中国地方猪种血液蛋白遗传多样性的研究

采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳检测了38个地方猪种和3个外来猪种的10个血液蛋白座位,并计算了遗传杂合度(h)、F-,统计量,用probabilitytest进行Hardy-Weinberg平衡符合度的检验,以及用Nei氏标准遗传距离DS、Nei氏遗传距离DA、UPGMA和NJ分析了猪群间的遗传关系。结果表明,Alb为单态,Pa-2、Pa-1、Po-1、Po-2、Cp、Am、Akp和Hpx9个血液蛋白座位分别受2、2、2、3、3、3、4和7个等位基因所调控;41个猪种的平均遗传杂合度范围为0.230～0.447;一些座位在某些种群中处于不平衡状态(P<0.05)或极不平衡状态(P<0.01);中国地方猪种间的遗传距离差异较大(P<0.011≤Ds≤0.616;0.014≤DA≤0.343);聚类结果将38个地方猪种分为3类。     

云南、贵州地方品种猪血液蛋白遗传多样性研究

采用聚丙烯酰胺垂直板凝胶技术,研究了4个品种240头猪8个基因座位的蛋白多态性。结果表明,4个品种中Alb和Pi-Ⅱ均呈单态;在香猪中,Pi-Ⅰ座位呈单态;对于Po-Ⅰ座位,除柯乐猪外,其余品种均呈现单态。在4个品种中CA、Cp、Po-Ⅱ和Amy-Ⅰ均表现出多态性。群体遗传变异指标计算结果显示,4个品种蛋白座位的平均杂合度为0.34210(小耳猪),0.3229(大河猪),0.3030(香猪),0.3479(柯乐猪)(以8个座位计算)。根据基因频率计算奈式遗传距离,并用UPGMA法进行聚类分析,得出4个品种的聚类结果稍有差别。     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析

为了分析5个重庆地方猪种的遗传多样性和系统发生关系,采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星标记,以有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数为指标,评估了品种内遗传变异。计算了F统计量、Nei氏遗传距离(DA)和Nei氏标准遗传距离(DS)并进行UPGMA和NJ聚类分析及主成分分析,进而探讨了品种间的遗传分化和亲缘关系。结果,27个微卫星座位共检测到542个等位基因,其中43个等位基因为单一品种所特有。5个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数(Ne)在9.4933～11.0280之间,期望杂合度(He)在0.8897～0.9091之间,多态信息含量(PIC)在0.8689～0.8926之间。F统计量分析表明,重庆地方猪种遗传分化明显(P0.001),各群体内存在一定程度的近交。2种聚类方法以NJ法更为可靠。5个猪种聚为两类,荣昌猪、渠溪猪和合川猪为一类,罗盘山猪和盆周山地猪为一类。相关性分析表明,遗传距离与地理距离间无显著的相关(P0.05)。该研究结果为重庆地方猪种的保护和利用提供了重要的理论依据。     

蒙古马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析

采用垂直平板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对221匹蒙古马（包括乌珠穆沁马、乌审马、锡尼河马和巴尔虎马）的8种血液蛋白进行多态性检测。计算了各位点的基因型频率、等位基因频率、遗传杂合度，并通过聚类分析探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明：除α1-B糖蛋白（A1B）位点呈现为单态外，其余7个蛋白（酶）位点均在不同程度上表现出多态。8个蛋白（酶）位点的平均杂合度分别为：乌珠穆沁马0．3296，乌审马0．3056，锡尼河马0．3783和巴尔虎马0．3666。对Nei氏标准遗传距离进行聚类分析，发现巴尔虎马和锡尼河马之间的遗传距离最近，它们与乌珠穆沁马和乌审马的遗传距离相对较远。     

安徽地方猪种血液蛋白多态性研究

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳法(PAGE),对安徽省5个地方猪种群体进行了血液蛋白多态性研究,计算了各座位的基因型频率、基因频率、基因纯合度和Shannon信息指数,并探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明:不同种群在Tf,Am,Cp,Po2和Est5个血清蛋白座位上的遗传差异较大,血清蛋白座位的优势基因在不同群体中有不同的频率;同时,5个地方猪种群体的平均遗传多样性指数及Shannon信息指数都较高(h≥0.3805,p≥0.9098),种群内遗传变异较大。     

江西地方猪种血液蛋白及酶的多态性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶和淀粉凝胶电泳方法测定了１４个江西地方猪种的血清转铁蛋白（Ｔｆ）、前白蛋白（Ｐａ）、后白蛋白（Ｐｏ）、淀粉酶（Ａｍ）、血液结合素（Ｈｐｘ）和铜蓝蛋白（Ｃｐ）的多态性，统计和计算了基因频率、标准遗传距离，并进行了聚类分析。结果表明，江西地方猪种在Ｔｆ、Ｐａ、Ｐｏ、Ａｍ、Ｈｐｘ位点存在高度的多态性，各品种间的标准遗传距离从０．００５５～０．２２５１不等，显示江西地方猪种存在明显的遗传多样性。     

青海高原牦牛遗传多样性研究

以中心产区简单随机抽样在青海省西宁市共抽取青海高原牦牛76头,用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和水平淀粉凝胶电泳技术检测21个编码血液蛋白（酶）结构基因座及12个微卫星位点的多态性,并进行中性检验及连锁不平衡分析。结果表明：在所检测的21个血液蛋白基因座中,有6个存在多型,多态位点百分比为28．57％,12个微卫星位点全部为多态,共检测出63个等位基因;两层次标记所反映的群体内遗传变异水平均较低,21个血液蛋白基因座平均有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为1．118、0．0665、0．0729和0．0603,12个微卫星位点相应指标分别为2．9005、0．4138、0．5325和0．4903;除Alp外,其余5个血液蛋白多态基因座和12个微卫星位点均为中性基因。除Alp-CA、LDH1-ADH两对血液蛋白基因座和8对微卫星显著（P〈0．05）或极显著（P〈0．01）处于连锁不平衡状态外,其余13对血液蛋白基因座和58对微卫星均处于连锁平衡状态（P〉0．05）;另外,6个血液蛋白多态基因座、12个微卫星位点或是两者的合并数据从群体水平上均处于连锁平衡状态（P〉0．05）。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

蒙古马血液蛋白(酶)多态性研究

研究分别对乌珠穆沁马、乌审马、锡尼河马和巴尔虎马4个蒙古马类群共计221匹马的运铁蛋白（Tf）、前白蛋白（Pr）、血清酯酶（Es）、白蛋白（ALb）、碳酸酐酶（CA）、α1-B糖蛋白（A1B）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（PGD）、VD结合蛋白（GC）8个蛋白座位进行检测。群体遗传变异指标计算结果表明,4个类群蒙古马8个蛋白（酶）座位的平均杂合度为：锡尼河马0.3783,巴尔虎马0.3666,乌珠穆沁马0.3296,乌审马0.3056。根据基因频率计算Nei氏遗传距离进行分析。结果表明,巴尔虎马和锡尼河马之间的遗传距离最近,它们与乌珠穆沁马、乌审马的遗传距离相对较远。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析

利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量（PIC）、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明：16个微卫星座位均为中度或高度多态位点（PIC〉0．25,PIC〉0．50）,10个地方鸡种群体总近交系数（Fit）为0．147,群体间基因分化系数（Fst）为0．134,群体内近交系数（Fis）为0．015,且3个指标均达到显著水平（P〈0．05）。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1．7932,茶花鸡的品种贡献率最大（16．59％）,其次为固始鸡（14．01％）、白耳鸡（11．44％）、狼山鸡（11．34％）、北京油鸡（11．30％）、大骨鸡（8．90％）、仙居鸡（7．03％）、藏鸡（6．28％）、鹿苑鸡（5．81％）,萧山鸡的品种贡献率（5．00％）最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。     

4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

4个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

文章宗旨是(目的)研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据.(方法)利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率,进行群体遗传统计分析.基于品种间标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方绵羊品种共检测到70.0个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10.0～18.0之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81～5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.615 2～0.737 3,平均遗传杂合度(H)为0.671 1～0.782 0;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.084 7,标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊都为最大(0.577 5,0.612 6),小尾寒羊与乌珠穆沁羊都为最小(0.154 2,0.195 5),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类.(结论)结果表明4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布(相)基本一致.     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

新疆6个地方双峰驼遗传多样性分析

利用11对微卫星引物对新疆阿克苏、和田、伊犁、克孜勒苏柯尔克孜自治州(克州)、阿勒泰、木垒6个地方共167峰双峰驼的遗传多样性、遗传分化、基因流与遗传距离间的关系进行分析,并利用遗传距离构建系统树。结果:所使用的11个微卫星座位均呈现出高度多态性,每个座位上所检测到的等位基因数为3～6个,共检测到50个等位基因,平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为4.545 5和3.567 1个,群体平均杂合度在0.671 5～0.707 8之间,平均多态信息含量在0.609 9～0.655 1之间,因此11个座位均可作为有效的遗传标记用于评估地方双峰驼群体的遗传多样性和系统发生关系;从不同地方资源来看,约有4.36%的变异来自群体间,95.64%的变异存在于群体内个体间的差异;基因流平均值为5.486 9,说明各群体间存在或过去某个时期发生基因交流;各群体间平均遗传距离较小,为0.123 8,平均遗传一致度较高(0.884 0),从而再次证明了群体间遗传分化程度较低;基于Nei氏标准遗传距离构建了聚类关系,其结果与双峰驼起源、育成历史及地理分布情况基本一致。     

5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析

采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。     

山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究

选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，得到4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。     

应用微卫星PCR对中国3个品系实验用小型猪的遗传检测

以 12个 STR(shord tandem repeat)座位的 PCR对中国 3个品系实验用小型猪进行了遗传检测。结果 ,3个座位品系间扩增结果相同 ;9个座位呈现品系间多态性 ,其中 2个座位在 3个品系间均具有差异。贵州小型香猪与西双版纳近交系小耳猪间有 6个座位有差异 ,其遗传距离为 0 .186 4;贵州小型香猪与广西巴马小型猪间有 3个座位有差异 ,其遗传距离为 0 .12 73;广西巴马小型猪与西双版纳近交系小耳猪间有 5个座位有差异 ,其遗传距离为 0 .1333。由此表明 ,3个品系小型猪间的遗传背景具有一定差异 ,同时表明这 9个座位可选择为小型猪遗传检测的多态性座位。