)、依赖解旋酶的等温扩增(HDA)、依赖核酸序列的等温扩增(NASBA)、链置换等温扩增(SDA)、交叉引物扩增(CPA)5种扩增技术的原理、特点及应用分别予以介绍,为该技术在病原检测的实际应用提供参考。     

牛源性成分LAMP检测方法的建立

根据牛cytB基因设计3对特异性引物,运用GenieⅡ等温扩增荧光检测系统,以环介导等温扩增(LAMP)荧光检测方法为基础,建立了牛源性成分LAMP检测方法,并对该方法进行了反应体系和条件的优化。试验结果表明:该方法操作简单、特异性好;灵敏度比普通PCR方法高100倍,达到5.408×10~(-2)μg/μL;反应时间短,最快的10分钟内即可完成反应。     

猪流行性腹泻病毒环介导等温扩增检测方法的建立及应用

试验旨在建立一种快速检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）的环介导等温扩增方法（LAMP）,为诊断PEDV提供简便、敏感、准确可靠的工具。参考GenBank中PEDV基因序列（登录号：KT799997）,针对PEDVN基因设计了6条引物,对所建立的LAMP反应体系、反应温度进行优化,建立可特异性扩增PEDV的LAMP方法。结果显示,本试验成功建立了PEDV LAMP检测方法,在60℃恒温下反应60 min,能特异性地检测PEDV,检测限量为91拷贝/μL,比常规PCR方法的敏感性高100倍。对比75份临床样本的LAMP和常规RT-PCR法检测结果,显示两种方法符合率为97.3%。综上所述,本试验建立的LAMP方法具有特异性强、敏感性高,操作简单,设备要求低的特点,适用于PEDV临床样本的快速检测。     

番鸭细小病毒LAMP检测方法的建立

本研究根据GenBank中登录的番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)VP3基因的高度保守序列,设计特异性引物,通过对反应体系及反应条件的优化,建立了MDPV的体外环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)快速检测方法。敏感性和特异性试验结果显示,建立的LAMP检测方法的灵敏性与常规PCR一致,全部反应可以在1.5 h内完成,对其他鸭常见病原体检测结果全部为阴性。该方法的建立为研制番鸭细小病毒的LAMP快速检测试剂盒奠定了基础。     

沙门菌LAMP检测方法的建立

为动物产品沙门菌快速检测提供技术支持,针对沙门菌属特异性的侵袭蛋白(Invasion protein,invA)基因设计2对引物,建立了一种环介导等温扩增(Loop-mediated iso?thermal amplification,LAMP)方法。对优化后的LAMP方法进行了特异性检测、灵敏度检测及沙门菌人工污染鸡蛋内容物检测。结果表明,该LAMP法可快速、特异地检测出沙门菌。LAMP法对细菌培养物检出限为8.7×100cfu/mL,对人工污染鸡蛋内容物中沙门菌的检出限为9.5×100cfu/mL。该方法有望用于鸡蛋中沙门菌的快速检测。     

淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒实时荧光RPA快速检测方法的建立

针对淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(lymphocytic choriomeningitis virus,LCMV)基因保守序列,设计特异性引物和荧光探针,建立了LCMV实时重组聚合酶等温扩增(real-time recombinase polymerase amplification,real-time RPA)检测方法。该检测方法具有良好的特异性,与LCMV同步检测的其他鼠病毒均未出现交叉反应;该检测方法具有与RT-PCR一样的高敏感性;通过对LCMV感染鼠组织样本和LCMV阴性鼠血清样本的检测,证实建立的实时荧光RPA方法具有良好的稳定性和可靠性。与现有的核酸检测方法相比,该实时荧光RPA检测方法在核酸上样20 min内即可判读结果,可满足啮齿类动物LCMV快速检疫需要。     

Q热贝氏柯克斯体环介导等温扩增实时浊度检测法的建立

根据Q热贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)插入序列IS1111序列设计1套特异性引物,建立快速检测Q热的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)实时浊度检测方法。以梯度稀释含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,在恒温反应条件下,对靶基因的特定区域进行扩增,建立LAMP检测方法。结果显示,该方法能够检测出10个拷贝数的阳性质粒,而对结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、衣原体(C.psittaci)、布鲁氏杆菌(Brucella.spp)及部分牛血液的核酸样本的特异性检测结果均为阴性,无交叉反应。本研究建立的LAMP实时浊度检测方法灵敏度高、特异性好,在Q热的检测与鉴定中具有良好的应用前景。     

弓形虫Real-time PCR检测方法的建立和初步应用

根据已发表的弓形虫529 bp高拷贝序列,设计特异性引物和探针,建立TaqMan探针法的实时荧光定量PCR检测方法。将该方法用于360份临床样本的检测,并与常规PCR和环介导等温扩增(LAMP)技术进行对比分析。结果表明:Real-time PCR检测的阳性率(11.11%)高于LAMP(7.5%)和常规PCR(3.61%)。采用本实验室建立的Real-time PCR,对收集于不同地区4种动物的750份临床样本检测发现,不同种类动物血液样本中均可检测到弓形虫感染,其中羊的感染率最高(17.8%),猪次之(4.22%),牛较低(1.98%),犬最低(1.37%)。     

牛源蓝氏贾第虫环介导等温扩增检测方法的建立及应用

为建立一种适用于牛场或基层单位的牛源蓝氏贾第虫快速检测方法,根据NCBI网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上的蓝氏贾第虫基因序列设计外引物(FIP,BIP)、内引物(F3,B3)和环引物(LB),建立了牛源蓝氏贾第虫的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)检测方法,并对采集的40份犊牛新鲜粪便样品分别采用巢式PCR方法(贾第虫检测金标准)和建立的LAMP检测方法进行蓝氏贾第虫检测。结果显示：建立的牛源蓝氏贾第虫LAMP检测方法特异性良好,灵敏度高于巢式PCR;2种方法检测结果的符合率为100%。结果表明：所建立的LAMP检测方法可用于农场或基层单位的牛源蓝氏贾第虫检测。     

猪圆环2型病毒环介导等温扩增实时检测方法的建立与评价

以猪圆环2型病毒为材料，设计了2对引物，构建了猪圆环2型病毒实时环介导等温扩增（LAMP）检测方法，并进行敏感性和特异性确定。建立的猪圆环2型病毒实时LAMP检测方法，通过应用实时浊度仪可以对猪圆环2型病毒进行快速检测。     

LAMP快速检测犬传染性肝炎方法的建立及应用

根据GenBank上公布的犬腺病毒I型（CAV-I）E3基因序列,设计了3对特异性环介导等温扩增（LAMP）引物,以CAV-I DNA为模板,通过条件优化建立了犬传染性肝炎LAMP快速检测方法,该方法能够在63℃恒温下30min内实现目的核酸的大量扩增,在可见光下即可直接观察扩增产物荧光颜色变化来判定结果。特异性和灵敏度试验表明,该LAMP检测方法只对CAV-I有特异性扩增,对其他无关核酸无扩增。与常规PCR检测相比,LAMP的检测灵敏度较好,最低检出限为10-7TCID50,是PCR检测方法的100倍。临床样品检测结果表明, LAMP阳性检出率为36%,与病毒分离鉴定的结果符合率达96.8%,与PCR检测的结果符合率达100%,且快速简便,成本低,适用于基层实验室的快速疾病诊断。     

荧光环介导逆转录等温扩增（RT-LAMP）技术在病毒性出血性败血症（VHS）诊断中的应用

运用GenieII实时荧光等温扩增检测系统,以LAMP法荧光检测为基础,建立了对病毒性出血性败血症病毒进行荧光实时反转录环介导等温扩增检测方法.根据对VHSV病毒N基因序列的分析,针对病毒的高保守区域的6个特异性序列,设计了3对特异性引物,同时加入dsDNA混合染料,对核酸扩增过程进行实时荧光监控.该方法的特异性良好,与其他鱼类弹状病毒无交叉反应.敏感度高,检测限为20 fg RNA模板.实验结果表明该方法是一种操作简单、快速高效、高特异性高灵敏度的病毒检测方法.     

黑蜂王台病毒环介导等温扩增检测方法的建立

为建立一种快速检测蜜蜂黑蜂王台病毒(BQCV)的环介导等温扩增方法(LAMP),本研究根据Gen Bank中登录的BQCV-JL1株基因序列(KP119603.1)设计了多套LAMP引物,通过引物筛选,反应体系和反应条件优化,建立了可视化LAMP方法,并且评价了该方法的特异性、敏感性、重复性和稳定性。结果显示,建立的LAMP方法在63℃下可对BQCV核酸进行高效扩增,可视化判定结果与real-time Turbidimeter仪检测结果一致;该方法具有较强的特异性和较高的敏感性(最低检出限量为4.0×102拷贝/μL),为普通PCR的100倍。临床样品检测结果表明LAMP法检出率高于常规PCR。本研究建立的可视化LAMP方法操作简便,适用于BQCV的快速检测。