红色素产生菌H1的分子生物学鉴定

从青岛近海海洋沉积物中分离得到1株红色素产生菌H1,利用PCR技术扩增该菌株的16S rDNA核苷酸序列,通过琼脂糖凝胶电泳得到1条约1 500 bp的16S rDNA片段.运用Blast程序与数据库中已存在的细菌16S rDNA核苷酸序列进行相似性比较,表明该菌株与Kocuria rosea的相似性最高,为99.54%,可以认为属于同1个种.选取10株同源性较高的典型菌株序列,进行多序列比对,构建了菌株H1的系统发育树.     

桑青枯雷尔氏菌MR111的16S rDNA基因序列测定和系统进化分析

对从发病的桑树中分离出的菌株MR111的16S rDNA进行PCR扩增和序列分析。结果表明:对菌株MR111进行16SrDNA的PCR扩增,获得了1 435 bp 16S rDNA序列。NCBI在线BLAST分析表明,该序列与茄科雷尔氏菌PC-3、RSGC-1等序列的同源性达95%。对28个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA序列进行系统进化分析,MR111与来自空心菜(GY0501)、番茄(ZCz-3)等的菌株聚合在一个簇群,证实该菌株为青枯雷尔氏菌。命名为桑青枯雷尔氏菌MR111a。     

兰花炭疽病拮抗细菌8-59菌株的分离与鉴定

从各地采集的土样中筛选对兰花炭疽病病原菌胶孢炭疽菌(Colletoichum gloeosporioides)具有拮抗活性的菌株。从土样中分离到720株菌株,初筛获得具有拮抗作用的菌株32株,经过复筛,选出1株具有较高拮抗活性的菌株8-59。对8-59菌株进行形态鉴定、生理生化特征鉴定和16S rDNA序列分析,菌株8-59与花域芽孢杆菌(Bacillus vallismortis)很相近。根据16S rDNA序列相似性分析,此菌株与花域芽孢杆菌标准菌株DSM 11031的16S rDNA序列相似度达99.49%。鉴定该菌株为花域芽孢杆菌。     

1株耐高温纤维素酶产生菌的分离与鉴定

从环境样品中筛选得到1株耐高温纤维素酶产生菌A13。形态及生理生化特征测定结果表明,A13菌株与芽孢杆菌属(Bacillus)中地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的特征基本一致。测定了该菌株的16S rDNA序列并根据16S rDNA构建了系统发育树,在系统发育树中,A13菌株与地衣芽孢杆菌形成一个类群,序列同源性为90%。最终确定该菌株为地衣芽孢杆菌。     

传统肉制品中一株植物乳杆菌的分离筛选及鉴定

从传统发酵酸肉中分离出一株乳酸杆菌(XC10001),利用API鉴定系统、16S rDNA同源性分析以及recA基因多重PCR特异性扩增3个方法对该菌株进行鉴定,API鉴定结果和16S rDNA同源性分析结果都表明该菌株同植物乳杆菌的同源性最高;多重PCR扩增后发现一条约300 bp的recA基因特异扩增片段,对该片段测序后发现同植物乳杆菌ATCC14917序列完全相同,因此将该菌确定为植物乳杆菌.菌株XC10001的16S rDNA序列的国际基因序列注册号为HM446157.     

产甘露聚糖酶解淀粉芽孢杆菌的筛选鉴定及产酶条件优化

从海底淤泥中筛选出一株产高活性β-甘露聚糖酶的菌株,经16S rDNA序列分析表明,该序列与解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)的16S rDNA序列同源性为100％,将该菌株命名为Bacillus amyloliquefaciens T27.对该菌株产酶条件进行了优化,以魔芋粉为碳源,酵母粉为氮源,装液量为50 mL,250 r/min、37℃培养24h,发酵液中粗酶活力能达到98.0 U/mL.     

草甘膦高抗菌株的分离、鉴定及生理生化特性研究

从采自新疆的土壤中分离到一株草甘膦抗性菌株P23,该菌株能够耐受200 mmol/L的草甘膦,可在最高含350 mmol/L草甘膦的培养基中生长。在草甘膦浓度为100～200 mmol/L之间时,菌株生长迅速,最适pH为7.0,最适生长温度为37℃,具有氨苄青霉素、卡那霉素抗性。用16S rDNA通用引物,经PCR扩增、测序得到P23的16S rDNA序列,该序列在GenBank的登录号为FJ374126。在NCBI中经BLAST后发现与苍白杆菌属(Ochrobactrum)的16S rDNA序列相似性达到99%。结合各项生理生化指标鉴定结果将菌株命名为人苍白杆菌P23（Ochrobactrum anthropi P23）。     

奉新县猕猴桃溃疡病病原菌鉴定

为明确江西省奉新县猕猴桃溃疡病病原菌种类。从该县7个猕猴桃生产基地采集呈典型症状的发病枝条和叶片,采用稀释分离法对其进行病菌分离并作致病性测定,共获得27个致病性细菌菌株。对各菌株进行培养性状、形态特征观察和生理生化测定,结果与文献中对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的描述相吻合。提取各菌株基因组DNA,分别对其16S rDNA和16S-23S rDNA基因片段进行PCR扩增、测序、序列分析和构建系统发育树,结果各菌株16S rDNA和16S-23S rDNA序列长度均为1 500 bp和280 bp,且菌株间序列完全一致。将获得的两段序列利用Blast程序分别在GenBank中进行同源性搜索,发现其与丁香假单胞菌猕猴桃致病变种同源性均为100%。待鉴定菌株在系统发育树上与该变种处于同一分支。根据实验结果,将奉新县猕猴桃溃疡病的病原鉴定为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种。     

大丽轮枝菌拮抗细菌8-52菌株的筛选与鉴定

为筛选对棉花黄萎病病原菌大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)具有拮抗作用的芽孢细菌,采用改良的琼脂平板扩散法,通过初筛从各地的土样中分离到83株拮抗细菌菌株,对其中的69株进行了复筛,得到一株具有较强的抑菌活性的拮抗细菌8-52菌株。对该菌株进行了形态特征的观察、生理生化试验和16S rDNA的序列分析。将该菌株的形态特征和生理生化特性鉴定的结果与相应种、属模式菌的性状相对照,认为菌株8-52与芽孢杆菌(Bacillus)的相应性状很相近。根据16S rDNA序列相似性分析,此菌株与Bacillus velezensis标准菌株AB245422的16S rDNA序列相似度达99.78%,因此鉴定拮抗菌株8-52为Bacillus velezensis。     

1株高产红色素海洋菌的初步鉴定及色素性质研究

对威海近海海水和海泥中的产色素细菌进行筛选,从样品中分离出1株高产红色素的细菌S15,对其进行了初步鉴定,并对其色素性质进行了初步试验.利用16S rDNA通过引物对S15菌株基因组DNA进行扩增,测序得到其部分16S rDNA序列,经Blast调出与菌株16S rDNA同源的序列,用软件MEGA(4.0) 按照Neighbor-Joining 方法构建16S rDNA系统发育树,判断该菌为沙雷氏菌属的一个种.提取色素后,对该红色素理化性质的试验发现,其光、热等稳定性强,而H2O2、Ca2+、Fe3+对其稳定性影响显著.     

TMPD降解菌Klebsiella oxytoca的鉴定

从疯草生长的土壤环境中分离并筛选出一株TMPD降解菌LF-1,通过形态学观察、生理生化特征测定和16S rDNA序列同源性分析对其进行了鉴定.结果表明:LF-1的形态及主要生理生化特征与产酸克雷伯氏杆菌一致,而且与产酸克雷伯氏杆菌(DQ226215)的16S rDNA序列同处于一个最小的分支,同源性达到99.52%.由此确定TMPD降解菌LF-1属于产酸克雷伯氏杆菌(Klebsiella oxytoca).     

我国亚热带地区快生型大豆根瘤菌遗传多样性研究

利用16S rDNA PCR-RELP、16S rDNA基因序列分析以及16S-23S rDNA IGS PCRRELP技术,对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的31株大豆快生型根瘤茵(fast-growing rhizobia)进行了群体遗传多样性研究.16S rDNA PCR-RELP分析结...     

一株大凉疣螈肠道弗氏柠檬酸杆菌的分离及其药敏试验

首次从大凉疣螈（Tylototriton taliangensis）肠道分离获得弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）,利用分子生物学方法对其16SrD—NA进行了扩增测序,并与GenBank中已有的有关序列进行比较,进行了系统发育分析．．测序结果表明,16SrDNA与GenBank中序列同源率在98％～99％,分离的菌株与GUl26681（C．freundii MRB0903）处于同一分支中;序列同源性及系统发育树表明,此菌为弗氏柠檬酸杆菌;药敏试验表明,弗氏柠檬酸杆菌对氨苄西林及头孢噻吩中介,对其余药物均敏感。     

生防菌FM4B的鉴定及抗菌物质的性质研究

采用生理生化、16S rDNA等方法鉴定菌株FM4B并对该菌株抑菌物质粗提液的性质进行了初步研究.生理生化实验显示,菌株FM4B属于短短芽孢杆菌,16S rDNA基因的测定与分析表明,FM4B与B.brevis(短短芽孢杆菌)的同源性达到99.5%,故推定FM4B为短短芽孢杆菌.实验表明抑菌物质粗提物对多种细菌、真菌有...     

荧光定量PCR技术检测红壤稻田土壤厌氧氨氧化细菌

利用厌氧氨氧化细菌16S rDNA基因特异引物对红壤稻田土壤总DNA进行扩增、PCR产物纯化、克隆和测序,得到属浮霉菌(Planctomycetes)的厌氧氨氧化细菌的部分16S rDNA序列(长度为502 bp)。以含该序列的重组质粒作为荧光定量PCR的标准品,对水稻不同生育期红壤稻田土壤中的厌氧氨氧化细菌数量进行检测。结果表明水稻各生育期内稻田表层和根层土壤中均存在一定数量的厌氧氨氧化细菌,且其数量随水稻生长有所变化。表土中的数量随水稻生长呈逐渐增加的趋势,根层土的数量在水稻生长前期变化不大,孕穗期后明显增加。红壤稻田土壤中存在的厌氧氨氧化细菌对稻田土壤的硝化作用可能具有一定贡献。     

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

TMPD降解菌Staphylococcus pasteuri的鉴定

通过形态学观察、生理生化特征测定和16S rDNA序列同源性分析,对1株TMPD降解菌(LF-2)进行了鉴定.结果表明:LF-2的形态及主要生理生化特征与葡萄球菌属一致,而且与巴氏葡萄球菌(AJ717376)的16S rDNA序列具有99.80%的同源性;在系统发育树上构成一个分支.由此确定TMPD降解菌LF-2属于巴氏葡萄球菌(Staphylococcus pasteuri).     

烟草黑胫病菌拮抗细菌的筛选与鉴定

从烟草根际土壤分离到107个细菌分离物,通过室内平板对峙培养筛选,筛选到13株对烟草黑胫病菌有拮抗作用的菌株,其中,LZ-7菌株的室内平板抑菌效果最好,抑菌圈直径达27.82 mm。经盆栽试验,LZ-7、A3控病作用较好,防治效果分别达59.12%和55.84%。通过16 S rDNA序列测定与分析,LZ-7与Bacillus pumilus的同源性为99%,初步鉴定证明该菌株属于短小芽孢杆菌。     

乳杆菌的分离及鉴定

从健康学龄儿童的新鲜粪便样品中分离得到6株乳杆菌,并对其进行属和种的鉴定。首先通过形态学观察及H2O2酶、糖发酵等生理生化试验对所分得菌株进行初步鉴定,然后利用16S rDNA序列同源性分析方法,对所分得菌株进行16S rDNA基因扩增与测序,测序结果与GenBank中该属内菌株的16S rDNA基因序列进行同源性分析,从而准确鉴定所分得菌株,并申请各菌株的GenBank登录号。经鉴定,其中1株为卷曲乳杆菌,2株为植物乳杆菌,1株为发酵乳杆菌,1株为黏液乳杆菌,1株为唾液乳杆菌。