4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

4个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

文章宗旨是(目的)研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据.(方法)利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率,进行群体遗传统计分析.基于品种间标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方绵羊品种共检测到70.0个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10.0～18.0之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81～5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.615 2～0.737 3,平均遗传杂合度(H)为0.671 1～0.782 0;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.084 7,标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊都为最大(0.577 5,0.612 6),小尾寒羊与乌珠穆沁羊都为最小(0.154 2,0.195 5),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类.(结论)结果表明4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布(相)基本一致.     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

山西地方山羊品种遗传多样性的微卫星分析

(目的)文章宗旨是了解山西省地方山羊品种的遗传多样性,为种质资源保护和利用提供参考依据.(方法)利用5个微卫星标记分析山西省4个地方山羊品种的遗传多样性,基于等位基因组成及频率,运用群体遗传统计软件进行分析.并依据标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方山羊品种共检测到等位基因(Na)67个,平均有效等位基因数(Ne)为4.94～6.05个,平均多态信息含量(PIC)在0.705 3～0.798 2之间,平均遗传杂合度(H)在0.759 2～0.831 6之间;4个地方山羊品种间遗传分化系数0.046 1,黎城青山羊与阳城白山羊先聚在一起,再与吕梁黑山羊聚在一起,最后与洪洞奶山羊聚在一起形成一类.(结论)结果表明山西省4个地方山羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为山西省地方山羊品种遗传多样性评估,也可作为有效遗传标记用于山羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.4个地方山羊品种分子系统发生关系与其地理位置、生产特性相一致.     

5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析

采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。     

利用微卫星标记分析三个绵羊品种及杂交后代遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F15个绵羊群体的遗传多样性,结果表明:7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.7077~0.8396;5个群体平均位点杂合度达0.7454~0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

用5个微卫星标记分析四川7个地方山羊品种的遗传关系

选用5个微卫星标记对四川7个地方山羊品种(类群)进行了遗传关系分析。结果表明:5个微卫星标记检测到的等位基因数从1～7个不等,平均多态信息含量为0.537～0.716,其中ILSTS004、ILSTS030、McM038和OarFCB011这4个基因座位为高度多态性基因座,CSSM004为中度多态基因座,都能较好地用于山羊群体间的遗传多样性分析。7个山羊群体的平均多态信息含量为0.601～0.696,群体平均杂合度为0.530～0.655,群体间的遗传分化系数为0.1167,表明7个地方山羊群体的遗传多样性较为丰富。群体间的Nei氏遗传距离为0.0822～0.7240,以Nei氏遗传距离为基础构建的系统聚类树表明,藏山羊、建昌黑山羊、成都麻羊和北川白山羊聚为一大类,第2类为乐至黑山羊和金堂黑山羊,最后简阳大耳羊单独成一类。     

甘肃地方绵羊品种微卫星遗传多样性与系统发育分析

通过对甘肃省6个地方绵羊品种(240只个体)15个微卫星座位的等位基因的研究,结果共发现了179个等位基因。其中在藏羊中发现的等位基因数最多(136个),兰州大尾羊最少(94个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据表明:在研究的6个绵羊品种中藏羊和甘肃高山细毛羊的遗传多样性较丰富,而兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊的遗传多样性较低。DA遗传距离和D s遗传距离构建的NJ系统发育树均表明:兰州大尾羊、蒙古羊和滩羊具有较近的亲缘关系,预示这3个品种可能具有相同的原始祖先。而甘肃高山细毛羊与其他5个甘肃地方品种的遗传距离较远,另为一类。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

Genetic structure of pig breeds from Korea and China using microsatellite loci analysis

To understand molecular genetic characteristics of Korean pigs, the genetic relationships of nine pig breeds including two Korean pigs (Korean native pig and Korean wild pig), three Chinese pigs (Min pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig), and four European breeds (Berkshire, Duroc, Landrace, and Yorkshire) were characterized from a 16-microsatellite loci analysis. The mean heterozygosity within breeds ranged from 0.494 to 0.703. Across multiple loci, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in most pig breeds, except for two Chinese pigs (Min pig and Wuzhishan pig). This deviation was in the direction of heterozygote deficit. Across population loci, 36 of 144 significantly deviated (P < 0.05) from Hardy-Weinberg equilibrium. The mean FST, a measure of genetic divergence among subpopulations, of all loci indicated that 26.1% of total variation could be attributed to the breed difference. Relationship trees based on the Nei's DA genetic distance and scatter diagram from principal component analysis consistently displayed pronounced genetic differentiation among the Korean wild pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig. Individual assignment test using a Bayesian method showed 100% success in assigning Korean and Chinese individual pigs into their correct breeds of origin and 100% exclusion success from all alternative reference populations at P < 0.001. These findings indicate that the Korean native pig has been experiencing progressive interbreeding with Western pig breeds after originating from a North China pig breed with a black coat color. Considering the close genetic relationship of Korean pigs to the Western breeds such as Berkshire and Landrace, our findings can be used as valuable genetic information for the preservation and further genetic improvement of the Korean native pig.     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。     

11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究

本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944AT、c.1438GA、g.21063GT)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944AT和g.21063GT2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944AT位点上变异显著(0.01P0.05);而里岔黑猪、槐猪、玉山黑猪、合作藏猪、八眉猪在g.21063GT内变异极显著(P0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438GA突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究

为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。