我国新出现的禽副黏病毒14型基因组特性

为了解我国新出现的禽副黏病毒14型（APMV-14）的基因组特性,对2022年从我国家禽中新分离到的2株APMV-14毒株进行了基因组测序和序列分析。结果显示：两株毒株基因组长度均为15 444 nt,结构均为3''-N-P-M-F-HN-L-5'',3''前导序列和5''尾随序列长度分别为55和277 nt,各基因间隔序列长度不等（2~36 nt）;2株毒株F蛋白裂解位点均为99REGR↓L103,具有低致病性禽副黏病毒分子特征;2株毒株HN蛋白长度均为607 aa,明显长于2011年日本分离株APMV14/duck/Japan/11OG0352/2011（580 aa）。同源性分析显示,我国分离的2株不同宿主来源的APMV-14毒株基因组核苷酸同源性为99.5%,与APMV-14代表株11OG0352同源性最高（91.0%）,与其余禽副黏病毒同源性仅为45.0%~52.3%;遗传进化分析显示,2株APMV-14毒株与日本APMV-14分离株（11OG0352）位于同一分支。综上所述,本研究中的2株来源于不同宿主（鸡和鸭）的APMV-14毒株基因组序列高度同源,说明APMV-14已具备水禽—陆禽的跨种传播能力。本研究为APMV-14生物学特性等相关研究奠定了基础。     

基因VI型新城疫病毒荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

鸽新城疫是严重危害鸽业健康发展的主要疫病之一,近年来流行呈上升趋势。为满足开展基因VI型鸽源新城疫病毒快速检测的迫切需求,针对国内流行的基因VI型新城疫病毒F基因保守区域设计特异性引物和探针,建立了一种可特异检测基因VI型新城疫病毒的实时荧光RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性进行了评估。结果显示,该方法与其他基因型新城疫病毒和常见禽病病毒无交叉反应,检测下限为5 copies/μL。利用该方法对临床采集的120份鸽口咽/泄殖腔拭子样品进行检测,检测结果与病毒分离结果完全一致。结果表明,本研究建立的实时荧光RT-PCR方法特异性强、敏感性高、准确性好,可用于基因VI型新城疫病毒的快速检测。     

基因Ⅶ.2亚型新城疫病毒反转录数字PCR检测方法的建立与应用

基因Ⅶ型新城疫病毒（NDV）是严重危害我国家禽养殖业健康发展的主要病原之一。国家新城疫参考实验室监测表明,目前国内NDV流行毒株已由基因Ⅶ.1.1亚型转变为Ⅶ.2亚型。为实现基因Ⅶ.2亚型NDV的快速检测和精准定量,针对其国内流行毒株F基因保守区域设计了特异性引物和探针,建立了一种可快速检测基因Ⅶ.2亚型NDV的反转录数字PCR(RT-dPCR)方法,并评估了该方法的敏感性、特异性和重复性。结果显示：建立的RT-dPCR方法检测下限为1.30 copies/μL,敏感性较高;特异性强,与基因Ⅵ型、Ⅻ型NDV以及其他常见禽病病毒（禽流感病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒和禽腺病毒）无交叉反应;重复性试验变异系数为2.6%,小于3%,重复性好。利用本方法对从活禽市场采集的200份鸡口咽/泄殖腔拭子样品进行检测,发现检测结果与病毒分离鉴定结果一致。结果表明,本研究建立的RT-dPCR方法具有良好的敏感性、特异性、重复性和准确性,可用于基因Ⅶ.2亚型NDV的快速检测和精准定量,同时也为其核酸标准物质的研制奠定了基础。     

2021—2022年我国部分地区市场交易鸽群腺病毒检测及遗传进化分析

为了解我国鸽腺病毒（pigeon adenovirus,PiAdV）的流行现状及分子遗传特征,2021—2022年在江苏、河南、安徽、江西、福建、广东、广西、云南等8个省（自治区）41个活禽交易市场,采集鸽口咽/泄殖腔双拭子样品共462份,通过PCR进行PiAdV核酸检测,并对其六邻体蛋白（hexon）编码基因进行遗传进化分析。核酸检测结果显示：除未从江苏省检出阳性外,从其他7个省（自治区）的24个活禽交易市场中检出120份PiAdV病原学阳性样品,个体阳性率为25.97%（120/462）,场点阳性率为58.54%（24/41）;遗传进化分析结果显示,从不同省份随机挑选的15份PiAdV病原学阳性样品均属于B种（PiAdV-B）分支,与同属于PiAdV-B中的varient B小分支核苷酸同源性为99.1%~100%,而与PiAdV-A分支亲缘关系较远。结果表明,我国市场交易鸽群PiAdV污染面较广,感染率较高,PiAdV-B分支为优势流行毒种。因此,需要加强鸽养殖场的饲养管理和活禽交易市场的卫生管理,加快开展PiAdV疫苗研发,以有效控制PiAdV流行。     

2021—2022年我国8株鸽新城疫病毒基因组特征

为了解我国最新流行的鸽新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）分子生物学特征,对2021—2022年国家新城疫参考实验室从不同地区鸽群中分离到的8株NDV代表株进行了全基因组测序和生物信息学分析。结果显示：8株鸽NDV基因组长度均为15 192 nt,基因排列方式为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,其F蛋白裂解位点氨基酸序列均为112RRQKR/F117,呈典型的NDV强毒分子特征;相较于参考序列,代表毒株F蛋白七肽重复区域、融合肽和跨膜区域,以及HN蛋白中和抗原表位、跨膜区域等功能区域均有多处氨基酸变异;代表毒株全基因组核苷酸同源性为91.9%～99.0%,均属于Class Ⅱ基因Ⅵ型病毒,但可分为2个小分支,其中4株属于基因Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,另4株属于基因Ⅵ.2.1.1.2.1亚型。结果表明,我国近期流行的鸽NDV具有遗传多样性特征。本研究进一步掌握了我国鸽NDV的遗传进化特点,丰富了鸽新城疫的流行病学信息,为该病的科学防控提供了参考。     

鸽A群轮状病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

鸽A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是影响养鸽业健康发展的主要病原之一。为实现鸽RVA的高通量快速检测，根据目前国内外流行的鸽RVA VP6基因保守区域设计特异性引物与探针，建立了一种可以特异性检测鸽RVA的实时荧光RT-PCR方法，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示，该方法灵敏度高，最低检测限为7.22×10² copies/μL；特异性强，与鸽群其他常见病毒无交叉反应；重复性好，组内与组间重复变异系数均小于1.5%。利用该方法和普通RT-PCR方法对200份临床样品进行检测，发现荧光RT-PCR方法的病毒阳性检出率高于普通RT-PCR方法，二者符合率为94.00%。结果表明，本研究建立的实时荧光RT-PCR方法敏感、特异、准确，重复性好，可为开展鸽RVA的临床检测及流行病学调查提供技术支持。     

2021—2022年我国部分地区鸽圆环病毒感染状况调查

为了解目前我国鸽群中鸽圆环病毒(pigeon circovrius,PiCV)的流行现状及遗传变异情况,2021—2022年对山东等11个省(自治区)PiCV感染状况进行了调查,共采集鸽相关样品658份,采用PCR方法进行PiCV病原学检测,并对3份PiCV病原学阳性样品进行基因组序列测定及遗传进化分析。结果显示:在主动监测的9个省(自治区)49个采样点中,检出464份PiCV病原学阳性样品,个体阳性率为75.20%(464/617),场点阳性率为91.84%(45/49),其中河南省个体阳性率最高(100%);在被动监测的3个省41份病死鸽组织样品中,共检出28份PiCV病原学阳性样品;3份病原学阳性代表样品(QingDao 957、JiLin2、FuJian 1179)与已报道的24条PiCV全基因组序列同源性为87.30%～95.90%;QingDao 957和JiLin 2与国内报道的JS15-1序列亲缘关系较近,而FuJian 1179与国外报道的PL53参考序列属于同一分支,推测QingDao 957和JiLin2毒株在国内流行的PiCV中占主导地位,而FuJian 117...     

基因VI型新城疫病毒反转录数字PCR检测方法的建立与应用

基因VI型新城疫病毒（NDV）是导致我国当前鸽新城疫流行的主要基因型。国家新城疫参考实验室监测数据表明，鸽NDV分离率近年来有上升趋势。为了实现基因VI型NDV快速检测和精确定量，针对国内流行的基因VI型NDV F基因保守区域设计特异性引物和探针，建立了反转录数字PCR（RT-dPCR）方法，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示，建立的RT-dPCR方法线性关系良好，灵敏度高，最低检测限为1.97 copies/μL；特异性强，与其他基因型NDV强毒株和常见禽病病毒无交叉反应；重复性好，变异系数为2.2%。利用本方法对临床采集的180份鸽口咽/泄殖腔拭子样品进行检测，检测结果与病毒分离结果一致。以上结果表明，本研究建立的RT-dPCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好，可用于基因VI型NDV的快速检测和精准定量，同时也为基因VI型NDV核酸标准物质研制奠定了基础。