一株基因Ⅶb亚型新城疫病毒F和HN基因的序列分析

为分析从某鹅病料样品中分离鉴定的一株新城疫病毒(NDV) (Goose/Foshan/2010)F和HN基因的序列特征,本研究采用RT-PCR方法扩增该病毒的F和HN基因的ORF序列,并进行序列测定.经序列比对、进化分析表明,Goose/Foshan/2010株属于基因Ⅶb亚型病毒株,F蛋白裂解位点序列为112RRQKRF117,-HN蛋白由571个氨基酸残基组成,具有强毒株分子特征.对F和HN蛋白分析表明,其HN蛋白存在E347D和K495E两个点突变;此外,HN蛋白缺失了538位～540位的糖基化位点.该分离株为我国首次报道的鹅源基因Ⅶb亚型NDV分离株,与秘鲁及马来西亚早期基因Ⅶb亚型分离株进化关系密切,表明我国目前新城疫的流行情况十分复杂.     

2006～2008年华东地区新城疫病毒HN基因序列分析

为研究新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）的HN（血凝素-神经氨酸酶,hemagglutinin—neuraminidase）基因分子流行病学规律,利用RT—PCR扩增了2006～2008年间分离自我国华东地区的43株NDV的HN基因片段。基因序列分析显示,分离株中基因Ⅰ型2株,基因Ⅱ型3株,基因Ⅵ型1株,其它37株都属于基因Ⅶd亚型。根据遗传发生进化树可将基因Ⅶd亚型进一步分为Ⅶd1和Ⅶd2两个亚型,基因Ⅶd1亚型HN蛋白的第102、118、443位氨基酸分别为T,A和T,而基因Ⅶd2亚型则分别为I,E和M。另外,研究表明HN蛋白线性表位发生E347K突变的变异株的分离率在我国呈上升趋势。     

1株广东鸡源新城疫病毒的分离鉴定和毒力基因分析

从广东粤东地区某商品蛋鸡场的发病鸡群中分离到1株病毒（YS株）,经血凝和血凝抑制试验确定为新城疫病毒（NDV）.对该分离株的F蛋白氨基酸序列的分析结果表明,其F0裂解位点的氨基酸序列为1nR-R-Q-K-R-F117,且含有101K和121V,符合典型NDV强毒株的分子特点.遗传分析结果显示分离株属于基因Ⅶd亚型.F和HN基因的氨基酸相似性分析表明,分离株与基因Ⅶ型NDV Chicken/China/Shandong/02/2010株的相似性最高,均达到99％,而与常用疫苗株B1、V4、Clone30、Mukteswar和La Sota的相似性则较低,分别在86.8％～ 90.4％和87.2％～88.3％之间,说明分离株与经典的NDV毒株存在一定的差异.     

广东地区8株鹅源基因Ⅻ型新城疫病毒F蛋白基因遗传进化分析

为了解当前广东地区鹅群新城疫病毒(NDV)遗传进化情况,本研究从广东养殖病死鹅组织样品中分离鉴定获得8株NDV,对分离株的F蛋白基因进行核苷酸及氨基酸序列分析。8株分离病毒之间F蛋白基因同源性较高,为96.3%-99.9%,但与当前国内NDV优势流行株及疫苗株同源性均较低。遗传进化分析结果显示所有新分离株均属于Ⅻ型NDVⅫb亚型分支,而当前国内NDV的优势流行株及常用疫苗株均属于Ⅶd亚型分支。氨基酸序列分析结果显示,本研究分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为~(112)K/RRQKR/F~(117),符合强毒株分子特征;与基因Ⅶ型代表株NDV/ZJ1相比,新分离株F蛋白B细胞中和抗原表位均出现D~(170)N变异;而与2010年～2011年报道的广东Ⅻb亚型分离株相比,新分离株F蛋白疏水区、七肽重复序列等区域均出现氨基酸的变异。综上所述,本研究分离鉴定的8株鹅源NDV的F基因均属于Ⅻb亚型,与Ⅶd亚型流行株及常用疫苗株F基因同源性较低,且其多个氨基酸关键位点存在变异。本研究在国内首次从病死鹅体内分离到基因Ⅻ型NDV,为进一步了解基因Ⅻ型NDV在广东地区水禽中的流行、病原进化以及疫苗株更新提供参考。     

鹅源新城疫病毒F基因和HN基因的克隆及序列分析

为了解近年鹅群中新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的流行变异情况,试验于2018年从广东地区疑似患有新城疫病死鹅的病料中分离到1株NDV,对其进行了生物学毒力测定及致病性研究,并利用RT-PCR技术扩增该分离株F基因和HN基因全长片段,进行克隆与序列分析。结果表明:分离株GD299的生物学毒力指标鸡胚平均致死时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内致死指数(ICPI)和6周龄静脉接种指数(IVPI)分别为58 h、1.56和2.2,F基因裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,GD299株为强毒株;F基因和HN基因核苷酸序列和氨基酸序列与参考毒株的同源性为82.9%～99.5%,属于基因群Ⅶ型,其中F基因属于Ⅶf亚型;与经典强毒株La Sota株、F48E9株氨基酸序列进行比较,F基因氨基酸序列出现多处位点变异。说明目前流行的NDV已发生一定变异。     

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定

对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒(NDV)。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%~96.7%、97.3%~98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%~95.4%、96.2%~96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%~96.5%、95.3%~95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%~95.3%、96.4%~96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。     

一株鸵鸟源新城疫病毒的分离及其分子生物学特性

从2005年山东省某鸵鸟饲养场发病鸵鸟分离出1株新城疫病毒，命名为SD01，采用一步法R-PCR扩增了该分离株F基因的重要功能区片段（535bp），并将其克隆到pMD18-T载体中，进行序列测定，研究了其分子生物学特性。序列分析结果表明，该分离株F基因裂解位点的氨基酸组成与NDV强毒株的特征性结构一致（^112R—R—Q-K—R-F^117）；遗传进化分析表明，该分离株在分类地位上属于基因Ⅶd型，与目前报道的鸵鸟源和其他禽类NDV毒株基因型一样，说明目前我国流行的仍然是NDV基因Ⅶ型。提示，对于鸵鸟新城疫的防治，除进行疫苗免疫之外，采取生物安全措施也是非常重要的。     

影响新城疫病毒抗原性和分子变异的因素分析

<正>1新城疫病毒的变异选择与免疫原性密切相关的新城疫病毒(NDV)HN基因,对不同基因型(F基因型为Ⅰ～Ⅶ)的NDV参考株在HN基因ORF编码区内,进行了同义替代(Ks)和非同义替代(Ka)的比较,重点对11株国内流行的NDV强毒株(F基因型为Ⅶd)     

贵州省鸭源新城疫病毒强毒株的遗传变异分析及致病性研究

为了科学理解家鸭在新城疫病毒(NDV)流行和传播中的作用,对贵州不同地区分离的5株鸭源NDV强毒株进行遗传变异分析以及对鸭和SPF鸡的致病性研究。结果显示:5株NDV分离株均属于基因Ⅶd亚型,其F蛋白裂解位点基序均为112 RRQKRF117,符合强毒株序列特征,与病毒致病性指数测定结果相符;F和HN蛋白中功能性氨基酸位点均高度保守,但在HN蛋白线性表位区有3株发生E347K突变。交叉血凝抑制试验发现分离株与传统疫苗株LaSota的抗原同源性较低(为83.3%~87.0%),而与新型基因Ⅶ型疫苗株A-Ⅶ的抗原同源性较高(为93.5%~100%)。将5株NDV分离株以0.5mL病毒尿囊液原液通过肌肉注射感染鸭后未见明显发病死亡和病理变化,并且除脾外在其他多个组织脏器未能检测到病毒复制;而以106.0 ELD50·0.1mL-1剂量通过滴鼻点眼感染SPF鸡后6d内100%发病死亡,病死鸡表现出新城疫典型的临床症状和病理变化,病毒在多个组织脏器中均能复制且对脾、胸腺和法氏囊等免疫器官损伤严重。另外,SPF鸡攻毒后喉头和泄殖腔棉拭病毒分离率明显高于试验鸭。本研究结果表明,贵州省鸭群中流行的基因Ⅶd亚型NDV强毒株HN蛋白发生E347K突变的变异株呈上升趋势,并与传统疫苗株产生抗原差异;5株鸭源NDV强毒株对鸭和鸡致病性差异显著,虽然对鸭无明显致病性,但鸭感染后可在较长时间内通过喉头或泄殖腔向体外排毒,因此必须采取有效措施防止NDV强毒由鸭群向鸡群的传播。     

鸭源新城疫病毒SS1株全基因序列测定及遗传进化分析

对从贵州省某三穗鸭养殖场病死鸭体内分离的1株新城疫病毒(NDV)Sheldrakeduck/China/Guizhou/SS1/2014(简称SS1株)进行部分生物学特性测定及全基因测序与分析。结果表明:SS1株的MDT、ICPI和IVPI分别为52 h、1.89和2.80,F基因编码蛋白的裂解位点序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),HN基因编码571个氨基酸,均符合NDV强毒株特征;SS1株基因组全长为15 192 bp,各基因片段核苷酸序列与代表性基因Ⅶ型毒株ZJ1、NA-1、SF02和FP1/02相似性最高,达96.3%~98.7%,而与疫苗株V4、La Sota和Mukteswar同源性最低,为82.8%~85.4%;根据F基因序列绘制的系统进化树显示SS1株属于ClassⅡ基因Ⅶd亚型。F和HN蛋白氨基酸序列分析发现,SS1株F蛋白中和抗原位点第170位氨基酸、HN蛋白抗原区及其邻近氨基酸位点与国内当前流行的基因Ⅶd亚型NDV毒株一致,而与疫苗株有较大的差异。此外,交叉血凝抑制试验结果表明,SS1株与传统疫苗株La Sota的抗原同源性为84.5%,而与新型基因Ⅶ型疫苗株A-Ⅶ的抗原同源性为100%,表明分离株与疫苗株存在一定的抗原差异。     

中国水禽新城疫病毒F和HN基因的变异趋势

选取中国1996-2005年的8株鹅、鸭等水禽NDV流行株,克隆其融合蛋白（F）和血凝素-神经氨酸酶（HN）基因,参考GenBank中具有F和HN核苷酸全长的16株国内外NDV代表株、16株国内水禽流行株以及12株只具有F基因的水禽毒株序列,参照传统F基因分型方法,分别对F和HN基因进行分型,同时进行相关比较、核苷酸和氨基酸同源性以及系统发育分析。结果表明：16株国内外代表株F和HN基因分型基本一致,但24株水禽NDV流行株中只有15株相同,符合率为62.5%,不同占37.5%（9/24）。系统发育和同源比较发现：水禽NDV流行株HN基因高度同源,同属Ⅶ型,而F基因则分属不同的基因型。通过对24株NDVF和HN基因氨基酸全长以及进行F基因分型的F基因47-420位核苷酸的同源性相关性比较证实：F基因前47-420位核苷酸的遗传变异与F基因氨基酸全长变异密切相关,r=0.916,但与HN基因的氨基酸变异不相关,显示出NDV在演变过程中F和HN基因具有相对的独立性。水禽NDV是家禽NDV的重要储存宿主,应高度重视水禽NDV的变异。     

一株新城疫病毒鹧鸪分离株分子生物学特性的研究

本研究从一例鹧鸪暴发新城疫的病例中成功分离出一株新城疫病毒(NDV)。运用RT-PCR扩增了该分离株F基因的重要功能片段(约535kb),并进行了序列测定。序列分析表明其在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符。通过构建NDV的F基因遗传进化树,发现该分离株在分类地位上属于基因Ⅶ型NDV,与同期我国普遍流行的基因Ⅶ型NDV在遗传进化上极为相似,且具有较高的同源性,表明它们可能具有共同的来源。     

2008-2009年部分地区新城疫病毒分离株的进化分析

本研究旨在从分子水平上掌握中国新城疫病毒的变异情况和新城疫的流行规律,对2008-2009年从中国部分省市养殖场分离的9株新城疫病毒毒株,采用RT-PCR方法扩增其F和HN基因,经克隆和测序,对所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,9株分离株有8株为基因Ⅶ型,1株为基因Ⅱ型,F基因开放性阅读框架(ORF)为1662 bp,强毒株同La Sota的核苷酸同源性为83.5%~84.2%。HN基因开放性阅读框架(ORF)为1716或1734 bp,强毒株在538位缺失1个糖基化位点。结果表明,近年流行的ND疫情主要是由基因Ⅶ型NDV引起,F和HN基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。     

一株鸭源新城疫病毒毒力基因分析及其对鸭的致病性研究

为了解中国鸭源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的毒力特点,从2009年广东地区发病鸭群中分离和鉴定出1株新城疫病毒(简称NDV-104),对其生物学特性、致病性和融合蛋白(fusion,F)、血凝素神经氨酸酶(hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因进行了研究。结果显示,分离株的MDT、ICPI和IVPI分别为56.4 h、1.95和1.64,结合F蛋白裂解位点(112~117位)的氨基酸序列分析,确定了分离株为新城疫强毒。致病性结果表明,分离病毒对雏鸭具有感染性和致病性。F基因遗传进化结果显示,分离株属于基因Ⅶd亚型。F、HN蛋白的氨基酸同源性结果表明,分离株与2000年以来国内外分离到的基因Ⅶ型NDV同源性较高,分别为96.6%~99.3%和97.0%~99.7%,而其与常用疫苗株B1、V4、Clone30、Mukteswar和LaSota的F、HN蛋白氨基酸序列的同源性较低,且与LaSota株和V4株的同源性最低,分别仅为88.1%和87.6%,说明分离株与经典新城疫病毒毒株存在一定的差异。     

我国部分地区新城疫病毒的流行现状分析

从近年来由我国不同地区、不同宿主分离到的新城疫病毒(NDV)野外分离株中,选取其中具有代表性的16株,用RT PCR技术扩增其F基因重要的功能区片段,进一步进行克隆和序列测定.参照国内外已发表的部分毒株的F基因序列,构建了59株NDV的遗传进化树,分析其毒株间的遗传进化关系.序列分析表明,所扩增的目的片段长度为535bp,所分离的毒株在分裂位点的氨基酸顺序为112R-R-Q/R-K/R-R-F117,均相当于NDV的强毒株.通过遗传进化树分析表明,16株分离株中有13株为基因Ⅶ型NDV,说明目前基因Ⅶ型NDV所引起的新城疫在国内呈流行趋势.     

新城疫LaSota活疫苗对基因Ⅶ型分离株的免疫保护性试验

从山东省发病鸡群分离鉴定了一株新城疫病毒(NDV),命名为SDLY01。经蚀斑纯化后进行毒力测定和序列分析表明分离株SDLY01属于基因Ⅶ型NDV强毒。20只7日龄SPF鸡免疫新城疫活疫苗LaSot a后14 d分别用NDV标准强毒F48E8和分离株SDLY01攻毒,同时设同日龄SPF鸡为对照组,未免疫任何疫苗。攻毒后观察10 d,免疫组在攻毒后食欲、精神均正常;对照组在攻毒后2～4d发病死亡,并表现ND典型的临床症状和病理变化。攻毒后第3、5、7、9 d对免疫组试验鸡取喉头、泄殖腔棉拭进行病毒分离,F48E8攻毒组病毒分离均为NDV阴性,SDLYO1攻毒组第5 d病毒分离NDV阳性,第3、7和9d病毒分离阴性。本研究结果表明LaSot a活疫苗对F48E8和SDLY01均能提供100%免疫保护,但不能完全抑制基因Ⅶ NDV分离株在体内的复制和排毒。     

从种蛋中分离的新城疫病毒抗原性及其F和HN基因的分析

对3株首次从种蛋中分离到的NDV进行交叉HI试验表明,这3株分离毒的交叉HI同源性为98.1%～100%。对这3株病毒及另1株从输卵管分离到的NDV的F与HN完整基因进行扩增并克隆测序,序列结果登陆GenBank(FJ011441～FJ011448)。氨基酸同源性分析表明:这4个毒株的F与HN基因同源性分别为99.5%～99.8%和99.6%～100%,远高于其与Lasota、F48E8株以及目前国内流行的其他基因Ⅶ型毒株的同源性。分离株F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特征,根据绘制的遗传进化树分析,属于基因Ⅶ型。研究结果显示这4个不同来源毒株其2个基因的同步高度同源性可能与它们均是与生殖道感染有关。     

基因Ⅶ.2亚型新城疫病毒反转录数字PCR检测方法的建立与应用

基因Ⅶ型新城疫病毒（NDV）是严重危害我国家禽养殖业健康发展的主要病原之一。国家新城疫参考实验室监测表明,目前国内NDV流行毒株已由基因Ⅶ.1.1亚型转变为Ⅶ.2亚型。为实现基因Ⅶ.2亚型NDV的快速检测和精准定量,针对其国内流行毒株F基因保守区域设计了特异性引物和探针,建立了一种可快速检测基因Ⅶ.2亚型NDV的反转录数字PCR(RT-dPCR)方法,并评估了该方法的敏感性、特异性和重复性。结果显示：建立的RT-dPCR方法检测下限为1.30 copies/μL,敏感性较高;特异性强,与基因Ⅵ型、Ⅻ型NDV以及其他常见禽病病毒（禽流感病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒和禽腺病毒）无交叉反应;重复性试验变异系数为2.6%,小于3%,重复性好。利用本方法对从活禽市场采集的200份鸡口咽/泄殖腔拭子样品进行检测,发现检测结果与病毒分离鉴定结果一致。结果表明,本研究建立的RT-dPCR方法具有良好的敏感性、特异性、重复性和准确性,可用于基因Ⅶ.2亚型NDV的快速检测和精准定量,同时也为其核酸标准物质的研制奠定了基础。     

青海湖野生迁徙水鸟新城疫病毒的分离与鉴定

从青海湖地区野生迁徙水鸟粪便中分离到1株新城疫病毒QH0601,其脑内接种指数(ICPI)为1.88.以RT-PCR扩增该分离株F基因片段,并进行序列分析,结果显示QH0601分离株F蛋白裂解位点具有强毒株的特征性氨基酸序列112R-R-Q-K-R-F117,其101位和121位的氨基酸残基具有新城疫病毒基因Ⅶ型特征.聚类分析表明,QH0601毒株与我国普遍流行的基因Ⅶ型NDV具有很高的同源性,提示野生迁徙水鸟与家禽新城疫的发生在流行病学和生态学上有着非常密切的关系.     

产蛋下降鸭群强毒新城疫病毒的分离鉴定与分子特征

从产蛋下降鸭群分离到两株新城疫病毒(NDV)(命名为Duck/China/SD6/2008和Duck/China/SD7/2009),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间为77.6h,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征。根据F基因(374bp)对2个NDV分离株和30个NDV参考株进行基因分型结果表明,2个分离株均属于基因Ⅶ型。F基因和HN基因核苷酸序列同源性比较显示,2个鸭分离株与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为94.1%～99.7%和94.4%～97.1%,与同期分离的鸡源NDV强毒株Chicken/China/SD4/2008同源性最高,分别为99.3%～99.5%和99.5%～99.7%,表明这两个鸭NDV毒株可能来源于感染NDV的鸡群。